本申請是國際申請號pct/us2012/059962，國際申請日為2012年10月12日，進入中國國家階段申請號為201280050484.x，進入中國國家階段日期為2014年4月14日，發明名稱為“bace1的肽抑制劑”的分案申請。序列表本申請包含序列表，其已經通過efs-web以ascii格式提交，并且通過引用完全結合在本文中。所述ascii副本，于2012年9月27日生成，命名為gne0394p.txt，大小為52，415字節。發明領域本發明一般涉及作為bace1拈抗劑的肽，例如，其抑制或減少bace1活性，并且涉及包含所述肽的組合物。另外的實施方案包括治療多種神經疾病或病癥的方法，以及減少患者中的aβ多肽的方法。背景淀粉狀變性(amyloidosis)不是一種單一的疾病實體，而是多樣化組的進行性疾病過程，其特征在于稱為淀粉狀蛋白的蠟狀、淀粉樣蛋白的細胞外組織沉積，淀粉狀蛋白積聚在一個或多個器官或機體系統中。隨著淀粉狀蛋白沉積的積聚，它們開始干擾所述器官或機體系統的正常的功能。存在至少15種不同類型的淀粉狀變性。主要形式為沒有已知前例的原發性淀粉狀變性、伴隨一些其他狀況的繼發性淀粉狀變性和遺傳性淀粉狀變性。多種衰老疾病是基于淀粉狀蛋白樣蛋白或與淀粉狀蛋白樣蛋白相關，并且部分特征在于淀粉狀蛋白或促進發病機制以及疾病進展的淀粉狀蛋白樣物質的細胞外沉積的積聚。這些疾病包括，但不限于，神經病癥，諸如阿爾茨海默病(alzheimer′sdisease，ad)，雷維小體癡呆(lewybodydementia)；唐氏綜合征(down’ssyndrome)；遺傳性腦出血伴淀粉狀變性(hereditarycerebralhemorrhagewithamyloidosis)(荷蘭型)；關島帕金森-癡呆并發癥(guamparkinson-dementiacomplex)。基于或與淀粉狀蛋白樣蛋白相關的其他疾病是進展性核上性麻痹(progressivesupranuclearpalsy)、多發性硬化(multiplesclerosis)、克-雅病(creutzfeldjacobdisease)、帕金森病、hiv相關的癡呆(hiv-relateddementia)、als(肌萎縮性脊髓側索硬化癥(amyotropiclateralsclerosis))、成年型糖尿病(adultonsetdiabetes)、老年性心臟淀粉狀變性(senilecardiacamyloidosis)、內分泌腫瘤以及其他，包括黃斑變性(maculardegeneration)。多肽β-淀粉狀蛋白(aβ)可能在阿爾茨海默病(ad)的發病機制中起重要作用。vassar等，j.neurosci.(神經科學雜志)29：12787-12794(2009)。aβ多肽在cns中的積聚導致突觸功能障礙、軸突變性和神經元死亡。ad患者的腦表現出顯著的神經病理學損傷的特征性病理學，諸如神經原纖維纏結(nfts)和富含淀粉狀蛋白的老年斑。淀粉狀蛋白斑的主要成分是aβ。這些損傷與中樞神經系統(cns)神經元群體的大量損失相關，并且其進展伴有與ad相關的臨床癡呆。aβ是前體蛋白β淀粉狀蛋白前體蛋白(β-app或app)的蛋白水解產物。app是i型跨膜蛋白，其相繼被兩種蛋白酶，即β-和γ-分泌酶切割。β-分泌酶，被稱為β-位淀粉狀蛋白前體蛋白切割酶1(β-siteamyloidprecursorproteincleavingenzyme1，bace1)，其首先切割app以暴露aβ的n-端，由此產生稱為c99的膜結合的片段。vassar等，j.neurosci.(神經科學雜志)，29：12787-12794(2009)和uniprotkb/swiss-protentryp56817(bace1_human)。然后γ-分泌酶能夠切割c99產生成熟的aβ多肽。產生的aβ具有長度為38個氨基酸至43個氨基酸范圍內的異源c端。42個氨基酸形式的aβ(aβ42)是原纖維形式的aβ，并且在患有唐氏綜合癥的患者中過量產生，并且已經提示其在ad的早期發病機制中起作用。vassar等，j.neurosci.(神經科學雜志)29：12787-12794(2009)。因此，由于對其的抑制可能抑制aβ產生，bace1已經成為治療靶標。事實上，bace1敲除小鼠(bace1-/-)不產生腦aβ，這證實了bace1是負責腦中產生aβ的主要的酶(如果不是唯一的酶)。roberds等，humanmol.genetics(人分子遺傳學)10：1317-1324(2001)。此外，ad模型中的bace1敲除小鼠不形成淀粉狀蛋白斑；認知缺陷和膽堿功能性功能障礙也得到恢復。mcconlogue等，j.biol.chem.(生物化學雜志)282：26326-26334(2007)；ohno等，neuron(神經元)41：27-33(2004)；和laird等，j.neurosci.(神經科學雜志)25：11693-11709(2005)。另外，bace1雜合敲除小鼠具有減少的斑形成，這表明斑減少不需要bace1活性的完全抑制。mcconlogue等，j.biol.chem.(生物化學雜志)282：26326-26334(2007)。bace-1(hussain，i.等(1999)molcellneurosci(分子細胞神經科學)14：419-27；sinha，s.等(1999)nature(自然)402：537-40；vassar，r.等(1999)science(科學)286：735-41；yan，r.等(1999)nature(自然)402：533-7；lin，x.等(2000)procnatlacadsciusa(美國國家科學院學報)97：1456-60)及其與底物樣擬肽抑制劑om99-2的復合的結構(hong，l.等(2000)science(科學)290：150-3)的發現開啟了制藥研發的新時代，促進多種類型的bace1抑制劑的研發。第一波抑制劑是小分子擬肽(luo，x.等intjclinexppathol(臨床實驗病理學雜志)3：618-28)，其尚待顯示臨床成功性，部分是由于穿過血腦屏障(bbb)的挑戰。隨后，多種基于片段和非肽方法已經產生了更適于穿過bbb遞送至中樞神經系統(cns)的化合物(silvestri，r.(2009)medresrev(醫藥研究綜述)29：295-338；luo，x.等(2010)intjclinexppathol(國際臨床實驗病理學雜志)3：618-28)。最近，已經出現了抗體的研發(pul，r.等(2011)expertopinbiolther(生物治療的專家觀點)11：343-57)。第一類靶向aβ并且將其從循環中清除，作用為調節cns中aβ水平的接收池(sink)。最新一類抗體通過結合在外部靶向bace1本身并且作用為非競爭性抑制劑(atwal，j.k.等(2011)scitranslmed3：84ra43；zhou，l.等(2010)j.biol.chem.(生物化學雜志)286：8677-8687)。在小鼠和食蟹猴中，抗-bace1不僅減少外周aβ水平，而且還令人驚訝地減少在腦脊液(csf)中的aβ水平。進一步改造該抗體通過雙特異性抗-bace1抗-轉鐵蛋白抗體結合受體介導的穿過bbb的胞轉作用已經導致cns中aβ更有效的藥效學減少(yu，y.j.等(2011)scitranslmed3：84ra44)。具有有效的bace1治療抑制劑減少患有神經疾病和病癥如ad的患者中的aβ產生將是有益的。本文提供的本發明涉及這樣的抑制劑，包括其在多種方法中的應用。本文引用的所有參考文獻，包括專利申請和公布，通過引用完全結合在本文中。發明概述本發明提供bace1的肽和多肽抑制劑以及使用其的方法。具體地，所述肽或多肽抑制或減少bace1活性。如下文所述，使用展示在噬菌體顆粒上的首次用于實驗的肽文庫首先選擇結合劑，然后篩選抑制劑。這導致以非經典方式結合在活性位點的有效種類的肽抑制劑的發現。這些肽在兩種酶測定和基于細胞的測定中抑制bace1，導致aβ肽的減少。該肽本身和與bace1復合的結構顯示出一種之前在蛋白水解酶的活性位點中沒有觀察到的新型結合方式。在一個實施方案中，本發明提供一種特異性結合bace1的分離的多肽，其中所述多肽包含氨基酸序列x1-s-x2-y-c-r-l-x3-x4-x5-x6-c-(x7)n(seqidno：6)，其中x1是谷氨酸或天冬氨酸；其中x2是甲硫氨酸、亮氨酸、異亮氨酸或纈氨酸；其中x3是亮氨酸或甲硫氨酸；其中x4是甘氨酸、絲氨酸或丙氨酸；其中x5是亮氨酸、異亮氨酸或纈氨酸；其中x6是甘氨酸或丙氨酸；其中x7是甘氨酸、天冬氨酸或谷氨酸，并且其中n是0或1。在不同實施方案中，n是0(seqidno：7)。在其他實施方案中，n是1(seqidno：8)。在一個實施方案中，x3是亮氨酸(seqidno：9)。在另一個實施方案中，x4是甘氨酸(seqidno：10)。在另一個實施方案中，x5是異亮氨酸(seqidno：11)。在另一個實施方案中，x6是甘氨酸(seqidno：12)。在另一個實施方案中，x7是甘氨酸(seqidno：13)。在一個實施方案中，本發明提供包含選自由下列各項組成的組的氨基酸序列的分離的多肽：keesiycrlmglgcg(seqidno：14)(bace018)，nelspycrlmglgcd(seqidno：15)(bace019)，neesmycrllgigcg(seqidno：16)(bace20)和peeslycrllalgcg(seqidno：17)(bace021)。在一個實施方案中，所述多肽包含neesmycrllgigcg(seqidno：16)的氨基酸序列。在另一個實施方案中，所述多肽包含keesiycrlmglgcg(seqidno：14)的氨基酸序列。在另一個實施方案中，所述多肽包含nelspycrlmglgcd(seqidno：15)的氨基酸序列。在另一個實施方案中，所述多肽包含peeslycrllalgcg(seqidno：17)的氨基酸序列。在一個實施方案中，本發明提供基本上由選自由下列各項組成的氨基酸序列組成或由選自由下列各項組成的氨基酸序列組成的分離的多肽：keesiycrlmglgcg(seqidno：14)，nelspycrlmglgcd(seqidno：15)，neesmycrllgigcg(seqidno：16)和peeslycrllalgcg(seqidno：17)。在一個實施方案中，所述多肽基本上由neesmycrllgigcg(seqidno：16)的氨基酸序列組成或者由其組成。在另一個實施方案中，所述多肽基本上由keesiycrlmglgcg(seqidno：14)的氨基酸序列組成或者由其組成。在另一個實施方案中，所述多肽基本上由nelspycrlmglgcd(seqidno：15)的氨基酸序列組成或者由其組成。在另一個實施方案中，所述多肽基本上由peeslycrllalgcg(seqidno：17)的氨基酸序列組成或者由其組成。在一個實施方案中，本發明提供特異性結合bace1的分離的多肽，其中所述多肽包含氨基酸序列smycrllgigcg(seqidno：18)(bace31)。在一個實施方案中，所述多肽包含氨基酸序列esmycrllgigcg(seqidno：19)(bace030)。在另一個實施方案中，所述多肽基本上由氨基酸序列esmycrllgigcg(seqidno：19)組成或由其組成。在一個實施方案中，本發明提供特異性結合bace1的分離的多肽，其中所述多肽包含在相對于c端的位置-1和-8具有半胱氨酸、在相對于c端位置-7具有精氨酸或精氨酸類似物并且在相對于c端的位置-6具有亮氨酸的序列。在一個實施方案中，在相對于c端的位置-7的氨基酸是精氨酸。在一個實施方案中，所述多肽在相對于c端的位置0，-2和-4包含小氨基酸。在另一個實施方案中，在相對于c端的位置0，-2和-4的氨基酸為甘氨酸。在一個實施方案中，所述多肽在相對于c端的位置-3包含疏水殘基。在一個實施方案中，所述多肽在相對于c端的位置-5包含亮氨酸。在一個實施方案中，所述多肽在相對于c端的位置-9包含酪氨酸或苯丙氨酸。在另一個實施方案中，在相對于c端的位置-9的氨基酸是酪氨酸。在一個實施方案中，所述多肽在相對于c端的位置-10包含大體積疏水殘基。在一個實施方案中，所述多肽在相對于c端的位置-11包含絲氨酸。在一個實施方案中，所述多肽在相對于c端的位置-12包含酸性殘基。在另一個實施方案中，在相對于c端的位置-12的氨基酸是谷氨酸。在一個實施方案中，在位置0，-2和-4的氨基酸是小氨基酸；其中在位置-3的氨基酸是疏水殘基；其中在位置-5的氨基酸是亮氨酸或甲硫氨酸；其中在位置-7的氨基酸是精氨酸；其中在位置-9的氨基酸是酪氨酸或苯丙氨酸；其中在位置-10的氨基酸是大體積疏水殘基；其中在位置-11的氨基酸是絲氨酸；并且其中在位置-12的氨基酸是酸性氨基酸。在另一個實施方案中，在位置0，-2和-4的氨基酸是甘氨酸；其中在位置-3的氨基酸是疏水殘基；其中在位置-5的氨基酸是亮氨酸；其中在位置-7的氨基酸是精氨酸；其中在位置-9的氨基酸是酪氨酸；其中在位置-10的氨基酸是大體積疏水殘基；其中在位置-11的氨基酸是絲氨酸；并且其中在位置-12的氨基酸是谷氨酸。在不同的實施方案中，所述多肽包含選自表2和圖2中列出的bace結合肽的序列的序列。在一個實施方案中，所述多肽直接與至少一個特定的bace1殘基相互作用。在一個實施方案中，在位置-7的精氨酸與bace1的天冬氨酸32和天冬氨酸228形成鹽橋。在另一個實施方案中，在位置-9的酪氨酸結合bace1的y環。在另一個實施方案中，在位置-12的谷氨酸與bace1的精氨酸235形成鹽橋。在一個實施方案中，所述多肽結合bace1在p側的底物溝。在另一個實施方案中，所述多肽結合bace1在p側的底物溝，其肽鍵朝向與底物方向相反的方向。在一個實施方案中，本發明提供一種分離的多肽，所述多肽特異性結合bace1并且包含含有選自表2和圖2中列出的氨基酸序列的肽的氨基酸序列的c端、n端或中間氨基酸序列。在一些實施方案中，所述c端氨基酸序列選自keesiycrlmglgcg(seqidno：14)，nelspycrlmglgcd(seqidno：15)，esmycrllgigcg(seqidno：19)和peeslycrllalgcg(seqidno：17)。在一個實施方案中，本發明提供任一種上述多肽，其中所述多肽與細胞毒性劑或增強細胞進入的氨基酸序列標簽綴合或融合。在不同實施方案中，所述細胞毒性劑是化療劑或化療藥、生長抑制劑、毒素(例如，蛋白毒素，細菌、真菌、植物或動物來源的酶活性毒素，或其片段)或放射性同位素。在一個實施方案中，所述增強細胞進入的氨基酸序列標簽是細胞穿透肽。在一個實施方案中，所述融合蛋白包括bace1結合肽與通常進行通過血腦屏障的吸收介導的胞轉作用或受體介導的胞轉作用的蛋白的氨基酸序列的融合體。在一個實施方案中，本發明提供與任一種上述多肽競爭與bace1結合的氨基酸序列。在一個實施方案中，本發明提供任一種上述多肽，其中所述多肽抑制內源性bace1蛋白水解活性。在一個實施方案中，本發明提供特異性結合本發明的多肽的抗體或其片段。在一個實施方案中，本發明提供包含本發明的多肽的試劑盒。在一個實施方案中，提供包含本發明的多肽和藥用載體的藥物制劑。在另外的實施方案中，提供編碼本發明的多肽的分離的核酸，以及包含編碼本發明的多肽的核酸的載體。在另一個方面中，提供包含編碼本發明的多肽的核酸的宿主細胞以及用于產生本發明的多肽的方法，所述方法包括在適于產生所述多肽的條件下培養包含編碼本發明的多肽的核酸的宿主細胞。在另一個實施方案中，提供治療患有神經疾病或病癥的個體的方法，所述方法包括給所述個體施用有效量的本發明的多肽。在另一個實施方案中，提供減少患有或有風險患上神經疾病或病癥的患者中的淀粉狀蛋白斑或抑制淀粉狀蛋白斑形成的方法，所述方法包括給個體施用有效量的本發明的多肽。在一個實施方案中，提供減少患者中的aβ的方法，所述方法包括給所述患者施用有效量的本發明的多肽。在一個實施方案中，所述患者患有或有風險患上神經疾病或病癥。在另一個實施方案中，提供抑制患者中的軸突變性的方法，所述方法包括給所述患者施用有效量的本發明的多肽。在本發明方法的一個實施方案中，所述患者是哺乳動物。在另一個方面中，所述患者是人。在另一個實施方案中，所述神經疾病或病癥選自由下列各項組成的組：阿爾茨海默病(ad)，外傷性腦損傷(traumaticbraininjury)，卒中(stroke)，青光眼(glaucoma)，癡呆(dementia)，肌營養不良(musculardystrophy，md)，多發性硬化(ms)，肌萎縮側索硬化(amyotrophiclateralsclerosis，als)，囊性纖維化(cysticfibrosis)，安吉爾曼綜合征(angelman’ssyndrome)，利德爾綜合征(liddlesyndrome)，佩吉特病(paget’sdisease)，外傷性腦損傷，雷維小體病(lewybodydisease)，脊髓灰質炎后綜合征(postpoliomyelitissyndrome)，夏伊-德雷格綜合征(shy-draegersyndrome)，橄欖體腦橋小腦萎縮(olivopontocerebellaratrophy)，帕金森病，多系統萎縮(multiplesystematrophy)，紋狀體黑質變性(striatonigraldegeneration)，核上性麻痹(supranuclearpalsy)，牛海綿狀腦病(bovinespongiformencephalopathy)，癢病(scrapie)，克-雅綜合征(creutzfeldt-jakobsyndrome)，庫魯病(kuru)，格-施-沙綜合征(gerstmann-straussler-scheinkerdisease)，慢性消耗性疾病(chronicwastingdisease)，家族致命性失眠癥(fatalfamilialinsomnia)，延髓性麻痹(bulbarpalsy)，運動神經元病(motorneurondisease)，卡納范病(canavandisease)，亨廷頓病(huntington′sdisease)，神經元蠟樣質脂褐質沉積病(neuronalceroid-lipofuscinosis，亞歷山大病(alexander′sdisease)，圖雷特綜合征(tourette′ssyndrome)，門克斯扭結發綜合征(menkeskinkyhairsyndrome)，科凱恩綜合征(cockaynesyndrome)，哈勒沃登-施帕茨綜合征(halervorden-spatzsyndrome)，拉福拉病(laforadisease)，雷特綜合征(rettsyndrome)，肝豆狀核變性(hepatolenticulardegeneration)，萊施-奈恩綜合征(lesch-nyhansyndrome)，和翁-隆綜合征(unverricht-lundborgsyndrome)，癡呆(dementia)(包括，但不限于，皮克病(pick′sdisease)和脊髓小腦性共濟失調(spinocerebellarataxia))。在一個實施方案中，所述神經疾病或病癥是阿爾茨海默病。附圖簡述本專利文件包含至少一幅彩色繪制的附圖。請求并繳納需要的費用后，局方將提供帶有彩色附圖的本專利或專利公布的副本。圖1a顯示來源于噬菌體展示的線性肽和環肽文庫的平板分選的針對bace1的肽配體(按出現的順序分別為seqidnos21，56-61，21，62，56，63-68和22-24)的序列比對。bms1、bms2和bms4分別與之前所述的肽標識符1、2和4相同(kornacker，m.g等(2005)biochemistry(生物化學)44：11567-73)。圖1b顯示與已知的bace1抑制劑om99-2(標識為“om99”)和抑制素相比，關于bace010和bace011(在該圖中分別標識為“bace10”和“bace11”)的htrf酶活性測定的結果。圖1c顯示與bace1結合的肽-展示噬菌體與合成肽bms1的競爭。柱表示在不存在(灰色)或存在(黑色)70nmbms1肽時的噬菌體elisa信號。噬菌體肽id如圖1a中所示。圖2顯示在存在bace010作為競爭劑時來源于噬菌體展示的肽文庫的溶液分選的針對bace1的肽配體(按出現的順序分別為seqidnos26，14，69-73，15，74-78，16，79-86，17和87-95)的序列。bace017是在存在100μmbace010時由針對首次用于實驗的肽文庫的bace1溶液淘選(solutionpanning)獲得的bace1結合肽配體。bace018-bace021是來源于bace017的親和力成熟的針對bace1結合肽的肽序列。列出噬菌體點elisa數據表示針對單個克隆的相對結合親和力。用elisa標記的柱是針對bace1的噬菌體結合信號，s/n比率表示信號/噪聲比率，其中“信號”是在柱“elisa”中所示的數據，并且噪聲是作為背景非特異性結合的針對bsa的噬菌體結合信號。序列比對總結為logo表示(crooks等，genomeresearch(基因組研究)，14：1188-1190，(2004)；schneider和stephensrm.1990.nucleicacidsres.(核酸研究)18：6097-6100(1990))。選擇用pepid表示的肽進行肽合成。圖3a顯示合成的bace1肽配體在htrf酶測定中的抑制性活性。bace1結合肽bace018-bace021在針對bace1的27-merhtrf底物的分解中表現出濃度依賴性抑制作用。與bace018-bace021對應的肽，其中半胱氨酸殘基被絲氨酸置換(bace025-bace028)，其抑制bace1酶活性的能力有效性少得多。在該圖中，bace018-bac021和bace025-bace028分別標識為bace-18-bace-21和bace25-bace-28。圖3b是顯示分別使用bace020、和小分子和肽抑制劑om99-2或bms1的生物素酰化的bace020競爭結合elisa的結果的圖表。圖4是顯示在細胞測定中bace1結合肽抑制aβ產生的圖表。與bace1抑制性抗體(抗-bace1)、bace1的小分子抑制劑(om99-2)、bace1的肽抑制劑(bms1)和bace1的小分子抑制劑(gsk-8e，charrier，等，j.med.chem.(醫學化學雜志)51：3313-3317(2008))相比，bace1結合肽bace017-bace021在293-happ細胞中表現出aβ產生的濃度依賴性的減少。使用4-參數非線性回歸曲線擬合程序確定ic50值。圖5a顯示通過同核nmr光譜確定的溶液中bace020的結構。圖5b顯示同與bace020復合的bace1(紅色)相比，未結合的bace1(藍色)的trosy光譜的比較。右圖突出顯示包括活性位點殘基asp32和asp228的特定的殘基的光譜的變化。圖5c顯示在bace1的活性位點溝(groove)和蓋(flap)中的bace1的結構；當結合bace020時具有受擾共振的那些bace1殘基顯示為紅色。圖6顯示與bace030復合的bace1的解析度的晶體結構。圖6a顯示繪出在1σ(棕色網狀物)、與bace的活性位點結合的bace030肽的輪廓的電子密度圖譜。圖6b顯示游離的bace1(灰色)、與bace1(藍色)結合的bace030(綠色)和與bace1(粉色)結合的om99-2(小麥色)的晶體結構。活性位點天冬氨酸殘基顯示為棒狀并且涂色為紅色。圖6c顯示具有bace030(綠色)和om99-2(洋紅色)的bace1復合物的重疊。在催化位點的天冬氨酸殘基顯示為紅色。圖6d顯示bace030(綠色)與bace1(橙色)的殘基的結合相互作用。水分子顯示為紅色球體。氫鍵顯示為紅色虛線。圖6e顯示具有棒狀的om99-2(洋紅色)和om03-4(青色)的bace1復合物的重疊。在不再與bace020結合的bace1突變體的情形中，bace1表面具有紅色表面，并且對bace030結合沒有作用的bace1突變體具有綠色表面。圖7a顯示與bace的活性位點結合的bace030肽的解析度的晶體結構的遠視圖。bace030顯示為黃色，bace1包含催化的天冬氨酸殘基的區域顯示為紅色，并且bace1的蓋區顯示為骨架蹤跡。圖7b顯示bace030的“精氨酸指”(arg6)與bace1的催化天冬氨酸殘基的相互作用。圖7c顯示bace030的tyr4與bace1的y-環的相互作用。圖7c公開″leu8gly9leu10gly11″作為seqidno：96。發明實施方案詳述定義“分離的”當指分子時是指已經鑒定并且與其天然環境的成分分離和/或從中回收的分子。其天然環境的污染成分是干擾診斷或治療應用的物質。“活性”多肽或其片段保留所述活性多肽的天然或天然存在的副本的生物活性。生物活性是指由所述活性多肽的天然或天然存在的副本介導的功能。例如，結合或蛋白-蛋白相互作用組成生物活性。術語“抗體”和“免疫球蛋白”在最廣泛意義上可以互換使用，并且包括單克隆抗體(例如，全長或完整的單克隆抗體)、多克隆抗體、多價抗體、多特異性抗體(例如，雙特異性抗體，只要其展現出需要的生物活性)，并且還可以包括特定的抗體片段(如本文中更詳細所述)。抗體可以是嵌合的、人的、人源化的和/或親和力成熟的。“抗體片段”僅包含完整抗體的一部分，其中該部分優選地保留當該部分存在于完成抗體時通常與其相關的功能中的至少一種、優選大部分或全部。術語“單克隆抗體”用在本文中是指從一群基本上同質的抗體中獲得的抗體，即除了可能以少量存在的可能的天然存在的突變之外，構成群體的各個抗體是相同的。單克隆抗體是高度特異性的，針對單一的抗原。此外，與典型地包括針對不同決定簇(表位)的不同抗體的多克隆抗體制劑相反，每個單克隆抗體針對抗原上的單個決定簇。本文的單克隆抗體具體包括“嵌合”抗體，其中重鏈和/或輕鏈的一部分與來源于特定物種或屬于特定抗體種類或亞類的抗體中相應的序列相同或同源，而該鏈的其余部分與來源于另一種物種或屬于另一種抗體種類或亞類的抗體中相應的序列相同或同源，只要其表現出需要的生物活性(美國專利號4,816,567；和morrison等，proc.natl.acad.sci.usa(美國國家科學院學報)81：6851-6855(1984))。非人(例如鼠)抗體的“人源化”形式是最低限度包含來源于非人免疫球蛋白的序列的嵌合抗體。在極大程度上，人源化抗體是這樣的人免疫球蛋白(接受體抗體)，其中所述接受體的高變區的殘基被具有需要的特異性、親和力和能力的非人物種(供體抗體)諸如小鼠、大鼠、兔或非人靈長類動物的高變區殘基替換。在一些情況中，人免疫球蛋白的框架區(fr)殘基被相應的非人殘基替換。此外，人源化抗體可包含在接受體抗體或供體抗體中不存在的殘基。進行這些修飾是為了進一步改進抗體的性能。一般而言，人源化抗體將包含基本上全部或至少一個、通常兩個這樣的可變結構域，其中所有或基本上所有的高變環對應于非人免疫球蛋白的高變環，且所有或基本上所有的frs是人免疫球蛋白序列的frs。人源化抗體任選還將包含至少部分免疫球蛋白恒定區(fc)，典型地是人免疫球蛋白的恒定區。更多細節參見jones等，nature(自然)321：522-525(1986)；riechmann等，nature(自然)332：323-329(1988)；和presta，curr.op.struct.biol.(結構生物學新觀點)2：593-596(1992)。還參見下述綜述論文及其中引用的參考文獻：vaswani和hamilton，ann.allergy，asthma&immunol.(過敏、哮喘和免疫學)1：105-115(1998)；harris，biochem.soc.transactions(生物化學學會學報)23：1035-1038(1995)；hurle和gross，curr.op.biotech.(現代生物技術觀點)5：428-433(1994)。“人抗體”是具有與由人產生的抗體的氨基酸序列對應的氨基酸序列的抗體和/或使用本文公開的任一種制備人抗體的技術制備的抗體。人抗體的這一定義特異性排除包含非人抗原結合殘基的人源化的抗體。“親和力成熟的”抗體指這樣的抗體，在該抗體的一個或多個互補決定區(cdrs)中具有一處或多處改變，導致該抗體對抗原的親和力與沒有這些改變的親本抗體相比有提高。優選的親和力成熟的抗體具有針對靶抗原的納摩爾或甚至皮摩爾的親和力。親和力成熟的抗體由本領域已知的方法制備。marks等，bio/technology(生物技術)10：779-783(1992)記述了通過vh和vl結構域改組進行的親和力成熟。cdr和/或構架殘基的隨機誘變記述在：barbas等，procnat.acad.sciusa(美國國家科學院學報)91：3809-3813(1994)；schier等，gene(基因)169：147-155(1995)；yelton等j.immunol.(免疫學雜志)155：1994-2004(1995)；jackson等，j.immunol.(免疫學雜志)154(7)：3310-9(1995)；和hawkins等j.mol.biol.(分子生物學雜志)226：889-896(1992)。“帶表位標簽的”多肽是指與“標簽多肽”融合的嵌合多肽。所述標簽提供這樣的表位，可以制備針對所述表位的抗體或針對所述表位的抗體是可獲得的，但是所述表位基本上不干擾多肽活性。為了減少抗-標簽抗體與內源性表位的反應性，所述標簽多肽通常是獨特的。適宜的標簽多肽通常具有至少六個氨基酸殘基，通常約8-50個氨基酸殘基，優選8-20個氨基酸殘基。表位標簽序列的實例包括來自甲型流感病毒(influenzaavirus)的ha，gd，和c-myc，聚-his和flag。“多核苷酸”或“核酸”在本文中可互換使用，是指任意長度的核苷酸的聚合物，并且包括，但不限于，dna和rna。核苷酸可以是脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸、修飾的核苷酸或堿基和/或其類似物、或可以通過dna或rna聚合酶或通過合成反應結合成聚合物的任意底物。多核苷酸可以包含修飾的核苷酸，諸如甲基化的核苷酸及其類似物。如果存在，可以在組裝聚合物之前或之后進行核苷酸的修飾。核苷酸的序列可以被非核苷酸成分中斷。多核苷酸可以在合成后進行進一步修飾，諸如通過綴合標記進行修飾。其他類型的修飾包括，例如，“帽”，用類似物置換一個或多個天然存在的核苷酸，中間核苷酸修飾，諸如例如具有不帶電荷的鍵的那些(例如，磷酸甲酯、磷酸三酯、磷酰胺(phosphoamidates)、氨基甲酸酯(cabamates)等)和具有帶電荷的鍵的那些(例如，硫代磷酸酯、二硫代磷酸酯等)，含有懸垂結構部分的那些，所述懸垂結構部分諸如例如，蛋白(例如，核酸酶、毒素、抗體、信號肽、聚-l-賴氨酸等)，具有嵌入劑(例如，吖啶、補骨脂素等)的那些，含有螯合劑(例如，金屬、放射性金屬、硼、氧化金屬等)的那些，含有烷化劑的那些，具有修飾的鍵的那些(例如，α異頭核酸等)以及未修飾形式的多核苷酸。此外，在糖中通常存在的任一羥基可以被替換，例如，被磷酸酯基(phosphonategroups)、磷酸鹽基(phosphategroups)替換，被標準的保護基保護，或被活化以產生針對另外的核苷酸的另外的鍵，或可以綴合到固體或半固體支持物上。5′和3′末端oh可以被磷酸化或被取代為1-20個碳原子的胺或有機加帽基團結構部分。其他羥基也可以被衍生為標準的保護基。多核苷酸還可以包含本領域通常已知的核糖或脫氧核糖的類似形式，包括，例如，2′-o-甲基-，2′-o-烯丙基，2’-氟-或2′-疊氮基-核糖，碳環糖類似物，α-異頭糖，差向異構體糖諸如阿拉伯糖、木糖或來蘇糖，吡喃糖，呋喃糖，景天庚酮糖，無環類似物和無堿基核苷類似物諸如甲基核苷。一個或多個磷酸二酯鍵可以被替換為備選的連接基團。這些備選的連接基團包括，但不限于，下述實施方案，其中磷酸酯被替換為p(o)s(″硫代酯″)，p(s)s(″二硫代酯″)，″(o)nr2(″酰胺化物″)，p(o)r，p(o)or′，co或ch2(″甲酰化物(formacetal)″)，其中每個r或r′獨立地是h或是任選地含有醚(--o--)鍵的取代的或未取代的烷基(1-20個c)，芳基，烯基，環烷基，環烯基或芳烷基(araldyl)。多核苷酸中的所有的鍵不需要是相同的。之前的描述適用于本文引用的所有多核苷酸，包括rna和dna。“寡核苷酸”用在本文中通常是指短的、一般是單鏈的、一般是合成的多核苷酸，其長度通常但不是必須地少于約200個核苷酸。術語“寡核苷酸”和“多核苷酸”不互相排除。上文關于多核苷酸的描述同等且完全適用于寡核苷酸。“控制序列”用在本文中是允許可操作連接的編碼序列在特定宿主生物體中表達的dna序列。原核控制序列包括啟動子、操縱子序列和核糖體結合位點。真核孔子和序列包括啟動子、多腺苷酸化信號和增強子。若核酸與另一核酸序列處于功能性關系中，則該核酸是“可操作連接”的。例如，若啟動子或增強子影響序列的轉錄，則其與該編碼序列可操作連接；或者，若核糖體結合位點的位置促進翻譯，則其與編碼序列可操作連接。通常，“可操作連接″指被連接的dna序列是相鄰的，而且在分泌前導序列的情況中指相鄰且處于相同閱讀框中。然而，增強子不必相鄰。術語“載體”當在本文中使用時是指能夠增殖與其相連的另一個核酸的核酸分子。該術語包括作為自我復制核酸結構的載體以及結合到已經引入其的宿主細胞的基因組中的載體。某些載體能夠指導與其可操作相連的核酸的表達。這樣的載體在本文中被稱為″表達載體″。術語“宿主細胞”、“宿主細胞系”和“宿主細胞培養物”可互換地使用并且是指其中引入外源核酸的細胞，包括所述細胞的后代。宿主細胞包括“轉化體”和“轉化的細胞”，其包括原代轉化的細胞和來源于其的后代，而不考慮傳代的次數。后代在核酸含量上可能與親本細胞不完全相同，而是可以包含突變。本文中包括與在最初轉化的細胞中篩選或選擇的具有相同功能或生物活性的突變體后代。除非另外說明，術語“bace1”當在本文中使用時是指來自任何脊椎動物來源(包括哺乳動物如靈長類動物(例如人)和嚙齒類動物(例如，小鼠和大鼠))的任何天然β-分泌酶1(也被稱為β-位淀粉狀蛋白前體蛋白切割酶1，膜相關天冬氨酸蛋白酶2，memapsin2，天冬氨酰蛋白酶2或asp2)。該術語包括“全長”未加工的bace1以及由細胞內加工產生的任何形式的bace1。該術語還包括天然存在的bace1的變體，例如，剪接變體或等位變體。示例性bace1多肽的氨基酸序列顯示在以下seqidno：1中，并且有人bace1、同種型a的序列，如在vassar等，science(科學)286：735-741(1999)中報道的，該文獻通過引用完整地結合于本文中。maqalpwlllwmgagvlpahgtqhgirlplrsglggaplglrlpretdeepeepgrrgsfvemvdnlrgksgqgyyvemtvgsppqtlnilvdtgssnfavgaaphpflhryyqrqlsstyrdlrkgvyvpytqgkwegelgtdlvsiphgpnvtvraniaaitesdkffingsnwegilglayaeiarpddslepffdslvkqthvpnlfslqlcgagfplnqsevlasvggsmiiggidhslytgslwytpirrewyyeviivrveingqdlkmdckeynydksivdsgttnlrlpkkvfeaavksikaasstekfpdgfwlgeqlvcwqagttpwnifpvislylmgevtnqsfritilpqqylrpvedvatsqddcykfaisqsstgtvmgavimegfyvvfdrarkrigfavsachvhdefrtaavegpfvtldmedcgynipqtdestlmtiayvmaaicalfmlplclmvcqwcclrclrqqhddfaddisllk(seqidno：1)存在人bace1的一些其他的同種型，包括同種型b，c和d，以下分別顯示為seqidno：2，seqidno：3和seqidno：4。參見uniprotkb/swiss-protentryp56817，其通過引用完整地結合于本文中。maqalpwlllwmgagvlpahgtqhgirlplrsglggaplglrlpretdeepeepgrrgsfvemvdnlrgksgqgyyvemtvgsppqtlnilvdtgssnfavgaaphpflhryyqrqlsstyrdlrkgvyvpytqgkwegelgtdlvsiphgpnvtvraniaaitesdkffingsnwegilglayaeiarlcgagfplnqsevlasvggsmiiggidhslytgslwytpirrewyyeviivrveingqdlkmdckeynydksivdsgttnlrlpkkvfeaavksikaasstekfpdgfwlgeqlvcwqagttpwnifpvislylmgevtnqsfritilpqqylrpvedvatsqddcykfaisqsstgtvmgavimegfyvvfdrarkrigfavsachvhdefrtaavegpfvtldmedcgynipqtdestlmtiayvmaaicalfmlplclmvcqwcclrclrqqhddfaddisllk(seqidno：2)maqalpwlllwmgagvlpahgtqhgirlplrsglggaplglrlpretdeepeepgrrgsfvemvdnlrgksgqgyyvemtvgsppqtlnilvdtgssnfavgaaphpflhryyqrqlsstyrdlrkgvyvpytqgkwegelgtdlpddslepffdslvkqthvpnlfslqlcgagfplnqsevlasvggsmiiggidhslytgslwytpirrewyyeviivrveingqdlkmdckeynydksivdsgttnlrlpkkvfeaavksikaasstekfpdgfwlgeqlvcwqagttpwnifpvislylmgevtnqsfritilpqqylrpvedvatsqddcykfaisqsstgtvmgavimegfyvvfdrarkrigfavsachvhdefrtaavegpfvtldmedcgynipqtdestlmtiayvmaaicalfmlplclmvcqwcclrclrqqhddfaddisllk(seqidno：3)maqalpwlllwmgagvlpahgtqhgirlplrsglggaplglrlpretdeepeepgrrgsfvemvdnlrgksgqgyyvemtvgsppqtlnilvdtgssnfavgaaphpflhryyqrqlsstyrdlrkgvyvpytqgkwegelgtdllcgagfplnqsevlasvggsmiiggidhslytgslwytpirrewyyeviivrveingqdlkmdckeynydksivdsgttnlrlpkkvfeaavksikaasstekfpdgfwlgeqlvcwqagttpwnifpvislylmgevtnqsfritilpqqylrpvedvatsqddcykfaisqsstgtvmgavimegfyvvfdrarkrigfavsachvhdefrtaavegpfvtldmedcgynipqtdestlmtiayvmaaicalfmlplclmvcqwcclrclrqqhddfaddisllk(seqidno：4)同種型b顯示在seqidno：2中，并且與同種型a(seqidno：1)不同之處在于缺少氨基酸190-214(即，缺失seqidno：1的氨基酸190-214)。同種型c顯示在seqidno：3中，并且與同種型a(seqidno：1)不同之處在于缺少氨基酸146-189(即，缺失seqidno：1的氨基酸146-189)。同種型d顯示在seqidno：4中，并且與同種型a(seqidno：1)不同之處在于缺少氨基酸146-189和190-214(即，缺失seqidno：1的氨基酸146-189和190-214)。術語“肽”通常是指通過肽鍵連接的相鄰的且相對短的氨基酸序列。典型地，但是不是必需的，肽具有約2-50個氨基酸、4-40個氨基酸或10-30個氨基酸的長度。盡管術語“多肽”通常是指較長形式的肽，但是這兩個術語在本發明的一些情形中可以互換使用并且已經互換使用。術語“氨基酸”和“殘基”在本文中互換使用。多肽的“區域”是2個以上氨基酸的相鄰序列。在其他實施方案中，區域是至少約任意3，5，10，15個相鄰的氨基酸。“c端區”、“c端序列”及其變化形式用在本文中是指位于或緊鄰多肽的c端末端的氨基酸序列。通常，該序列包含具有游離羧基的氨基酸。在一個實施方案中，c端區或序列是指包含位于最接近多肽的c端的約1-15個殘基的多肽區域。“n端區”、“n端序列”及其變化形式用在本文中是指位于或緊鄰多肽的n端末端的氨基酸序列。通常，該序列包含具有游離氨基的氨基酸。在一個實施方案中，n端區或序列是指包含位于最接近多肽的n端的約1-15個殘基的多肽區域。“中間區”、“中間序列”及其變化形式用在本文中是指位于多肽內并且在其n端和c端兩端側連不是該序列的一部分的一個或多個氨基酸的氨基酸序列。通常，該序列不包含具有游離的羧基或氨基的氨基酸。在一個實施方案中，中間區或序列是指包含位于多肽內的約1-15個殘基的多肽區域，其中所述區域不包含c端或n端氨基酸。“親和力”指分子的單一結合位點與其結合配偶體之間全部非共價相互作用總和的強度。除非另有說明，在用于本文時，“結合親和力”指反映結合對的成員之間1∶1相互作用的內在結合親和力。分子x對其配偶體y的親和力通常可用解離常數(kd)來表述。親和力可通過本領域已知的常用方法來測量，包括本文中所描述的那些方法。下文記述了用于測量結合親和力的具體舉例說明的和示例性的實施方案。“融合蛋白”是指具有共價連接在一起的兩部分的多肽，其中每個部分來源于不同的蛋白。這兩個部分可以通過單一肽鍵直接連接或通過包含一個或多個氨基酸殘基的肽接頭連接。通常，這兩個部分和接頭彼此處在一個閱讀框中，并且使用重組技術產生。“病癥”或“病理病況”是能夠受益于本發明的物質/分子或方法的任意病況。這包括慢性和急性病癥或疾病，包括使哺乳動物易受討論病癥的影響的病理病況。本文中待治療的病癥的非限制性的實例包括神經病癥。術語“神經病癥”或“神經疾病”是指或描述哺乳動物的中樞和/或周圍神經系統的疾病或病癥。神經病癥的實例包括但不限于下述列表的疾病和病癥。神經病病癥是特征在于不適當的或不受控制的神經信號傳導或缺乏神經信號傳導的神經系統疾病或異常，并且包括但不限于，慢性疼痛，包括感受傷害的疼痛(由對身體組織的損傷引起的疼痛，包括癌相關的疼痛)，神經性疼痛(由神經、脊髓或腦中的異常引起的疼痛)，和精神性疼痛(完全或大部分相關于心理障礙)，頭痛，偏頭痛(migraine)，神經病，以及常常伴隨這樣的神經病病癥的癥狀和綜合征如眩暈或惡心。淀粉狀變性是一組與在cns中的細胞外蛋白質沉積相關的疾病和病癥，其包括但不限于，繼發性淀粉狀變性，年齡相關性淀粉狀變性，阿爾茨海默病(ad)，輕度認知損傷(mildcognitiveimpairment，mci)，雷維小體癡呆，唐氏綜合征，遺傳性腦出血伴淀粉狀變性(荷蘭型)；關島帕金森-癡呆并發癥，腦淀粉狀血管病，亨廷頓病，進行性核上性麻痹，多發性硬化；克-雅病，帕金森病，傳染性海綿狀腦病，hiv相關癡呆，肌萎縮性脊髓側索硬化癥(als)，包涵體肌炎(inclusion-bodymyositis，ibm)，和涉及β-淀粉狀蛋白沉積的眼病(即，黃斑變性，玻璃疣相關視神經病變和白內障(cataract))。cns的癌癥特征在于一個或多個cns細胞(即，神經細胞)的異常增殖，并且包括但不限于，膠質瘤(glioma)，多形性膠質母細胞瘤(glioblastomamultiforme)，腦膜瘤(meningioma)，星細胞瘤(astrocytoma)，聽神經瘤(acousticneuroma)，軟骨瘤(chondroma)，少突神經膠質瘤(oligodendroglioma)，成神經管細胞瘤(medulloblastomas)，神經節神經膠質瘤(ganglioglioma)，神經鞘瘤(schwannoma)，神經纖維瘤(neurofibroma)，成神經細胞瘤(neuroblastoma)和硬膜外、髓內或硬膜內腫瘤。眼疾病或病癥是眼睛的疾病或病癥，為本文的目的，眼睛被視為受制于bbb的cns器官。眼病或病癥包括但不限于，鞏膜、角膜、虹膜和睫狀體的病癥(即，鞏膜炎(scleritis)、角膜炎(keratitis)、角膜潰瘍(cornealulcer)，角膜擦傷(cornealabrasion)，雪盲(snowblindness)，電光性眼炎(arceye)，thygeson淺層點狀角膜病變(thygeson’ssuperficialpunctatekeratopathy)，角膜新生血管化(cornealneovascularisation)，富克斯營養不良(fuchs’dystrophy)，圓錐形角膜(keratoconus)，干燥性角膜結膜炎(keratoconjunctivitissicca)，虹膜炎(iritis)和葡萄膜炎(uveitis))，晶狀體的病癥(即，白內障(cataract))，脈絡膜和視網膜的病癥(即，視網膜脫離(retinaldetachment)，視網膜劈裂癥(retinoschisis)，高血壓性視網膜病變(hypertensiveretinopathy)，糖尿病視網膜病變(diabeticretinopathy)，視網膜病(retinopathy)，早產兒視網膜病，老年性黃斑變性(age-relatedmaculardegeneration)，黃斑變性(maculardegeneration)(濕性或干性)，視網膜外膜(epiretinalmembrane)，色素性視網膜炎(retinitispigmentosa)和黃斑水腫(macularedema))，青光眼(glaucoma)，懸浮物(floaters)，視神經和視覺通路的病癥(即，萊伯遺傳性視神經病(leber’shereditaryopticneuropathy)和視覺盤玻璃疣(opticdiscdrusen))，眼肌/雙眼移動調節/折射的病癥(即，斜視(strabismus)，眼肌癱瘓(ophthalmoparesis)，進行性外部眼肌麻痹(progressiveexternalopthalmoplegia)，內斜視(esotropia)，外斜視(exotropia)，遠視(hypermetropia)，近視(myopia)，散光(astigmatism)，屈光不正(anisometropia)，老花眼(presbyopia)和眼肌麻痹(ophthalmoplegia))，視覺障礙和失明(即，弱視(amblyopia)，萊伯先天性黑矇(lever’scongenitalamaurosis)，暗點(scotoma)，色盲(colorblindness)，全色盲(achromatopsia)，夜盲癥(nyctalopia)，失明(blindness)，河盲(riverblindness)和微眼炎/缺損(micro-opthalmia/coloboma))，紅眼，阿蓋耳羅伯遜瞳孔(argyllrobertsonpupil)，角膜真菌病(keratomycosis)，干眼病(xerophthalmia)和無虹膜(aniridia)。cns的病毒或微生物感染包括但不限于由以下引起的感染，病毒(即，流感，hiv，脊髓灰質炎病毒，風疹)，細菌(即，奈瑟氏球菌屬物種(neisseriasp.)，鏈球菌屬物種(streptococcussp.)，假單胞菌屬物種(pseudomonassp.)，變形菌屬物種(proteussp.)，大腸桿菌(e.coli)，金黃色葡萄球菌(s.aureus)，肺炎球菌屬物種(pneumococcussp.)，腦膜炎球菌屬物種(meningococcussp.)，嗜血桿菌屬物種(haemophilussp.)和結核分枝桿菌(mycobacteriumtuberculosis))和其他微生物如真菌(即，酵母，新型隱球菌(cryptococcusneoformans))，寄生蟲(即，弓形蟲(toxoplasmagondii))或變形蟲(amoebas)，其導致cns病理生理學，包括但不限于，腦膜炎，腦炎，脊髓炎，血管炎和膿腫(abscess)，其可以是急性的或慢性的。cns的炎癥是這樣的炎癥，其由對cns的損傷導致，所述損傷可以是物理損傷(即，由于事故，手術，腦創傷，脊髓損傷，腦震蕩(concussion)所致的)或由于或相關于一種或多種cns的其他疾病或病癥(即，膿腫，癌癥，病毒或微生物感染)的損傷。當用于本文中時，cns的缺血是指一組這樣的病癥，其相關于腦部的異常血流或血管行為或其病因，并且包括但不限于，局部腦缺血(focalbrainischemia)，全局腦缺血(globalbrainischemia)，卒中(即，蛛網膜下出血(subarachnoidhemorrhage)和腦內出血(intracerebralhemorrhage))，和動脈瘤(aneurysm)。神經退行性疾病是一組這樣的疾病和病癥，其與cns中神經細胞喪失功能或死亡相關，并且包括但不限于，腎上腺腦白質營養不良(adrenoleukodystrophy)，亞歷山大病，阿爾珀斯病(alper’sdisease)，肌萎縮性側索硬化，運動失調性毛細血管擴張癥(ataxiatelangiectasia)，batten病(battendisease)，科凱恩綜合征，基層皮質變性(corticobasaldegeneration)，由淀粉狀變性引起或與其相關的變性，弗里德賴希共濟失調癥(friedreich’sataxia)，額顳葉變性(frontotemporallobardegeneration)，肯尼迪病(kennedy’sdisease)，多系統萎縮，多發性硬化，原發性側索硬化，進行性核上性麻痹，脊髓性肌萎縮，橫貫性脊髓炎，雷夫敘姆病(refsum’sdisease)和脊髓小腦性共濟失調。cns的發作疾病和病癥涉及cns中的不適當和/或異常電導，并且包括但不限于，癲癇(epilepsy)(即，失神發作(absenceseizures)，失張力發作(atonicseizures)，良性運動性癲癇(benignrolandicepilepsy)，兒童期失神(childhoodabsence)，陣攣發作(clonicseizures)，復雜部分發作(complexpartialseizures)，額葉性癲癇(frontallobeepilepsy)，發熱性癲癇發作(febrileseizures)，嬰兒痙攣(infantilespasms)，少年肌陣攣性癲癇(juvenilemyoclonicepilepsy)，青少年期失神癲癎(juvenileabsenceepilepsy)，倫-格綜合征(lennox-gastautsyndrome)，蘭-克綜合征(landau-kleffnersyndrome)，dravet綜合征(dravet’ssyndrome)，otahara綜合征(otaharasyndrome)，west綜合征(westsyndrome)，肌肉陣攣性發作(myoclonicseizures)，線粒體病(mitochondrialdisorders)，進行性肌陣攣性癲癇(progressivemyoclonicepilepsies)，精神性發作(psychogenicseizures)，反射性癲癇(reflexepilepsy)，rasmussen綜合征(rasmussen′ssyndrome)，簡單部分發作(simplepartialseizures)，繼發性全身性癲癇發作(secondarilygeneralizedseizures)，顳葉癲癇(temporallobeepilepsy)，陣攣性發作(toniclonicseizures)，強直發作(tonicseizures)，精神運動發作(psychomotorseizures)，邊緣葉癲癇(limbicepilepsy)，部分性癲癇發作(partial-onsetseizures)，全身發作性癲癇發作(generalized-onsetseizures)，癲癇持續狀態(statusepilepticus)，腹型癲癇(abdominalepilepsy)，失神型發作(akineticseizures)，植物神經性發作(autonomicseizures)，大量雙側肌陣攣(massivebilateralmyoclonus)，月經性癲癇(catamenialepilepsy)，跌倒發作(dropseizures)，情緒性發作(emotionalseizures)，病灶性發作(focalseizures)，發笑發作(gelasticseizures)，賈克森擴布(jacksonianmarch)，拉福拉病(laforadisease)，運動性發作(motorseizures)，多病灶性發作(multifocalseizures)，夜發作(nocturnalseizures)，光敏性發作(photosensitiveseizure)，假性發作(pseudoseizures)，感覺性發作(sensoryseizures)，微小發作(subtleseizures)，sylvan發作(sylvanseizures)，戒斷發作(withdrawalseizures)和視反射發作(visualreflexseizures))。行為障礙是這樣的cns病癥，其特征為就受折磨的受試者而言的異常行為，并且包括但不限于，睡眠障礙(sleepdisorders)(即，失眠(insomnia)，深眠狀態(parasomnias)，夜驚(nightterrors)，晝夜節律睡眠障礙(circadianrhythmsleepdisorders)，和發作性睡病(narcolepsy))，心境障礙(mooddisorders)(即，抑郁(depression)，自殺性抑郁(suicidaldepression)，焦慮(anxiety)，慢性情感障礙(chronicaffectivedisorders)，恐怖病(phobias)，驚恐發作(panicattacks)，強迫性障礙(obsessive-compulsivedisorder)，注意力缺陷伴多動障礙(attentiondeficithyperactivitydisorder，adhd)，注意缺陷障礙(attentiondeficitdisorder，add)，慢性疲勞綜合征(chronicfatiguesyndrome)，廣場恐怖癥(agoraphobia)，創傷后應激障礙(post-traumaticstressdisorder)，雙相性精神障礙(bipolardisorder))，進食障礙(即，厭食癥(anorexia)或貪食癥(bulimia))，精神病(psychoses)，發育行為障礙(developmentalbehavioraldisorders)(即，自閉癥(autism)，雷特綜合征(rett’ssyndrome)，aspberger綜合征(aspberger’ssyndrome))，人格障礙和精神障礙(即，精神分裂癥(schizophrenia)，妄想障礙(delusionaldisorder)等)。溶酶體貯積癥(lysosomalstoragedisorders)是代謝病癥，在一些情況中其與cns相關或具有cns特異性癥狀；這樣的病癥包括但不限于泰-薩克斯病(tay-sachsdisease)，戈謝病(gaucher’sdisease)，法布里病(fabrydisease)，粘多糖貯積癥(i，ii，iii，iv，v，vi和vii型)，糖原貯積病(glycogenstoragedisease)，gm1神經節苷脂貯積癥(gm1-gangliosidosis)，異染性腦白質病變(metachromaticleukodystrophy)，farber病(farber’sdisease)，卡納范腦白質營養不良(canavan’sleukodystrophy)和1型和2型神經元蠟樣脂褐素沉積癥(neuronalceroidlipofuscinoses)，尼曼-皮克病(niemann-pickdisease)，pompe病(pompedisease)和克拉伯病(krabbe’sdisease)。用于本文時，“治療”指在嘗試改變待治療的個體或細胞的天然進程中的臨床干預，并且可以為了預防或在臨床病理學的進程中進行。治療的理想效果包括但不限于防止疾病發生或復發，緩和癥狀，消除疾病的任何直接或間接病理學后果，防止轉移，減少疾病進展速率，改善或減輕疾病狀態，和癥狀緩解或改善的預后。在一些實施方案中，將本發明的調節性化合物用于延緩疾病或病癥的發展。“個體”或“受試者”是哺乳動物。哺乳動物包括但不限于，家養動物(例如，牛，羊，貓，狗和馬)，靈長類動物(例如，人和非人靈長類動物如猴)，兔以及嚙齒類動物(例如，小鼠和大鼠)。在某些實施方案中，個體或受試者是人。″有效量″是指在需要的劑量和時間階段有效獲得所需的治療或預防結果的量。本發明的物質/分子、激動劑或拈抗劑的“治療有效量”可以按照諸如個體的疾病狀態、年齡、性別和體重、以及所述物質/分子、激動劑或拈抗劑在所述個體中激發需要的反應的能力而變化。治療有效量也是這樣的量：其中治療有益效果超過了所述物質/分子、激動劑或拈抗劑的任意毒性或有害的作用。“預防有效量”是指在需要的劑量和時間階段有效獲得需要的預防結果的量。典型地，但不是必需地，由于預防劑量是在疾病之前或在疾病的早期階段用于受試者，因此，所述預防有效量將少于治療有效量。術語“藥物制劑”指這樣的制劑，其以允許包含在其中的活性成分的生物活性有效的形式存在，并且不包含對施用所述制劑的受試者具有不可接受的毒性的另外的成分。“藥用載體”是指藥物制劑中除活性成分之外的成分，其對受試者是無毒的。藥用載體包括但不限于緩沖劑、賦形劑、穩定劑或防腐劑。術語“包裝說明書”用于指通常包括在治療產品的商品包裝中的使用說明，其包含關于適應證、用法、劑量、給藥、組合療法、禁忌癥的信息和/或關于使用這樣的治療產品的警告。術語“細胞毒性劑”用在本發明中指抑制或防止細胞功能和/或引起細胞死亡或破壞的物質。細胞毒性劑包括但不限于：放射性同位素(例如，at211，i131，i125，y90，re186，re188，sm153，bi212，p32，pb212和lu的放射性同位素)；化療劑或藥物(例如，甲氨蝶呤(methotrexate)，阿霉素(adriamicin)，長春花生物堿(vincaalkaloids)(長春新堿(vincristine)，長春堿(vinblastine)，依托泊苷(etoposide))，多柔比星(doxorubicin)，美法侖(melphalan)，絲裂霉素c(mitomycinc)，苯丁酸氮芥(chlorambucil)，柔紅霉素(daunorubicin)或其它嵌入劑)；生長抑制劑；酶及其片段如核酸水解酶；抗生素；毒素如小分子毒素或細菌、真菌、植物或動物來源的酶促活性毒素，包括其片段和/或變體；和下面公開的各種抗腫瘤或抗癌劑。發明的組合物和方法a.本發明的肽和多肽在一方面中，本發明部分基于結合bace1并且降低和/或抑制bace1活性的肽/多肽。在某些實施方案中，提供結合到bace1的活性位點或外結合位點的抗體。本發明的bace1結合肽包括表2和圖2中所述的那些。本發明還提供突變體或變體肽，其殘基的任一個可以由這些肽的相對應的殘基改變，同時仍然編碼保留抑制活性的肽。在一個實施方案中，結合肽/多肽的變體與參比結合肽/多肽具有至少50％，60％，70％，80％，90％，95％，98％，99％的氨基酸序列同一性。通常，所述變體表現出與參比結合肽/多肽基本上相同的或更大的結合親和力，例如，基于本領域接受的結合測定定量單位/計量，是參比結合肽/多肽的結合親和力的至少0.75x，0.8x，0.9x，1.0x，1.25x或1.5x。通常，本發明的變體包括這樣的變體，其中序列中特定位置的殘基被其他氨基酸置換，并且還包括在親本肽/多肽的兩個殘基之間插入另外一個或多個殘基的可能性以及從親本序列刪除一個或多個殘基或向親本序列中添加一個或多個殘基的可能性。本發明包括任意的氨基酸置換、插入或缺失。在特定的情形中，所述置換是如本文所述的保守置換。“百分比(％)氨基酸序列同一性”定義為比對兩條序列時與參比(親本)多肽序列中的氨基酸殘基相同的氨基酸殘基的百分數。為了確定％氨基酸同一性，比對序列，并且，如果需要，導入空位以獲取最大％序列同一性；不將保守置換視為序列同一性的部分。確定百分比同一性的氨基酸序列比對方法是本領域技術人員已知的。通常使用公眾可得到的計算機軟件如blast、blast2、align2或megalign(dnastar)軟件來比對肽序列。本領域技術人員可以決定測量比對的適宜參數，包括對所比較的序列全長獲得最大比對所需的任何算法。當比對氨基酸序列時，給定的氨基酸序列a相對于、與或針對給定的氨基酸序列b的％氨基酸序列同一性(或者可以這樣說：給定氨基酸序列a具有或含有相對于、與或針對給定氨基酸序列b的特定的％氨基酸序列同一性)可以如下計算：％氨基酸序列同一性＝x/y′100其中x是用a和b的序列比對程序或算法比對中評分為相同匹配的氨基酸殘基數，并且y是b中的氨基酸殘基總數。如果當氨基酸序列a的長度與氨基酸序列b的長度不相等，則a相對于b的％氨基酸序列同一性將不等于b相對于a的％氮基酸序列同一性。“分離的”或“純化的”肽、多肽、蛋白或生物活性片段與其天然環境的成分分開和/或回收。污染成分包括通常會干擾該多肽的診斷或治療用途的物質，可能包括酶、激素、和其它蛋白質性質或非蛋白質性質的物質。具有優選少于30干重％的不需要的污染物質(污染物)、優選少于20％、10％且優選少于5％的污染物的制劑認為是基本上分離的。分離的、重組產生的肽/多肽或其生物活性部分優選基本上不含培養基，即，培養基占優選少于20％、優選少于約10％且優選少于約5％的肽/多肽制劑的體積。污染物的實例包括細胞碎片、培養基和在體外合成所述肽/多肽過程中所用的和產生的物質。肽/多肽的保守置換在表a中以“優選的置換”的標題顯示。如果這樣的置換導致生物活性改變，那么可以引入表a中命名為“示例性置換”的更多實質性變化，且如下文關于氨基酸種類進一步描述，并篩選產物。表1原始殘基示例性置換優選的置換ala(a)val；leu；ilevalarg(r)lys；hislysasn(n)gln；his；asp，lys；argglnasp(d)glu；asnglucys(c)ser；alasergln(q)asn；gluasnglu(e)asp；glnaspgly(g)alaalahis(h)asn；gln；lys；argargile(i)leu；val；met；ala；phe；正亮氨酸leuleu(l)正亮氨酸；ile；val；met；ala；pheilelys(k)arg；gln；asnargmet(m)leu；phe；ileleuphe(f)trp；leu；val；ile；ala；tyrtyrpro(p)alaalaser(s)thrthrthr(t)val；sersertrp(w)tyr；phetyrtyr(y)trp；phe；thr；serpheval(v)ile；leu；met；phe；ala；正亮氨酸leu可根據常見側鏈特性將氨基酸分組：(1)疏水性：正亮氨酸，met，ala，val，leu，ile；(2)中性親水性：cys，ser，thr，asn，gln；(3)酸性：asp，glu；(4)堿性：his，lys，arg；(5)影響鏈取向的殘基：gly，pro；(6)芳香性：trp，tyr，phe。氨基酸還可以根據常見的測量尺寸進行分組，例如，分成小氨基酸(glyala，ser，pro，thr，asp，asn)或大體積疏水氨基酸(met，ile，leu)。肽/多肽的生物特性的實質性修飾通過選擇這樣的置換而實現，所述置換在其對維持下列各項的作用方面顯著不同：(a)在所述置換區的多肽骨架的結構，例如，作為折疊或螺旋構象，(b)在靶位點處分子的電荷或疏水性，或(c)側鏈的大小。非保守性置換將需要將這些種類中的一類的成員與另一種類交換。在其他實施方案中，本發明的肽或多肽可以包含一個或多個非天然存在的或修飾的氨基酸。“非天然存在的氨基酸殘基”是指不同于上文列出的那些天然存在的氨基酸殘基的殘基，其能夠共價結合多肽鏈中的相鄰的氨基酸殘基。非天然氨基酸包括但不限于，高賴氨酸，高精氨酸，高絲氨酸，鈴蘭氨酸，2-氨基己二酸，3-氨基己二酸，β-丙氨酸，氨基丙酸，2-氨基丁酸，4-氨基丁酸，6-氨基己酸，2-氨基庚酸，2氨基異丁酸，3-氨基異丁酸，2-氨基庚二酸，叔丁基甘氨酸，2，4-二氨基異丁酸，鎖鏈素，2，2’-二氨基庚二酸，2，3-二氨基丙酸，n-乙基甘氨酸，n-乙基天冬酰胺，高脯氨酸，羥基賴氨酸，別-羥基賴氨酸，3-羥基脯氨酸，4-羥基脯氨酸，異鎖鏈素，別-異亮氨酸，n-甲基丙氨酸，n-甲基甘氨酸，n-甲基異亮氨酸，n-甲基戊基甘氨酸，n-甲基纈氨酸，naphthalanine，正纈氨酸，正亮氨酸，鳥氨酸，瓜氨酸，戊基甘氨酸，哌可酸和硫代脯氨酸。修飾的氨基酸包括天然的和非天然的氨基酸，在在其n端氨基基團或其側鏈基團被可逆地或不可逆地化學封閉或修飾，諸如例如，n甲基化的d和l氨基酸，其側鏈官能團被化學修飾為另一種官能團。例如，修飾的氨基酸包括甲硫氨酸亞砜；甲硫氨酸砜；天冬氨酸-(β-甲酯)，天冬氨酸的修飾的氨基酸；n-乙基甘氨酸，甘氨酸的修飾的氨基酸；或丙氨酸羧酰胺(alaninecarboxamide)和丙氨酸的修飾的氨基酸。另外的非天然和修飾的氨基酸，以及將其結合到蛋白和肽中的方法在本領域中是已知的(參見，例如，sandberg等，(1998)j.med.chem.(醫學化學雜志)41：2481-91；xie和schultz(2005)curr.opin.chem.biol.(現代化學生物學觀點)9：548-554；hodgson和sanderson(2004)chem.soc.rev.(化學學會綜述)33：422-430)。b.載體構建編碼本文所述的肽和多肽的多核苷酸序列可以使用標準的合成和/或重組技術獲得。可以從適當來源的細胞分離需要的多核苷酸序列并且測序。用于抗體的來源細胞包括產生抗體的細胞，如雜交瘤細胞。備選地，可以使用核苷酸合成儀或pcr技術合成多核苷酸。一旦獲得，將編碼所述肽或多肽的序列插入到能夠在宿主細胞中復制并表達異源多核苷酸的重組載體中。本領域可用的和已知的多種載體可以用于本發明目的。選擇適當的載體主要取決于要插入到載體中的核酸的尺寸和要轉化所述載體的特定的宿主細胞。取決于其功能(擴增或表達異源多核苷酸，或二者)及其與其停留在其中的特定宿主細胞的互補性，每個載體包含多種成分。載體成分通常包括但不限于：復制起點(特別是當載體插入到原核細胞中時)、選擇標記基因、啟動子、核糖體結合位點(rbs)、信號序列、異源核酸插入物和轉錄終止序列。通常，包含來源于物種的與宿主細胞相容的復制子和控制序列的質粒載體與這些宿主聯合使用。載體通常攜帶復制位點，以及能夠在轉化的細胞中提供表型選擇的標記序列。例如，大腸桿菌(e.coli)通常用來源于大腸桿菌物種的質粒pbr322轉化。pbr322包含編碼氨芐青霉素(amp)和四環素(amp)抗性的基因，并且因此提供鑒定轉化的細胞的容易的方法。pbr322、其衍生物或其他微生物質粒或噬菌體還可以包含或者被修飾從而包含可以被所述微生物生物體用來表達內源性蛋白的啟動子。另外，包含與宿主微生物相容的復制子和控制序列的噬菌體載體可以用作與這些宿主聯系使用的轉化載體。例如，諸如.λ.gfmtm-11的噬菌體可以用于制備能夠用于轉化敏感宿主細胞諸如大腸桿菌le392的重組載體。組成型或誘導型的啟動子可用于本發明，按照具體情形的需要，這可以由本領域技術人員來確定。由多種潛在的宿主細胞識別的大量的啟動子是公知的。通過限制性酶消化去除源dna的啟動子，并且將分離的啟動子序列插入到選擇的載體中，可以將所選擇的啟動子可操作地與編碼本文所述的多肽的順反子dna連接。天然啟動子序列和多種異源啟動子序列都可以用來引導靶基因的擴增和/或表達。然而，優選異源啟動子，原因在于，與天然的靶多肽啟動子相比，其通常允許更多的轉錄和所表達的靶基因的更高的產率。適合與原核宿主一起使用的啟動子包括phoa啟動子，.β.-半乳糖苷酶(β-galactamase)和乳糖啟動子系統，色氨酸(trp)啟動子系統和雜化的啟動子諸如tac或trc啟動子。然而，在細菌中起作用的其他啟動子(諸如其他已知的細菌或噬菌體啟動子)也是適合的。其核苷酸序列已經公布，由此允許技術人員使用提供任意需要的限制性位點的接頭或銜接子將其可操作性地連接到編碼靶標輕鏈和重鏈的順反子上(siebenlist等(1980)cell(細胞)20：269)。在一些實施方案中，重組載體中的每個順反子包含指導所表達的多肽穿過膜易位的分泌信號序列元件。一般地，信號序列可以是載體的元件，或者其可以是插入到載體中的靶多肽dna的一部分。為本發明的目的選擇的信號序列熒光是由宿主細胞識別和加工(即，通過信號肽切割)的一種信號序列。對于原核宿主細胞，其不識別和加工異源多肽本身所有的信號序列，該信號序列替換為原核信號序列，例如，其選自由下列組成的組：堿性磷酸酶，青霉素酶，ipp，或熱穩定性腸毒素ii(stii)前導物，lamb，phoe，pelb，ompa和mbp。適于表達多肽的原核宿主細胞包括古細菌(archaebacteria)和真細菌(eubacteria)，諸如革蘭氏陰性或革蘭氏陽性微生物。可用的細菌的實例包括埃希氏菌屬(escherichia)(例如，大腸桿菌)，桿菌(例如，枯草芽孢桿菌(b.subtilis))，腸細菌(enterobacteria)，假單胞菌屬(pseudomonas)物種(例如，銅綠假單胞菌(p.aeruginosa))，鼠傷寒沙門氏菌(salmonellatyphimurium)，粘質沙雷氏菌(serratiamarcescans)，克雷伯氏菌屬(klebsiella)，變形菌屬(proteus)，志賀菌屬(shigella)，根瘤菌屬(rhizobia)，透明顫菌屬(vitreoscilla)或副球菌屬(paracoccus)。優選地，使用革蘭氏陰性細胞。優選地，宿主細胞應該分泌少量蛋白水解酶，并且可能需要在細胞培養物中加入另外的蛋白酶抑制劑。c.肽或多肽產生將宿主細胞轉化或轉染上述表達載體并且在已被改進適于誘導啟動子、選擇轉化體或擴增編碼需要的序列的基因的常規培養基中培養。轉染是指由宿主細胞攝取表達載體，不管實際上是否表達任意的編碼序列。多種轉染方法是本領域普通技術人員已知的，例如，capo4沉淀法和電穿孔法。通常在宿主細胞中發生操作該載體的任意指示時認識到轉染的成功。轉化意指將dna引入到原核宿主中，從而是dna作為染色體外元件或染色體成分而復制。取決于所用的宿主細胞，轉化使用適于所述細胞的標準技術進行。使用氯化鈣的鈣處理通常用于含有大量細胞壁屏障的細菌細胞。另一種轉化方法利用聚乙二醇/dmso。所用的另一種技術是電穿孔。用于產生本發明的多肽的原核細胞在本領域已知的且適于培養所選擇的宿主細胞的培養基中生長。適宜的培養基的實例包括luria肉湯(lb)加必需的營養補充物。在優選的實施方案中，培養基還包含基于表達載體的構建而選擇的選擇試劑，以選擇性允許含有表達載體的原核細胞生長。例如，向培養基中加入氨芐青霉素用于表達氨芐青霉素抗性基因的細胞的生長。除了碳、氮和無機磷酸來源之外，還可以包括適當濃度的任意需要的補充物，單獨引入或作為與另一只補充物或培養基的混合物引入，諸如符合氮源。任選地，培養基可以包含一種或多種選自由下述組成的組的還原劑：谷胱甘肽，半胱氨酸，胱胺，硫膠質，二硫丁四醇和二硫蘇糖醇。原核宿主細胞在適當的溫度培養。對于大腸桿菌生長，例如，優選的溫度是在約20℃-約39℃的范圍內，更優選約25℃-約37℃，甚至更優選約30℃。培養基的ph可以是約5-約9范圍內的任意ph，這主要取決于宿主生物體。對于大腸桿菌，ph優選為約6.8-約7.4，并且更優選為約7.0。如果在表達載體中使用誘導型啟動子，則在適于激活所述啟動子的條件下誘導蛋白表達。例如，如果使用phoa啟動子來控制轉錄，則轉化的宿主細胞可以在磷酸鹽限制性培養基中培養用于誘導。根據所用的載體構建體，可以使用多種其他的誘導劑，這是本領域已知的。在微生物中表達的本文所述的多肽可以分泌到宿主細胞的周質中并且從中回收。蛋白回收典型地包括分解微生物，通常通過諸如滲壓休克(osmoticshock)、超聲或裂解的方式進行。一旦細胞被分解，則可以通過離心或過濾除去細胞碎片或全細胞。蛋白可以進一步純化，例如，通過親和樹脂層析純化。備選地，蛋白可以被轉運到培養基中并且從中分離。可以從培養物中去除細胞，并且過濾并濃縮培養物上清液，以進一步純化所產生的蛋白。表達的多肽可以使用常規已知的方法諸如在免疫親和或離子交換柱上分級分離；乙醇沉淀；反相hplc；在二氧化硅上或在陽離子交換樹脂如deae上層析；色譜聚焦；sds-page；硫酸銨沉淀；例如使用sephadexg-75的凝膠過濾；疏水親和樹脂，使用固定在基質上的適當的抗原的配體親和和蛋白質印跡測定進一步分離和鑒定。除了原核宿主細胞之外，本領域中也充分建立了真核宿主細胞系統。適當的宿主包括哺乳動物細胞系，諸如cho，和昆蟲細胞，諸如下文描述的那些。d.多肽/肽純化產生的多肽/肽可以進行純化以獲得對于進一步的測定和應用基本上是均質的制劑。可以使用本領域中已知的的標準蛋白純化方法。下述方法是適宜的純化方法的示例：在免疫親和或離子交換柱上分級分離，乙醇沉淀，反相hplc，在二氧化硅上或在陽離子交換樹脂如deae上層析，色譜聚焦，sds-page，硫酸銨沉淀，以及例如使用sephadexg-75的凝膠過濾。e.bace1調節劑的鑒定和表征-一般方法可以通過本領域已知的多種方法中的任一種鑒定候選bace1調節劑，例如，結合肽。調節劑的調節特征可以通過確定所述調節劑調節bace1與其結合配偶體(諸如底物app、或本發明的結合多肽)之間的相互作用的能力來評估。一種重要的特征是結合親和力。目的候選調節劑(例如肽)的結合特征可以以本領域已知的多種方法中的任一種進行評估。所述調節劑的抑制特征可以通過確定所述調節劑抑制bace1的生物活性(例如，蛋白水解活性)的能力來評估。方法中的起始步驟可以包括產生一種或多種包含目的序列的候選肽，然后在適于確定其bace1結合特征的條件下進行展示。例如，候選肽可以作為肽的羧基端(c端)展示文庫展示在噬菌體或噬菌粒表面上，例如，使用與外殼蛋白如p3或p8的蛋白融合體展示在絲狀噬菌體(噬菌粒)表面上。c端展示在本領域中是已知的。例如，參見jespers等，biotechnology(生物技術)(ny).13：378-82和wo00/06717。這些方法可以用于制備本發明的融合基因、融合蛋白、載體、重組噬菌體文庫、宿主細胞及其文庫。如本文所述，在一些實施方案中，將候選肽作為肽的氨基端(n端)展示文庫展示在噬菌體或噬菌粒表面上也可以是可行的。n端噬菌體(噬菌粒)展示的方法包括本文所述的那些，和本領域公知的那些，例如，如在美國專利號5,750,373(及其中引用的參考文獻)中所述。肽文庫在本領域中是公知的，并且也可以按照本領域方法制備。例如，參見clark等，美國專利號6,121,416。與異源蛋白成分如噬菌體外殼蛋白融合的肽的文庫在本領域中是公知的，例如，如clark等，同前所述中所述。表征通過這些方法獲得的結合劑分子的方法也是本領域中已知的，包括上文引用的參考文獻中公開的那些(jespers等，wo00/06717&美國專利號5,750,373)和本文所述的那些。第一肽結合劑的變體可以通過篩選所述肽的突變體以獲得目的特征(例如，增強的靶標結合親和力、增強的藥物代謝動力學、減少的毒性、改善的治療指數等)而產生。誘變技術是本領域公知的。此外，掃描誘變技術(諸如基于丙氨酸掃描的那些)可以特別有助于評估肽內單個氨基酸殘基的結構和/或功能重要性。1.分離針對bace1的結合噬菌體將具有展示的候選bace1結合肽的噬菌體展示文庫在體外與bace1蛋白或融合蛋白接觸，以確定該文庫中與bace1靶標結合的那些成員。可以使用技術人員已知的任何方法來評估體外蛋白結合。例如，可以進行1、2、3或4輪或更多輪結合選擇，之后分離單個噬菌體，并且任選地，在噬菌體elisa中分析。可以使用噬菌體elisa確定肽-展示噬菌體顆粒與固定的bace1靶蛋白的結合親和力(barrett等，(1992)analbiochem.(年度生物化學)204：357-64)。在評估候選子與已知的bace1結合劑競爭與bace1結合的能力的情形中，提供適當的結合競爭條件。例如，在一個實施方案中，在存在一種或多種濃度的已知的bace1結合劑的條件下進行篩選/選擇/生物淘選。在另一個實施方案中，可以隨后在存在已知的bace1結合劑的條件下在競爭性elisa測定中評估從所述文庫分離的候選結合劑。2.bace1的制備bace1可以利用常規合成或重組技術便利地作為純化的蛋白或蛋白片段(例如，bace1的細胞外結構域，殘基22-457，殘基43-453或殘基57-453)或作為融合多肽產生。融合多肽可用在噬菌體(噬菌粒)展示中(其中bace1是結合的靶標)，用在表達研究、細胞定位、生物測定、elisas(包括結合競爭測定)等中。bace1“嵌合蛋白”或“融合蛋白”包含與不相關的多肽融合的bace1。bace1融合蛋白可以包含bace1的任一部分至完整序列，包括任意多的生物活性部分。然后，可以按照已知的方法使用親和層析和與非-bace1多肽結合的捕獲試劑純化該融合蛋白。bace1可以與親和序列融合，例如，與gst(谷胱甘肽s轉移酶)序列的c端融合。所述融合蛋白促進重組bace1的純化，例如，使用與固體支持物結合的和/或連接在固體支持物(例如，用于肽篩選/選擇/生物淘選的基質)上的谷胱甘肽的純化。利用重組方法可以容易地產生融合蛋白。編碼bace1(或其部分)的核酸可以在bace1n端、c端或中間與非-bace1編碼核酸符合閱讀框融合。也可以通過常規技術，包括自動化dna合成儀，來合成融合基因。還可以利用使用錨定引物的pcr擴增，所述錨定引物產生兩個連續的基因片段之間的互補突出端，其隨后可以退火并且重新擴增而產生嵌合的基因序列(ausubel等，currentprotocolsinmolecularbiology(現代分子生物學方法).johnwiley&sons，紐約1987)。許多促進符合閱讀框地亞克隆bace1或其部分成為融合蛋白的載體是可商購的。本領域技術人員應該理解，多種變異可以實現分離的bace1蛋白的目的并且可以用于本發明。例如，可以按上文所述構建bace1和表位標簽的融合體，并且該標簽用于親和純化bace1。還可以不用任何融合體而制備bace1蛋白或其部分；另外，不使用微生物載體來產生蛋白，可以另外使用體外化學合成。其他細胞可以用來產生bace1蛋白或其部分，諸如其他細菌、哺乳動物細胞(如cos)或桿狀病毒系統。產生多種融合體的寬泛種類的多核苷酸載體也是可用的。bace1融合蛋白的最終純化通常取決于融合配偶體；例如，多組氨酸標簽融合體可以在鎳柱上純化。3.確定所展示的肽的序列以需要的特征結合bace1(并且任選地，不結合不相關的序列)的噬菌體(噬菌粒)可以進行序列分析。在宿主細胞中擴增展示候選結合肽的噬菌體(噬菌粒)顆粒，分離dna，并且使用任何適當的已知的測序技術對基因組的適當部分(編碼該候選肽)測序。4.確定bace1結合多肽中的關鍵殘基丙氨酸掃描bace1結合肽序列的丙氨酸掃描可以用來確定肽中每個殘基對bace1結合和/或抑制的相對貢獻。為了確定bace1配體中的關鍵殘基，將殘基替換為單個氨基酸，典型地替換為丙氨酸殘基，并且評估對bace1結合和活性的作用。參見美國專利號5,580,723；美國專利號5,834,250；以及實施例。剪截體(缺失系列)bace1結合肽的剪截體不但可以闡明結合的關鍵殘基，而且確定實現結合的最短的肽長度。在一些情形中，剪截體將揭示比天然配體更緊密結合的配體；這樣的肽可用于調節bace1：配體相互作用。優選地，制備一系列的bace1結合肽剪截體。一個系列將順序地剪截氨基端氨基酸；在另一個系列中，剪截將在羧基端開始。當在用于丙氨酸掃描的情形中，肽可以在體外合成或通過重組方法制備。合理的調節劑設計基于由丙氨酸掃描和剪截體分析獲得的信息，技術人員能夠設計并且合成小分子，或者選擇富含可能調節結合的化合物的小分子文庫。例如，基于實施例中所述的信息，可以設計調節劑肽使其包含2個適當間隔的半胱氨酸殘基和“精氨酸指”。5.結合測定形成bace1結合肽與bace1的復合物促進該復合的形式與其未復合的形式和與雜質的分離。bace1：結合配體復合物可以在溶液中形成，或者其中一個結合配偶體結合在不溶性支持物上。復合物可以從溶液中分離，例如，使用柱層析分離，并且可以使用公知技術通過過濾、離心等分離而結合在固體支持物上。bace1多肽或其配體與固體支持物的結合促進高通量測定。可以在存在和不存在候選結合化合物的條件下篩選測試化合物調節(例如，抑制)結合劑多肽與bace1的相互作用的能力，并且篩選可以在任意適當的容器中，如微量滴定板、試管和微量離心管中完成。還可以制備融合蛋白以促進檢測或分離，其中所述融合蛋白包含允許該蛋白中的一個或兩個都結合到基質上的另外的結構域。例如，gst-bace1-結合肽融合蛋白或gst-bace1蛋白可以吸附到谷胱甘肽瓊脂糖珠(sigmachemical，st.louis，mo.)或谷胱甘肽衍生的微量滴定板上，然后將其與測試化合物組合，并且將混合物在允許復合物形成的條件下(例如，在鹽和ph的生理條件下)溫育。溫育后，洗滌珠子或微量滴定板孔以去除任何未結合的成分，在珠子的情形中基質是固定的，并且直接或間接確定所述復合物。備選地，所述復合物可以與基質解離，并且結合或活性水平利用標準技術來確定。在篩選測定中還可以使用其他用于將蛋白固定到基質上的融合多肽技術。bace1結合肽或bace1可以使用生物素-抗生物素蛋白或生物素-鏈霉抗生物素蛋白系統固定。生物素酰化可以使用多種試劑實現，諸如生物素-n-羥基-琥珀酰亞胺(nhs；piercechemicals，rockford，ill.)，并且固定在鏈霉抗生物素蛋白包被的96孔平板(piercechemical)的孔中。備選地，與bace1結合肽或bace1反應但是不干擾結合肽與其靶分子的結合的抗體可以衍生在該平板的孔上，并且未結合的bace1或結合肽通過抗體綴合截留在孔中。除了關于gst-固定的復合物所述的那些之外，檢測所述復合物的方法包括使用與結合劑肽或bace1反應的抗體進行的復合物免疫檢測。結合測定：競爭性elisa為了評估肽、蛋白或其他bace1配體的結合親和力，可以使用競爭性結合測定，其中評估配體結合bace1的能力(以及結合親和力，如果需要的話)，并且與已知與bace1結合的化合物(例如，bace1的擬肽抑制劑，如om99-2，bace1抗體或通過如本文所述的噬菌體展示確定的高親和力結合肽)的能力相比較。多種方法是已知的，并且可以用于鑒定結合分子(例如，肽、蛋白、小分子等)的結合親和力；例如，結合親和力可以使用競爭性elisas確定為ic50值。ic50值定義為結合劑阻斷50％的bace1與配體的結合的濃度。例如，在固相測定中，測定平板可以通過用neutravidin、抗生物素蛋白或鏈霉抗生物素蛋白包被微孔板(優選地處理以有效吸附蛋白)而制備。然后，通過加入牛血清白蛋白(bsa)或其他蛋白(例如，非脂奶)的溶液而進行封閉，然后洗滌，優選用含有去污劑如吐溫-20的緩沖液洗滌。制備生物素酰化的已知的bace1結合劑(例如，作為與gst或其他此類促進純化和檢測的分子的融合體的噬菌體肽)并且結合在平板上。制備要用bace1檢測的分子的系列稀釋液并且與結合的結合劑接觸。洗滌用固定的結合劑包被的平板，然后向孔中加入每種結合反應液，并且短暫溫育。進一步洗滌后，檢測結合反應，通常使用識別非-bace1融合配偶體的抗體和識別一級抗體的標記的(諸如辣根過氧化物酶(hrp)、堿性磷酸酶(ap)或熒光標記諸如熒光素)二級抗體進行檢測。然后，將該平板用適當的底物(取決于標記)顯色，并且定量信號，諸如使用分光光度計平板讀數儀定量。可以使用最小二乘法擬合將吸光度信號擬合為結合曲線。因此，可以測量多種分子抑制bace1與已知的bace1結合劑結合的能力。技術人員清楚上述測定的多種變化形式。例如，除了基于鏈霉抗生物素蛋白的系統之外，bace1結合劑可以化學連接到基底上，或者簡單地吸附在基底上。f.活性測定可以通過在體外或在體內測定中檢測物質/分子的調節能力而進行對本發明的候選肽或多肽(諸如包含本文公開的結合劑肽的氨基酸序列的肽)調節bace1活性的能力的確定。調節能力可以包括，例如，抑制或減少bace1天冬氨酰蛋白酶活性；或者抑制或減少bace1對app的切割；或者抑制或減少aβ產生。在某些實施方案中，檢測本發明的肽/多肽(諸如包含本文公開的結合劑肽的氨基酸序列的肽)的這種生物活性。例如，可以在均相時間分辨熒光htrf測定或微流體毛細管電泳(mce)測定中，如實施例1詳細所述，使用合成的底物肽檢測bace1蛋白酶活性。簡言之，均相時間分辨熒光(htrf)測定可以用來利用淀粉狀蛋白前體蛋白bace1切割位點肽測量bace1天冬氨酰蛋白酶活性。例如，bi27肽(生物素-kteeisevnldaefrhdsgyevhhqkl(seqidno：5)，americanpeptidecompany))與用抗-bace抗體預先溫育的bace1組合在384-孔平板(proxiplatetm，perkin-elmer)的bace反應緩沖液(50mm乙酸鈉，ph4.4和0.1％chaps)中。將蛋白水解反應混合物在環境溫度溫育75分鐘，并且通過在檢測緩沖液(200mmtrisph8.0，20mmedta，0.1％bsa和0.8mkf)中加入5μl含有2nm鏈霉抗生物素蛋白-d2和150nm用銪穴狀化合物(europiumcryptate)標記的抗-淀粉狀蛋白β抗體的htrf檢測混合物而猝滅。最終反應混合物在環境溫度溫育60分鐘，并且使用envision多標記平板讀數儀tm(envisionmultilabelplatereadertm，perkin-elmer)以320nm的激發波長和615與665nm的發射波長測量tr-fret信號。mce測定反應可以在標準酶反應中進行，通過加入酶的底物和4x化合物(包含人bace1(細胞外結構域)、淀粉狀蛋白前體蛋白β分泌酶活性位點肽(fam-kteeisevnldaefrwkk-conh2(seqidno：20))、50mmnaoacph4.4和0.1％chaps)而起始。在環境溫度溫育60分鐘后，使用在上分析的12-sipper微流體芯片(二者均購自caliperlifesciences)分離每個反應中的產物和底物。通過使用供應商優化軟件選擇電壓和壓力而優化產物和底物的分離。使用htswell分析儀軟件(htswellanalyzersoftware，caliperlifesciences)由電泳圖計算底物轉換率。另外，bace1蛋白酶活性可以在表達bace1底物如app的細胞系或在表達bace1底物如人app的轉基因小鼠中進行體內檢測。另外，可以在動物模型中檢測bace1蛋白酶活性。例如，多種神經疾病和病癥的動物模型以及檢驗與這些模型相關的病理過程的相關技術在本領域中是容易獲得的。多種生物學病癥的動物模型包括非重組的和重組的(轉基因)動物。非重組的動物模型包括，例如，嚙齒類動物，例如，鼠模型。這些模型可以通過使用標準技術，例如，皮下注射、尾靜脈注射、脾移植、腹膜內移植和在腎囊下移植向同系小鼠中引入細胞而產生。體內模型包括卒中/腦缺血模型，神經變性病的體內模型，諸如帕金斯病的小鼠模型；阿爾茨海默病的小鼠模型；肌萎縮側索硬化的小鼠模型；脊髓性肌萎縮的小鼠模型；局部和全腦缺血的小鼠/大鼠模型，例如，常見的頸總動脈閉塞或大腦中動脈閉塞模型；或離體全胚胎培養物。作為一個非限制性的實例，存在多種本領域已知的阿爾茨海默病小鼠模型(例如，參見rakover等，neurodegener.dis.(神經變性病)(2007)；4(5)：392-402；mouri等，fasebj.(2007)jul；21(9)：2135-48；minkeviciene等，j.pharmacol.exp.ther.(2004)nov；311(2)：677-82andyuede等，behavpharmacol.(2007)sep；18(5-6)：347-63)。多種測定可以以已知的體外或體內測定形式進行，如本領域已知的并且參考文獻中所述的。多種這樣的動物模型也可以從商業供應商諸如jackson實驗室(jacksonlaboratory)獲得。g.bace1結合劑的用途的實例本文所述的bace1肽結合劑的鑒定和表征提供了用于調節bace1及其底物(例如app)之間的體內相互作用的組合物和方法。本文所述的bace1肽結合劑可以用于治療諸如神經病癥的疾病和病癥，如下文所討論。本文所述的充分表征的bace1的中等至高等親和力肽結合劑可以進一步用于闡明bace1本身的重要的結構特征。這樣的知識提供了基于bace1序列本身的修飾開發調節性試劑。bace1調節及的其他應用包括與bace1及其相關的配偶體相關的疾病的診斷測定，融合蛋白形式的bace1和配體作為純化工具和底物錨定子的應用。本文所述的bace1結合肽還可以用于篩選另外的化合物，以鑒定調節bace1-配體相互作用的那些化合物。設計篩選測定，以鑒定與bace1結合或復合或另外干擾bace1與細胞因子的相互作用的化合物。確定候選化合物作為調節劑的能力的一種方法是在存在已知的bace1結合劑(如本文公開的結合肽(例如，實施例中描述的高親和性結合劑))的條件下在競爭性抑制測定中評估候選化合物的活性。這樣的篩選測定將包括允許化學文庫的高通量篩選的測定，使得其特別適合鑒定小分子藥物候選物。測定可以以多種形式進行，包括蛋白-蛋白結合測定，生物化學篩選測定，免疫測定和基于細胞的測定，這些在本領域中是充分表征的。用于調節劑的所有測定是常見的，其中需要將候選調節劑與bace1(或其等價物)和/或參與bace1和結合配體的結合相互作用的結合配體在一定條件下接觸充分的時間，以足以允許這兩種化合物相互作用。在結合測定中，所述相互作用是結合，所形成的復合物可以分離或在反應混合物中進行檢測。在具體的實施方案中，候選物質或分子通過共價或非共價連接固定在固相上，例如，在微量滴定板上。非共價連接通常通過用所述物質/分子的溶液包被固體表面并且干燥而實現。備選地，固定的對要固定的物質/分子特異性的親和分子，諸如抗體，例如，單克隆抗體，可以用于將其錨定在固體表面上。測定通過向固定的成分(例如，含有被錨定的成分的包被的表面)中加入未固定的成分而進行，所述未固定的成分可以由可檢測的標記進行標記。當反應結束時，去除未反應的成分，例如，通過洗滌去除，并且檢測錨定在固體表面上的復合物。當初始未固定的成分攜帶可檢測的標記時，固定在表面上的標記的檢測指示復合的發生。在初始未固定的成分不攜帶標記的情形中，例如，可以通過使用特異性結合被固定的復合物的標記抗體來檢測復合。候選化合物可以通過組合文庫和/或基于本文所述的信息(特別是涉及配體或bace1序列本身中單個殘基和結構部分對bace1-配體結合相互作用的貢獻和重要性的信息)的已知的結合劑的突變而產生。干擾bace1和結合配體的相和作用的化合物可以按下述檢測：通常在一定條件下制備含有bace1和配體的反應混合物，反應一定的時間，以允許這兩種分子的相互作用和結合。為了檢測候選化合物抑制結合相互作用的能力，在不存在或存在測試化合物的條件下運行反應。另外，可以向第三反應混合物中加入對照化合物，以作為陽性對照。監測測試化合物與混合物中存在的bace1和/或結合配體之間的結合(復合物形成)，如本文上文所述。在對照反應中形成復合物而在含有測試化合物的反應混合物中不形成復合物表示所述測試化合物干擾bace1與結合配體的相互作用。h.肽綴合物本發明也提供包含本文中公開的bace1結合肽與一或多種細胞毒性劑，如化療劑或藥物、生長抑制劑、毒素(例如蛋白質毒素、細菌、真菌、植物或動物來源的酶促活性毒素，或其片段))或放射性同位素綴合的肽綴合物。在一實施方案中，肽綴合物包含與一種或多種藥物綴合的本文所述的bace1結合肽，所述一種或多種藥物包括但不限于，美坦生類化合物(maytansinoid，參見美國專利號5,208,020、5,416,064及歐洲專利ep0425235b1)；奧利司他汀(auristatin)，如單甲基奧利司他汀藥物(monomethylauristatin)結構部分de及df(mmae及mmaf)(參見美國專利號5,635,483及5,780,588，及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利車霉素(calicheamicin)或其衍生物(參見美國專利號5,712,374、5,714,586、5,739,116、5,767,285、5,770,701、5,770,710、5,773,001及5,877,296；hinman等人，cancerres.(癌癥研究)53：3336-3342(1993)；及lode等人，cancerres.(癌癥研究)58：2925-2928(1998))；蒽環類抗生素(anthracycline)如道諾霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(參見kratz等人，currentmed.chem.(現代藥物化學)13：477-523(2006)；jeffrey等人，bioorganic&med.chem.letters(生物有機和藥物化學通信)16：358-362(2006)；torgov等人，bioconj.chem.16：717-721(2005)；nagy等入，proc.natl.acad.sci.usa(美國國家科學院學報)97：829-834(2000)；dubowchik等人，bioorg.&med.chem.letters(生物有機和藥物化學通信)12：1529-1532(2002)；king等人，j.med.chem.(藥物化學雜志)45：4336-4343(2002)；及美國專利號6,630,579)；甲氨喋呤(methotrexate)；長春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)如多西他賽(docetaxel)、紫杉醇(paclitaxel)、拉洛紫杉醇(larotaxel)、特賽紫杉醇(tesetaxel)及奧他紫杉醇(ortataxel)；單端孢霉烯族化合物(trichothecene)；及cc1065。在另一實施方案中，肽綴合物包含與酶促活性毒素或其片段綴合的本文中所述的bace1結合肽，所述酶促活性毒素或其片段包括，但不限于，白喉(diphtheria)a鏈、白喉毒素的非結合活性片段、外毒素a鏈(來自銅綠假單胞菌(pseudomonasaeruginosa))、蓖麻毒蛋白(ricin)a鏈、相思豆毒蛋白(abrin)a鏈、蒴蓮根毒蛋白(modeccin)a鏈、α-帚曲霉素(α-sarcin)、油桐(aleutitesfordii)蛋白、香石竹毒蛋白(dianthinprotein)、美洲商陸(phytolacaamericana)蛋白(papi、papii和pap-s)、苦瓜(momordicacharantia)抑制劑、麻瘋樹毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、肥皂草(sapaonariaofficinalis)抑制劑、白樹毒蛋白(gelonin)、絲林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、依諾霉素(enomycin)和單端孢霉烯族化合物(tricothecenes)。在另一實施方案中，肽綴合物包含與放射性原子綴合形成放射性綴合物的本文中所述的bace1結合肽。多種放射性同位素可用于制備放射性綴合物。實例包括at211、i131、i125、y90、re186、re188、sm153、bi212、p32、pb212及lu的放射性同位素。當使用放射性綴合物進行檢測時，其可包含用于閃爍攝影研究的放射性原子，例如tc99m或i123，或用于核磁共振(nmr)成像(也稱為磁共振成像，mri)的自旋標記物，同樣如碘-123、碘-131、銦-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、釓、錳或鐵。肽與細胞毒性劑的綴合物可使用多種雙功能蛋白質偶合劑制得，例如n-琥珀酰亞胺基-3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(spdp)，琥珀酰亞胺基-4-(n-馬來酰亞氨甲基)環己烷-1-羧酸酯(smcc)，亞氨基硫烷(it)，亞氨酸酯(諸如鹽酸二甲基己二亞酰胺化物)、活性酯類(諸如辛二酸二琥珀酰亞胺基酯)、醛類(諸如戊二醛)、雙疊氮化合物(諸如雙(對-疊氮苯甲酰基)己二胺)、雙重氮衍生物(諸如雙(對-重氮苯甲酰基)己二胺)、二異氰酸酯(諸如甲苯2，6-二異氰酸酯)和雙活性氟化合物(諸如1，5-二氟-2，4-二硝基苯)的雙功能衍生物。舉例來說，蓖麻毒蛋白免疫毒素可如vitetta等人，science(科學)238：1098(1987)中所述來制備。接頭可以是促進細胞毒性藥物在細胞中釋放的“可切割接頭”。舉例來說，可使用酸不穩定接頭、肽酶敏感性接頭、光不穩定接頭、二甲基接頭或含二硫化物的接頭(chari等人，cancerres.(癌癥研究)52：127-131(1992)；美國專利號5,208,020)。本文中的肽綴合物明確涵蓋，但不限于，用交聯劑試劑制備的這些綴合物，該等交聯劑試劑包括，但不限于：bmps、emcs、gmbs、hbvs、lc-smcc、mbs、mpbh、sbap、sia、siab、smcc、smpb、smph、硫代-emcs、硫代-gmbs、硫代-kmus、硫代-mbs、硫代-siab、硫代-smcc及硫代-smpb及svsb(琥珀酰亞胺基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，交聯劑試劑可商購獲得(例如購自piercebiotechnology，inc.，rockford，il.，美國)。在其他實施方案中，肽綴合物包括包含與另一種異源多肽或氨基酸序列融合的本文所公開的bace1結合肽的融合蛋白。在一個實施方案中，所述融合蛋白包含所述bace1結合肽與酶促活性毒素(如上文公開的那些中的任一種)的融合體。在一個備選的實施方案中，所述融合蛋白包含所述bace1結合肽與增強多肽細胞進入的氨基酸序列的融合體。在一個實施方案中，所述氨基酸序列式細胞穿透肽(ccp)，例如，tat肽，penetratin，皰疹病毒被膜蛋白vp22，transportan，模式兩親性肽(map)，精氨酸寡聚物，或其他本領域已知的ccp。例如，參見sebbage，(2009)biosciencehorizons2：64-72；和delcroix與riley，(2010)pharmaceuticals3：448-470。在一個實施方案中，所述融合蛋白包含所述bace1結合肽與通常進行通過血腦屏障的吸附介導的胞轉作用或受體介導的胞轉作用的蛋白的氨基酸序列的融合體。這些蛋白包括但不限于，針對腦毛細管內皮受體的配體，諸如針對轉鐵蛋白受體或針對胰島素受體的單克隆抗體，組蛋白，生物素，葉酸，尼克酸，泛酸或糖肽。在另一個實施方案中，所述bace1結合肽連接在高度帶正電荷的化合物上，所述高度帶正電荷的化合物諸如賴氨酸、聚賴氨酸、精氨酸、聚精氨酸、賴氨酸-精氨酸肽、腐胺、精脒、精胺等，已知所有這些可能通過與受體結合而促進穿過血腦屏障。在備選的實施方案中，所述融合蛋白可以包含bace1結合肽與免疫球蛋白或免疫球蛋白的特定區域(例如，igg分子的fc區)的融合體。對于免疫球蛋白融合體的產生，參見，例如，1995年6月27日出版的美國專利號5,428,130。在備選的實施方案中，所述bace1結合肽與導致肽的提高的pk和/或藥效學的試劑融合。在一些實施方案中，所述肽是白蛋白融合蛋白。在一些實施方案中，所述融合蛋白是聚乙二醇化的融合蛋白。i.藥物組合物本發明的bace1結合肽或多肽可以結合在組合物中，所述組合物在一些實施方案中適于制藥應用。所述組合物典型地包含所述肽或多肽以及可接受的載體，例如，藥用載體。“藥用載體”包括任一種和所有的與藥物給藥相容的溶劑、分散介質、包衣、抗細菌劑和抗真菌劑、等滲和吸附延遲劑等(gennaro，remington：thescienceandpracticeofpharmacy(雷明頓：制藥科學與實踐).lippincott，williams&wilkins，philadelphia，pa.(2000))。所述載體或稀釋劑的實例包括但不限于，水、鹽水、finger′s溶液、葡萄糖溶液和5％人血清白蛋白。也可以使用脂質體和非水性賦形劑如不揮發性油。除了當常規介質或試劑與活性化合物不相容時，都考慮這些組合物的使用。補充性活性化合物也可以結合在組合物中。1.一般考慮配制藥物組合物使其與其意欲的給藥途徑相容，所述給藥途徑包括靜脈內、皮內、皮下、口服(例如，吸入)、經皮(例如，局部)、經黏膜和直腸給藥。用于腸胃外、皮內或皮下應用的溶液或混懸液可以包括：無菌稀釋劑，如注射用水、鹽水溶液、不揮發性油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其他合成的溶劑；抗菌劑，如苯甲醇或對羥基苯甲酸甲酯；抗氧化劑，如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉；螯合劑，如乙二胺四乙酸(edta)；緩沖液，如乙酸鹽、檸檬酸鹽或磷酸鹽，和用于調節張力的試劑，如氯化鈉或葡萄糖。ph可以用酸或堿調節，諸如用鹽酸或氫氧化鈉調節。腸胃外制劑可以包封在由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多劑量小瓶中。2.可注射的制劑適于注射的藥物組合物包括無菌水溶液(在水溶性的情形中)或分散液或用于即時制備無菌注射溶液或分散液的無菌粉劑。對于靜脈內給藥，適當的載體包括生理鹽水、抑菌水、cremophoreltm(basf，parsippany，n.j.)或磷酸鹽緩沖鹽水(pbs)。在所有情形中，所述組合物必須是無菌的，并且應該是流體，以用注射器給藥。所述組合物應該在制備和儲存過程中是穩定的，并且必須保持不受諸如細菌和真菌的微生物的污染。載體可以是溶劑或分散介質，例如，包含水、乙醇、多元醇(如甘油、聚乙二醇和液體聚乙二醇)和適當的混合物。可以保持適當的流動性，例如，通過使用諸如磷脂酰膽堿的包衣，在分散液的情形中通過保持需要的粒度，以及通過使用表面活性劑。多種抗細菌劑和抗真菌劑；例如，對羥苯甲酸酯，氯丁醇，苯酚，抗壞血酸和硫柳汞，可以包含微生物污染。等滲劑；例如，糖，多元醇，諸如甘露醇，山梨醇，和氯化鈉可以包含在組合物中。可以延遲吸收的組合物包括諸如單硬脂酸鋁和明膠的試劑。無菌注射溶液可以通過將需要量的活性化合物(例如，本發明任意的調節物質/分子)結合在適當的溶劑(具有一種需要的成分或需要的成分的組合)中，然后除菌而制備。一般地，分散液通過將活性化合物結合在包含基本的分散介質和其他需要的成分的無菌賦形劑中而制備。用于制備無菌注射溶液的無菌粉劑、制備方法包括真空干燥和冷凍干燥，其產生包含活性成分和來自無菌溶液的任意需要的成分的粉劑。3.口服組合物口服組合物通常包括惰性稀釋劑或可食用的載體。其可以包封在明膠膠囊中或壓縮成片劑。為了口服治療給藥的目的，活性化合物可以與賦形劑結合并且以片劑、藥片或膠囊的形式使用。口服組合物還可以使用流體載體制備，用作漱口水，其中在流體載體中的化合物口服應用。可以包括藥物相容的結合劑和/或輔藥物質。片劑、丸劑、膠囊、藥片等可以包含下述成分或相似性質的化合物中的任一種：結合劑，如微晶纖維素，黃蓍膠或明膠；賦形劑，如淀粉或乳糖，崩解劑，如海藻酸，primogel或玉米淀粉；滑潤劑，如硬脂酸鎂或sterotes；助流劑，諸如膠狀二氧化硅；增甜劑，如蔗糖或糖精；或調味劑，如薄荷，水楊酸甲酯或橙味調味劑。4.用于吸入的組合物對于通過吸入給藥，化合物作為氣霧噴霧劑由噴霧器或含有適當的推進劑(例如，氣體，如二氧化碳)的壓縮容器遞送。5.系統給藥系統給藥也可以是經黏膜的或經皮的。對于經黏膜或經皮給藥，選擇可以透過靶屏障的滲透劑。經黏膜滲透劑包括去污劑，膽汁鹽和夫西地酸衍生物。鼻噴霧劑或栓劑可以用于經黏膜給藥。對于經皮給藥，活性化合物配制成軟膏、油膏、凝膠或乳膏。化合物還可以以用于直腸遞送的栓劑(例如，用基質如可可油和其他甘油酯)或保留灌腸劑的形式制備。6.載體在一個實施方案中，活性化合物用保護該化合物免于從機體中快速清除的載體制備，諸如可控釋放的制劑，包括植入物和微膠囊化的遞送系統。可以使用可生物降解的活生物相容的聚合物，諸如乙烯醋酸乙烯酯、聚酐、聚乙醇酸、膠原、聚原酸酯和聚乳酸。此類物質可以從alza公司(mountainview，calif.)和諾華制藥公司(novapharmaceuticals，inc.)(lakeelsinore，calif.)商購獲得，或者由本領域技術人員制備。脂質體混懸液也可以用作藥用載體。這些可以按照本領域技術人員已知的方法制備，諸如在(eppstein等，美國專利號4,522,811,1985)中的方法。7.單位劑量可以產生單位劑型的口服制劑或腸胃外組合物，以促進給藥和劑量均一性。單位劑型是指適用作待治療的受試者的單次劑量的物理上分離的單位，其包含與需要的藥物載體聯合的治療有效量的活性活性化合物。關于單位劑型的說明由活性化合物特有的特征和特別需要的治療效果以及配制所述活性化合物的固有限制所指示，并且直接取決于上述。8.基因治療組合物編碼本發明的肽或多肽的核酸可以插入到載體中并且用作基因治療載體。基因治療載體可以通過例如靜脈內注射、局部給藥(nabel和nabel，美國專利號5,328,470,1994)或通過立體定向注射(chen等，procnatlacadsciusa(美國國家科學院學報).91；3054-7(1994))而遞送至受試者。基因治療載體的藥物制劑可以包括可接受的稀釋劑，或可以包含緩慢釋放的基質，其中包埋有所述基因遞送賦形劑。備選地，在可以由重組細胞完整地產生完整基因遞送載體(例如反轉錄病毒載體)的情形中，藥物制劑可以包括一種或多種產生基因遞送系統的細胞。j.治療方法本文中提供的任何bace1結合肽或多肽可以用于治療方法。在一方面中，提供用作藥物的bace1結合肽或多肽。在另外的方面中，提供用于治療神經疾病或病癥(例如，ad)的抗-bace1抗體。在某些實施方案中，提供用于治療方法中的bace1結合肽或多肽。在某些實施方案中，本發明提供bace1結合肽或多肽，其用于治療患有神經疾病或病癥的個體的方法，所述方法包括向所述個體給藥有效量的所述bace1結合肽或多肽。在一個這樣的實施方案中，所述方法還包括向所述個體給藥有效量的至少一種另外的治療劑。在其他實施方案中，本發明提供bace1結合肽或多肽，其用于減少或抑制有風險患有或患有神經疾病或病癥(例如，ad)的患者中的淀粉狀蛋白斑形成。在某些實施方案中，本發明提供bace1結合肽或多肽，其用于減少或抑制個體中aβ產生的方法，所述方法包括向所述個體給藥有效量的bace1結合肽或多肽。根據任何以上實施方案的“個體”優選是人。在某些方面中，用于本發明的方法的bace1結合肽或多肽降低或抑制bace1活性。例如，所述bace1結合肽或多肽降低或抑制bace1切割app的能力。在另一個方面中，本發明提供bace1結合肽或多肽在生產或制備藥物中的用途。在一個實施方案中，所述藥物用于治療神經疾病或病癥。在另一個實施方案中，所述藥物用于治療神經疾病或病癥的方法，所述方法包括向患有神經疾病或病癥的個體給藥有效量的所述藥物。在一個這樣的實施方案中，所述方法還包括向所述個體給藥有效量的至少一種另外的治療劑，例如，如以下所述的。在另一個實施方案中，所述藥物用于抑制bace1活性。在另一個實施方案中，所述藥物用于抑制個體中aβ產生或斑塊形成的方法，所述方法包括向所述個體給藥有效量的所述藥物以抑制aβ產生或斑塊形成。根據任何以上實施方案的“個體”可以是人。在另一個方面中，本發明提供用于治療阿爾茨海默病的方法。在一個實施方案中，所述方法包括向患有ad的個體給藥有效量的bace1結合肽或多肽。在一個這樣的實施方案中，所述方法還包括向所述個體給藥有效量的至少一種另外的治療劑。根據任何以上實施方案的“個體”可以是人。在另一個方面中，本發明提供藥物制劑，所述藥物制劑包含本文提供的任一種bace1結合肽或多肽，例如，用于任何以上治療方法。在一個實施方案中，藥物制劑包含本文提供的任一種bace1結合肽或多肽和藥用載體。在另一個實施方案中，藥物制劑包含本文提供的任一種bace1結合肽或多肽和至少一種另外的治療劑，例如，如以下所述的。在治療中，本發明的bace1結合肽或多肽可以單獨使用或與其他藥劑組合使用。例如，本發明的肽或多肽可以與至少一種另外的治療劑共同給藥。這樣的以上所述的組合療法包括組合給藥(其中兩種以上治療劑被包含在相同或分開的制劑中)，和分別給藥，其中，本發明抗體的給藥可以發生在另外的治療劑和/或佐劑的給藥前、同時和/或之后。本發明的肽或多肽還可以與放射療法一起使用。本發明的肽或多肽(以及任何另外的治療劑)可以通過任何合適的方法給藥，包括腸胃外給藥，肺內給藥、鞘內和鼻內給藥，并且，如果局部治療需要，病變內給藥。腸胃外輸注包括肌肉內、靜脈內、動脈內、腹膜內或皮下給藥。在一定程度上根據用藥是短期或長期性而定，可通過任何適合的途徑，例如通過注射，例如靜脈內或皮下注射用藥。本文中涵蓋各種用藥時間方案，包括，但不限于，單次給藥或在多個時間點多次給藥、推注給藥及脈沖輸注。本發明的某些實施方案提供穿過血腦屏障的肽或多肽。某些神經退行性疾病與血腦屏障的滲透性提高相關，以致肽或多肽可以容易地被引入到腦中。當血腦屏障保持完整時，存在數種已知方法用于穿過血腦屏障運輸分子，所述方法包括但不限于，物理方法，基于脂質的方法，以及基于受體和通道的方法。運輸肽或多肽穿過血腦屏障的物理方法包括但不限于，完全繞開血腦屏障，或通過在血腦屏障中產生開口。繞行法包括但不限于，向腦中直接注射(見例如，papanastassiou等，genetherapy(基因治療)9：398-406(2002))和將遞送裝置植入腦中(見例如，gill等，naturemed.(自然醫學)9：589-595(2003)；和gliadelwaferstm，guildfordpharmaceutical)。在屏障中產生開口的方法包括但不限于，超聲(見例如，美國專利公布號2002/0038086)，滲透壓(例如，通過施用高滲甘露醇(neuwelt，e.a.，implicationoftheblood-brainbarrieranditsmanipulation(血腦屏障及其操作的意義)，卷1&2，plenumpress，n.y.(1989)))，通過例如緩激肽或滲透劑(permeabilizer)a-7的滲透化(見例如，美國專利號5,112,596，5,268,164，5,506,206，和5,686,416)，以及用包含編碼抗體或其片段的基因的載體轉染橫跨血腦屏障的神經元(見例如，美國專利公布號2003/0083299)。基于脂質的運輸肽或多肽穿過血腦屏障的方法包括但不限于，將肽或多肽包封在脂質體中，所述脂質體與抗體結合片段偶聯，所述抗體結合片段結合血腦屏障的血管內皮上的受體(見例如，美國專利申請公布號20020025313)，以及將肽或多肽包被在低密度脂蛋白顆粒(見例如，美國專利申請公布號20040204354)或脫脂載酯蛋白e(見例如，美國專利申請公布號20040131692)中。基于受體的運輸肽或多肽穿過血腦屏障的方法包括但不限于，將所述肽或多肽與識別在血腦屏障上表達的受體的配體綴合，導致在受體-介導的胞轉作用后其被攜帶穿過血腦屏障(gabathuler(2010)neurobiologyofdisease(疾病的神經生物學)37；48-57)。這些配體包括但不限于，針對腦毛細管內皮受體的配體，如針對轉鐵蛋白受體或針對胰島素受體的單克隆抗體，組蛋白，生物素，葉酸，尼克酸，泛酸或糖肽。本發明的肽或多肽將以與良好醫療實踐相一致的方式配制、給藥和施用。在該背景下考慮的因素包括待治療的具體病癥、待治療的具體哺乳動物、個體患者的臨床狀態、病癥的原因、遞送試劑的位點、施藥方法、施藥時間安排和醫療從業者已知的其他因素。所述肽或多肽不需要，但任選地，與目前用于預防或治療待討論病癥的一種或多種試劑一起配制。所述其他試劑的有效量取決于制劑中存在的抗體的量、病癥或治療的類型以及以上討論的其他因素。這些一般以相同劑量，并使用如本文中所述的施藥途徑，或以本文中所述的劑量的約1-99％，或以通過經驗/臨床確定合適的任意劑量和任何途徑來使用。為了預防或治療疾病，本發明的肽或多肽的合適劑量(當單獨或與一種或多種其他另外的治療劑組合使用時)將取決于待治療疾病的類型、疾病的嚴重性和進程、所述肽或多肽是以預防目的施用還是以治療目的施用、以前的治療、患者的臨床病史和對所述肽或多肽的應答和主治醫師的判斷力。所述肽或多肽以一次治療或經過一系列治療合適地施用于患者。根據疾病的類型和嚴重性，合適的劑量水平一般為約0.01-500mg/kg患者體重/天，其可以以單次或多次劑量給藥。優選地，劑量水平為約0.1-約250mg/kg/天；更優選地，約0.5-約100mg/kg/天。適當的劑量水平可以是約0.01-250mg/kg/天，約0.05-100mg/kg/天，或約0.1-50mg/kg/天。在該范圍內，劑量可以是0.05-0.5，0.5-5或5-50mg/kg/天。對于口服給藥，組合物優選以含有1.0-1000毫克活性成分、特別是1.0，5.0，10.0，15.0，20.0，25.0，50.0，75.0，100.0，150.0，200.0，250.0，300.0，400.0，500.0，600.0，750.0，800.0，900.0和1000.0毫克活性成分(用于針對癥狀調節用于待治療的患者的劑量)的片劑的形式提供。化合物可以以每天1-4次、優選每天一次或兩次的方案給藥。然而，用于任意特定患者的具體的劑量水平和給藥頻率可能不同并且取決于多種因素，包括所用的具體化合物的活性，該化合物的代謝穩定性和作用時長，年齡，體重，一般健康，性別，飲食，給藥方式和時間，排泄速率，藥物組合，具體病癥的嚴重性以及主要正在進行的治療(hostundergoingtherapy)。通過常規技術和測定容易地監測該治療的進展。k.制品在本發明的另一方面中，提供一種制品，所述制品包含可用于治療、預防和/或診斷上述病癥的物質。該制品包括容器和在容器上或與容器一起的標簽或包裝說明書。適合的容器包括，例如，瓶子、小瓶、注射器、iv溶液袋等。所述容器可以由各種材料諸如玻璃或塑料制成。容器裝有組合物，所述組合物是單獨地或與可有效用于治療、預防和/或診斷所述病癥的另一種組合物結合，并且可以具有無菌的存取口(例如，所述容器可以是具有可被皮下注射針刺穿的塞子的靜脈內溶液袋或小瓶)。組合物中至少一種活性試劑是本發明的肽或多肽。標簽或包裝說明書標明該組合物是用于治療所選的病癥。此外，所述制品可以包含(a)其中包含組合物的第一容器，其中所述組合物包含本發明的肽或多肽；和(b)其中包含組合物的第二容器，其中所述組合物包含另一種細胞毒性劑或其他的治療劑。本發明的該實施方案中的制品還可以包括包裝說明書，所述包裝說明書指明所述組合物可以用于治療特定病癥。備選地，或另外地，所述制品還可以包括第二(或第三)容器，所述第二(或第三)容器包含藥用緩沖劑，如抑菌注射用水(bwfi)，磷酸鹽緩沖鹽水，ringer溶液和葡萄糖溶液。從商業和用戶立場，它還可以包括所需的其他物質，包括其他緩沖劑、稀釋劑、濾器、針頭和注射器。包括下述實施例，以證明本發明的優選實施方案。本領域技術人員應該理解，下述實施例中公開的技術代表本發明人發現的在本發明的實踐中作用良好的技術，并且因此可以被認為組成用于其實踐的優選模式。然而，本領域技術人員根據本公開內容應該理解在所公開的具體的實施方案中可以進行多種改變并且仍然獲得類似的或相似的結果，而并不背離本發明的精神和范圍。實施例實施例1：bace1的肽抑制劑的選擇和表征材料和方法材料。酶和m13-ko7輔助噬菌體獲自newenglandbiolabs。maxisorp免疫平板獲自nalgenenuncinternational(naperville，il)。myone鏈霉抗生物素蛋白獲自invitrogen(carlsbad，ca)。3，3’，5，5’-四甲基-聯苯胺/h2o2(tmb)過氧化物酶底物獲自kirkegaard&perrylaboratories，inc(gaithersburg，md)。neutravidin和鏈霉抗生物素蛋白獲自thermoscientific(rockford，il)。om99-2(cat.no.496000)獲自emdbiosciences(sandiego，ca)。文庫構建。利用標準kunkel誘變構建噬菌體展示的肽文庫(kunkel，t.a.等(1987)methodsenzymol(酶學方法)154：367-82)。通過按照制備噬菌體展示文庫的標準方法(sidhu，s.s.等(2000)methodsenzymol(酶學方法)328：333-63)將隨機化的肽融合在m13主要衣殼蛋白的n端而構建兩組噬菌體展示的肽文庫，線性-lib和環形-lib(含有半胱氨酸二硫化物)。線性-lib由連續的簡并密碼子(nnk，其中n＝a/c/g/t并且k＝g/t)編碼的長度為8，10，12，14，16個氨基酸的隨機的肽組成。單獨構建具有不同長度的文庫并且匯集在一起，每個具有相同的濃度。環形-lib由在兩個固定的半胱氨酸之間具有不同長度的14-mer隨機的肽組成。其命名為x6cx3cx5，x5cx4cx5，x5cx5cx4，x4cx6cx4，x4cx7cx3，x3cx8cx3，x3cx9cx2，x2cx10cx2，其中x表示由nnk密碼子編碼的殘基，數字表示殘基數目，并且c表示固定的半胱氨酸。單獨構建這些文庫并且匯集在一起，每個的濃度相同。線性-lib和環形-lib的最終多樣性分別為1.8×1011和7.8×1011。使用簡并寡核苷酸構建軟隨機文庫(softrandomizedlibrary)，所述簡并寡核苷酸用核苷酸堿基的70-10-10-10混合物合成，其中野生型堿基是過量的。該結果是在靶位置以約50％的頻率存在野生型氨基酸。選擇針對人bace1(bace1)的肽配體。將線性-lib和環形-lib的噬菌體庫用平板-包被的bace1使用標準噬菌體淘選流程(sidhu，s.s.等(2000)methodsenzymol(酶學方法)328：333-63)或用在溶液中的生物素酰化的bace1循環經過數輪的結合選擇。bace1在體外用購自thermoscientific(rockford，il)的ez-link硫代-nhs-lc-生物素酰化試劑盒(cat.no.21435)按照供應商的使用說明進行生物素酰化。對于第1輪，將20μg生物素酰化的bace1與1ml的噬菌體文庫(～1×1013pfu/ml)在4℃溫育2h，在室溫由200μl預先用封閉緩沖液(pbs，1％bsa和0.1％吐溫20)封閉的myone鏈霉抗生物素蛋白捕獲15分鐘。棄去上清液，并且將珠子用洗滌緩沖液(具有0.1％吐溫20的pbs)洗滌三次。結合的噬菌體用400μl0.1mhcl洗滌7分鐘，并立即用60μl1mtris，ph13中和。洗脫的噬菌體按先前所述進行擴增(sidhu，s.s.等(2000)methodsenzymol(酶學方法)328：333-63)。對于第2輪，除了使用10μg生物素酰化的bace1和100μl之外，流程與第一輪相同。對于第3輪，2μg生物素酰化的bace1與前一輪擴增的噬菌體溫育，并且通過預先用封閉緩沖液包被的neutravidin-包被的平板捕獲噬菌體-bace1復合物。處理使用鏈霉抗生物素蛋白-包被的平板來捕獲生物素-bace1-噬菌體復合物之外，第4輪與第3輪相同。4輪結合選擇后，在高通量斑點噬菌體elisa(sidhu，s.s.等(2000)methodsenzymol(酶學方法)328：333-63)中使用平板-固定的bace1作為靶標分析單個噬菌體克隆。檢測相同噬菌體顆粒與bsa的結合信號作為非特異性結合噪聲。認為具有大于0.5的噬菌體與靶標結合信號和＞3的信號/噪聲比率的克隆是陽性克隆，并且進行dna序列分析。通過人工或自動化(proteintechnologies，inc.symphony肽合成儀(symphonypeptidesynthesizer))基于fmoc的固相合成以0.25mmol規格使用聚苯乙烯樹脂合成肽(參見bodanszky，m.，和bodanszky，a.(1984)，thepracticeofpeptidesynthesis(肽合成實踐)，springer-verlag，紐約)。合成結束時，去除側鏈保護基團，并且用95％三氟乙酸(tfa)，2.5％三異丙基硅烷和2.5％水將肽從樹脂上切割下來。通過加入在乙酸中的飽和的碘溶液進行半胱氨酸到二硫鍵的氧化。通過使用含有0.1％tfa的水/乙腈梯度的反相hplc進行肽的純化。每種肽的純度通過分析型hplc確定為大于95％均質性，并且其性質通過質譜來驗證。肽bms1、bms2和bms4分別與kornacker等biochemistry(生物化學)44：11567-11573(2005)中所述的肽1、肽2和肽4相同。bace1htrf活性測定。通過向384-孔proxiplate(perkinelmer)中的在bace1反應緩沖液(50mmnaoacph4.4和0.1％chaps)中的用肽或小分子抑制劑預先溫育的6μl2.7nmrhbace1中加入2μl600nmbi27(生物素-kteeisevnldaefrhdsgyevhhqkl(seqidno：5)，americanpeptidecompany)起始bace1htrf反應。將8μl蛋白水解反應混合物在環境溫度溫育24小時，并且通過加入在檢測緩沖液(200mmtrisph8.0，20mmedta，0.1％bsa，和0.8mkf)中含有150nm鏈霉抗生物素蛋白-d2和5nm用銪穴狀化合物標記的6e10的8μlhtrf檢測混合物而猝滅。最終反應混合物在室溫溫育60分鐘，并且使用envision多標記平板讀數儀(envisionmultilabelplatereader，perkin-elmer)(320nm激發，615與665nm發射)測量tr-fret信號。使用graphpadprism5(lajolla，ca)分析數據。使用微流體毛細管電泳(mce)進行的bace1、bace2和組織蛋白酶d活性測定。在384-孔微量平板中以每孔20μl的終體積使用caliperlabchip3000(hopkinton，ma)進行bace1，bace2和組織蛋白酶d反應。通過向5μl4x酶和5μl4x肽或小分子抑制劑中加入10μl2x底物起始的標準酶促反應含有12nmrhbace1，1μmfam-kteeisevnldaefrwkk-酰胺(seqidno：20)，50mmnaoac，ph4.4，0.1％chaps。對于rhbace2(5nm)和組織蛋白酶d(6nm)(cat.no.219394；emdbiosciences，sandiego，ca)使用相同的反應條件。在室溫溫育60min后，使用12-sipper微流體芯片分離每份反應物中的產物和底物。通過使用caliperoptimizer軟件選擇電壓和壓力而優化產物和底物的分離。分離緩沖液包含100mmhepes，ph7.2，0.015％brij-35，0.1％包被試劑#3，10mmedta和5％dmso。分離條件使用-500v的下游電壓，-2250v的上游電壓和-1.2psi的篩選壓力。產物和底物熒光在488nm處激發并且在530nm處檢測。使用htswell分析儀軟件(htswellanalyzersoftware)由電泳圖計算底物轉換率。bace1熒光偏振競爭性結合測定。在黑色384-孔微量平板(proxiplate-plus；perkinelmer，waltham，ma)中以每孔10μl的終體積進行bace1結合測定。通過向2.5μl4x結合探針和2.5ml4x抑制劑中加入5μl2x酶起始的標準結合反應含有12nmrhbace1，3nm5-tamra-neesmycrllgigcg(seqidno：16)(5-tamra-bace020)，具有0.1％chaps的50mmnaoac，ph4.4。允許反應在環境溫度繼續2小時至平衡，然后使用envision(perkinelmer)測量熒光偏振。在每孔中在595nm處(激發531nm的偏振光)測量的平行和垂直的熒光發射用于使用下式確定毫偏振水平(mp)：mp＝1000*(s-g*p)/(s+g*p)，其中s＝平行發射，p＝垂直發射，g＝0.65。每孔中的mp值作為抑制劑濃度的函數繪圖，并且利用prism5.0軟件(graphpadsoftware，sandiego，ca)使用數據的非線性最小二乘擬合為四參數等式來確定50％抑制(ic50)值。5-tamra-標記的bace020購自americanpeptidecompany，inc(sunnyvale，ca)并且以100mm溶解在dmso中用于存儲。在293-happ細胞中的aβ1-40測定。在穩定表達野生型人app(695)互補dna(cdna)的293-hek細胞(293-happ)中測量aβ1-40產生。細胞以每孔3x104個細胞接種在96孔平板中過夜。將含有多種抑制劑的新鮮培養基[dulbecco’s改良的eagle’s培養基(dmem)+10％胎牛血清(fbs)]與293-happ細胞溫育24小時。收集細胞培養基并且用aβ1-40htrf測定(cisbio)按照供應商的使用說明測定aβ1-40的存在。將aβ1-40值針對細胞存活性標準化，細胞存活性用celltiter-glo發光細胞存活性測定(celltiter-gloluminescentcellviabilityassay，promega)確定。實驗進行至少3次，并且每次實驗中的每個點一式兩份重復。數據用4-參數非線性回歸曲線-擬合程序(kaleidagraph，synergysoftware)繪圖。結果選擇在外部位點結合bace1的肽兩種類型的噬菌體展示的首次用于實驗的肽文庫，線性-lib和環形-lib用來選擇bace1配體，最初使用平板分選形式進行。初始淘選鑒定一組具有保守的φpyfφ基序的肽，其與之前報道的來源于噬菌體展示的肽相似(圖1a)(kornacker，m.g.等(2005)biochemistry(生物化學)44：11567-73)。合成選擇的肽，bace010和bace11，并且在bace1htrf活性測定中檢測。bace010是非常弱的bace1抑制劑，而bace011是bace1的激活劑(圖1b)。噬菌體展示的肽bace010和bace011與bace1的結合與肽bms1競爭(圖1c)，其之前描述為外部位點-結合肽(komacker，m.g.等(2005)biochemistry(生物化學)44：11567-73)。競爭性結合以及相似的序列基序表明這些肽結合bace1上相同的外部位點(exosite)。選擇不與bace1外部位點結合的肽為了獲得不與bace1的外部位點結合的肽，我們使用首次用于實驗的文庫在存在100μm外部位點-結合肽bace010(ac-sgpyfieymsav-nh2)(seqidno：21)的條件下進行bace1的溶液分選。在使用該競爭選擇策略進行四輪溶液淘選后，環形肽文庫中有一種肽，命名為bace017，被鑒定為也與bace1結合的具有不同序列的肽(圖2)。為了提高bace017的親和性，使用bace017序列作為母本構建軟隨機文庫。以增加嚴謹性的四輪淘選后，鑒定了31種肽，其以比母本更強的斑點噬菌體elisa信號結合bace1，表現為超過5倍的顯著的信號/噪聲比提高。這些肽的序列比對和序列標識表明與母本的主要需要差異為his4變為ser4，這可能解釋親和力增加(圖2)。肽選擇性抑制bace1酶活性并且與活性位點結合配體競爭選擇四種信號/噪聲比超過20的環形肽用于肽合成，命名為bace018-021，并且進行兩種類型的酶活性測定。bace025-028分別是bace018-021的肽，其中cys被ser置換，以研究二硫鍵對其抑制活性的重要性。在htrf酶活性測定(圖3a)中，bace018-021肽以10-70nm的ic50值抑制酶活性，與bace017相比，具有多至100倍的效力提高。這些肽的線性版本，bace025-028，不再抑制bace1活性，這表明二硫鍵對于抑制作用是必需的(表2)。bace020是通過htrf酶活性測定所示具有最佳抑制活性的肽，并且選擇其用于進一步的研究。使用生物素酰化的bace020和濃度依賴性的加入bace020、om99-2或bms1肽進行競爭性結合elisa實驗。如預測的，生物素酰化的bace020與外部位點-結合肽配體bms1沒有競爭(圖3b)。然而，在活性位點結合的肽抑制劑om99-2不競爭生物素酰化的bace020的結合，這表明bace020也在所述活性位點結合。使用上文提及的用于確定ic50值的競爭性結合fp測定用系列稀釋的肽測量bace1肽配體的親和力。caliper測定用來測量肽配體對bace1酶活性的抑制。如表2所示，通過fp測定測量的親和力與通過caliper測定測量的抑制活性相關。此外，對于肽bace017-021和bace025-028，通過caliper測定測量的ic50值與通過htrf測定測量的那些相一致。為了研究結構-活性關系，我們合成了一組在每個位置具有丙氨酸置換的肽以及從bace020的n端截短的肽。fp結合和caliper活性測定都用來評估對這些肽的親和力和抑制活性(表2)。用a1a替換asp1，glu2，gly11，ile12，gly13和gly15，以及剪截asp1和gly2不影響bace020的親和力和抑制活性，這表明這些殘基如果有任何相互作用能的話沒有貢獻太多。glu3突變為ala，以及截短至位置4(bace031)減弱所述親和力和抑制活性3-4倍，并且用ala置換tyr6和leu10具有相似的親和力損失，這表明這些殘基對結合能有中等貢獻。當用丙氨酸置換arg8，leu9，ser4和met5時，觀察到肽活性的最顯著的減少。特別地，arg8突變為ala的突變體在競爭性結合和酶測定中完全沒有活性。用精氨酸類似物賴氨酸、鳥氨酸和瓜氨酸置換arg8(分別為bace058-060)在某種程度上拯救肽活性，但是不能恢復全部活性。bace030是具有全部活性的抑制性肽配體的最小版本，并且用來獲得肽-bace1復合物的晶體結構(參見實施例4)。由于沒有緊密相關的天冬氨酸蛋白水解酶bace2或組織蛋白酶d的抑制，因此，bace030對bace1的抑制是特異性的。表2.通過fp競爭結合測定、caliperbace1活性測定和htrfbace1活性測定確定人bace1的肽配體(按出現的順序分別為seqidnos22-24，21，25-26，14-17，27-31，19，18和32-53)的抑制活性和結合親和力*速率增加的，數據是ec50而不是ic50#x＝l-鳥氨酸&x＝l-瓜氨酸在基于細胞的測定中，bace1肽抑制劑減少aβ由于肽是體外bace1酶活性的有力的抑制劑，接著在更代表生理狀態的細胞環境的情形中確定其是否是bace1的抑制劑。使用穩定轉染app的293-hek細胞進行濃度依賴性抑制測定。bace020確實是aβ產生形成的有力的抑制劑(圖4)。bace030，其在n端截短兩個殘基，也表現出有力的抑制(圖4)。bace027，bace020的cys突變為ser的線性類似物，以及外部位點結合肽bms1，沒有表現出抑制，這與酶結果一致。然而，不是所有的酶促抑制劑都表現出有力的活性位點結合擬肽bace1抑制劑om99-2所顯示的細胞活性(圖4)。為了完整性和比較，對于有力的活性位點結合小分子抑制劑gsk-8e(charrier，等，j.med.chem.(醫學化學雜志)51：3313-3317(2008))和外部位點結合抗-bace1抗體也顯示細胞抑制作用(圖4)(atwal，j.k.等(2011)scitranslmed3：84ra43)。實施例2：bace020溶液結構和與bace1結合的nmr譜nmr譜bace020溶解在含有50mm磷酸鈉ph6.5和150mm氯化鈉的緩沖液中至終濃度為2mm。為了在d2o中的測量，將樣品凍干并且重新溶解在100％d2o中。在裝配有室溫三聯共振探針的brukerdrx800光譜儀上以280k捕獲nmr譜(1h1d譜，2d-2qfcosy，2d-tocsy和2d-noesy譜)。用topspin(bruker)處理譜圖，并且使用ccpn分析軟件(vranken，w.f.等(2005)proteins(蛋白質)59：687-96)進行光譜分析。通過標準方法分配1h化學位移(wüthrich，k.(1986)nmrofproteinsandnucleicacids(蛋白質和核酸的nmr).newyork，wiley)。距離抑制(distancerestraints)來源于在h2o和d2o中記錄的具有300ms混合時間的1h同核二維noesy譜圖(1hhomonucleartwo-dimensionalnoesyspectra)。骨架角的抑制來源于由高分辨率2qf-cosy譜確定的3j(hn，hα)偶聯常數，ω2橫截面通過hn-hα(kim，y.m.等(1989)jmagres(磁共振雜志)84：9-13)。由在d2o中測量的cosy-35譜獲得關于χ1角的3j(hα，hβ)偶聯常數(cavanagh，j.(2007)proteinnmrspectroscopy：principlesandpractice(蛋白質nmr譜：原理和實踐).amsterdam；boston，academicpress)。為了確定bace020在bace1蛋白上的結合位點，用增加量的bace020滴定30μm完全2h/15n-標記的bace1的樣品，直至達到1∶1.5的摩爾化學計量。超過1∶1的摩爾化學計量在記錄的trosy1h，15n相關性譜圖中沒有觀察到進一步的改變。對于在滴定過程中容易控制的共振，使用每個殘基的加權化學位移變化定量化學位移微擾(chemicalshiftperturbations)：其中ddhn和ddn分別是1hn和15n的化學位移的變化。nmr結構計算對于bace020的實驗確定的距離和二面角抑制(dihedralrestraints)(見表3)使用aria2.2(rieping，w.等(2007)bioinformatics(生物信息學)23：381-2)和cns(brunger，a.t.等(1998)actacrystallogrdbiolcrystallogr54：905-21)用于模擬的退火流程中。在計算過程中不用氫抑制。使用procheck分析結構性質(laskowski，r.a.等(1996)jbiomolnmr(生物分子nmr雜志)8：477-86)。用molmol(koradi，r.等(1996)jmolgraph14：51-5，29-32)和pymol(thepymolmoleculargraphicssystem，version1.3，llc)制作繪圖顯示。表3.關于bace020肽的溶液結構的nmr結構統計學統計學基于bace020的十個(在100個計算的中)最低能量溶液結構的全體而報道。cnserepel函數用來模擬范德華相互作用，使用‘prolsq′范德華半徑，能量常數為25.0kcal1kcal＝4.18kj。坐標精確性作為關于其平均結構的nmr全體中的十個最低能量結構的cartesian坐標r.m.s.d.給出。#結構性質使用procheck進行分析(laskowski，r.a.等(1996)jbiomolnmr(生物分子nmr雜志)8：477-86)。noesy來源的距離抑制與使用50kcalmol-1的能量常數的軟方阱勢(softsquare-wellpotential)一起使用。二面角抑制使用200kcalmol-1rad-2的能量常數應用。關于鍵長的力常數為1000kcalmol-1關于角度和假二面角(improperdihedrals)的力常數為500kcalmol-1rad-2。bace020的nmr分析揭示其溶液結構bace020的1hnmr譜圖分析表明bace020在溶液中具有確定的結構。基于該初始評估，通過同核nmr譜解析bace020的結構(圖5a)。多肽充分限定在glu3與cys14之間。殘基glu3至leu10形成n端螺旋，其通過cys7與cys14之間的二硫鍵與c端連接。tyr6，leu9，leu10和ile12的側鏈在結構的一側形成疏水簇。由于用絲氨酸殘基置換半胱氨酸(bace027)導致結構和活性二者的喪失，因此，二硫鍵是至關重要的。bace020在bace1上的結合位點的圖譜為了確定bace020在bace1上的結合位點的位置，使用完全2h/15n標記的bace1通過nmr譜進行滴定實驗。用于此的bace1構建體(殘基43-453)與公布化學位移指定的構建體非常相似，這允許轉化幾乎所有的指定并且在每個殘基的水平上追蹤化學位移微擾(liu，d.等(2004)jbiomolnmr(生物分子nmr雜志)29：425-6)。當向bace1中加入bace020時，未結合的bace1的大量共振逐漸消失，并且在譜圖的不同位置出現新信號。因此，結合處于nmr時間范圍的緩慢交換方案中，如關于高親和性相互作用所預測的。將未結合的bace1的trosy譜與同bace020復合的bace1的譜進行比較(參見圖5b)。對于多種共振，基于鄰近性處于結合狀態的哪種與處于游離狀態的那種相對應是明顯的。認為明顯受bace020結合的影響但是具有未知的新位置的bace1共振是獨立的一類，原因在于化學位移微擾不能進行量化。bace020誘導的變化位于圍繞底物-結合溝的n和c端片狀物(lobes)的界面上。(參見圖5c)。兩個催化天冬氨酸殘基進行化學位移微擾(圖5b)，這表明結合位點與活性位點緊密相鄰。另外，添加bace020影響蓋(flap)中的多種共振，這進一步表明所述肽結合在底物-結合溝中。已知該蓋對不同分子在活性位點的結合非常敏感，并且可以采取多種構象來容納不同的配體。實施例3：通過bace1的定點誘變繪制肽結合位點人bace1ecd突變體的構建、表達和純化在prk載體中制備人bace1突變體，所述載體包含bace1信號肽，接著是其細胞外結構域(ecd)(殘基22-457)和c端his8標簽(seqidno：54)。使用iixl定點誘變試劑盒(agilenttechnologiesstratageneproducts，lajolla，ca)使用適當的寡核苷酸制備突變，并且通過dna測序證實。使用在1升發酵器中生長的中國倉鼠卵巢細胞瞬時表達蛋白，并且2周后收集培養物。離心后，通過在ni-nta瓊脂糖(qiagen，valencia，ca)將來自培養液的突變蛋白純化至均質性(純度＞95％)。用含有10mm咪唑的pbs洗滌后，用含有200mm咪唑的pbs洗脫蛋白，并且匯集洗脫物，使用vivaspin20(sartorius-stedim，goettingen，德國)濃縮，并且應用到用20mmhepesph7.2，150mmnacl平衡的superdex20010/300gl柱(gehealthcarebio-sciencesab，uppsala，瑞典)上。收集蛋白峰，濃縮，并且通過a280確定蛋白濃度。純化的蛋白通過sds-page顯示正確的分子量；觀察到的粗條帶可能是由于異源糖基化所致。生物素酰化的bace020肽結合測定通過96孔平板測定確定生物素酰化的bace020與重組蛋白的結合。將maxisorp微量滴定平板(nalgenuncinternational，rochester，ny)用在50mm碳酸鹽，ph9.6中的2μg/mlbace1突變體在4℃包被過夜。包被的孔用緩沖液(pbs，0.05％聚山梨醇酯20)洗滌，并用測定緩沖液(pbs，ph7.4，0.5％bsa，0.05％吐溫20，15ppmproclin)在室溫輕輕搖動下封閉1小時。封閉后，加入稀釋在測定緩沖液中的不同濃度的具有聚乙二醇(peg)間隔體的c端生物素標記的bace020肽(ac-neesmycrllgigcg-(peg)3-生物素(seqidno：16)；ac-neesmycrllgigcg-conh-ch2-(ch2-ch2-o-)3-(ch2)3-nh-生物素(seqidno：16))，并且將平板在室溫輕輕搖動溫育1小時。洗滌后，通過加入鏈霉抗生物素蛋白-辣根過氧化物酶綴合物(gehealthcare，piscataway，nj)、然后加入tmb/h2o2底物(kpl，gaithersburg，md)檢測與平板結合的肽的量。反應用1m磷酸猝滅，并且在moleculardevicesspectramaxplus384微量平板讀數儀上測量a450。利用kaleidagraph使用4參數非線性回歸曲線-擬合程序(synergysoftware，reading，pa)確定給出半最大有效濃度的濃度(ec50)。使用固定量的生物素酰化的bace020和濃度依賴性加入的肽(例如bace020，om99-2或bms1)進行競爭性結合實驗。利用kaleidagraph使用4參數非線性回歸曲線-擬合程序確定給出半最大有效濃度的濃度(ec50)。結果為了確定作為肽結合區域的活性位點，在由om99-2結合確定的底物-結合溝中制備bace1的突變體(hong，l.等(2000)science(科學)290：150-3)。使用elisa測定確定生物素酰化的bace020結合bace1和突變體的能力。以ec50(mut)/ec50(wt)的相對ec50值確定結合親和力減少的倍數，其在表3中列出。表4.與bace1突變體的相對生物素酰化的bace020結合*(表示基于結構編號方式的殘基號)實施例4：通過與bace1復合的bace030的x-射線晶體學確定結構bace1蛋白表達和純化通過blueheron核查具有c端his6標簽(seqidno：55)的人bace157-453或bace143-453dna，克隆到pet29a(+)載體中，并且轉化到bl21(de3)細胞中。表達用1mm異丙基β-d-1-硫代吡喃型半乳糖苷(iptg)誘導在37℃進行4小時。細胞用微射流機(microfluidizer)裂解，并且分離包含bace1的包涵體，用te(10mmtris·hclph8.0和1mm乙二胺四乙酸(edta))緩沖液洗滌兩次。包涵體用7.5m尿素，100mmampsoph10.8和100mmβ-巰基乙醇(bme)在室溫溶解2小時，然后以12,000rpm離心30分鐘。然后，用7.5m尿素，100mmampsoph10.8稀釋上清液，以獲得od280～1.5-2.0。通過先將溶解的bace11∶20倍稀釋在冷水中，然后在4℃輕輕攪拌樣品3周以允許重折疊反應發生而進行重折疊。重折疊的bace1的純化包括3個柱步驟。首先將蛋白上樣到50ml用具有0.4m尿素的20mmtrisph8.0預先平衡的q瓊脂糖快速流動(qsepharosefastflow，gehealthcare)柱上，并用0-0.5mnacl的鹽梯度洗脫。匯集峰級分，用20mmtrisph8.0緩沖液稀釋5倍，并且上樣到sourcetm15q柱(gehealthcare)上。使用0-0.3mnacl的梯度洗脫bace1。匯集含有bace1蛋白的級分，濃縮，用在superdexs75柱上進一步純化在25mmhepesph7.5，150mmnacl中。與bace1復合的bace030的結晶將純化的bace157-453在如上述相同的緩沖液中濃縮至11mg/ml，并且用1mm肽bace030(初始以100mm溶解在100％dmso中)在4℃溫育1小時。然后，通過將0.2μlbace1蛋白儲液與0.2μl含有20％peg3350和0.1mbis-trisph5.5的儲庫溶液(reservoirsolution)在環境溫度混合通過坐滴蒸汽擴散法(settingdropvapordiffusionmethod)進行結晶。晶體出現并且在3天內生長至完全的尺寸。晶體從結晶液滴中成環析出并且迅速轉移到冷凍保護劑溶液(母液加20％甘油)中少于1分鐘，然后在液氮中驟冷而成環析出所述冷凍保護劑液滴。數據收集和結構確定使用單一x射線束在鉆石光源(diamondlightsource，dls)光束線i02確定衍射數據。在數據收集的整個過程中保持晶體處于低溫溫度。x射線檢測裝置是放置在距離晶體170mm處的adsc量子-315ccd檢測器。對于單一晶體應用旋轉法，以收集完整的數據組，其中每幀擺動0.5°并且總的楔(wedge)大小為140°。然后將數據指標化，積分，并使用程序hkl2000(otwinowski，z.等(1997)methodsenzymol.(酶學方法)276：307-325)換算(scaled)。數據處理的統計學顯示在表5中。使用分子置換(mr)法利用程序phaser(mccoy，a.j.等(2007)japplcrystallogr40：658-674)解析結構。matthews系數計算結果指示每個不對稱單位由一種bace1/肽復合物和50％溶劑組成。因此，進行mr計算以搜尋bace1細胞外結構域的三個亞基的一個組。bace1的搜尋模型來自bace1結構1fkn(hong，l.等(2000)science(科學)290：150-3)。在bace1活性位點中，在由于肽結構導致的不同的電子密度譜圖中觀察到大的陽性峰。顯著的構象變化發生在bace1中，特別是在蓋區域中。利用程序coot(emsley，2004)進行手工重建。反復利用程序refmac5(murshudov，g.n.等(1997)actacrystallogrdbiolcrystallogr53：240-55)和phenix(adams，2010)使用最大相似度靶標函數、各向異性個體b-因子精修法和tls精修法進行結構精修以獲得0.164的最終r因子和0.194的rfree。結構精修的統計數據顯示在表5中。表5.晶體學數據統計1rsym＝∑|ihi-ih|/∑ihi，其中ihi是經換算的第i次對反射h的對稱相關觀察的強度，并且ih是平均值。2括號中的值是最高分辨率殼層的值。3rcryst＝∑h|foh-fch|/∑hfoh，其中foh和fch是反射h的觀察的和計算的結構因子振幅。4對不包括在精修中的5％隨機選擇的反射計算rfree的值。靶向環形肽抑制劑的活性位點的結構基礎為了表征bace030肽與bace1催化結構域之間的相互作用，以的分辨率確定二元復合物的晶體結構。在使肽滲透成幾種已知的晶體形式的無用的試驗后，通過共同結晶結合所述肽。如圖7a所示，bace030結合在催化溝上，所述催化溝位于bace1通常稱為蓋區的柔性環片段下。所述蓋區可以采用如在與bace1結合的om99-2和小分子抑制劑的晶體結構中觀察到的多種構象(hong，l.等(2000)science(科學)290：150-3；cole等，(2008)bioinorganicmed.chem.lett.18：1063-1066；pael等，(2004)j.mol.biol.(分子生物學雜志)343：407-416)。當bace030結合時，與用典型的線性底物樣抑制劑om99-2觀察到的底物結合構象中的其閉合的位置(pdb登記編號1fkn)(hong，l.等(2000)science(科學)290：150-3)相比較，蓋打開約(基于thr72的cα)，并且容納更大的螺旋肽。結合狀態的bace030保持在溶液中通過nmr觀察到的α-螺旋結構(參見實施例2)。cys5與cys12之間的二硫鍵保持這樣的二級結構，這強調對在這兩個位置的半胱氨酸殘基的絕對需要。其支持使用首次用于實驗的環形噬菌體文庫進行篩選的觀點，盡管天然bace1底物是線性的并且與bace1活性位點的結合的α-螺旋肽似乎是違反直覺的。復合物的結構揭示與噬菌體展示結果緊密相關的特征。大部分肽殘基參與結合相互作用。不變的arg6，稱為“精氨酸指”，其側鏈伸入到催化中心并且與兩個催化半胱氨酸形成雙配位的鹽橋(圖7b)。這樣的官能性非常類似于通常在小分子bace1抑制劑中觀察到的“彈頭”基團的官能性。bace030的met3和leu7分別背離bace1表面上的疏水口袋s1和s3位點。s1位點似乎是混雜的，并且可以耐受相似尺寸的不同的疏水殘基(例如，ile，leu，met，與肽噬菌體數據一致)，而s3位點需要leu。tyr4，肽中的另一個高度保守的殘基，與bace1上包含殘基107-111(y-環)的小溝(之前未認識到的用于抑制劑結合的位點)結合。鑒于其與催化中心的鄰近性，該位點可能被潛在地靶向用于小分子抑制劑設計。y-環相互作用由于存在leu8而增強，并且又由于存在疏水性但較不保守的殘基leu10而增強(圖7c)。gly9和gly11為leu10提供柔性，以包裝在疏水核心上。在肽的n端，高度保守的glu1側鏈與bace1的arg235形成鹽橋。ser2在螺旋的n端放置帽。與om99-2和om03-4非水解的底物模擬物(hong，l.等(2000)science(科學)290：150-3；turner，r.t.，3rd等(2005)biochemistry(生物化學)44：105-12)相比，bace030占據p側(p1-p4)的底物溝，其中肽鍵朝向底物方向相反的方向。bace030利用“精氨酸指”在其催化天冬氨酸殘基處與bace1結合，因此防止呈現易切斷的肽鍵的任何機會。序列表<110>健泰科生物技術公司<120>bace1的肽抑制劑<130>gne-0394pct<140><141><150>61/627,573<151>2011-10-14<160>96<170>patentinversion3.5<210>1<211>501<212>prt<213>智人（homosapiens）<400>1metalaglnalaleuprotrpleuleuleutrpmetglyalaglyval151015leuproalahisglythrglnhisglyileargleuproleuargser202530glyleuglyglyalaproleuglyleuargleuproarggluthrasp354045glugluproglugluproglyargargglyserphevalglumetval505560aspasnleuargglylysserglyglnglytyrtyrvalglumetthr65707580valglyserproproglnthrleuasnileleuvalaspthrglyser859095serasnphealavalglyalaalaprohispropheleuhisargtyr100105110tyrglnargglnleuserserthrtyrargaspleuarglysglyval115120125tyrvalprotyrthrglnglylystrpgluglygluleuglythrasp130135140leuvalserileprohisglyproasnvalthrvalargalaasnile0alaalailethrgluserasplysphepheileasnglyserasntrp165170175gluglyileleuglyleualatyralagluilealaargproaspasp180185190serleugluprophepheaspserleuvallysglnthrhisvalpro195200205asnleupheserleuglnleucysglyalaglypheproleuasngln210215220sergluvalleualaservalglyglysermetileileglyglyile225230235240asphisserleutyrthrglyserleutrptyrthrproileargarg245250255glutrptyrtyrgluvalileilevalargvalgluileasnglygln260265270aspleulysmetaspcyslysglutyrasntyrasplysserileval275280285aspserglythrthrasnleuargleuprolyslysvalphegluala290295300alavallysserilelysalaalaserserthrglulyspheproasp305310315320glyphetrpleuglygluglnleuvalcystrpglnalaglythrthr325330335protrpasnilepheprovalileserleutyrleumetglygluval340345350thrasnglnserpheargilethrileleuproglnglntyrleuarg355360365provalgluaspvalalathrserglnaspaspcystyrlyspheala370375380ileserglnserserthrglythrvalmetglyalavalilemetglu385390395400glyphetyrvalvalpheaspargalaarglysargileglypheala405410415valseralacyshisvalhisaspglupheargthralaalavalglu420425430glyprophevalthrleuaspmetgluaspcysglytyrasnilepro435440445glnthraspgluserthrleumetthrilealatyrvalmetalaala450455460ilecysalaleuphemetleuproleucysleumetvalcysglntrp465470475480cyscysleuargcysleuargglnglnhisaspaspphealaaspasp485490495ileserleuleulys500<210>2<211>476<212>prt<213>智人<400>2metalaglnalaleuprotrpleuleuleutrpmetglyalaglyval151015leuproalahisglythrglnhisglyileargleuproleuargser202530glyleuglyglyalaproleuglyleuargleuproarggluthrasp354045glugluproglugluproglyargargglyserphevalglumetval505560aspasnleuargglylysserglyglnglytyrtyrvalglumetthr65707580valglyserproproglnthrleuasnileleuvalaspthrglyser859095serasnphealavalglyalaalaprohispropheleuhisargtyr100105110tyrglnargglnleuserserthrtyrargaspleuarglysglyval115120125tyrvalprotyrthrglnglylystrpgluglygluleuglythrasp130135140leuvalserileprohisglyproasnvalthrvalargalaasnile0alaalailethrgluserasplysphepheileasnglyserasntrp165170175gluglyileleuglyleualatyralagluilealaargleucysgly180185190alaglypheproleuasnglnsergluvalleualaservalglygly195200205sermetileileglyglyileasphisserleutyrthrglyserleu210215220trptyrthrproileargargglutrptyrtyrgluvalileileval225230235240argvalgluileasnglyglnaspleulysmetaspcyslysglutyr245250255asntyrasplysserilevalaspserglythrthrasnleuargleu260265270prolyslysvalpheglualaalavallysserilelysalaalaser275280285serthrglulyspheproaspglyphetrpleuglygluglnleuval290295300cystrpglnalaglythrthrprotrpasnilepheprovalileser305310315320leutyrleumetglygluvalthrasnglnserpheargilethrile325330335leuproglnglntyrleuargprovalgluaspvalalathrsergln340345350aspaspcystyrlysphealaileserglnserserthrglythrval355360365metglyalavalilemetgluglyphetyrvalvalpheaspargala370375380arglysargileglyphealavalseralacyshisvalhisaspglu385390395400pheargthralaalavalgluglyprophevalthrleuaspmetglu405410415aspcysglytyrasnileproglnthraspgluserthrleumetthr420425430ilealatyrvalmetalaalailecysalaleuphemetleuproleu435440445cysleumetvalcysglntrpcyscysleuargcysleuargglngln450455460hisaspaspphealaaspaspileserleuleulys465470475<210>3<211>457<212>prt<213>智人<400>3metalaglnalaleuprotrpleuleuleutrpmetglyalaglyval151015leuproalahisglythrglnhisglyileargleuproleuargser202530glyleuglyglyalaproleuglyleuargleuproarggluthrasp354045glugluproglugluproglyargargglyserphevalglumetval505560aspasnleuargglylysserglyglnglytyrtyrvalglumetthr65707580valglyserproproglnthrleuasnileleuvalaspthrglyser859095serasnphealavalglyalaalaprohispropheleuhisargtyr100105110tyrglnargglnleuserserthrtyrargaspleuarglysglyval115120125tyrvalprotyrthrglnglylystrpgluglygluleuglythrasp130135140leuproaspaspserleugluprophepheaspserleuvallysgln0thrhisvalproasnleupheserleuglnleucysglyalaglyphe165170175proleuasnglnsergluvalleualaservalglyglysermetile180185190ileglyglyileasphisserleutyrthrglyserleutrptyrthr195200205proileargargglutrptyrtyrgluvalileilevalargvalglu210215220ileasnglyglnaspleulysmetaspcyslysglutyrasntyrasp225230235240lysserilevalaspserglythrthrasnleuargleuprolyslys245250255valpheglualaalavallysserilelysalaalaserserthrglu260265270lyspheproaspglyphetrpleuglygluglnleuvalcystrpgln275280285alaglythrthrprotrpasnilepheprovalileserleutyrleu290295300metglygluvalthrasnglnserpheargilethrileleuprogln305310315320glntyrleuargprovalgluaspvalalathrserglnaspaspcys325330335tyrlysphealaileserglnserserthrglythrvalmetglyala340345350valilemetgluglyphetyrvalvalpheaspargalaarglysarg355360365ileglyphealavalseralacyshisvalhisaspglupheargthr370375380alaalavalgluglyprophevalthrleuaspmetgluaspcysgly385390395400tyrasnileproglnthraspgluserthrleumetthrilealatyr405410415valmetalaalailecysalaleuphemetleuproleucysleumet420425430valcysglntrpcyscysleuargcysleuargglnglnhisaspasp435440445phealaaspaspileserleuleulys450455<210>4<211>432<212>prt<213>智人<400>4metalaglnalaleuprotrpleuleuleutrpmetglyalaglyval151015leuproalahisglythrglnhisglyileargleuproleuargser202530glyleuglyglyalaproleuglyleuargleuproarggluthrasp354045glugluproglugluproglyargargglyserphevalglumetval505560aspasnleuargglylysserglyglnglytyrtyrvalglumetthr65707580valglyserproproglnthrleuasnileleuvalaspthrglyser859095serasnphealavalglyalaalaprohispropheleuhisargtyr100105110tyrglnargglnleuserserthrtyrargaspleuarglysglyval115120125tyrvalprotyrthrglnglylystrpgluglygluleuglythrasp130135140leuleucysglyalaglypheproleuasnglnsergluvalleuala0servalglyglysermetileileglyglyileasphisserleutyr165170175thrglyserleutrptyrthrproileargargglutrptyrtyrglu180185190valileilevalargvalgluileasnglyglnaspleulysmetasp195200205cyslysglutyrasntyrasplysserilevalaspserglythrthr210215220asnleuargleuprolyslysvalpheglualaalavallysserile225230235240lysalaalaserserthrglulyspheproaspglyphetrpleugly245250255gluglnleuvalcystrpglnalaglythrthrprotrpasnilephe260265270provalileserle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工序列描述:合成的肽"<400>46asngluglusermettyrcysargleuleuglyilealacysgly151015<210>47<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>47asngluglusermettyrcysargleuleuglyileglycysala151015<210>48<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>48asngluglusermetphecysargleuleuglyileglycysgly151015<210>49<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>49asnglugluhismettyrcysargleuleuglyileglycysgly151015<210>50<211>13<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>50glusermettyrcysalaleuleuglyileglycysgly1510<210>51<211>13<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>51glusermettyrcyslysleuleuglyileglycysgly1510<210>52<211>13<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<220><221>mod_res<222>(6)..(6)<223>l-鳥氨酸<400>52glusermettyrcysxaaleuleuglyileglycysgly1510<210>53<211>13<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<220><221>mod_res<222>(6)..(6)<223>l-瓜氨酸<400>53glusermettyrcysxaaleuleuglyileglycysgly1510<210>54<211>8<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的8xhis標簽"<400>54hishishishishishishishis15<210>55<211>6<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的6xhis標簽"<400>55hishishishishishis15<210>56<211>16<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>56serglyseraspilealaserleuprothrprotyrpheleuserile151015<210>57<211>12<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>57serglythrmetpheprotyrpheleugluvalgly1510<210>58<211>14<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>58serglycyspheasptyrprocyspheleuthrileaspile1510<210>59<211>14<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>59serglyasnileprophephetyrglyaspargpheleuasp1510<210>60<211>14<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>60serglyglyleuglypheprotyrpheilehisvalglyala1510<210>61<211>17<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>61serglyprotyrphevalglupheleuseralavalvalvalargser151015gly<210>62<211>18<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>62serglytyrprotyrpheproileileasnsergluasnileserser151015ileasp<210>63<211>11<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>63serglythrmetpheprotyrpheleugluval1510<210>64<211>18<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>64serglyglyleuproserglycysleuasptyrprocysphevalpro151015ileser<210>65<211>18<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>65serglytyrpheleucysleuphegluaspvaltrpvalsercysgly151015leuleu<210>66<211>18<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>66serglytyrpheleucysalaphealahisglytrpalaleucysasn151015alaasp<210>67<211>18<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>67serglyvalhistyrpheleucysilevalglusercysservaltyr151015proala<210>68<211>18<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>68serglyvalphephemetalacysasptyrvalasncysthraspphe151015serval<210>69<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>69asnmetgluservalhiscysargleuleuglyleuglycysgly151015<210>70<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>70asnglugluseriletyrcysargleuleuglyleuglycysgly151015<210>71<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>71lysglugluasniletyrcysargleuleuserleuglycysser151015<210>72<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>72asnglugluseriletyrcysargleuleuglyleualacysgly151015<210>73<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>73lysgluaspsermettyrcysargleuleuglyleuglycysgly151015<210>74<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>74valglugluseriletyrcysargleuleuglyleuglycysgly151015<210>75<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>75ileglugluseriletyrcysargleuleuglypheglycysgly151015<210>76<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>76asnglyaspasnmettyrcysargleuleuglyleuglycysglu151015<210>77<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>77aspvalgluservaltyrcysargleuleuglyleuglycysgly151015<210>78<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>78asnaspgluservaltyrcysargleuleuglyileglycysgly151015<210>79<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>79thrglugluserleutyrcysargleuleuglyvalglycysgly151015<210>80<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>80lysglugluserilehiscysargleuleuglyleuglycysgly151015<210>81<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>81asnvalgluhisilehiscysargleuleuglyleuglycysgly151015<210>82<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>82asnaspaspserleutyrcysargleuleuglyleuglycysgly151015<210>83<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>83tyrglugluseriletyrcysargleuleuglyileglycysgly151015<210>84<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>84thraspgluseriletyrcysargleuleuserilealacysgly151015<210>85<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>85lysglugluseriletyrcysargleuleuglyhisglycysgly151015<210>86<211>15<212>prt<213>人工序列<220><221>來源<223>/注釋=“人工序列描述:合成的肽"<400>86asnglugluasnmettyrcysargleumetglyileg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