一種與油菜分枝角度性狀qtl位點緊密連鎖的分子標記及應用
【專利摘要】本發明公開了一種與油菜分枝角度性狀QTL位點緊密連鎖的分子標記及應用，本發明以甘藍型油菜品種滬油19為母本與Purler為父本雜交，雜種F1自交構建F2分離群體進行分析，獲得分枝角度位點qBA1.A06；利用與該位點邊界的Indel標記設計引物檢測兩親本及F2群體，獲得與分枝角度位點緊密連鎖的分子標記BAIndel76和BAIdenl79；利用該標記引物可對兩親本雜交后的油菜基因型鑒定，利用該標記進行輔助選擇可以大大提高選擇效率，本發明為油菜株型的分子育種提供了一種新的遺傳標記，也為甘藍型油菜的分枝角度性狀位點的精細定位和相關基因的圖位克隆提供了有用信息。
【專利說明】
一種與油菜分枝角度性狀QTL位點緊密連鎖的分子標記及 應用
技術領域
[0001] 本發明屬于分子生物學及遺傳育種技術領域，更具體涉及一種與油菜分枝角度性 狀QTL位點緊密連鎖的分子標記及應用。
【背景技術】
[0002] 油菜是我國第一大油料作物，種植面積和產量均居于世界前列。油菜的產油量占 整個國產油料作物的55%之多，在國產植物油供給中占據主要地位，因此增加油菜的種植 面積及提高油菜的產量對保障我國食用植物油供給安全意義重大(王漢中等，2014)。然而， 隨著勞動力價格和生產成本的不斷上升，油菜的生產效益顯著降低，并因此導致最近幾年 油菜的種植面積停滯不前甚至逐年下降。油菜機械化普及程度差和油菜單產低下是限制油 菜產業發展的關鍵制約因素。傳統油菜生產采用手工操作每公頃需要180~225個用工，占 總成本的60%~70%;而加拿大等國家采用全程機械化操作，每公頃僅需15個用工，生產成 本遠低于我國，直接提高了油菜生產效益和國際競爭力(吳崇友等，2009)。雖然我國市場已 經可以批量生產油菜機械化裝備，但能滿足機械化生產并保持高產的油菜品種仍然十分匱 乏，致使我國油菜的機械化生產難以大面積推廣，影響油菜種植面積的穩定。同時我國油菜 產量相比加拿大等發達國家仍然差距較大。因此大力提高油菜機械化普及率和提高油菜產 量，是保證油菜產量的平穩增長及實現油菜現代化生產的關鍵因素，也是保障我國植物用 油供給安全的重要途徑。
[0003] 理想株型是提高作物產量的關鍵因素。水稻產量在經歷兩次飛躍之后出現了瓶 頸，而對水稻株型結構的改良有望獲得第三次飛躍(Xing and Zhang，2010)。選育形態與機 能兼顧的理想株型材料，打破作物單產徘徊不前的局面一直是育種的主要目標之一。通過 改良株型結構增加種植密度是近年來美國玉米能夠實現大面積高產的關鍵因素，并成為今 后美國玉米生產的發展趨勢(Foley et al. ,2011 ;Drewry et al. ,2014)。單子葉作物（如 水稻、玉米和小麥等)栽培中，葉傾角小及葉直立是植物冠層重要參數，可以使太陽光從上 到下輻射，從而提高光合效率，增加種植密度(Murchie et al.2009;Zhu et al.2010; Murchie and Rey nolds 2012；Drewry et al. 2014；Mansf ield and Mumm 2014)。隨著油 菜直播技術的大力推廣，通過株型改良提高種植密度對提高產量及實施機械化收割同樣有 重要意義。緊湊型油菜苗期葉片上挺，成株期分枝夾角小，使單個植株占用較少空間，適宜 高密度的種植，有利于提高群體光能利用率，增加生物學產量、提高經濟系數，從而獲得較 高產量(Cai et al.，2016)。同時，緊湊型油菜在密植條件下分枝部位適當提高，有效分枝 數及分枝長度都有部分降低，使油菜成熟期相對集中，植株間不相互交叉，更有利于開展油 菜的機械化收割，降低收獲造成的損失。因此，改良油菜株型，不僅能提高油菜產量，也可以 推動機械化生產的實施，符合我國油菜生產發展的長遠目標。
[0004] 傳統育種方法曾經為生產提供了許多優良油菜品種，但是由于育種周期長、選擇 效率低，已經無法完全滿足當前油菜生產的需要。隨著分子生物學和分子遺傳學的發展，對 性狀的選擇正在逐漸由表型選擇向基因型選擇過渡。分子標記輔助育種是將分子遺傳學與 傳統的表型選擇有效結合的一種新的手段，直接利用與目標性狀基因緊密連鎖或共分離的 分子標記對個體進行目標區域以及全基因組篩選，以達到提高目標性狀選擇效率、縮短育 種年限的目的。分子標記輔助選擇育種技術的關鍵是鑒定與重要農藝性狀緊密連鎖的DNA 分子標記。近年來，美國等發達國家都投入巨資開展這方面的研究工作。隨著水稻、玉米、小 麥等重要作物農藝性狀分子標記的開發，利用分子標記進行輔助選擇已漸趨成熟，目標性 狀也從簡單的單基因擴展到復雜的多基因數量性狀。隨著基因組學和測序技術的發展，油 菜分子標記研究日漸受到關注，研究領域涉及種質遺傳多樣性分析、遺傳圖譜構建、基因標 記和定位、品種純度鑒定、配合力預測、標記輔助選擇等多方面，并取得了重要進展。但與發 達國家相比，我國油菜分子育種研究還有較大差距，主要體現在:不能有效地發掘和利用種 質資源中的有利基因，缺乏有自主知識產權及育種價值的基因和標記等。
[0005] 大多數重要的農藝性狀(如產量、品質、抗性等)均表現數量性狀的遺傳特點，表型 連續分布且易受環境條件的影響，因此基于表型選擇的常規育種方法對復雜數量性狀的選 擇效果不好，致使育種效率低下，育種周期延長。分子標記技術和數量遺傳學結合，可以將 復雜的數量性狀分解為單個的數量性狀基因位點（quantitative trait loci，QTL)，然后 像研究質量性狀一樣對控制數量性狀的多個基因進行研究。QTL定位就是在遺傳分離群體 的基礎上，借助分子標記和遺傳圖譜，利用QTL作圖軟件對分離群體的數量性狀表型數據進 行分析，從而確定數量性狀基因在染色體上的位置和效應。然而，傳統的QTL定位方法需要 依賴作圖群體的構建以及分子標記的發展，過程周期長且工作量巨大，嚴重制約了 QTL定位 的進展。高通量測序是傳統測序技術的革命性改進，可以一次測定幾十萬到幾百萬條DNA分 子序列。該項技術結合混合群體分離分析法(Bulked Segregant Analysis，BSA)，在QTL定 位中得到快速發展(Takagi et al.，2013;Yang et al.，2013)。通過高通量測序技術結合 混合群體分離分析法，研究人員對控制水稻葉色和矮生的QTL位點進行了定位，并且發展出 了Mutmap的方法(Abe et al. ,2012)。水稻中六個苗期抗冷的QTL位點也利用該項技術鑒定 獲得(Yang et al.，2013)。以上結果說明，使用混合群體分離分析法結合高通量測序技術 可以對數量性狀進行快速定位。

【發明內容】

[0006] 本發明的目的是提供一種與油菜分枝角度性狀QTL位點緊密連鎖的分子標記，該 111(16 1分子標記的引物為：8八111(16 176卩：1'〇八八丁6(：(：1'(：1'(：1'(：1^61'(：1'，8八111(16 1761?: ATTCGCTGAGAACAAATCAT，BAIndel79F:TACCTAATTTCTGTAATTCGG，BAIndel79R: TGAGTAACAACATGGACAGC 〇
[0007] 本發明的另一個目的是提供了一種與油菜分枝角度性狀QTL位點緊密連鎖的分子 標記在油菜育種中的應用。該分子標記，或是基于其分子標記設計的引物，可用于培育株型 緊湊的甘藍型油菜品種及控制分枝角度基因的圖位克隆。本發明為油菜株型遺傳改良提供 了新手段，加速了油菜株型改良的進程，提高了育種的準確性和選擇效率。
[0008] 為了達到上述目的，本發明采取以下技術措施：
[0009] -種與油菜分枝角度性狀QTL位點緊密連鎖的分子標記，通過下述方式獲得：
[0010] (1)利用分枝角度大的油菜品種滬油19和分枝角度小的Pur 1 er (Harsh Garg， Linda M.Kohn，M.Andrew，Hua Li，Krishnapillai Sivasithamparam,M.J.Barbetti., Pathogenicity of morphologically different isolates of Sclerotinia sclerotiorum with Brassica napus and B.juncea genotypes.Eur J Plant Pathol DOI 10.1007/sl0658-009-9547-7)雜交，雜種FI代自交產生F2代分離群體。
[0011] (2)對F2代分離群體的每一個單株及兩個親本材料進行分枝角度測定。具體方法： 對分離F2群體每個單株和兩個親本材料采用圖像采集系統測量分枝角度（汪文祥等， 2015)，取5個上部分枝進行角度測量，取平均值后，獲得每個單株的分枝角度；
[0012] (3)在F2群體中選取分枝角度極端大和極端小的單株各30株，采用CTAB法提取親 本Purler和滬油19及F2分離群體的葉片總DNA，過程中所用到的試劑包括提取液（1.4M NaCl，100mM Tris，PH 8.0,20mM EDTA，pH 8.0,2%CTAB)、氯仿、異戊醇和無水乙醇；
[0013] (4)將30份分枝角度極端大單株的DNA等量混合組成大角度池，30份分枝角度極端 小單株的DNA等量混合組成小角度池，采用11 lumina公司的HiSeq 2500對兩個混池和兩個 親本進行全基因組測序，每個池均構建350bp文庫，兩個DNA混池測序深度為40 X，兩個親本 的測序深度為16 X ;
[0014] (5)將小角度池和大角度池獲得的序列使用BWA軟件與甘藍型油菜Darmor基因組 進行比對，然后使用SAMtools軟件(Li&Durbin，2009)進行SNP分析，參考Takagi等（2013)中 的SNP-index計算方法，計算小角度池和大角度池中檢測出的全部SNP的SNP-index，之間相 減的差值為Δ (SNP-index);
[0015] (6)以1Mb為單位窗口，10kb為滑動窗口計算每個窗口的平均SNP-index。以每條染 色體的物理位置為橫坐標，Δ (SNP-index)為縱坐標繪制小角度池和大角度池的SNP-index 圖，根據無效假設原理，假設基因組上沒有QTL位點，計算每個△ (SNP-index)在95%置信水 平下的閾值；
[0016] (7)由于與分枝角度相關的QTL位點在小角度池中的SNP-index大于0.5,在大角度 池中的SNP-index會小于0.5,因此Δ (SNP-index)大于此處的閾值，根據這些分析，選定A06 染色體上的區間為候選QTL區間；
[0017] (8)通過bwa/samtools軟件對兩親本進行比對(Li&Durbin2009)，找到兩者之間的 插入和缺失的位置，使用?1'；[1]16沾設計的406染色體上111(161標記，利用特異性的111(161標記 分析F2群體中每個單株的基因型，QTL檢測采用改良的復合區間作圖法(Li et al.，2007)， 以2.0為L0D閾值，大于2.0說明存在一個QTL位點，從而驗證了A06染色體上分枝角度QTL，確 定了與其緊密連鎖的分子標記BAIndel76(本發明或稱為BAInd76或A6Ind76或Bnlndel76) 和 BAIndel79(本發明或稱為 BAInd79 或 A6Ind79 或 Bnlndel79)，其引物序列為 BAIndel76F: TCAATGCCTCTCTCTTGTCT，BAIndel76R:ATTCGCTGAGAACAAATCAT，BAIndel79F: TACCTAATTTCTGTAATTCGG,BAIndel79R：TGAGTAACAACATGGACAGC；
[0018] (9)利用上述的技術措施，
【申請人】最終獲得了油菜分枝角度的QTL位點qBAl.A06， 該位點位于油菜A06染色體上，與基于該位點開發的Indel標記BAIndel76和BAIndel79緊密 連鎖，利用改良的復合區間作圖法分析出其對油菜分枝角度的貢獻率為17.17%，L0D值為 11.14，加性效應為-2.65，顯性效應為-0.59。
[0019] -種與油菜分枝角度性狀QTL位點緊密連鎖的分子標記在油菜育種中的應用，基 于該QTL開發的Indel標記BAInde 176和BA Indel 79的引物分別為：BA Indel 76F: TCAATGCCTCTCTCTTGTCT，BAIndel76R:ATTCGCTGAGAACAAATCAT，BAIndel79F: TACCTAATTTCTGTAATTCGG，BAIndel79R:TGAGTAACAACATGGACAGC;利用該引物對待檢測株系 的DNA進行擴增，通過分子標記多態性，可快速對不同分枝角度的油菜進行篩選。
[0020]本發明的積極效果：
[0021 ]本發明首次定位了油菜小角度品種Pur 1 er中控制分枝角度的主效QTL位點，可解 釋17.17%的表型方差。在常規育種方法中，分枝角度表型鑒定要等到成熟期，費時費力且 選擇效率低下（分枝角度受種植密度等影響較大）。通過檢測分枝角度主效基因位點，可以 在苗期進行淘汰，不僅節約生產成本而且大大提高選擇效率。本發明中分枝角度主效基因 位點位置明確，主效基因位點的檢測方法方便快捷，不受環境影響。通過檢測與分枝角度性 狀相關的分子標記，即可預測分枝角度的大小，進而準確快速篩選小角度優良單株。
【附圖說明】
[0022]圖1為本發明的技術流程圖。
[0023]圖2為兩親本之間分枝角度圖。
[0024]上部為上分枝圖，下部為下部分枝圖。
[0025]圖3為滬油19和Purler組合F2群體在武漢種植時的分枝角度分布圖。
[0026]橫坐標表不分枝頻數分布，縱坐標表不單株數目。結果表明分枝角度表型呈正態 分布，且變異范圍較寬，證明分枝角度屬于數量性狀。
[0027]圖4為DNA混池加全基因組獲得的分枝角度A06染色體上候選區間QTL圖。
[0028] 橫坐標表示染色體物理位置，縱坐標為Δ (SNP-index)值。
[0029]圖5為一種位于A06染色體上的分枝角度基因位點L0D曲線示意圖。
[0030]圖中橫坐標表示連鎖群，縱坐標表示L0D值。
[0031] 圖6為利用分子標記BAIndel76和BAIndel79對F3單株進行基因型分析和篩選示意 圖。
[0032] 圖7為利用分子標記BAIndel76和BAIndel79對自然群體進行篩選的結果。
[0033] A代表親本滬油19帶型，B代表親本Purler帶型。
【具體實施方式】 [0034] 實施例1:
[0035] 油菜分枝角度分離群體的構建及性狀測定：
[0036] 本實施例中使用油菜大分枝角度材料滬油19和小分枝角度材料Purler雜交構建 F2分離群體。在油菜成熟期從F2群體中隨機選取277個系及兩親本取分枝角進行測量，具體 取樣及測量方法見汪文祥等(2015)方法。
[0037] 實施例2:
[0038]親本及F2群體葉片總DNA的提取：
[0039] 利用CTAB法對葉片提取總DNA，具體步驟如下：
[0040] (1)取0.5克新鮮葉片放入2毫升離心管中，加入200微升2倍的CTAB提取液，再加入 鋼珠置于自動研磨儀上進行研磨，研磨完成后再往離心管中加入500微升2倍的CTAB提取液 置于65°C恒溫水浴30分鐘，其間混合2-3次；
[0041 ] (2)加等體積的氯仿:異戊醇(24:1，V/V)，輕輕顛倒使其充分混勻，在1 OOOOrpm離 心10分鐘，輕輕吸取400微升上清液轉入另一1.5毫升離心管；
[0042] (3)向上清液中加入1/10體積(40微升）的醋酸鈉，再加入2倍體積-20°C預冷的無 水乙醇，置于_20°C冷凍半小時讓DNA析出，然后8000rpm離心5分鐘讓DNA沉淀，倒掉離心管 中乙醇溶液，用75 % (V/V)乙醇清洗2次，最后倒掉乙醇，打開離心管蓋置于通風櫥內吹干； [0043] (4)待離心管中乙醇徹底風干后，加入200微升TE溶解DNA，用紫外分光光度計測定 DNA的濃度，于-20 °C冰箱中保存備用。
[0044] 實施例3:
[0045]甘藍型油菜分枝角度QTL鑒定：
[0046] (1)在F2群體中，選取30份分枝角度極端大單株的DNA等量混合組成大角度池，30 份分枝角度極端小單株的DNA等量混合組成小角度池，采用Illumina公司的HiSeq 2500對 兩個混池和兩個親本進行全基因組測序，每個池均構建350bp文庫，兩個DNA混池測序深度 為40 X，兩個親本的測序深度為16 X ;
[0047] (2)將小角度池和大角度池獲得的序列使用BWA軟件與甘藍型油菜Darmor基因組 進行比對，然后使用SAMtools軟件(Li&Durbin，2009)進行SNP分析，參考Takagi等（2013)中 的SNP-index計算方法，計算小角度池和大角度池中檢測出的全部SNP的SNP-index，之間相 減的差值為Δ (SNP-index);
[0048] (3)以1Mb為單位窗口，10kb為滑動窗口計算每個窗口的平均SNP-index。以每條染 色體的物理位置為橫坐標，Δ (SNP-index)為縱坐標繪制小角度池和大角度池的SNP-index 圖，根據無效假設原理，假設基因組上沒有QTL位點，計算每個△ (SNP-index)在95%置信水 平下的閾值；
[0049] (4)由于與分枝角度相關的QTL位點在小角度池中的SNP-index大于0.5,在大角度 池中的SNP-index會小于0.5,因此Δ (SNP-index)大于此處的閾值，根據這些分析，選定A06 染色體上的區間選定為候選QTL區間；
[0050] 實施例4:
[0051]引物的開發和合成：
[0052] (1)對兩親本采用Illumina公司的HiSeq 2500進行重測序，對測序數據及質量評 估合格后，采用GATK3.3軟件的UnifiedGenotyper模塊進行InDel的檢測，使用 Var iantFi 1 tratio η軟件進行過濾，過濾參數為--f ilterExpression〃QD〈4.〇| |FS> 200.0〃，經檢測和過濾，在兩親本中共發現658751個InDel;
[0053] (2)將兩個親本中的InDel進行基因分型，去掉在兩個親本中的同一個位置上發生 相同插入或者缺失的InDel位點作為兩個樣本的差異InDel;
[0054] (3)根據親本的InDel信息，提取InDel上下游各100bp的序列，并根據上下游序列 設計引物，引物的TM值在55度左右，長度為18-22bp，共設計出385443條InDel引物；
[0055] (4)挑選A06染色體上目標區段附近100來對InDel引物通過生物公司合成。
[0056] 實施例5:
[0057]引物多態性的篩選：
[0058] (1)利用溶解后的引物對親本DNA進行PCR擴增，
[0059]反應體系：
[0061] PCR反應程序：
[0063] (2)凝膠電泳
[0064]試劑配制：
[0065] A.5XTBE
[0066] Tris-base 53.9克
[0067] EDTA 3.72克
[0068] 硼酸 27.5克
[0069]用超純水定容至1升。
[0070] B. 6 %變性聚丙烯酰胺凝膠 尿素 420克 5χΤΒΕ 100 ·??\·
[0071] 丙烯酰胺 57克 甲叉二丙烯酰胺 3克 用超純水定容至1升》
[0072] C.粘劑
[0073] 無水乙醇 500毫升
[0074] 冰醋酸 5毫升
[0075] 反硅化劑(Me-T) 5毫升
[0076] D.不粘劑
[0077] 無水乙醇 500毫升
[0078] 硅化劑 14毫升
[0079] E. 50 X上樣緩沖液
[0080] 甲酰胺 100毫升
[0081 ] 二甲苯青 1.25克
[0082] 溴酚藍 1.25克
[0083] F.銀染液
[0084]硝酸銀 1克
[0085] 用純水稀釋到1升。
[0086] G.顯影液
[0087] 氫氧化鈉 10克
[0088] 甲醛 4.0毫升
[0089]用純水稀釋到1升。
[0090] 凝膠制備：
[0091] 玻璃板用10% (質量比)氫氧化鈉溶液浸泡24小時，洗凈，晾干。粘板和不粘板先用 酒精擦拭干凈，再分別用濾紙均勻涂抹粘劑和不粘劑。把封條齊平的放在粘板邊緣，然后將 不粘板放在粘板上面，并在靠近玻璃板底部三分之一處夾上兩個卡夾起到固定作用。在燒 杯中倒入50毫升變性聚丙烯酰胺，再分別加入400微升過硫酸胺（10%)和40微升TEMED，快 速攪拌均勻;將配好的凝膠溶液沿點樣口緩緩注入，凝膠注入后，在凝膠頂面插上有齒的梳 子(背面插入），在離灌膠口三分之一的玻璃板兩側對稱處分別夾上卡夾固定，以保證凝膠 聚合后玻璃板、封條以及梳子間緊密接觸。
[0092]電泳：
[0093]移去卡夾和梳子，將玻璃板擦凈后固定在電泳槽上，上下槽各加500毫升0.5 XTBE 緩沖液，接通電源1500伏60瓦預熱30分鐘。在PCR產物中加入等體積的1 X上樣緩沖液，95°C 變性5分鐘。冰浴冷卻，上樣2.5微升，2000伏60瓦電泳。當二甲苯青達到可視面最低端時即 可停止電泳。
[0094] 染色和顯影：
[0095]取出粘板面向上在蒸餾水盆中漂洗，然后粘板面向上放入染色液盆中染色30分 鐘。取出粘板，在蒸餾水盆中漂洗，再面向上放入顯影液盆中，輕輕搖動至條帶清晰可見。在 蒸餾水盆中漂洗，室溫下自然晾干，拍照保存。
[0096] 帶型判讀：
[0097]將先影后自然干燥好的玻璃板置于閱片臺上，肉眼觀察兩親本條帶的位置差異。 [0098] 實施例6:
[0099] F2群體基因型分析、遺傳連鎖圖譜構建和QTL定位，其步驟如下：
[0100] (1)采用CTAB法提取F2群體277個單株的DNA(見實施例2);
[0101] (2)挑選出為共顯性的多態性InDel引物對F2群體277個單株的DNA進行PCR擴增， 然后對PCR產物進行聚丙烯酰胺凝膠電泳、顯影、染色和帶型判讀(見實施例4) A2分離群體 的帶型依情況分別讀作A、B和Η，分別表示來源于滬油19、Pur 1 er和雜合帶型。
[0102] (3)通過對染色后獲得的分子標記帶型進行判讀，獲得分子標記基因型數據。
[0103] (4)利用QTL IciMapping 4.0軟件對F2群體的分子標記基因型數據進行連鎖分析 以構建A06染色體上目標位點附近分子標記遺傳連鎖圖譜，獲得13個InDel引物A06染色體 上目標位點附近分子標記遺傳連鎖圖譜。
[0104] (5)基于該遺傳圖譜、F2群體的基因型數據以及分枝角度表行數據，利用QTL IciMapping 4.0軟件進行QTL檢測，在標記BAInd76附近檢測到了一個L0D值和貢獻率均較 大的主效QTL位點(表1)。
[0105]表1A06染色體上分枝角度主效QTL位點基本信息
[0106]
[0107] Indel 標記 BAIndel76和 BAIndel79 的引物分別為：BAIndel76F: TCAATGCCTCTCTCTTGTCT,BAIndel76R：ATTCGCTGAGAACAAATCAT；BAIndel79F： TACCTAATTTCTGTAATTCGG，BAInde179R:TGAGTAACAACATGGACAGC。
[0108] 實施例7:
[0109] -種與油菜分枝角度性狀QTL位點緊密連鎖的分子標記在油菜育種中的應用，其 步驟是：
[0110] (1)以具有優良產量、抗性好但分枝角度大的滬油19做親本與分枝角度小的 Purler雜交，經自交獲得后代群體F3家系。
[0111] (2)利用F3家系的種子發芽，提取幼芽總DNA，利用分子標記BAInd76和BAInd79進 行分枝角度QTL基因型分析，BAInd76在滬油19(P1)中擴增帶型為153bp的單一條帶，在 Purler(P2)中擴增帶型為137bp的單一條帶，在F1中擴增帶型為137bp和153bp的兩個條帶； BAInd79在滬油19(P1)中擴增帶型為89bp的單一條帶，在Purler(P2)中擴增帶型為102bp的 單一條帶，在F1中擴增帶型為89bp和102bp的兩個條帶；用A，B，H分別代表來源于PI、P2和雜 合的分子標記帶型（圖6)。根據帶型判讀結果，保留含有Purler帶型的家系播種。
[0112] (3)成熟期對保留的每個家系系5株進行拷種，測量平均分枝角度，56個選系的平 均分枝角度為38.89°，變幅為28.6-51.6°，明顯低于滬油19(68.5°)及其與Purler(24.7°) 的平均值46.6°，說明通過分子標記輔助選擇小分枝角度的位點，可以明顯降低選系的分枝 角度，提高選擇效率。
[0113] 實施例8:
[0114] 分子標記BAIndel76和BAIndel79的引物在油菜分支角度性狀育種篩選中的普適 性：
[0115] 選擇以下22個材料進行分析:楊J6711，繁168，1?2,60988，浙雙8號，華雙5號，鎮油5 號，P10，Trigold，RR001，AV-SAPPHIRE，RR002，Monty，Skipton，0331-l，9905.4,皖油 12 號， 皖油20號，￥68丨&^階7，附113 4?〇111丨1。利用種子發芽，提取幼芽總0麻，利用分子標記 BAInd76和BAInd79進行基因型分析，BAInd76和BAInd79在22個材料中都能擴增出目的條 帶;BAInd76和BAInd79兩個標記在其中15個材料中的帶型與Purler-致，在3個材料中的帶 型與滬油19 一致，僅在4個材料中發生了交換，表明本發明的引物產生的分子標記在油菜自 然群體中具有一定的普適性(圖7)。
[0116]因此本發明提供的分子標記在已有的油菜品系中具有普適性，適用于分枝角度小 的緊湊型油菜篩選。
【主權項】
1. 一種與油菜分枝角度性狀QTL位點緊密連鎖的分子標記引物：BAIndel76F: TCAATGCCTCTCTCTTGTCT，BAIndel76R:ATTCGCTGAGAACAAATCAT，BAIndel79F: TACCTAATTTCTGTAATTCGG，BAInde179R:TGAGTAACAACATGGACAGC。2. 權利要求1所述的分子標記引物在油菜分枝角度性狀育種中的應用。
【文檔編號】C12N15/11GK105969852SQ201610316603
【公開日】2016年9月28日
【申請日】2016年5月13日
【發明人】胡瓊, 成洪濤, 王會, 汪文祥, 劉佳, 梅德圣, 郝夢宇, 付麗, 周日金
【申請人】中國農業科學院油料作物研究所