核酸生物標志物及其用圖
【專利摘要】本發明針對鑒別和治療具有腫瘤和其它疾病的人受試者的方法，其包括評估所述人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達以及向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的人受試者施用包括抗?HER3抗體的治療。本發明還針對鑒別具有腫瘤和其它疾病的人受試者的方法，其包括評估所述人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達以及對mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的人受試者停止包括抗?HER3抗體的治療。
【專利說明】
核酸生物標志物及其用途
技術領域
[0001] 本發明涉及分子生物學、腫瘤學、臨床診斷學和臨床治療領域。
【背景技術】
[0002] 大多數癌癥藥物對于一些患者是有效的，但是對于其他患者是無效的。這由腫瘤 間的遺傳變異引起，并且可以甚至在同一患者的腫瘤間觀察到。對于靶向療法，可變的患者 反應特別顯著。因此，在未進行用于確定哪些患者將受益于哪些藥物的合適測試的情況下， 靶向療法的全部潛能不能實現。根據國立衛生研究院(NIH)，術語"生物標志物"被定義為 "被客觀地測量和評估為對治療干預的正常生物過程或致病過程或藥理學反應的指示物的 特征"（Biomarkers Definitions Working Group, 2001, Cl in. Pharmacol. Ther. 69: 89-95)〇
[0003] 基于生物標志物發現的改善的診斷學的發展具有通過提前鑒別最可能對給定藥 物顯示出臨床反應的那些患者而加速新藥物開發的潛能。這將顯著降低臨床試驗的規模、 時間長度和成本。諸如基因組學、蛋白質組學和分子成像的技術當前能夠對具體的基因突 變、特定基因的表達水平以及其他分子生物標志物進行迅速、靈敏和可靠的檢測。盡管分子 表征腫瘤的多個技術是可用的，但癌癥生物標志物的臨床運用在很大程度上仍未實現，因 為幾乎沒有發現癌癥生物標志物。例如，最近的綜述文章陳述："存在對加速發展生物標志 物以及它們用于改善癌癥的診斷和治療的關鍵需求"（Cho,2007，Molecular Cancer 6: 25)。關于癌癥生物標志物的另一最近的綜述文章含有下述評論："挑戰為發現癌癥生物標 志物。雖然使用分子靶向試劑已在靶向分子定義的幾種腫瘤類型的亞群-如慢性骨髓白血 病、胃腸道間質瘤、肺癌和多形性成膠質細胞瘤-中存在臨床成功，但在更廣泛環境中應用 此類成功的能力受到缺乏評價患者的靶向試劑的有效策略的嚴重限制。問題主要在于不能 選擇具有分子定義的癌癥的患者用于臨床試驗以評價這些令人興奮的新藥。解決方案需要 可靠鑒別最可能從特定藥劑獲益的那些患者的生物標志物（Sawyers，2008,Nature 452: 548-552,在548頁）。諸如上述的評論說明認識到發現基于此類生物標志物的臨床上有用的 生物標志物和診斷方法的需要。
[0004] 存在三種不同類型的癌癥生物標志物：（1)預后生物標志物、（2)預測生物標志物、 以及(3)藥效生物標志物。根據侵入性，即生長率和/或轉移率、以及治療的難治性，預后生 物標志物被用于對癌癥分類，如實體瘤。這有時被稱為區別"預后良好"腫瘤與"預后不良" 腫瘤。預測性生物標志物被用于評估這種可能性:特定患者將從特定藥物的治療中獲益。例 如，患有乳腺癌的患者(其中ERBB2(HER2)基因擴增)可能從曲妥珠單抗( HERCEPTIN? ) 的治療中獲益，然而無 ERBB2基因擴增的患者不可能從曲妥珠單抗的治療中獲益。藥效生物 標志物為當患者服用藥物時，藥物對其分子靶標的效果的指征。因此，在新藥臨床發展的早 期階段，藥效生物標志物經常被用于指導劑量水平和給藥頻率。對于癌癥生物標志物的討 論，參見，如Sawyers，2008，Nature 452:548-552 〇
[0005] EGFR或HER2驅動的腫瘤經常對用表皮生長因子受體(EGFR)抑制劑或HER2抑制劑 的治療有反應，但這些腫瘤總是對這些抑制劑發展出耐受性。獲得抗-EGFR或抗-HER2治療 的耐受性的至少一種機制為激活HER3(也被稱為ERBB3)信號傳導。參見，如Engelman等， 2006，Clin.Cancer Res.12:4372;Ritter等，2007，Clin.Cancer Res.13:4909;Sergina等， 2007，Nature 445:437。HER3在藥物耐受性的發展以及通過與EGFR和HER2的異源二聚化參 與腫瘤初發和維持中起著重要作用。因此，由于HER3缺乏激酶活性，所以對HER3抑制劑，特 別是抗-HER3抗體的發展存在關注。
[0006] 因為用其它類型的靶向治療，一些但并非全部腫瘤對抗-HER3治療有反應。因此， 需要基于預測性生物標志物的診斷方法，所述生物標志物可被用于鑒別可能(或不可能)對 用諸如抗-HER3抗體的HER3抑制劑的治療有反應的腫瘤的患者。

【發明內容】

[0007] 本發明針對治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的 方法，其包括向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的被診斷患有局部晚期或轉移性 NSCLC的人受試者施用包括抗-HER3抗體的治療。
[0008] 一些實施方式包括評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水 平上的HRG基因的表達以及向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的人受試者施用包 括抗-HER3抗體的治療。
[0009] 一些實施方式包括整理(order)被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者 的mRNA水平上的HRG基因的表達的評估以及向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的 人受試者施用包括抗-HER3抗體的治療。
[0010] 在本發明的特定實施方式中，如果從取自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的 受試者的生物樣品中觀測到低于預定閾值的A Ct(dCt)值，則mRNA水平上的HRG基因的表達 被評估為尚的。
[0011] 在一些實施方式中，預定閾值為在統計學上被選擇成使假陽性和假陰性的不期望 效果最小化。在一些實施方式中，預定閾值dct值在約2.7至約4.1的范圍內。在優選實施方 式中，預定閾值dCt值選自由2·0、2·1、2·2、2·3、2·4、2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、 3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、4·3、4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成 的組。
[0012] 在一些實施方式中，受試者具有野生型EGFR。在優選實施方式中，受試者還已進行 至少一種先前的全身性療法。在更優選的實施方式中，在任何(全身性)治療前已從受試者 中移除用于評估HRG基因的表達的腫瘤組織或其片段。
[0013] -些實施方式包括評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者中mRNA水 平上的HRG基因的表達，其中使用定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)評估mRNA水平上 的HRG基因的表達。
[0014] 在一些實施方式中，生物樣品包括腫瘤樣品。
[0015] 在一些實施方式中，抗-HER3抗體選自由帕曲土單抗(patritumab)、杜利妥單抗 (duligotumab) (MEHD-7945A)、司里班妥單抗（seribantumab) (MM-121)、MM_111、LJM716、 RG-7116、三特異性抗-EGFR/ERBB3zybody、huHER3-8或者任何這些的衍生物或片段構成的 組。
[0016] 在一些實施方式中，治療包括抗-HER3抗體與（i )HER抑制劑、（ii)化學治療、（iii) 放射和(iv)其它靶向試劑中的一種或多種的組合。
[0017] 例如，在一些實施方式中，HER抑制劑選自曲妥珠單抗(trastuzumab)、T_DM1、拉帕 替尼（laptinib)、帕妥珠單抗（pertuzumab)、西妥昔單抗（cetuximab)、帕尼單抗 (panitumumab)、吉非替尼（gefitinib)、阿法替尼（afatinib)、達克替尼（dacomitinib)、 KD-019 和埃羅替尼（erlotinib)。
[0018] 在一些實施方式中，化學治療選自由順鉑、卡鉑、吉西他濱(gemcitabine)、培美曲 塞(pemetrexed)、伊立替康（irinotecan)、5_氟尿啼啶、紫杉醇(paclitaxel)、多西他賽 (docetaxel)和卡培他濱(capecitabine)構成的組。然而，可以應用其它化學治療。
[0019] 本發明還涉及治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者 的方法，其包括評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者中mRNA水平上的HRG基 因的表達；以及向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的人受試者中停止(withhoId) 包括抗-HER3抗體的治療。
[0020] 一些實施方式包括整理被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水 平上的HRG基因的表達的評估；以及對mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的所述人受 試者停止包括抗-HER3抗體的治療。
[0021] 在一些實施方式中，如果從取自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的受試者的 生物樣品中觀測到處于或高于預定閾值的A Ct(dCt)值，則mRNA水平上的HRG基因的表達被 評估為低的。
[0022] 在一些實施方式中，預定閾值在統計學上被選擇成使假陽性和假陰性的不期望效 果最小化。在一些實施方式中，預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。在一些實施方式 中，預定閾值(1(^值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、2.5、2.6、2.7、2.8、2.9、3.0、3.1、3.2、 3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、4·3、4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成 的組。
[0023]在一些實施方式中，受試者具有野生型EGFR。在優選實施方式中，腫瘤已進行至少 一種先前的全身性療法。在更優選的實施方式中，在任何(全身性)治療前已從受試者中移 除用于評估HRG基因的表達的腫瘤組織或其片段。
[0024] 在一些實施方式中，使用定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)評估mRNA水平 上的HRG基因的表達。
[0025]在一些實施方式中，生物樣品包括腫瘤樣品。
[0026]在一些實施方式中，所停止的治療包括抗-HER3抗體與（i )HER抑制劑、（ii)化學治 療、（iii)放射和(iv)其它靶向試劑中的一種或多種的組合。
[0027] 一些實施方式包括用選自下述組的HER抑制劑治療mRNA水平上的HRG基因的表達 被評估為低的人受試者：曲妥珠單抗、T-DM1、拉帕替尼、帕妥珠單抗、西妥昔單抗、帕尼單 抗、吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、KD-019和埃羅替尼。
[0028] -些實施方式包括用選自下述組的化學治療治療mRNA水平上的HRG基因的表達被 評估為低的人受試者:順鉑、卡鉑、吉西他濱、培美曲塞、伊立替康、5-氟尿嘧啶、紫杉醇、多 西他賽和卡培他濱。然而，也可以應用其它化學治療。
[0029] -些實施方式包括用克唑替尼（crizotinib)治療mRNA水平上的HRG基因的表達被 評估為低的或高的人受試者。在一些實施方式中，用克唑替尼治療的受試者具有ALK基因重 排或融合。
[0030]本發明還涉及用于促進mRNA水平上的HRG基因的表達的評估的試劑盒。
[0031 ]本發明還涉及鑒別可能從包括抗-HER3抗體的治療中獲益的被診斷患有局部晚期 或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)的人患者的方法，其包括從被診斷患有局部晚期或轉移性 NSCLC的人患者中獲得生物樣品、使用所述樣品、測定人患者中mRNA水平上的HRG基因的表 達的值以及記錄測定的值。
[0032] 一些實施方式包括:從來自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人患者獲取生 物樣品；使用所述樣品，測定人受試者中mRNA水平上的HRG基因的表達的值；以及，可選地， 記錄測定的值。
[0033] -些實施方式包括評估測定的值是否低于、處于或高于預定閾值。在一些實施方 式中，預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。在優選實施方式中，預定閾值dCt值選自由 2·0、2·1、2·2、2·3、2·4、2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、 3·9、4·0、4·1、4·2、4·3、4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。
[0034] -些實施方式涉及如果所述測定的值低于所述預定閾值，則將mRNA水平上的HRG 基因的表達表征為尚的。
[0035] -些實施方式涉及如果所述測定的值處于或高于所述預定閾值，則將mRNA水平上 的HRG基因的表達表征為低的。
[0036] -些實施方式包括將所述測定的值報告給主治醫師或其它執業醫師。
[0037] 在一些實施方式中，樣品包括癌癥組織樣品。
[0038] 在一些實施方式中，受試者不具有表皮生長因子受體(EGFR)敏化突變。在優選實 施方式中，受試者具有野生型EGFR。在甚至更優選的實施方式中，受試者已進行至少一種先 前的全身性療法。在更優選的實施方式中，在任何(全身性)治療前已從受試者中移除用于 評估HRG基因的表達的腫瘤組織或其片段。
[0039] 在一些實施方式中，治療包括抗-HER3抗體與（i )EGFR抑制劑或HER抑制劑、（ii)化 學治療、（iii)放射和(iv)其它靶向試劑中的一種或多種的組合。
[0040] 本發明還涉及基于隨機的臨床數據，HRG基因的表達被評估為高的情況的方法。
[0041] 本發明還涉及接受或經受局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的治療或 放棄局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的治療的方法。在一些實施方式中，所述 方法包括:提供自體組織樣品或同意采集自體組織樣品以促進被診斷患有局部晚期或轉移 性NSCLC的人受試者中mRNA水平上的HRG基因的表達的評估；以及如果mRNA水平上的HRG基 因的表達被評估為高的，則接受包括抗-HER3抗體的治療，或者如果mRNA水平上的HRG基因 的表達被評估為低的，則放棄包括抗-HER3抗體的治療。
[0042] 本發明還涉及選擇局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的治療的方法。 在一些實施方式中，所述方法包括:接受被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者中 mRNA水平上的HRG基因的表達的評估；以及如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低 的，則選擇停止包括抗-HER3抗體的治療，或者如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為 高的，則選擇施用包括抗-HER3抗體的治療。
[0043] 本發明包括下述(1)至(97)，但不局限于此。
[0044] (1)、一種治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的方 法，其包括：
[0045] 評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因的 表達；以及
[0046]向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的人受試者施用包括抗-HER3抗體的 治療。
[0047] (2 )、如（1)所述的方法，其中如果從取自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的受 試者的生物樣品中觀測到低于預定閾值的A Ct(dCt)值，則mRNA水平上的所述HRG基因的表 達被評估為尚的。
[0048] (3)、如（2)所述的方法，其中所述預定閾值在統計學上被選擇成使假陽性和假陰 性的不期望效果最小化。
[0049] (4)、如（2)所述的方法，其中所述預定閾值dCt值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、 2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、4·3、 4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。
[0050] (5)、如（1)所述的方法，其中所述受試者具有野生型EGFR。
[0051] (6)、如(5)所述的方法，其中所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。
[0052] (7)、如（1)所述的方法，其中使用定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)、RNA測 序或原位雜交(ISH)評估mRNA水平上的HRG基因的表達。
[0053] (8)、如(2)所述的方法，其中所述生物樣品包括腫瘤樣品。
[0054] (9)、如（1)所述的方法，其中所述抗-HER3抗體選自由帕曲土單抗、杜利妥單抗 (]\^邢-7945八）、司里班妥單抗（]\^-121)、]\^-111、1^，716、1^-7116、三特異性抗16卩1?/ ERBB3zybody、huHER3-8或者任何這些的衍生物或片段構成的組。
[0055] (10)、如（1)所述的方法，其中所述治療包括抗-HER3抗體與（i )HER抑制劑、（ii)化 學治療、（i i i)放射和(i v)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。
[0056] (11 )、如（10)所述的方法，其中所述HER抑制劑選自由曲妥珠單抗、T-DM1、拉帕替 尼、帕妥珠單抗、西妥昔單抗、帕尼單抗、吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、KD-019和埃羅替尼 構成的組。
[0057] (12)、如（10)所述的方法，其中所述化學治療選自由順鉑、卡鉑、吉西他濱、培美曲 塞、伊立替康、5-氟尿嘧啶、紫杉醇、多西他賽和卡培他濱構成的組。
[0058] (13)、一種治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的 方法，其包括：
[0059 ]評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因的 表達；以及
[0060]向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的人受試者停止包括抗-HER3抗體的 治療。
[0061 ] (14 )、如（13)所述的方法，其中如果從取自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的 受試者的生物樣品中觀測到處于或高于預定閾值的A Ct(dCt)值，則mRNA水平上的所述HRG 基因的表達被評估為低的。
[0062] (15)、如（14)所述的方法，其中所述預定閾值在統計學上被選擇成使假陽性和假 陰性的不期望效果最小化。
[0063] (16)、如（14)所述的方法，其中所述預定閾值(1(^值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、 2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、4·3、 4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。
[0064] (17)、如（13)所述的方法，其中所述受試者具有野生型EGFR。
[0065] (18)、如（17)所述的方法，其中所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。
[0066] (19)、如（13)所述的方法，其中使用定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)、RNA 測序或ISH評估mRNA水平上的HRG基因的表達。
[0067] (20)、如（14)所述的方法，其中所述生物樣品包括腫瘤樣品。
[0068] (21)、如（13)所述的方法，其中所停止的治療保持包括抗-HER3抗體與（i )HER抑制 劑、（i i)化學治療、（i 11)放射和(i v)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。
[0069] (2 2 )、如（13)所述的方法，還包括用選自下述組中的HER抑制劑治療mRNA水平上的 HRG基因的表達被評估為低的人受試者：曲安珠單抗、T-DM1、拉帕替尼、帕安珠單抗、西安昔 單抗、帕尼單抗、吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、KD-019和埃羅替尼。
[0070] (23 )、如（13)所述的方法，還包括用選自下述組的化學治療治療mRNA水平上的HRG 基因的表達被評估為低的人受試者:順鉑、卡鉑、吉西他濱、培美曲塞、伊立替康、5-氟尿嘧 啶、紫杉醇、多西他賽和卡培他濱。
[0071 ] (24)、一種用于促進mRNA水平上的HRG基因的表達的評估的試劑盒。
[0072] (2 5 )、一種鑒別可能從包括抗-HER3抗體的治療中獲益的被診斷患有局部晚期或 轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人患者的方法，其包括：
[0073] 從被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人患者中獲得生物樣品；
[0074] 使用所述樣品，測定人患者中mRNA水平上的HRG基因的表達的值；以及 [0075]記錄所測定的值。
[0076] (26)、如（25)所述的方法，還包括評估所述測定的值是否低于、處于或高于預定閾 值。
[0077] (27)、如(26)所述的方法，其中所述預定閾值(1(^值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、 2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、4·3、 4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。
[0078] (28)、如(26)所述的方法，還包括如果所述測定的值低于所述預定閾值，則將mRNA 水平上的HRG基因的表達表征為高的。
[0079] (29)、如（26)所述的方法，還包括如果所述測定的值處于或高于所述預定閾值，則 將mRNA水平上的HRG基因的表達表征為低的。
[0080] (30)、如（25)所述的方法，還包括將所述測定的值報告給主治醫師或其它執業醫 師。
[0081] (31)、如(25)所述的方法，其中所述樣品包括癌癥組織樣品。
[0082] (32)、如（25)所述的方法，其中所述受試者不具有表皮生長因子受體(EGFR)敏化 突變。
[0083] (33)、如(25)所述的方法，其中所述受試者具有野生型EGFR。
[0084] (34)、如(33)所述的方法，其中所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。
[0085] (35)、如（25)所述的方法，其中所述治療包括抗-HER3抗體與（i )HER抑制劑、（ii) 化學治療、（iii)放射和(iv)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。
[0086] (36 )、如（1)至(35)中任一項所述的方法，其中基于隨機的臨床數據，HRG基因的表 達被評估為尚的。
[0087] (37 )、如（1)所述的方法，其中所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。
[0088] (38 )、如（13)所述的方法，其中所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。
[0089] (39 )、如(26)所述的方法，其中所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。
[0090] (40)、一種接受或經歷局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的治療或放 棄局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的治療的方法，其包括：
[0091] 提供自體組織樣品或同意采集自體組織樣品以促進被診斷患有局部晚期或轉移 性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達的評估；以及
[0092] 如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的，則接受或經受包括抗-HER3抗體 的治療，或者
[0093]如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的，則放棄包括抗-HER3抗體的治 療。
[0094] (41)、一種選擇局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的治療的方法，其包 括：
[0095] 接受或經受被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG 基因的表達的評估；以及
[0096] 如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的，則選擇停止或放棄包括抗-HER3 抗體的治療，或者
[0097]如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的，則選擇接受或經受包括抗-HER3 抗體的治療。
[0098] (42)、一種鑒別可能從包括抗-HER3抗體的治療中獲益的被診斷患有局部晚期或 轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人患者的方法，其包括：
[0099] 從被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人患者獲取生物樣品；
[0100] 使用所述樣品，測定人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達的值；以及
[0101] 可選地，記錄所測定的值。
[0102] (43)、一種治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的 方法，其包括：
[0103] 整理被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因的 表達的評估；以及
[0104] 向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的所述人受試者施用包括抗-HER3抗 體的治療。
[0105] (44)、一種停止具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的 治療的方法，其包括：
[0106] 整理被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因的 表達的評估；以及
[0107] 向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的所述人受試者停止包括抗-HER3抗 體的治療。
[0108] (45)、一種治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的 方法，其包括向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的被診斷患有局部晚期或轉移性 NSCLC的人受試者施用包括抗-HER3抗體的治療。
[0109] (46 )、如(45)所述的方法，其中如果從取自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的 受試者的生物樣品中觀測到低于預定閾值的A Ct(dCt)值，則mRNA水平上的所述HRG基因的 表達被評估為尚的。
[0110] (47)、如(46)所述的方法，其中所述預定閾值在統計學上被選擇成使假陽性和假 陰性的不期望效果最小化。
[0111] (48)、如(46)所述的方法，其中所述預定閾值(1(^值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、 2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、4·3、 4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。
[0112] (49)、如(45)所述的方法，其中所述受試者具有野生型EGFR。
[0113] (50)、如(49)所述的方法，其中所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。
[0114] (51 )、如(45)所述的方法，還包括評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受 試者的mRNA水平上的基因表達，其中使用定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT_PCR)、RNA測 序或ISH評估mRNA水平上的HRG基因的表達。
[0115] (52)、如(46)所述的方法，其中所述生物樣品包括腫瘤樣品。
[0116] (53)、如(45)所述的方法，其中所述抗-HER3抗體選自由帕曲土單抗、杜利妥單抗 (]\^邢-7945八）、司里班妥單抗（]\^-121)、]\^-111、1^，716、1^-7116、三特異性抗16卩1?/ ERBB3zybody、huHER3-8或任何這些的衍生物或片段構成的組。
[0117] (54)、如(45)所述的方法，其中所述治療包括施用抗-HER3抗體與（i )HER抑制劑、 (i i)化學治療、（i i i)放射和(i v)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。
[0118] (55)、如（54)所述的方法，其中所述HER抑制劑選自由曲妥珠單抗、T-DM1、拉帕替 尼、帕妥珠單抗、西妥昔單抗、帕尼單抗、吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、KD-019和埃羅替尼 構成的組。
[0119] (56)、如(55)所述的方法，其中所述化學治療選自由順鉑、卡鉑、吉西他濱、培美曲 塞、伊立替康、5-氟尿嘧啶、紫杉醇、多西他賽和卡培他濱構成的組。
[0120] (57)、一種治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的 方法，其包括：
[0121] 對mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的被診斷患有局部晚期或轉移性 NSCLC的人受試者停止包括抗-HER3抗體的治療。
[0122] (58 )、如(57)所述的方法，其中如果從取自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的 受試者的生物樣品中觀測到處于或高于預定閾值的A Ct(dCt)值，則mRNA水平上的所述HRG 基因的表達被評估為低的。
[0123] (59)、如（58)所述的方法，其中所述預定閾值在統計學上被選擇成使假陽性和假 陰性的不期望效果最小化。
[0124] (60)、如(58)所述的方法，其中所述預定閾值(1(^值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、 2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、4·3、 4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。
[0125] (61)、如(57)所述的方法，其中所述受試者具有野生型EGFR。
[0126] (62)、如(61)所述的方法，其中所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。
[0127] (63)、如(57)所述的方法，還包括評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受 試者的mRNA水平上的HRG基因的表達，其中使用定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)、 RNA測序或ISH評估mRNA水平上的HRG基因的表達。
[0128] (64)、如利要求(58)所述的方法，其中所述生物樣品包括腫瘤樣品。
[0129] (65)、如（57)所述的方法，其中所停止的治療包括抗-HER3抗體與（i )HER抑制劑、 (i i)化學治療、（i i i)放射和(i v)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。
[0130] (66 )、如（57)所述的方法，還包括用選自下述組的HER抑制劑治療mRNA水平上的 HRG基因的表達被評估為低的人受試者：曲安珠單抗、T-DM1、拉帕替尼、帕安珠單抗、西安昔 單抗、帕尼單抗、吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、KD-019和埃羅替尼。
[0131 ] (67 )、如(57)所述的方法，還包括用選自下述組的化學治療治療mRNA水平上的HRG 基因的表達被評估為低的人受試者:順鉑、卡鉑、吉西他濱、培美曲塞、伊立替康、5-氟尿嘧 啶、紫杉醇、多西他賽和卡培他濱。
[0132] (68)、一種用于促進mRNA水平上的HRG基因的表達的評估的試劑盒。
[0133] (69)、一種鑒別可能從包括抗-HER3抗體的治療中獲益的被診斷患有局部晚期或 轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人患者的方法，其包括：
[0134] 從被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人患者中獲取生物樣品；
[0135] 使用所述樣品，測定所述人患者的mRNA水平上的HRG基因的表達的值；以及
[0136] 可選地，記錄所測定的值。
[0137] (70)、如(69)所述的方法，還包括評估所述測定的值是否低于、處于或高于預定閾 值。
[0138] (71)、如(70)所述的方法，其中所述預定閾值(1(^值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、 2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、4·3、 4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。
[0139] (72)、如(70)所述的方法，還包括如果所述測定的值低于所述預定閾值，則將mRNA 水平上的HRG基因的表達表征為高的。
[0140] (73)、如(70)所述的方法，還包括如果所述測定的值處于或高于所述預定閾值，則 將mRNA水平上的HRG基因的表達表征為低的。
[0141] (74)、如（69)所述的方法，還包括將所述測定的值報告給主治醫師或其它執業醫 師。
[0142] (75)、如(69)所述的方法，其中所述樣品包括癌癥組織樣品。
[0143] (76)、如（69)所述的方法，其中所述受試者不具有表皮生長因子受體(EGFR)敏化 突變。
[0144] (77)、如(69)所述的方法，其中所述受試者具有野生型EGFR。
[0145] (78)、如(77)所述的方法，其中所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。
[0146] (79)、如（69)所述的方法，其中所述治療包括抗-HER3抗體與（i)HER抑制劑、（i i) 化學治療、（iii)放射和(iv)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。
[0147] (80)、如（1)至(79)中任一項所述的方法，其中基于隨機的臨床數據，HRG基因的表 達被評估為尚的。
[0148] (81 )、如(46)所述的方法，其中所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。
[0149] (82 )、如(58)所述的方法，其中所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。
[0150] (83)、如(70)所述的方法，其中所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。 [0151] (84)、如前述權利要求中任一項所述的方法，其中使用管理機構批準的測試評估 HRG基因的表達。
[0152] (85)、如（84)所述的方法，其中所述管理機構批準的測試為Π )Α(食品和藥物管理 局，美國）批準的測試、EMA(歐洲藥品管理局，歐盟)批準的測試或PMDA(藥品與醫療器械管 理局，日本)批準的測試。
[0153] (86)、如（2)所述的方法，其中所述預定閾值(1(^值選自由5.0、4.9、4.8、4.7、4.6、 4·5、4·4、4·3、4·2、4·1、4·0、3·9、3·8、3·7、3·6、3·5、3·4、3·3、3·2、3·1、3·0、2·9、2·8、2·7、 2·6、2·5、2·4、2·3、2·2、2·1、2·0、1·9、1·8、1·7、1·6、1·5、1·4、1·3、1·2、1·1、1·0、0·9、0·8、 0·7、0·6、0·5、0·4、0·3、0·2、0·1、0、 _0·1、_0·2、_0·3、_0·4、_0·5、 _0·6、_0·7、_0·8、_0·9、_ 1.0ν_1.1ν_1.2ν_1.3ν_1.4ν _1.5ν_1.6ν_1.7ν_1.8ν_1.9ν _2.0ν_2.1ν_2.2ν_2.3ν_2.4ν _ 2.5ν_2.6ν_2.7ν_2.8ν_2.9ν _3.0ν_3.1ν_3.2ν_3.3ν_3.4ν _3.5ν_3.6ν_3.7ν_3.8ν_3.9ν _ 4.0ν_4.1ν_4.2ν_4.3ν_4.4ν _4.5ν_4.6ν_4.7ν_4.8ν_4.9ν _5.0ν_5.1ν_5.2ν_5.3ν_5.4ν _ 5·5、_5·6、_5·7、_5·8、_5·9、 _6·0、_6·1、_6·2、_6·3、_6·4、 _6·5、_6·6、_6·7、_6·8、_6·9、 _ 7·0、-7·1、-7·2 和-7.3 構成的組。
[0154] (87)、如（14)所述的方法，其中所述預定閾值(1(^值選自由5.0、4.9、4.8、4.7、4.6、 4·5、4·4、4·3、4·2、4·1、4·0、3·9、3·8、3·7、3·6、3·5、3·4、3·3、3·2、3·1、3·0、2·9、2·8、2·7、 2·6、2·5、2·4、2·3、2·2、2·1、2·0、1·9、1·8、1·7、1·6、1·5、1·4、1·3、1·2、1·1、1·0、0·9、0·8、 0·7、0·6、0·5、0·4、0·3、0·2、0·1、0、 _0·1、_0·2、_0·3、_0·4、_0·5、 _0·6、_0·7、_0·8、_0·9、_ 1.0ν_1.1ν_1.2ν_1.3ν_1.4ν _1.5ν_1.6ν_1.7ν_1.8ν_1.9ν _2.0ν_2.1ν_2.2ν_2.3ν_2.4ν _ 2.5ν_2.6ν_2.7ν_2.8ν_2.9ν _3.0ν_3.1ν_3.2ν_3.3ν_3.4ν _3.5ν_3.6ν_3.7ν_3.8ν_3.9ν _ 4.0ν_4.1ν_4.2ν_4.3ν_4.4ν _4.5ν_4.6ν_4.7ν_4.8ν_4.9ν _5.0ν_5.1ν_5.2ν_5.3ν_5.4ν _ 5·5、_5·6、_5·7、_5·8、_5·9、 _6·0、_6·1、_6·2、_6·3、_6·4、 _6·5、_6·6、_6·7、_6·8、_6·9、 _ 7·0、-7·1、-7·2 和-7.3 構成的組。
[0155] (88)、如(26)所述的方法，其中所述預定閾值(1(^值選自由5.0、4.9、4.8、4.7、4.6、 4·5、4·4、4·3、4·2、4·1、4·0、3·9、3·8、3·7、3·6、3·5、3·4、3·3、3·2、3·1、3·0、2·9、2·8、2·7、 2·6、2·5、2·4、2·3、2·2、2·1、2·0、1·9、1·8、1·7、1·6、1·5、1·4、1·3、1·2、1·1、1·0、0·9、0·8、 0·7、0·6、0·5、0·4、0·3、0·2、0·1、0、 _0·1、_0·2、_0·3、_0·4、_0·5、 _0·6、_0·7、_0·8、_0·9、_ 1.0ν_1.1ν_1.2ν_1.3ν_1.4ν _1.5ν_1.6ν_1.7ν_1.8ν_1.9ν _2.0ν_2.1ν_2.2ν_2.3ν_2.4ν _ 2.5ν_2.6ν_2.7ν_2.8ν_2.9ν _3.0ν_3.1ν_3.2ν_3.3ν_3.4ν _3.5ν_3.6ν_3.7ν_3.8ν_3.9ν _ 4.0ν_4.1ν_4.2ν_4.3ν_4.4ν _4.5ν_4.6ν_4.7ν_4.8ν_4.9ν _5.0ν_5.1ν_5.2ν_5.3ν_5.4ν _ 5·5、_5·6、_5·7、_5·8、_5·9、 _6·0、_6·1、_6·2、_6·3、_6·4、 _6·5、_6·6、_6·7、_6·8、_6·9、 _ 7·0、-7·1、-7·2 和-7.3 構成的組。
[0156] (89)、如（6)所述的方法，其中在任何治療前已從受試者中移除用于評估HRG基因 的表達的腫瘤組織或其片段。
[0157] (90)、如（18)所述的方法，其中在任何治療前已從受試者中移除用于評估HRG基因 的表達的腫瘤組織或其片段。
[0158] (91)、如(34)所述的方法，其中在任何治療前已從受試者中移除用于評估HRG基因 的表達的腫瘤組織或其片段。
[0159 ] (92 )、如(2)所述的方法，其中所述預定閾值dCt值在約-7.3至約5.0的范圍內。
[0160] (93)、如（14)所述的方法，其中所述預定閾值dCt值在約-7.3至約5.0的范圍內。
[0161] (94 )、如(26)所述的方法，其中所述預定閾值dCt值在約-7.3至約5.0的范圍內。
[0162] (95)、如(50)所述的方法，其中在任何治療前已從受試者中移除用于評估HRG基因 的表達的腫瘤組織或其片段。
[0163] (96)、如(62)所述的方法，其中在任何治療前已從受試者中移除用于評估HRG基因 的表達的腫瘤組織或其片段。
[0164] (97)、如(78)所述的方法，其中在任何治療前已從受試者中移除用于評估HRG基因 的表達的腫瘤組織或其片段。
【附圖說明】
[0165] 圖1描述了來自實施例2中研究的所有受試者的無進展生存期（顯示高劑量和低劑 量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼(erlitonib))。
[0166] 圖2描述了來自實施例2中研究的所有受試者的總生存期（顯示高劑量和低劑量的 帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）。
[0167]圖3描述了來自實施例3中研究的被評估為在mRNA水平上具有高的HRG基因的表達 的受試者的無進展生存期(顯示高劑量和低劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替 尼)。
[0168] 圖4描述了來自實施例3中研究的被評估為在mRNA水平上具有高的HRG基因的表達 的受試者的無進展生存期（顯示混合的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）。
[0169] 圖5描述了來自實施例4中研究的被評估為在mRNA水平上具有高的HRG基因的表達 的受試者的總生存期(顯示高劑量和低劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）。 [0170]圖6描述了來自實施例4中研究的被評估為在mRNA水平上具有高的HRG基因的表達 的受試者的總生存期（顯示混合的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）。
[0171] 圖7描述了來自實施例6中研究的被評估為在mRNA水平上具有低的HRG基因的表達 的受試者的無進展生存期(顯示高劑量和低劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替 尼)。
[0172] 圖8描述了來自實施例6中研究的被評估為在mRNA水平上具有低的HRG基因的表達 的受試者的無進展生存期（顯示混合的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）。
[0173] 圖9描述了來自實施例6中研究的被評估為在mRNA水平上具有低的HRG基因的表達 的受試者的總生存期(顯示高劑量和低劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）。
[0174] 圖10描述了來自實施例6中研究的被評估為在mRNA水平上具有低的HRG基因的表 達的受試者的總生存期（顯示混合的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）。
[0175] 圖11描述了來自實施例7中研究的被評估為在mRNA水平上具有高的HRG基因的表 達的受試者以及在mRNA水平上被評估為具有低的HRG基因的表達的受試者的無進展生存期 (顯示高劑量和低劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）。
[0176] 圖12描述了高的HRG組和低的HRG組的優化的臨界值。
[0177] 圖13描述了來自實施例8中研究的被評估為在mRNA水平上具有高的HRG基因的表 達的受試者和EGFR野生型的受試者的無進展生存期。
[0178] 圖14描述了通過Western印跡測量磷酸化HER3和磷酸化AKT水平的降低而體外測 定的功效。
[0179] 圖15描述了顯示U3-1287可以阻斷配體依賴型基礎HER3磷酸化的Western印跡。
【具體實施方式】
[0180] 定義
[0181] 如本文所用，除非另外說明，否則當提及數值時，術語"約"意指列舉的值±10%。 [0182]如本文所用，"癌癥"和"腫瘤"可互換。
[0183] 如本文所用，"治療"意指給予受試者或患者的醫療護理或者施用一劑藥物。在一 些實施方式中，"治療"可以為可以包括諸如抗-HER3抗體的HER抑制劑的"藥物組合物"、"藥 劑"或"試劑"。在一些實施方式中，"治療"可以為"化學治療"、"免疫治療"、"免疫療法"或 "放射療法"。
[0184] 如本文所用，"EGFR突變"意指EGFR基因中的任何突變。"EGFR突變"可以為，例如， EGFR外顯子19缺失和/或外顯子21 (L858R)替換突變。然而，"EGFR突變"不局限于此。
[0185] 如本文所用，"HER" 為選自 HER1 (EGFR)、HER2、HER3和HER4中的一者。
[0186] 如本文所用，"HER3"意指通過Entrez基因號No. 2065鑒別的基因及其等位基因變 體編碼的人蛋白。
[0187]如本文所用，"HER抑制劑"意指抑制、中和、防止或消除HER的至少部分生物活性的 分子(小分子或大分子，例如，抗體或其抗原結合片段）。優選地，HER抑制劑結合HER。然而， 只要所述分子抑制、中和、防止或消除HER的至少部分生物活性，則"HER抑制劑"可以為不直 接結合HER的分子。HER1抑制劑(EGFR抑制劑）的實例包括拉帕替尼、埃羅替尼、西妥昔單抗、 吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、帕尼單抗和KD-019IR2抑制劑的實例包括曲妥珠單抗、帕 妥珠單抗和曲妥珠單抗emtans ine (T-DM1) 〇
[0188] 如本文所用，"HER3抑制劑"意指抑制、中和、防止或消除HER3的至少部分生物活性 的分子(小分子或大分子，例如，抗體或其抗原結合片段）。優選地，HER3抑制劑結合HER3。然 而，只要所述分子抑制、中和、防止或消除HER3的至少部分生物活性，"HER3抑制劑"可以為 不直接結合HER3的分子。對"生物活性"的作用可以為直接的或間接的，如下游信號轉導以 及與諸如EGFR、HER2和HER4的其它HER家族分子異源二聚化。例如，HER3抑制劑可以為EGFR/ HER3、HER2/HER3或HER4/HER3異源二聚化的抑制劑，或者來源于任何這些異源二聚化的信 號轉導的抑制劑。在這種情況下，"HER3抑制劑"可以包括，例如帕妥珠單抗、尼妥珠單抗、 MM-111和西妥昔單抗。此外，不受理論的束縛，據信HER3與諸如MET(c-MET)的非-HER受體形 成異源二聚體。因此，在一些實施方式中，"HER3抑制劑"可以包括，例如，諸如奧那土珠單抗 (onartuzumab)和/或特萬替尼(tivantinive)的 MET抑制劑。
[0189] 如本文所用，"HRG"（也稱為神經調節蛋白-1、NRG1、調蛋白（heregulin)和HRG1)意 指由Entrez基因號No. 3084鑒別的基因及其等位基因變體編碼的人蛋白。
[0190] 如本文所用，"非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer)"和"非小細胞肺癌 (non-small cell lung carcinoma)''可互換。
[0191] 如本文所用，"預定閾值(數值)"意指這樣的閾值數值，在該閾值數值處分類員給 予假陰性與假陽性(成本(cost))之間的期望平衡。
[0192] 優選地，"預定閾值(數值)"意指與具有比閾值(在本文被用作"低的HRG"亞組)更 低的（HRG)基因表達的患者相比，將（患者或受試者）的全部群體分成兩個(或更多個)亞組 使得它可以為具有閾值或較高(HRG)基因表達(在本文被用作"高的HRG"亞組）的患者帶來 臨床益處的潛在閾值數值。
[0193] 在閾值為dCt的情況下，優選地，"預定閾值(數值)"意指與具有比閾值(在本文被 用作"低的HRG"亞組)高的（HRG)基因表達的患者相比，將（患者或受試者）的全部群體分成 兩個(或更多個)亞組使得它可以為具有閾值或較低(HRG)基因表達(在本文被用作"高的 HRG"亞組)的患者帶來臨床益處的潛在閾值。
[0194] 在一些實施方式中，"預定閾值"為通過、根據或基于臨床研究及其結果分析(統稱 為，"臨床數據"）和/或臨床前或非臨床研究（統稱為，"非臨床數據"）在統計學上（和臨床 上)測定的、修正的、校正的和/或確認的，以便使假陽性和假陰性的不期望效果最小化。
[0195] 在一些實施方式中，"預定閾值"為根據或基于臨床數據（以及可選地非臨床數 據），進一步更優選地隨機化的臨床數據（以及可選地非臨床數據），在統計學上(和臨床上） 測定的、修正的、校正的和/或確認的，以確保從治療中獲益的所有患者被包括在高的HRG亞 組中。
[0196] 更優選地，"預定閾值"為通過、根據或基于藥理學特征（即，作用機制）、臨床前或 非臨床研究數據、臨床研究數據以及購自外部公司等的商業樣品數據測定的、修正的、校正 的和/或確認的，以便使與"低的HRG"亞組相比來自"高的HRG"亞組的臨床益處最大化。使用 臨床前/非臨床研究、臨床研究、商業樣品等的所有可得數據，一些統計方法，如適應性生物 標志物閾值設計（即，最大似然方法），Jiang W、Freidlin B、Simon R.Biomarker-Adaptive Threshold Design: A Procedure for Evaluating Treatment With Possible Biomarker-Defined Subset Effect，J Natl Cancer Inst.2007;99(13) :1036-43等被用 于測定、改進、校正和/或確認閾值（以確保從治療中獲益的所有患者被包括在高的HRG亞組 中）。在一些實施方式中，測定"預定閾值"使得高的HRG亞組可以更大或者可以包括從治療 中獲益的所有患者。
[0197]如本文所用，"受試者"、"人受試者"和"患者"可互換。
[0198] 如本文所用，"罹患癌癥的受試者"和"具有癌癥的受試者"可互換。
[0199] 在一些優選的實施方式中，當一組罹患癌癥的患者通過施用含有或不含其它藥劑 的HER3抑制劑或安慰劑治療，并且使用預定閾值，將所述組分成"高的HRG"亞組和"低的 HRG"亞組時，在"高的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效優于具有臨床(有意義 的）益處的對照組(例如安慰劑）的平均抗癌功效，而在"低的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑 的平均抗癌功效略微優于或不優于無臨床(有意義的）益處的對照組(例如安慰劑）的平均 抗癌功效。在更優選的實施方式中，在"高的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效 在統計學上顯著優于具有臨床(有意義的)益處的對照組(例如安慰劑)的平均抗癌功效，而 在"低的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效在統計學上并不顯著優于無臨床 (有意義的)益處的對照組(例如安慰劑)的平均抗癌功效。
[0200] 在其它優選的實施方式中，當使用預定閾值，將一組罹患癌癥的患者分成"高的 HRG"亞組和"低的HRG"亞組并且各組通過施用含有或不含其它藥劑的HER3抑制劑或安慰劑 治療時，在"高的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效優于具有臨床(有意義的） 益處的對照組(例如安慰劑）的平均抗癌功效，而在"低的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的 平均抗癌功效略微優于或不優于無臨床(有意義的）益處的對照組(例如安慰劑）的平均抗 癌功效。在更優選的實施方式中，在"高的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效在 統計學上顯著優于具有臨床(有意義的）益處的對照組(例如安慰劑)的平均抗癌功效，而在 "低的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效在統計學上并不顯著優于無臨床(有 意義的)益處的對照組(例如安慰劑)的平均抗癌功效。
[0201] 在其它實施方式中，"預定閾值"可以為HRG水平的中值，其例如用一組罹患癌癥的 患者在臨床前/非臨床研究、臨床研究和/或商業樣品中測量，所述患者的HRG水平為可測量 的（可以被測量）或可檢測的。在其它優選的實施方式中，當一組罹患諸如非小細胞肺癌 (NSCLC)的癌癥的患者，通過施用含有或不含其它藥劑的HER3抑制劑或安慰劑治療，并且使 用患者的HRG水平的中值作為預定閾值，將所述組分成高的HRG亞組和低的HRG亞組時，在 "高的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效優于具有臨床(有意義的）益處的對照 組(例如安慰劑）的平均抗癌功效，而在"低的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功 效略微優于或不優于無臨床(有意義的）益處的對照組(例如安慰劑)的平均抗癌功效。在更 優選的實施方式中，在"高的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效在統計學上顯 著優于具有臨床(有意義的）益處的對照組(例如安慰劑）的平均抗癌功效，而在"低的HRG" 亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效在統計學上并不顯著優于無臨床(有意義的）益 處的對照組(例如安慰劑）的平均抗癌功效。在一些實施方式中，預定閾值為一組罹患癌癥 的患者的HRG水平的中值，并且所述閾值可以被修正或校正，（以確保從治療獲益的所有患 者包括在高的HRG亞組中）。
[0202] 在其它優選的實施方式中，當使用預定閾值將一組罹患癌癥的患者分成"高的 HRG"亞組和"低的HRG"亞組并且將"高的HRG"亞組通過施用含有或不含其它藥劑的HER3抑 制劑或安慰劑進行治療時，在"高的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效優于具 有臨床(有意義的）益處的對照組(例如安慰劑）的平均抗癌功效。在更優選的實施方式中， 在"高的HRG"亞組中施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效在統計學上顯著優于具有臨床(有 意義的)益處的對照組(例如安慰劑)的平均抗癌功效。
[0203] 在其它優選的實施方式中，當使用預定閾值鑒別罹患癌癥的"高的HRG"患者并且 將患者通過施用含有或不含其它藥劑的HER3抑制劑或安慰劑進行治療時，施用的HER3抑制 劑的平均抗癌功效優于具有臨床(有意義的）益處的對照組(例如安慰劑)的平均抗癌功效。 在更優選的實施方式中，施用的HER3抑制劑的平均抗癌功效在統計學上顯著優于具有臨床 (有意義的)益處的對照組(例如安慰劑)的平均抗癌功效。
[0204]如本文所用，"其它藥劑"意指除了HER3抑制劑外與所述分子組合使用的任何治療 性或預防性分子。在一些實施方式中，"其它藥劑"為HER抑制劑、化學治療或放射療法中的 一者或多者。
[0205]在一些實施方式中，"抗癌功效"的指示物(指標)可以為無進展生存期(PFS)或總 生存期(OS)，但不局限于此。指示物可以為HER3抑制劑的抗癌功效的任何替代標志物。
[0206] 如本文所用，"高的HRG"為代表在預定閾值處或高于預定閾值的HRG基因的表達水 平的數值。在本發明中，"高的HRG"、"高的HRG(亞)組"和"高的HRG患者(或受試者)"分別意 指在(預定）閾值處或高于(預定）閾值的HRG基因的表達的水平，具有在(預定）閾值處或高 于(預定）閾值的HRG基因的表達水平的（亞)組以及具有在(預定）閾值處或高于(預定）閾值 的HRG基因的表達水平的患者(或受試者）jRG分類可以基于例如RNA水平上的HRG基因的表 達。
[0207] 如本文所用，"低的HRG"為代表在預定閾值處或低于預定閾值的HRG基因的表達水 平的數值。在本發明中，"低的HRG"、"低的HRG(亞)組"和"低的HRG患者(或受試者)"分別意 指在(預定）閾值處或低于(預定）閾值的HRG基因的表達的水平，具有在(預定）閾值處或低 于(預定）閾值的HRG基因的表達水平的（亞)組以及具有在(預定）閾值處或低于(預定）閾值 的HRG基因的表達水平的患者(或受試者）jRG分類可以基于例如RNA水平上的HRG基因的表 達。
[0208] 如本文所用，對治療有反應(response/responding)意指相對于治療的腫瘤，腫瘤 顯示出：（a)生長變得緩慢、（b)生長停止、或者(c)消退。
[0209] 本文公開的方法可用于鑒別具有或被診斷具有腫瘤或癌細胞的受試者，例如人受 試者。在一些實施方式中，受試者具有可以由HER3途徑驅動或者可以對由HER3途徑介導的 其它療法具有抗性的實體瘤或液體瘤。在一些實施方式中，受試者具有肺癌、結腸直腸癌、 頭頸癌、乳腺癌、胃腸癌、胰腺癌、前列腺癌、卵巢癌、子宮內膜癌、唾腺癌、腎癌、結腸癌、胃 癌（gastric cancer/stomach cancer)、甲狀腺癌、膀胱癌、神經膠質瘤、黑素瘤、轉移性乳 腺癌、表皮癌、食道癌、宮頸癌、鱗狀細胞癌、小細胞肺癌或非小細胞肺癌。在一些實施方式 中，本文公開的方法可以用于鑒別具有局部晚期或轉移性腫瘤，如局部晚期或轉移性NSCLC (腫瘤)或局部晚期或轉移性頭頸癌的受試者。在一些實施方式中，本文公開的方法可以用 于鑒別可能從包括抗-HER3抗體或具有低分子量的HER3抑制劑的治療中獲益的受試者，如 具有局部晚期或轉移性NSCLC(腫瘤）的受試者。在一些實施方式中，受試者具有III期，例 如，Illb期或IV期腫瘤。鑒別受試者的方法可以包括，例如，評估被診斷患有腫瘤或癌癥的 人受試者中mRNA水平上的HRG基因的表達。
[0210] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于鑒別可能從包括(施用）抗-HER3抗 體或具有低分子量的HER3抑制劑的治療中獲益的具有局部晚期或轉移性NSCLC(腫瘤)的受 試者，前提是具有ALK基因融合或重排的任何受試者從應用所述方法的受試者中排除。
[0211] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于治療被鑒別為具有腫瘤或癌細胞的 受試者。在一些實施方式中，鑒別或治療具有局部晚期或轉移性NSCLC(腫瘤)的人受試者的 方法可以包括評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者中mRNA水平上的HRG基 因的表達。在一些實施方式中，受試者不具有表皮生長因子受體(EGFR)敏化突變。在一些實 施方式中，受試者具有野生型EGFR。在一些實施方式中，受試者不具有ALK基因融合或重排。 在一些實施方式中，疾病或腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法，如化學治療。一些實施 方式包括向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的人受試者施用包括抗-HER3抗體的 治療。在一些實施方式中，治療包括(施用）抗-HER3抗體與抑制除HER3之外的HER家族受體 的至少一種試劑的組合。在一些實施方式中，治療包括(施用)抗-HER3抗體與抑制非-HER家 族酪氨酸激酶受體的至少一種試劑的組合。在一些實施方式中，將抗-HER3抗體與非特異性 化學治療組合施用。
[0212] 在一些優選的實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者為具有已進行至少一 種先前的全身性治療的局部晚期或轉移性非小細胞肺癌的調蛋白高的、EGFR野生型受試 者。在一些實施方式中，患者未服用HER抑制劑。在優選實施方式中，用于評估HRG基因的表 達的腫瘤組織或其片段已在任何(全身性)治療之前從受試者或患者中移除。
[0213] 在一些優選的實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者包括利用西妥昔單 抗、順鉑、帕尼單抗、5-氟尿嘧啶、放射療法和放射治療(僅局部晚期）中的一者或多者同時 治療的具有一線轉移性或局部晚期頭頸癌的受試者。
[0214] 在一些實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者包括利用多西他賽同時治療 的具有二線轉移性NSCLC或其它癌癥的受試者。
[0215] 在一些實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者包括利用免疫治療同時治療 的具有NSCLC或其它癌癥的受試者。
[0216] 在一些實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者包括利用PI3K途徑抑制劑同 時治療的具有三線、HER2陽性、（轉移性)乳腺癌的受試者。
[0217] 在一些實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者包括用激素治療或PI3K途徑 抑制劑同時治療的具有HER2陰性(轉移性)乳腺癌的受試者。
[0218] 在本發明中，PI3K途徑抑制劑包括PI3K抑制劑、mTOR抑制劑和AKT抑制劑。
[0219] 在一些實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者包括利用埃羅替尼、吉非替 尼和阿法替尼(afitinib)中的一者或多者同時治療的具有對NSCLC或其它癌癥呈陽性的一 線轉移性EGFR-敏化突變體的受試者。
[0220] 在一些實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者包括用基于鉑的化學治療同 時治療的具有一線轉移性NSCLC或其它癌癥的受試者。
[0221] 在一些實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者包括用西妥昔單抗、帕尼單 抗和化學治療中的一者或多者同時治療的具有RAS野生型結腸直腸癌的受試者。
[0222] 在一些實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者包括用曲妥珠單抗、紫杉醇、 多西他賽、T-DM1和帕妥珠單抗中的一者或多者同時治療的具有HER2陽性的一線轉移性乳 腺癌或其它癌癥的受試者。
[0223] 在一些實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者包括用拉帕替尼、卡培他濱、 曲妥珠單抗和紫杉醇中的一者或多者同時治療的具有HER2陽性的二線或以上（later line)轉移性乳腺癌或其它癌癥的受試者。
[0224] 在一些實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者用早期療法未失效。在一些 實施方式中，可以應用本文公開的方法的患者用早期療法未失效并且所述患者已被分類為 "高的HRG"。
[0225] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于鑒別和/或治療具有局部晚期或轉 移性NSCLC的高HRG的、EGFR野生型受試者，所述受試者將從帕曲土單抗與HER抑制劑的組合 治療中獲益。
[0226] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于鑒別和/或治療具有局部晚期或轉 移性NSCLC的高HRG的、EGFR野生型受試者，所述受試者將從帕曲土單抗與化學治療的組合 治療中獲益。
[0227] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于鑒別和/或治療高HRG的、EGFR突變 的受試者，例如具有局部晚期或轉移性NSCLC的受試者，所述受試者將從帕曲土單抗與HER 抑制劑的組合治療中獲益。
[0228] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于鑒別和/或治療具有局部晚期或轉 移性NSCLC的高HRG的、EGFR突變的受試者，所述受試者將從帕曲土單抗與化學治療的組合 治療中獲益。
[0229] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于鑒別和/或治療罹患癌癥的"HRG高 的"患者，所述患者將從帕曲土單抗與免疫治療或免疫療法的組合治療中獲益。此類癌癥包 括NSCLC 〇
[0230] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于鑒別和/或治療罹患癌癥的"HRG高 的"患者，所述患者將從帕曲土單抗與激素治療或PI3K(磷脂酰肌醇3-激酶)途徑抑制劑的 組合治療中獲益。此類癌癥包括乳腺癌，優選地，HER2-陰性乳腺癌。此類PI3K途徑抑制劑包 括P13K抑制劑、AKT抑制劑和mTOR (雷帕霉素 (Rapamy c i η)的哺乳動物靶標)抑制劑。
[0231] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于鑒別和/或治療罹患癌癥的"HRG高 的"患者，所述患者將從帕曲土單抗與ΡΙ3Κ抑制劑的組合治療中獲益。此類癌癥包括乳腺 癌，優選地，HER2-陽性乳腺癌。
[0232] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于鑒別和/或治療罹患癌癥的"HRG高 的"患者，所述患者將從帕曲土單抗與ALK抑制劑的組合治療中獲益。此類癌癥包括NSCLC。 此類ALK (間變性淋巴瘤激酶)抑制劑包括克唑替尼(Xa 1 kor i)。
[0233] 在一些實施方式中，本文公開的方法可以用于鑒別和/或治療急性呼吸窘迫綜合 征、肺纖維化、精神分裂癥、心臟病、動脈粥樣硬化和杜興氏肌營養不良。HER3抗體
[0234] 適用于治療的抗體并不特別地受限，并且可以為能夠結合HER3的任何蛋白或配 體。在一些實施方式中，抗體可以為結合HER3的結合蛋白或其片段。在一些優選的實施方式 中，抗體可以抑制、中和、防止或消除HER3的至少部分生物活性。
[0235] HER3抗體可以為，例如能夠結合HER3的帕曲土單抗、杜利妥單抗(MEHD-7945A)、司 里班妥單抗(MM-121)、MM-111、LJM716、RG-7116(糖基工程化的抗-HER3單克隆抗體）、三特 異性抗-EGFR/ERBB3zybody、huHER3-8或者任何這些的衍生物或片段中的一者或多者。
[0236] 抗體片段包括，例如，Fab片段、Fab'片段、F(ab'）2片段、Fv片段、雙鏈抗體 (diabody) (Ho 11 inger等（1993)Proc .Natl .Acad· Sci .U. S·Α·90:6444-6448)、單鏈抗體分 子（Pliickthun in:The Pharmacology of Monoclonal Antibodies 113，Rosenburg和 Moore，主編，Springer Verlag，紐約（1994)，269-315)、scFv片段以及能夠抑制HER3的其它 片段。
[0237] 抗體或抗體片段的衍生物可以包括，例如，雙特異性抗體、多特異性抗體、雙scFv 片段、雙鏈抗體、納米抗體、抗體藥物綴合物、免疫毒素、和/或免疫細胞因子，但不局限于 此。
[0238] 合適抗體的其它實例可以見于，例如美國專利第7,705,130號，其通過引用整體并 入本文。
[0239]根據本發明，能夠結合HER3的分離的結合蛋白與HER3的細胞外部分中的至少一個 表位相互作用。所述表位優選位于結構域L1(其為氨基末端結構域）中、結構域S1和結構域 S2(其為兩個富含半胱氨酸的結構域）中或者結構域L2(其兩側有兩個富含半胱氨酸的結構 域）中。所述表位也可以位于諸如但不限于由L1部分和S1部分組成的表位的結構域的組合 中。
[0240] 生物樣品
[0241] 可以將取自受試者(如被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的受試者）的生物樣品 用作RNA的來源，因此可以測定樣品中RNA水平上的HRG基因的表達的水平。生物樣品可以包 括，例如，血液，例如，全血或血液制品，其包括外來體、組織、細胞和/或循環性腫瘤細胞。在 一些實施方式中，生物樣品可以取自腫瘤。
[0242] 生物樣品可以通過任何已知的方法，諸如靜脈穿刺或用常規的腫瘤活組織檢查儀 器和程序獲得。內窺鏡活組織檢查、切除活組織檢查、切開活組織檢查、細針活組織檢查、鉆 取活組織檢查、刮取活組織檢查和皮膚活組織檢查為本領域技術人員可以用于獲得腫瘤樣 品的公認的醫學程序的實例。生物樣品應足夠大以提供用于測量HRG基因的表達的足夠的 RNA或薄切片。
[0243] 在一些實施方式中，本文所述的方法包括提供自體組織樣品或者同意采集自體組 織樣品以例如促進被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者中mRNA水平上的HRG基 因的表達的評估。
[0244] 生物樣品可以為允許測量HRG表達或含量的任何形式。換句話說，樣品必須足夠用 于RNA提取或者制備薄切片。因此，樣品可以是新鮮的、通過合適的冷凍技術保存的或者通 過非冷凍技術保存的。例如，用于處理臨床活組織檢查樣本的標準過程為在福爾馬林中固 定組織樣品，然后將其包埋在石蠟中。這種形式的樣品通常被稱為福爾馬林固定的石蠟包 埋的(FFPE)組織。用于隨后分析的組織制備的合適的技術對本領域技術人員是熟知的。
[0245] HRG基因的表達
[0246] 如本文所述，測定或測量生物樣品中HRG基因的表達的水平可以通過任何合適的 方法來進行。若干種此類方法為本領域已知的。例如，測定HRG基因的表達可以通過測量樣 品中HRG的RNA，例如mRNA的水平或量進行。
[0247] HRG基因的表達可以通過任何已知的方法來檢測。例如，可以設計覆蓋HRG亞型的 EGF-樣結構域和/或神經調節蛋白結構域的引物。這些引物可以基于通常見于例如，HRG-a、 HRG-m、HRG-mb、HRG-mc、HRG-md、HRG-02、HRG-02b、ndf43、ndf43l^P/Sndf43(^9mRNA* 的序列。
[0248] 例如，可以通過使用TaqMan 探針（Life Technologies Corporation;編碼 Hs01101537_ml)擴增和檢測GenBank登錄號NM_013964.3中由總計72個核苷酸組成的核苷 酸序列來測量基因表達。擴增的核苷酸序列的中心/中間可以位于NM_013964.3的第1318個 核苷酸。擴增的序列可以為通常見于HRG-α、HRG-β 1、HRG-β 1 b、HRG-β 1 c、HRG-β 1 d、HRG-02、 冊6_0213、11(^43、11(^4313和/或11(^43(3的1111?熟中的序列。
[0249] 核苷酸序列可以由NM_013964.3的核苷酸No. 1221至No. 1780組成，所述匪_ 013964.3通常見于HRG變體的mRNA中。因此，可以設計用于檢測HRG的引物和/或探針，以擴 增NM_013964.3的核苷酸No. 1221至No. 1780的全長或任何部分序列。
[0250] 可以在mRNA的3'端設計PCR或微陣列的引物和/或探針，因為，不受理論的束縛，認 為通過像RNA分離或cDNA合成的實驗程序會產生較高的保存(穩定性）。在一些實施方式中， 可以基于目標序列設計探針以檢測轉錄物變體的特定形式。
[0251] 以下描述了合適檢測方法的非限制性實例。
[0252] RNA 分析
[0253] 常規的微陣列分析和定量聚合酶鏈式反應(PCR)為用于測定mRNA水平上的HRG基 因的表達水平的方法的實例。在一些實施方式中，使用標準方案從目標細胞、目標腫瘤或目 標組織中提取RNA。在其它實施方式中，使用不需要RNA分離的技術進行RNA分析。
[0254] 用于從組織樣品中迅速和高效提取真核生物的mRNA、即多聚(a)RNA的方法為成功 建立的并且為本領域技術人員已知的。參見，例如，Ausubel等（1997)，Current Protocols of Molecular Biology，John Wiley&Sons。組織樣品可以為新鮮的、冷凍的或固定的石錯 包埋的(FFPE)樣品，如臨床研究腫瘤樣本。通常，分離自新鮮的或冷凍的組織樣品的RNA比 來自FFPE樣品的RNA傾向于出現較少的片段化。然而，腫瘤材料的FFPE樣品更容易獲得，并 且FFPE樣品為用于本發明方法中的RNA的合適來源。對于FFPE樣品作為用于通過RT-PCR進 行基因表達譜分析的RNA的來源的討論，參見，例如，Clark-Langone等（2001 )，BMC Genomics 8:279。也參見De Andres等（1995)，Biotechniques 18:42044;和Baker等，美國 專利申請公開No · 2005/0095634。
[0255] 用于RNA提取和制備的具有供應商說明書的商業上可得的試劑盒的使用為廣泛的 和常見的。多種RNA分離產品和完整試劑盒的商業供應商包括Qiagen(Valen Cia，CA)、 Invitrogen(Carlsbad，CA)、Ambion(Austin，TX)和Exiqon(Woburn，ΜΑ)〇
[0256] 通常，RNA分離開始于組織/細胞破裂。在組織/細胞破裂期間，期望的是使RNA酶對 RNA的降解最小化。在RNA分離過程期間限制核糖核酸酶(RNase)活性的一個方法是確保一 旦細胞破裂，變性劑就與細胞內容物接觸。另一常見的實踐是在RNA分離過程中包括一種或 多種蛋白酶。可選地，一旦收集到新鮮的組織樣品，就將其浸入室溫下的RNA穩定溶液中。穩 定溶液迅速地滲入細胞，使RNA穩定，用于4 °C保存，用于隨后分離。一種此類穩定溶液為商 業上可獲得的 _RNAl:ater_? (Amb ion，Austin，TX)。
[0257] 在一些方案中，通過氯化銫密度梯度離心，自破裂的腫瘤材料分離總RNA。通常， mRNA占總細胞RNA的大約1 %至5 %。固定化的寡(dT)，例如，寡(dT)纖維素通常用于使mRNA 與核糖體RNA和轉移RNA分離。如果在分離之后保存，則RNA必須在無 RNA酶的條件下保存。用 于穩定保存分離的RNA的方法為本領域已知的。用于穩定保存RNA的多種商業產品為可得 的。
[0258] 微陣列
[0259] HRG的mRNA表達水平可以使用常規的DNA微陣列表達譜分析技術進行測量。DNA微 陣列是附著于諸如玻璃、塑料或硅的固體表面或基質的特異性DNA區段或探針的集合，其中 每個特異性DNA區段占據陣列中的已知位置。通常在嚴格雜交條件下與標記的RNA的樣品的 雜交允許檢測和定量對應于陣列中各個探針的RNA分子。在嚴格洗滌以去除非特異性結合 的樣品材料之后，通過共聚焦激光顯微鏡或任何其它合適的檢測方法掃描微陣列。現代商 業的DNA微陣列(通常被稱為DNA芯片)通常含有成千上萬的探針，因此可以同時測量成千上 萬個基因的表達。此類微陣列可以用于實施本發明。可選地，含有測量HRG以及必需的對照 或標準，例如用于數據標準化所需的盡可能少的探針的定制芯片可以用于實施公開的方 法。
[0260] 為促進數據標準化，可以使用雙色微陣列讀取器。在雙色(雙通道)系統中，用在第 一波長處發射的第一焚光團標記樣品，而用在不同波長處發射的第二焚光團標記RNA或 cDNA標準物。例如，Cy3 (570nm)和Cy5 (670nm)通常在雙色微陣列系統中一起使用。
[0261] DNA微陣列技術為發展很好的、商業上可獲得的和廣泛使用的。因此，在執行所公 開的方法中，本領域普通技術人員可以使用微陣列技術以測量編碼生物標志物蛋白的基因 的表達水平而無需過度實驗。DNA微陣列芯片、試劑（如用于RNA或cDNA制備、RNA或cDNA標 記、雜交和洗滌液的那些試劑）、儀器(如微陣列讀取器)和方案為本領域熟知的并且可以從 多種商業來源獲得。微陣列系統的商業供應商包括Agilent Technologies(Santa Clara， CA)和Affymetrix(Santa Clara，CA)，但是可以使用其他陣列系統。
[0262] 定量 PCR
[0263] 編碼HRG的mRNA的水平可以使用常規的定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT-PCR) 技術進行測量。qRT-PCR的優勢包括靈敏性、靈活性、定量的精確性以及能夠區分密切相關 的mRNA。關于處理用于定量PCR的組織樣品的指導從多種來源獲得，包括用于qRT-PCR的商 業儀器和試劑的制造商和供應商（例如，0丨38611(\%1611(^3,04)和411113；[011(41181：；[11，1乂））。 qRT-PCR的自動化性能的儀器和系統為商業上可得的并且通常在許多實驗室中使用。熟知 的商業系統的實例為Applied Biosystems 7900HT快速實時PCR系統（Applied Biosystems，福斯特市，CA) 0
[0264] 一旦分離mRNA，通過RT-PCR進行基因表達測量的第一步是將mRNA模板逆轉錄成 cDNA，然后將所述cDNA在PCR反應中進行指數擴增。兩種常用的逆轉錄酶為禽成髓細胞瘤病 毒逆轉錄酶(AMV-RT)和莫洛尼鼠白血病病毒逆轉錄酶(MMLV-RT)。逆轉錄反應通常用特異 性引物、隨機六聚物或寡（dT)引物進行預處理。合適的引物為商業上可獲得的，例如， GeneAmp:?RNA PCR試劑盒（Perkin Elmer，Waltham，MA)。所得的cDNA產物可以用作隨后 聚合酶鏈式反應中的模板。
[0265] PCR步驟使用熱穩定的DNA-依賴型DNA聚合酶進行。PCR系統中最常用的聚合酶為 嗜熱水生菌(Taq)聚合酶。PCR的選擇性源自于引物的使用，所述引物與靶向擴增的DNA區域 互補，所述區域即由編碼目標蛋白的基因逆轉錄的cDNA區域。因此，當qRT-PCR用于本發明 時，對每個標志物基因特異的引物基于基因的cDNA序列。根據供應商的說明書，可以使用諸 如SYBR?green或TaqMan?(Applied Biosystems，福斯特城，CA)的商業技術。通過比較 諸如β-肌動蛋白或GATOH的管家基因的水平，對于樣品間負載的差異，可以標準化信使RNA 水平。相對于諸如來自正常的非腫瘤組織或細胞的mRNA的任何單個對照樣品，可以表達 mRNA表達的水平。可選地，相對于來自腫瘤樣品或腫瘤細胞系的匯集物或者來自商業上可 得的對照mRNA組的mRNA，可以表達mRNA表達的水平。
[0266] 用于表達HRG基因的PCR分析的合適的引物組可以由本領域技術人員在無需過度 實驗的情況下設計和合成。
[0267] 可選地，用于實踐本發明的PCR引物組可以購自商業來源，例如，Applied Biosystems 1CR引物優選為約17至25個核苷酸長。可以使用Tm估算的常規算法設計具有特 定解鏈溫度(Tm)的引物。用于引物設計和Tm估算的軟件為商業上可獲得的，例如，Primer Express?(Applied Biosystems)，以及也可從因特網上獲得，例如Primer3(麻省理工學院 (Massachusetts Institute of Technology))。通過應用PCR引物設計的確定原則，大量不 同的引物可以用于測量任何給定基因、包括HRG的表達水平。
[0268] qNPA?
[0269] 在一些實施方式中，使用不涉及RNA提取或分離的技術進行RNA分析。一種此類技 術為定量的核酸酶保護測定，其以名稱qNPA?(High Throughput Genomics有限公司， TucS〇n，AZ)商業上可獲得。當待分析的腫瘤組織樣品呈FFPE材料的形式時，該技術可以是 有利的。參見，例如，Roberts等（2007)，Laboratory Investigation 87:979-997。
[0270] 納米鏈（Nanostring)
[0271] 在一些實施方式中，使用納米鏈技術進行RNA分析。納米鏈方法使用能夠結合單獨 革巴分子的標記的報告分子，被稱為標記的"納米報告物(nanoreporters)"。通過納米報告物 的標記代碼，納米報告物與靶分子的結合致使靶分子的識別。納米鏈的方法描述于美國專 利第7,473,767號中。
[0272] 評估HRG基因的表達
[0273] HRG基因的表達可以在來自人患者的生物樣品，如獲得自、取自或接受自人患者的 生物樣品中進行評估。一些實施方式包括整理或接受mRNA水平上HRG基因的表達的評估。一 些實施方式包括測定mRNA水平上的HRG基因的表達的值，以及可選地，記錄測定的值。
[0274] HRG基因的表達水平可以相對于預定閾值來解釋。等于或高于閾值評分的HRG基因 的表達水平可以被解釋為預測受試者將響應于用HER3抑制劑，例如，抗-HER3抗體治療的可 能性。在一些實施方式中，低于閾值評分的HRG基因的表達水平可以被解釋為預測對用HER3 抑制劑治療具有抵抗(無響應)的腫瘤。
[0275] 在一些實施方式中，基于代表生物樣品中HRG基因的表達水平的數值，HRG基因的 表達可以被評估為"高的HRG"或"低的HRG"。例如基于mRNA水平上的HRG的表達，受試者可以 被評估為高的HRG或低的HRG。
[0276] 表達水平可以通過任何已知的方法，如上文所述的那些方法來評估。例如，HRG評 估可以基于來自qRT-PCR測定的Ct值。在一些實施方式中，HRG評估可以基于另外的基因的 表達，所述另外的基因充當例如用于數據標準化的對照或標準，或者可以是在其它方面有 益的。
[0277] 在一些實施方式中，使用管理機構批準的測試評估mRNA水平上的HRG的表達。在一 些實施方式中，管理機構批準的測試為FDA-批準的測試、EMA-批準的測試或JPMA-批準的測 試。
[0278] Ct值和HRG基因的表達為負相關的。因此，較低的Ct值轉化成較高的HRG基因的表 達。在一些實施方式中，如果觀察到低于預定閾值的ACtWCt)值，則HRG的表達被評估為高 的HRG。預定閾值在統計學上可以選擇成使假陽性和假陰性的不期望效果最小化，并且可以 為，例如，約大于 20、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10·0、9·9、9·8、9·7、9·6、9·5、9·4、 9.3、 9.2、9.1、9.0、8.9、8.8、8.7、8.6、8.5、8.4、8.3、8.2、8.1、8.0、7.9、7.8、7.7、7.6、7.5、 7.4、 7.3、7.2、7.1、7.0、6.9、6.8、6.7、6.6、6.5、6.4、6.3、6.2、6.1、6.0、5.9、5.8、5.7、5.6、 5.5、 5.4、5.3、5.2、5.1、5.0、4.9、4.8、4.7、4.6、4.5、4.4、4.3、4.2、4.1、4.0、3.9、3.8、3.7、 3·6、3·5、3·4、3·3、3·2、3·1、3·0、2·9、2·8、2·7、2·6、2·5、2·4、2·3、2·2、2·1、2·0、1·9、1·8、 1·7、1·6、1·5、1·4、1·3、1·2、1·1、1·0、0·9、0·8、0·7、0·6、0·5、0·4、0·3、0·2、0·1、0、-0·1、-0.2> _0.3>_0.4>_0.5>_0.6> _0.7>_0.8>_0.9>_1.0> _1.1>_1.2>_1.3>_1.4> _1.5>_1.6>_ 1.7>_1.8>_1.9>_2.0> _2.1>_2.2>_2.3>_2.4> _2.5>_2.6>_2.7>_2.8> _2.9>_3.0>_3.1>_ 3.2>_3.3>_3.4>_3.5> _3.6>_3.7>_3.8>_3.9> _4.0>_4.1>_4.2>_4.3> _4.4>_4.5>_4.6>_ 4·7、_4·8、_4·9、_5·0、_5·1、 _5·2、_5·3、_5·4、_5·5、_5·6、 _5·7、_5·8、_5·9、_6·0、_6·1、 _ 6·2、_6·3、_6·4、_6·5、_6·6、 _6·7、_6·8、_6·9、_7·0、_7·1、 _7·2、_7·3、_7·4、_7·5、_7·6、 _ 7.7>_7.8>_7.9>_8.0> _8.1>_8.2>_8.3>_8.4> _8.5>_8.6>_8.7>_8.8> _8.9>_9.0>_9.1>_ 9·2、-9·3、-9·4、-9·5、-9·6、-9·7、-9·8、-9·9、-10·0、-11、-12、-13、-14、-15、-16、-17、-18、-19、-20、-21、-22、-23、-24、-25、-26、-27、-28、-29、-30、-35、-40、-45、-50、-60、-70、_ 80、-90、-100或更小。在一些實施方式中，如果(1(^值小于約5.0、4.9、4.8、4.7、4.6、4.5、 4·4、4·3、4·2、4·1、4·0、3·9、3·8、3·7、3·6、3·5、3·4、3·3、3·2、3·1、3·0、2·9、2·8、2·7、2·6、 2·5、2·4、2·3、2·2、2·1、2·0、1·9、1·8、1·7、1·6、1·5、1·4、1·3、1·2、1·1、1·0、0·9、0·8、0·7、 0·θ、0·5、0·4：、0·3、0·2、0· 1、0、_0· 1、_0.2、_0·3、_0·4：、_0·5、 _0·θ、_0·8、_0·θ、_1 ·0、_ 1.1>_1,2>_1,3>_1.4> _1,5>_1,6>_1.7 ,8> _1,9>_2.0>_2.1>_2.2> _2.3>_2.4>_2.5>_ 2.6>_2.7>_2.8>_2.9> _3.0>_3.1>_3.2>_3.3> _3.4>_3.5>_3.6>_3.7> _3.8>_3.9>_4.0>_ 4.1>_4.2>_4.3>_4.4> _4.5>_4.6>_4.7>_4.8> _4.9>_5.0>_5.1>_5.2> _5.3>_5.4>_5.5>_ 5·6、_5·7、_5·8、_5·9、_6·0、 _6·1、_6·2、_6·3、_6·4、_6·5、 _6·6、_6·7、_6·8、_6·9、_7·0、 _ 7.1、-7.2或-7.3，則HRG的表達可以被評估為"高的HRG"。在一些實施方式中，如果dCt值等 于或大于約5·0、4·9、4·8、4·7、4·6、4·5、4·4、4·3、4·2、4·1、4·0、3·9、3·8、3·7、3·6、3·5、 3.4、3.3、3.2、3.1、3.0、2.9、2.8、2.7、2.6、2.5、2.4、2.3、2.2、2.1、2.0、1.9、1.8、1.7、1.6、 1·5、1·4、1·3、1·2、1·1、1·0、0·9、0·8、0·7、0·6、0·5、0·4、0·3、0·2、0·1、0、-0·1、-0·2、-0.3ν _0.4ν_0.5ν_0.6ν_0.7ν_0.8ν _0.9ν_1.0ν_1.1ν_1.2ν_1.3ν _1.4ν_1.5ν_1.6ν_1.7ν_ 1.8ν_1.9ν_2.0ν_2.1ν_2.2ν _2.3ν_2.4ν_2.5ν_2.6ν_2.7ν _2.8ν_2.9ν_3.0ν_3.1ν_3.2ν _ 3.3ν_3.4ν_3.5ν_3.6ν_3.7ν _3.8ν_3.9ν_4.0ν_4.1ν_4.2ν _4.3ν_4.4ν_4.5ν_4.6ν_4.7ν _ 4·8、_4·9、_5·0、_5·1、_5·2、 _5·3、_5·4、_5·5、_5·6、_5·7、 _5·8、_5·9、_6·0、_6·1、_6·2、 _ 6.3、-6.4、-6.5、-6.6、-6.7、-6.8、-6.9、-7.0、-7.1、-7.2或-7.3，則冊6的表達被評估為"低 的HRG"。在一些實施方式中，預定閾值在約-20至約20、約-10至約10、約-7.3至約7.3、約-7.3至5.0、約2.0至約5.0、約2.7至約4.1、約3.0至約4.1、約3.0至約4.0、約3.0至約3.9、約 3.4至約4.1、約3.5至約4.0、約3.5至約3.9、約3.6至約3.9、約3.5至約4.2、約3.5至約4.5、 約3.6至約4.4、或約3.5至約5.0之間。在一些實施方式中，預定閾值可以為連續體。
[0279] 在一些實施方式中，將預定閾值設置在例如3.9，使得50 %的患者群體為"高的 HRG"。在一些實施方式中，將預定閾值設置在例如3.7，使得48%的患者群體為"高的HRG"。 在一些實施方式中，將預定閾值設置在例如3.5，使得45%的患者群體為"高的HRG"。在一些 實施方式中，將預定閾值設置在例如3.3,使得40%的患者群體為"高的HRG"。在一些實施方 式中，將預定閾值設置在例如3.0,使得33%的患者群體為"高的HRG"。在一些實施方式中， 將預定閾值設置在例如2.7，使得25%的患者群體為"高的HRG"。
[0280] 在一些實施方式中，較高的HRG基因的表達與較好的風險比和p-值相關。治療
[0281] 在一些實施方式中，受試者可以通過向HRG基因的表達被評估為高的罹患癌癥或 其它疾病的受試者施用包括抗-HER3抗體的治療來進行治療。在一些實施方式中，受試者可 以通過停止對HRG基因的表達被評估為低的罹患癌癥或其它疾病的受試者包括抗-HER3抗 體的治療來進行治療。
[0282] 在一些實施方式中，如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的，則受試者可 以通過接受或經受包括抗-HER3抗體的治療來進行治療;或者如果mRNA水平上的HRG基因的 表達被評估為低的，則受試者放棄包括抗-HER3抗體的治療。
[0283] 在一些實施方式中，如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的，則受試者可 以通過選擇停止或放棄包括抗-HER3抗體的治療來進行治療;或者如果mRNA水平上的HRG基 因的表達被評估為高的，則選擇施用包括抗-HER3抗體的治療。
[0284] 抗-HER3抗體可以為能夠結合HER3,如上文討論的那些的任何蛋白或配體。在一些 實施方式中，抗-HER3抗體為帕曲土單抗（U3-1287)、杜利妥單抗(MEHD-7945H)、MM-111、 LJM716、RG-7116、三特異性抗-EGFR/ERBB3zybody、huHER3-8 和司里班妥單抗(MM-121)中的 一者或多者。
[0285]抗-HER3抗體可以以任何合適的劑量施用。例如，抗體可以約9mg/kg或更多、約 12mg/kg或更多、約15mg/kg或更多或者約18mg/kg或更多施用。在一些實施方式中，抗體可 以約9mg/kg或更少、約12mg/kg或更少、約15mg/kg或更少或者約18mg/kg或更少施用。
[0286] 抗-HER3抗體可以通過任何合適的方法施用。例如，在一些實施方式中，靜脈內施 用抗體。然而，施用途徑不限于靜脈內施用，而且可以為任何其它合適的途徑。
[0287] 在一些實施方式中，每周或更頻繁地、或者每兩周、或者每三周或更低頻率地施用 一次或多次抗-HER3抗體。
[0288] 在一些實施方式中，治療包括施用抗-HER3抗體與酪氨酸激酶抑制劑或HER抑制 劑、如表皮生長因子受體抑制劑的組合。治療可以包括施用抗-HER3抗體與例如曲妥珠單 抗、T-DM1、拉帕替尼、帕妥珠單抗、西妥昔單抗、帕尼單抗、吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、 KD-019和埃羅替尼中的一者或多者的組合。
[0289] 在一些實施方式中，治療包括施用抗-HER3抗體與化學治療的組合。治療可以包括 施用抗-HER3抗體與例如諸如順鉑、5-氟尿嘧啶、紫杉醇、卡培他濱和其它化學治療中的一 者或多者的組合。
[0290] 在一些實施方式中，治療包括施用抗-HER3抗體與酪氨酸激酶抑制劑或HER抑制劑 和化學治療的組合。治療可以包括施用抗-HER3抗體與例如曲妥珠單抗、T-DM1、拉帕替尼、 帕妥珠單抗、西妥昔單抗、帕尼單抗、吉非替尼、達克替尼、KD-019、阿法替尼、達克替尼、KD-019和埃羅替尼中的一者或多者，以及順鉑、卡鉑、吉西他濱、培美曲塞、伊立替康、5-氟尿嘧 啶、紫杉醇、多西他賽、卡培他濱和其它化學治療中的一者或多者的組合。
[0291 ]在一些實施方式中，治療包括施用抗-HER3抗體與放射療法的組合。在一些實施方 式中，治療包括施用抗-HER3抗體與放射療法以及酪氨酸激酶抑制劑、HER抑制劑和化學治 療中的一者或多者的組合。
[0292] 在一些實施方式中，抗-HER3抗體可以與針對轉移性或局部晚期頭頸癌的一線治 療，如放射療法或放射治療、西妥昔單抗、順鉑和/或5-氟尿嘧啶組合施用。
[0293] 在一些實施方式中，抗-HER3抗體可以與針對NSCLC的一線治療，如埃羅替尼或基 于鉑的化學治療組合施用。
[0294] 在一些實施方式中，抗-HER3抗體可以與針對NSCLC的二線治療，如多西他賽組合 施用。
[0295] 在一些實施方式中，抗-HER3抗體可以與針對RAS野生型癌癥、結腸直腸癌和其它 癌癥的治療，如西妥昔單抗、帕尼單抗和/或化學治療組合施用。
[0296] 在一些實施方式中，抗-HER3抗體可以與放射、順鉑、西妥昔單抗、5-氟尿嘧啶和/ 或其它HER抑制劑或化學治療組合施用。
[0297] 在一些實施方式中，抗-HER3抗體可以與曲妥珠單抗、紫杉醇、拉帕替尼、卡培他濱 和/或其它HER抑制劑或化學治療中的一者或多者組合施用。
[0298] 測試試劑盒
[0299] 還公開了診斷測試試劑盒，其包括用于執行本發明方法的某些組分。診斷測試試 劑盒增強診斷測定性能的便利性、速度和可重復性。例如，在示例性的基于qRT-PCR的實施 方式中，基本的診斷測試試劑盒包括用于分析HRG表達的PCR引物。在其它實施方式中，更復 雜的測試試劑盒不僅包含使用PCR技術測量HRG表達水平的PCR引物，而且還包含緩沖液、試 劑以及詳細說明書。在一些實施方式中，試劑盒包括測試方案以及測試所需的所有可消耗 的組分(除RNA樣品外）。
[0300] 在示例性的基于DNA微陣列的實施方式中，測試試劑盒包括被設計成與特定儀器 一起使用的微流卡(陣列）。可選地，微流卡為特別設計成用于測量HRG的定制的裝置。此類 定制的微流卡為商業上可得的。例如，TaqMan陣列為被設計成與Applied Biosystems 7900HT快速實時PCR系統(Applied Biosystems，福斯特城，CA)-起使用的384-孔微流卡 (陣列）。
[0301] 在一些實施方式中，可以將一個或多個TaqMan探針（Life Technologies Corporation;編碼 HsOl 101537_ml)用于擴增和檢測由 GenBank 登錄號 NM_013964 · 3中72 個 核苷酸組成的核苷酸序列。擴增的核苷酸序列的中心/中間位于NM_〇13964.3的第1318個核 苷酸處。擴增的序列通常見于 HRG-a、HRG-m、HRG-mb、HRG-01c、HRG-md、HRG-02、HRG-02b、 ndf43、ndf 43b 和 ndf 43 c 的 mRNA 上。
[0302] 由NM_013964.3的核苷酸No. 1221至No. 1780組成的核苷酸序列通常見于許多HRG 變體的mRNA上。因此，用于檢測HRG的引物和/或探針可以被設計成擴增ΝΜ_013964.3的核苷 酸No. 1221至No. 1780的全長或部分序列。
[0303] PCR或微陣列的探針可以被設計在mRNA的3'端或者可以被設計在目標序列上以檢 測轉錄物變體的特定形式。
[0304] 實施例
[0305]通過下述實施例進一步說明本發明。實施例僅出于示例性目的提供，并且不應被 解釋為以任何方式限制本發明的范圍和內容。
[0306]縮寫:AE-不良事件;CI-置信區間；CR-完全反應;DLT-劑量限制性毒性;FAS-全分 析集;FFPE-福爾馬林固定的、石蠟包埋的;HR-風險比；IN-靜脈內；ITT-意向性治療;MTD-最 大耐受劑量;NE-未評估;0S-總生存期;PD-進行性疾病;PFS-無進展生存期;PH-比例風險； P0- 口服;PR-部分反應;SD-穩定的疾病。
[0307]實施例l-lb/2期臨床試驗
[0308]該實施例和其它實施例提供了隨機化的、安慰劑對照的雙盲lb/2期研究的結果， 該研究被設計用于評價帕曲土單抗與埃羅替尼的組合在具有階段Illb/IV NSCLC的未進行 EGFR-抑制劑治療的受試者中的安全性和功效，所述受試者在至少1個先前的化學治療方案 之后已有所發展。來自研究的非盲數據呈現在附錄A中。
[0309] 研究包括lb期開放標簽、單組(single-arm)部分以評估帕曲土單抗與埃羅替尼組 合的安全性和耐受性，以及確定2期部分的劑量，然后進行隨機化的、安慰劑對照的2期部分 以評估組合療法相對于埃羅替尼+安慰劑的功效和安全性。基于未達到最大耐受劑量的1期 研究結果，初步的人藥代動力學特征支持每3周靜脈內施用一次9mg/kg或大于9mg/kg的帕 曲土單抗以實現循環水平超出在實驗動物模型中顯示最大功效和藥效學的那些循環水平。 相對于動物模型，還包括18mg/kg的較高維持劑量水平以適應臨床背景中降低的腫瘤組織 滲透性的可能結果。由于在單一療法1期研究中沒有劑量限制性毒性，所以將lb期設計成劑 量遞減研究，其中每天一次口服施用150mg埃羅替尼以及每三周一次IV施用18mg/kg帕曲土 單抗，條件是如果超過MTD，則從該最大劑量遞減。因為在該lb期群組中未觀察到DLT，所以 在該水平及以下的劑量在2期部分是允許的。
[0310]在研究的兩個部分中，受試者每天一次口服接受150mg埃羅替尼。在每3周治療周 期開始時，受試者接受IV輸注帕曲土單抗或安慰劑(在2期部分）。評估三個治療方案:每天 150mg埃羅替尼和每3周18mg/kg帕曲土單抗的組合（"高劑量"）；每天150mg埃羅替尼和 18mg/kg負荷劑量的帕曲土單抗與每3周9mg/kg維持劑量的帕曲土單抗的組合（"低劑量"； 以及每天150mg埃羅替尼和每3周安慰劑的組合（"安慰劑"）。每6周（±3天)直至研究的第一 個24周評估腫瘤，然后獨立于治療周期的每12周（±7天)評估腫瘤。
[0311] 基于相對于治療組的盲樣和臨床結果，"HRG高的"受試者被定義為△ Ct值小于3.9 (樣品組的中值）的受試者。使用三個參考基因的Ct值的平均值計算△ Ct值，以及基于HRG的 平均Ct值與參考基因的平均Ct值之間的差異來測定HRG的表達水平。所有樣品以一式三份 測定。
[0312] 通過MolecularMD研發的qRT-PCR驗證測定來測量HRG的mRNA表達。首先使用 Qiagen RNeasy FFPE從FFPE中提取總的mRNA，然后使用RT-PCR反應獲得cDNA。將cDNA用于 四個PCR反應中，包括HRG和三個參考基因（HMBS、EIF2B1和IP08)。平均PCR效率和線性度分 別在90-110 %內和2 0.99。在從來自FFPE樣品的mRNA提取起始的6個不同的FFPE樣品間進 行批內精確度和批間精確度分析。
[0313] 在批內精確度的評估期間，將RNA從FFPE樣品中提取一次以及在從RT-PCR反應起 始的一個運行中運行六個重復。在PCR反應期間，對于每個cDNA運行復孔。批內精確度中Δ Ct的標準差在0.11至0.89的范圍內。△ Ct的標準差為0.89的樣品似乎在其六個數據點中包 括一個異常值。
[0314]在批間精確度的評估期間，對于總共六個FFPE樣品中的每個樣品進行5次單獨的 RNA提取（總共30次RNA提取）。將30個RNA樣品以五個不同的批次運行。對每個RNA進行RT-PCR反應，隨后進行PCR反應。在PCR反應中對每個RNA樣品運行復孔。Δ Ct的標準差在0.06至 0.58的范圍內。
[0315]在研究中，188個組織樣品收集自215個隨機化的受試者；從這些樣品中，獲得了 102個受試者的可報告的HRG qRT-PCR數據。剩余的86個受試者具有不可報告的HRG qRT-PCR結果:42個樣品缺乏足夠的腫瘤/組織材料，38個樣品缺乏足夠的RNA，以及6個樣品產生 不可報告的Ct值。
[0316]與單側α = 0.1的顯著水平的對照相比，基于80%的把握以檢測到任何帕曲土單抗 組之間3.3對2.2個月的中值PFS的50 %的改善（即，HR為0.667)的單側對數秩（log-rank)檢 驗，計算2期部分的樣品大小。
[0317] 當已觀察到162個PFS事件（以及110個PFS事件/帕曲土單抗18mg/kg+埃羅替尼和 對照組的比較、以及帕曲土單抗9mg/kg+埃羅替尼和對照組的比較)時，對本研究進行初步 分析。在校正數據、清理數據以及創建干凈數據庫的快照之后，在正要進行初步分析時，所 有受試者的治療分配是非盲的以指定用于分析的研究人員。為使潛在的偏差最小化，個體 的治療分配不會泄露給受試者或研究者直至研究結束。
[0318] 所有功效分析在全分析集中進行，所述全分析集包括在隨機化分析集中接受至少 一劑隨機化研究藥物的所有受試者。主要療效終點為PFSJFS被定義為從隨機化日期至首 次客觀記錄由于任何原因引起的射線照相術疾病進展或死亡的日期之前的時間。到數據截 止日期無(射線照相術)疾病進展的客觀記錄的活著的受試者在最后可評價的腫瘤評估日 期處被刪掉。重要的次級療效終點-總存活數被定義為從隨機化日期至由于任何原因引起 死亡的日期的時間，并且以與主要療效終點PFS相同的方式進行分析。
[0319] PFS的初步分析使用針對劑量反應關系的分層對數秩線性趨勢檢驗，隨后使用分 層對數秩檢驗對每個帕曲土單抗組和對照組進行成對比較，從而說明隨機化:組織學(腺癌 對非腺癌）和先前治療的最佳反應(CR/PR對SD對PD)的分層因素。生成針對PFS的Kaplan-Meier曲線并且被用于計算對于每個治療組的中值和95%CI。使用分層Cox比例風險模型計 算每個帕曲土單抗組與對照組之間的HR的估計值以及95 % CI。
[0320]在FAS上的HRG-高的組中對PFS的初步分析使用分層對數秩檢驗以比較每個帕曲 土單抗組和對照組以及比較組合的帕曲土單抗組和對照組。分層因素包括組織學（腺癌對 非腺癌）和先前治療的最佳反應(CR/PR/SD對PD)。使用具有用于分層對數秩檢驗的相同分 層因素的分層Cox比例風險模型，計算每個帕曲土單抗組和對照組以及組合的帕曲土單抗 組和對照組之間的HR的估計值以及95 % CI。
[0321] 除非另外指明，否則對于PFS和0S的對數秩p-值和HR基于針對如上所述的隨機化 的分層因素調整的初步分析。
[0322] 試驗的lb期部分登記7名受試者(4名男性；中值年齡[范圍]，68歲[48-78])，所述 受試者全部接受每天150mg埃羅替尼和每3周18mg/kg帕曲土單抗的組合。在2名受試者中出 現AE等級2 3:-個3級病例出現各個疼痛、疲勞、頭痛、脫水、腹瀉和血液肌酸酐增加;沒有 病例與帕曲土單抗相關。三名受試者具有四種嚴重的AE:3級疼痛(與研究治療無關），3級脫 水(埃羅替尼相關的），1級食欲下降（埃羅替尼-相關的和帕曲土單抗-相關的）和在一名受 試者中1級發熱(無關的）。大多數報告的AE為1級或2級并且被認為是埃羅替尼相關的。在2 2名受試者中報告的唯一帕曲土單抗-相關的AE為食欲下降(2名受試者）。
[0323] 在四名受試者中沒有記錄到反應，且注意到穩定的疾病（83天、87天、90天和117 天）。所有7名受試者由于疾病進展而中斷研究治療;跟蹤6名受試者直至死亡，以及1名受試 者撤銷同意隨訪。
[0324] 在lb期研究期間，未報告DLT。因此，2期劑量方案為帕曲土單抗18mg/kg的負荷劑 量，隨后每3周施用9mg/kg帕曲土單抗或18mg/kg帕曲土單抗維持劑量。在2期試驗期間，還 向受試者施用150mg埃羅替尼/天。
[0325] 對于2期部分，3名受試者為隨機的但未治療，因此，在FAS和安全性分析集中存在 212名受試者。下文呈現的分析結果基于來自鎖定數據庫（截止日期2012年10月30日的數 據)的療效數據(除了 0S以外）的初步分析。0S數據在初步分析時尚未成熟，以及基于2013年 4月19日的數據截止日期，來自更新的0S分析的初步結果在下文中呈現。
[0326] 在表1中匯總了登記至研究的隨機化2期部分的215名受試者的分布。在表2中匯總 了全分析集的人口統計信息。相對于人口學特征，在治療組間不存在有意義的差別。
[0327]表1:2期受試者分布
[0328]
[0329] 注釋：百分數基于受試者在登記的/隨機化的分析集中的數目。[a]:如果死亡日期 發生在第一次藥物施用日期時或之后并且在AE采集期內（在最后劑量的帕曲土單抗之后高 達53天或者在最后劑量的埃羅替尼之后超過30天，以較遲者為準），則研究時死亡=Y。
[0330] 表2:人口統計學和基線特征(全分析集）
[0331]
[0332] 注釋:百分數的分母為FAS中受試者的數目。[a]:使用知情同意日期和出生日期計 算年齡。
[0333] 在表3中示出關于NSCLC史和先前治療的受試者基線特征。受試者通常似乎能夠在 治療組間進行很好地平衡。
[0334] 表3:基線預后特征和疾病特征(全分析集）
[0335]
[0336] 注釋:百分數反映全分析集(FAS)中受試者的比例。基線=在最初施用研究治療之 前最后的非缺失值，[a]:如果受試者具有兩道先前的化學治療方案，則使用對最近的化學 治療方案(排除"不可適用的"）的最佳反應。
[0337] 在表4中示出針對FAS的可能預測/預后生物標志物數據。關于HER3和HRG以及EGFR 突變狀態的表達水平，治療組似乎是平衡的。
[0338] 表4:基線可能的預測/預后生物標志物(全分析集）
[0339]
[0340] 注釋:百分數的分母為全分析集(FAS)中受試者的數目。基線值被定義為在最初施 用研究治療之前最后的非缺失值。[a]:HER3陽性被定義為膜染色H-評分>0;HER3陰性被定 義為膜染色H-評分= 0;HER3極度過表達被定義為膜染色H-評分MOOjbhHRG高被定義為 Δ Ct值〈3.9; HRG低被定義為Δ Ct值>3.9。
[0341 ]在表5中匯總了具有表達高的HRG水平的腫瘤的受試者的人口統計信息。關于人口 學特征，治療組之間不存在有意義的差別;然而，在低劑量組中，16名受試者中有3名受試者 為從不吸煙者;在高劑量組中，17名受試者中有1名受試者為從不吸煙者；以及在安慰劑組 中，19名受試者中無一為從不吸煙者。進行消除從不吸煙者的分析不會改變下文陳述的結 果。
[0342]表5:具有表達高的調蛋白（HRG)水平的腫瘤的受試者的人口統計學和基線特征
[0343]
[0344] 注釋:百分數的分母為在全分析集中具有高的HRG表達的腫瘤的受試者的數目。高 的HRG表達被定義為△ Ct值〈3.9。[a]:使用知情同意日期和出生日期計算年齡。
[0345] 在表6中示出關于NSCLC史和先前治療的受試者基線特征。關于基線特征，受試者 通常似乎能夠在治療組間進行很好地平衡;然而，在低劑量組中存在3(18.8%)名受試者， 在高劑量組中無受試者以及在安慰劑中存在6(31.6% )名受試者對最近的先前治療具有 CR/PR的最佳反應。對于具有2次先前治療的受試者，在低劑量組中存在8(50%)名受試者， 在高劑量組中存在4(23.5%)名受試者以及在安慰劑組中存在5(26.3%)名受試者。
[0346] 表6:具有表達高的調蛋白（HRG)水平的腫瘤的受試者的基線預后和疾病特征
[0347]
[0348] 注釋:百分數的分母為全分析集中具有高的HRG表達的腫瘤的受試者的數目。高的 HRG表達被定義為△ Ct值〈3.9。[a]:如果受試者具有兩道先前的化學治療方案，則將使用對 最近的化學治療方案(排除"不可適用的"）的最佳反應。
[0349] 在表7中匯總了針對具有表達高水平的HRG的腫瘤的受試者的可能預測/預后生物 標志物值。關于HER3的表達水平，治療組似乎為平衡的。在低劑量組中的單個受試者、在安 慰劑組中的單個受試者以及在高劑量組中無受試者具有已知的EGFR突變。與安慰劑組和低 劑量組相比，高劑量組中的略微較大比例的受試者具有未知的EGFR突變狀態。
[0350]表7:具有表達高的調蛋白（HRG)水平的腫瘤的受試者的基線可能的預測/預后生 物標志物
[0351]
[0352] 注釋：百分數的分母為在全分析集中具有高的HRG-表達的腫瘤的受試者的數目。 高的HRG表達被定義為Δ Ct值〈3.9。[a]:HER3高表達被定義為膜染色H-評分>0;HER3低表達 被定義為膜染色H-評分=0; HER3極度過表達被定義為膜染色H-評分>100。
[0353] 實施例2-全分析集中的無進展生存期和總生存期
[0354] 在表8中示出針對FAS的PFS的初步分析。FAS中無進展生存期的Kaplan-Meier估計 呈現在圖1中（顯示高劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼和低劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安 慰劑+埃羅替尼）。在未經選擇的FAS中的總生存期(0S)結果呈現在表9和圖2中（顯示高劑量 的帕曲土單抗+埃羅替尼和低劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）。與全分析 集中的埃羅替尼+安慰劑相比，帕曲土單抗與埃羅替尼的組合未顯著改善PFS或0S，且該研 究被認為對于未經選擇的ITT群體是陰性的。
[0355 ]在低劑量帕曲土單抗和高劑量帕曲土單抗治療組中具有CR/PR反應的受試者的數 目分別為9(12.9%)和5(7.1%)對安慰劑4(5.6%)。
[0356] 表8:全分析集中無進展生存期的分析
[0357]
[0358]注釋:PFS被定義為從隨機化日期至首次客觀記錄由于任何原因引起的疾病進展 或死亡的日期（以先到者為準）的時間。[a] :Kaplan_Meier估計。使用Brookmeyer-Crowley 方法計算中值的CI。[b]:分層對數秩和分層Cox PH通過先前治療的最佳反應和組織學亞型 (腺癌對非腺癌)進行分層。
[0359]表9:全分析集中總生存期的分析 [0360]
[0361 ] 注釋:0S被定義為從隨機化日期至死亡日期的時間。[a]Kaplan_Meier估計。使用 Brookmeyer-Crowley方法計算中值的CI。[b]:分層對數秩和分層Cox PH通過先前治療的最 佳反應和組織學亞型(腺癌對非腺癌)進行分層。
[0362] 實施例3-具有表達高的HRG水平的腫瘤的受試者的無進展生存期
[0363] 表10和表11中示出對于具有表達高水平的HRG的腫瘤的受試者的預期亞群的PFS 的次級分析。具有mRNA水平上的表達高的HRG(被定義為dCt〈3.9)的腫瘤的受試者的無進展 生存期的Kaplan-Meier估計呈現在圖3(顯示高劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼和低劑量的帕 曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）和圖4(顯示混合的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰 劑+埃羅替尼）中。
[0364] 表10:具有表達高的HRG水平的腫瘤的受試者的無進展生存期的分析
[0365]
[0366] 注釋:PFS被定義為從隨機化日期至首次客觀記錄由于任何原因引起的疾病進展 或死亡的日期（以先出現者為準）的時間。[a] :Kaplan_Meier估計。使用Brookmeyer-Crowley方法計算中值的CK[b]:分層對數秩和分層Cox PH通過先前治療的最佳反應(CR、 PR、SD對ro)和組織學亞型(腺癌對非腺癌)進行分層。
[0367] 表11:具有表達高的HRG水平的腫瘤的受試者的無進展生存期的支持性分析
[0368]
[0369] 注釋:PFS被定義為從隨機化日期至首次客觀記錄由于任何原因引起的疾病進展 或死亡的日期（以先出現者為準）的時間。[a]:分層對數秩和分層Cox PH通過先前治療的最 佳反應(CR、PR、SD對ro)和組織學亞型(鱗狀對非鱗狀)進行分層。[b]:模型包括治療因素和 作為協變量的分層因素（先前治療的最佳反應[CR、PR、SD對PD]和組織學亞型[腺癌對非腺 癌])。[(3] :模型包括治療因素和作為協變量的分層因素(先前治療的最佳反應[CR、PR、SD對 PD]和組織學亞型[鱗狀對非鱗狀])。
[0370] 實施例4-具有表達高的HRG水平的腫瘤的受試者的總生存期
[0371] 具有mRNA水平上的表達高水平的HRG(被定義為dCt〈3.9)的腫瘤的受試者的亞群 的初步0S結果呈現在表12和表13中，以及在圖5(顯示高劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼和低 劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）和圖6(顯示混合的帕曲土單抗+埃羅替 尼對安慰劑+埃羅替尼）中。
[0372] 表12:具有表達高的HRG水平的腫瘤的受試者的總生存期的分析
[0373]
[0374] 注釋:0S被定義為從隨機化日期至死亡日期的時間。[a]Kaplan_Meier估計。使用 Brookmeyer-Crowley方法計算中值的Cl。[b]:分層對數秩和分層Cox PH通過先前治療的最 佳反應(CR、PR、SD對ro)和組織學亞型(腺癌對非腺癌)進行分層。
[0375] 表13:具有表達高的HRG水平的腫瘤的受試者的總生存期的支持性分析
[0376]
[0377]注釋:0S被定義為隨機化日期至死亡日期的時間。[a]:分層對數秩和分層Cox PH 通過先前治療的最佳反應(CR、PR、SD對ro)和組織學亞型(鱗狀對非鱗狀)進行分層。[b]:模 型包括治療因素和作為協變量的分層因素(先前治療的最佳反應[CR、PR、SD對PD]和組織學 亞型[腺癌對非腺癌])。[(3] :模型包括治療因素和作為協變量的分層因素(先前治療的最佳 反應[CR、PR、SD對ro]和組織學亞型[鱗狀對非鱗狀])。
[0378]實施例5-具有表達高的HRG水平的腫瘤的受試者的客觀反應率(0RR)和疾病控制 率(DCR)
[0379]相對于安慰劑，在低劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼組中具有表達高水平的HRG的腫 瘤的受試者趨向改善客觀反應:與安慰劑組中的1 (5.6 % )名受試者相比，在低劑量組中的4 (25.0 % )名受試者發生反應。在高劑量組中的具有表達高水平的HRG的腫瘤的受試者未實 現CR或PR。考慮到非常小的數目，未得出任何結論。
[0380]在具有表達高水平的HRG的腫瘤的受試者中，相對于埃羅替尼+安慰劑組，帕曲土 單抗+埃羅替尼組的疾病控制率存在顯著的治療差異。分別與9mg/kg帕曲土單抗+埃羅替尼 組和1811^/1^帕曲土單抗+埃羅替尼組中的10(62.5% ;? = 0.0068)名受試者和9(52.9%;? =0.0129)名受試者相比，在安慰劑+埃羅替尼組中的4(22.2% )名受試者實現疾病控制。 [0381 ]實施例6-具有表達低的HRG水平的腫瘤的受試者的療效
[0382] 與具有表達高水平的HRG的腫瘤的受試者相比，具有表達低水平的HRG的腫瘤的受 試者在PFS和0S中未顯示出明顯的治療差異。為此，對于具有mRNA水平上的表達低水平的 HRG(被定義為dCt>3.9)的腫瘤的受試者的PFS和0S的專門的亞組分析呈現在表14和表15 中。在具有表達低的HRG水平的腫瘤的受試者中PFS的Kaplan-Meier估計呈現在圖7(顯示高 劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼和低劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼)和圖8 (顯示混合的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）中。在具有表達低的HRG水平的腫 瘤的受試者中的0S的Kap 1 an-Me i er估計呈現在圖9 (顯示高劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼和 低劑量的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼）和圖1〇(顯示混合的帕曲土單抗+埃羅 替尼對安慰劑+埃羅替尼）中。
[0383] 表14:具有表達低的HRG水平的腫瘤的受試者的無進展生存期的分析
[0384]
[0385] 注釋:PFS被定義為從隨機化日期至首次客觀記錄由于任何原因引起的疾病進展 或死亡的日期（以先到者為準）的時間。[a] :Kaplan_Meier估計。使用Brookmeyer-Crowley 方法計算中值的CI。[b]:分層對數秩和分層Cox PH通過先前治療的最佳反應(CR、PR、SD對 PD)和組織學亞型(腺癌對非腺癌)進行分層。
[0386] 表15:具有表達低的HRG水平的腫瘤的受試者的總生存期的分析
[0387]
[0388] 注釋：0S被定義為隨機化日期至死亡日期的時間。[a] :Kaplan_Meier估計。使用 Brookmeyer-Crowley方法計算中值的CI。[b]:分層對數秩和分層Cox PH通過先前治療的最 佳反應(CR、PR、SD對ro)和組織學亞型(腺癌對非腺癌)進行分層。
[0389] 實施例7A-HRG為預后和預測兩者的生物標志物
[0390] 對于高的HRG組和低的HRG組相對于它們的比較安慰劑組進行PFS判斷的治療效果 的探索性分析。如圖11所示，分析表明高的HRG為單個試劑埃羅替尼治療的陰性預后因素以 及來自添加帕曲土單抗的臨床益處的陽性預測因素。
[0391] 基于相對于治療組和臨床結果的盲樣，HRG高的受試者被定義為具有腫瘤中HRG的 mRNA表達為ACt值<3.9(中值)的受試者，以及基于此類先前指定的定義，對HRG高的組進 行重要的療效分析。進行另外專門的(ad-hoc)探索性分析以測定HRG表達的臨界值。
[0392] 事后分析(post-hoc)使用基于PFS的臨界值的對數似然值方法。基于多個可能的 HRG臨界值，計算對于HRG高的組和HRG低的組的分層Cox比例風險模型的對數部分似然值。
[0393] 實施例7B-測定HRG的mRNA表達的最佳臨界值
[0394] 基于對數部分似然值的負數的總和對臨界值的圖，優化的最大似然臨界值落在 3.5至4.0的范圍內，如圖12所示。
[0395] 基于ACt的若干可能的臨界值，還將數據用于計算混合劑量的帕曲土單抗與安慰 劑之間的風險比。這些風險比在表16中顯示。較低的dCt值代表較高的HRG的mRNA表達。看起 來較高的HRG表達與PFS方面較大的臨床益處相關。將臨界值從3.9降低至3.0致使平均益處 得到另外的改善(如通過風險比判斷），而不會大幅降低HRG高的群體的大小。
[0396] 表16:在HRG高的組中隨著臨界值的變化PFS的風險比和p-值
[0398] 實施例8-具有表達高的HRG水平的腫瘤的受試者與具有EGFR野生型的受試者的治 療功效
[0399] 在HRG高的組中，存在具有敏化突變的2名受試者（1名受試者在安慰劑組中以及1 名受試者在低劑量組中）；存在具有野生型的21名受試者(9名受試者在安慰劑組中，7名受 試者在低劑量組中，以及5名受試者在高劑量組中）以及存在具有未知/不確定突變狀態的 28名受試者(8名受試者在安慰劑組中，12名受試者在低劑量組中，以及8名受試者在高劑量 組中）（表17)。
[0400] 基于未分層分析，在表17中呈現出具有表達高水平的HRG的腫瘤的受試者和具有 EGFR野生型的受試者的PFS的專門亞組分析，以及在圖13中呈現出PFS的Kap 1 an-Me i er估計 (混合的帕曲土單抗+埃羅替尼對安慰劑+埃羅替尼hHRG高的、EGFR野生型的受試者的分析 顯示:基于未分層分析，關于PFS的臨床益處用混合劑量對安慰劑來維持:HR 0.24(95%CI: 0·08,0·74;Ρ-值= 0.008)。
[04011表17:具有表達高的HRG水平的腫瘤的受試者和具有EGFR野生型的受試者的無進 展生存期的分析
[0402]
[0403] 注釋:PFS被定義為從隨機化日期至首次客觀記錄由于任何原因引起的疾病進展 或死亡的日期（以先到者為準）的時間。[a] :Kaplan_Meier估計。使用Brookmeyer-Crowley 方法計算中值的CI。
[0404] 實施例9-生物標志物鑒別
[0405] 通過體內分析抗-HER3抗體U3-1287對多種人類癌癥異種移植物的抗腫瘤活性以 及分析這些細胞系體外表達HRG來鑒別HRG生物標志物。具有多種指征的人類腫瘤細胞系在 小鼠中作為異種移植物生長，且用抗-HER3抗體U3-1287處理若干周。腫瘤生長的抑制通過 將對照小鼠的腫瘤體積與用U3-1287處理的小鼠的腫瘤體積比較來進行分析。人類腫瘤細 胞系在體外生長以及通過PCR分析HRG的RNA表達。在表18中示出該分析的結果。Western印 跡測量的HER3的基礎活性與U3-1287的體內療效（主要在FISH陽性乳腺癌模型)無關。相比 之下，HRG的表達與U3-1287的體內療效很好地相關，如分析17個模型中的15個模型所觀察 到。
[0406] 表18:用于體內異種移植物的細胞系的體外回顧性分析
[0407]
[0408] 通過測量磷酸化HER3和磷酸化AKT水平的降低體外測定U3-1287的療效。基礎HER3 磷酸化可以在內源表達調蛋白（A549)的細胞系以及不具有基礎HER3活化但是用外源調蛋 白（Ca0V3)進行刺激的細胞中被阻斷。在圖14中示出U3-1287的療效結果。
[0409]出乎意料的是，具有基礎HER3磷酸化但未表達調蛋白的細胞在U3-1287治療 (BT474基礎）后未顯示出療效，以及甚至更驚人地，這可以通過以外源方式添加調蛋白 (BT474+HRG)克服，如圖1 5所示。
[0410] 通過引用并入
[0411] 出于各種目的，本文引用的專利文件和科學文章中的每一者的全部公開內容通過 引用方式并入。
[0412] 附錄A
[0413]下表(表A1)顯示了來自實施例1的非盲數據。在該表中，U3-1287對應于帕曲土單 抗。








【主權項】
1. 一種治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的方法，所 述方法包括： 評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達； 以及 向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的人受試者施用包括抗-HER3抗體的治療。2. 如權利要求1所述的方法，其中，如果從取自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的 所述受試者的生物樣品中觀測到低于預定閾值的A Ct(dCt)值，則mRNA水平上的所述HRG基 因的表達被評估為尚的。3. 如權利要求2所述的方法，其中，所述預定閾值在統計學上被選擇成使假陽性和假陰 性的不期望效果最小化。4. 如權利要求2所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、2.4、 2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、4·3、 4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。5. 如權利要求1所述的方法，其中，所述受試者具有野生型EGFR。6. 如權利要求5所述的方法，其中，所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。7. 如權利要求1所述的方法，其中，使用定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)、RNA 測序或ISH評估mRNA水平上的HRG基因的表達。8. 如權利要求2所述的方法，其中，所述生物樣品包括腫瘤樣品。9. 如權利要求1所述的方法，其中，所述抗-HER3抗體選自由帕曲土單抗、杜利妥單抗 (]\^邢-7945八）、司里班妥單抗（]\^-121)、]\^-111、1^，716、1^-7116、三特異性抗16卩1?/ ERBB3zybody、huHER3-8或者任何這些的衍生物或片段構成的組。10. 如權利要求1所述的方法，其中，所述治療包括抗-HER3抗體與（i )HER抑制劑、（i i) 化學治療、（iii)放射和(iv)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。11. 如權利要求10所述的方法，其中，所述HER抑制劑選自由曲妥珠單抗、T-DM1、拉帕替 尼、帕妥珠單抗、西妥昔單抗、帕尼單抗、吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、KD-019和埃羅替尼 構成的組。12. 如權利要求10所述的方法，其中，所述化學治療選自由順鉑、卡鉑、吉西他濱、培美 曲塞、伊立替康、5-氟尿嘧啶、紫杉醇、多西他賽和卡培他濱構成的組。13. -種治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的方法，所 述方法包括： 評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達； 以及 向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的人受試者停止包括抗-HER3抗體的治療。14. 如權利要求13所述的方法，其中，如果從取自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC 的所述受試者的生物樣品中觀測到處于或高于預定閾值的A Ct(dCt)值，則mRNA水平上的 所述HRG基因的表達被評估為低的。15. 如權利要求14所述的方法，其中，所述預定閾值在統計學上被選擇成使假陽性和假 陰性的不期望效果最小化。16. 如權利要求14所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、 2·4、2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、 4·3、4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。17. 如權利要求13所述的方法，其中，所述受試者具有野生型EGFR。18. 如權利要求17所述的方法，其中，所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。19. 如權利要求13所述的方法，其中，使用定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)、 RNA測序或ISH評估mRNA水平上的HRG基因的表達。20. 如權利要求14所述的方法，其中，所述生物樣品包括腫瘤樣品。21. 如權利要求13所述的方法，其中，所停止的治療包括抗-HER3抗體與（i)HER抑制劑、 (i i)化學治療、（i 11)放射和(i v)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。22. 如權利要求13所述的方法，還包括用選自下述組的HER抑制劑治療mRNA水平上的 HRG基因的表達被評估為低的人受試者：曲安珠單抗、T-DM1、拉帕替尼、帕安珠單抗、西安昔 單抗、帕尼單抗、吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、KD-019和埃羅替尼。23. 如權利要求13所述的方法，還包括用選自下述組的化學治療治療mRNA水平上的HRG 基因的表達被評估為低的人受試者:順鉑、卡鉑、吉西他濱、培美曲塞、伊立替康、5-氟尿嘧 啶、紫杉醇、多西他賽和卡培他濱。24. -種用于促進mRNA水平上的HRG基因的表達的評估的試劑盒。25. -種鑒別可能從包括抗-HER3抗體的治療中獲益的被診斷患有局部晚期或轉移性 非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人患者的方法，所述方法包括： 從被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人患者中獲取生物樣品； 使用所述樣品，測定所述人患者的mRNA水平上的HRG基因的表達的值；以及 記錄所測定的值。26. 如權利要求25所述的方法，還包括評估所述測定的值是否低于、處于或高于預定閾 值。27. 如權利要求26所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、 2·4、2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、 4·3、4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。28. 如權利要求26所述的方法，還包括如果所述測定的值低于所述預定閾值，則將mRNA 水平上的所述HRG基因的表達表征為高的。29. 如權利要求26所述的方法，還包括如果所述測定的值處于或高于所述預定閾值，則 將mRNA水平上的所述HRG基因的表達表征為低的。30. 如權利要求25所述的方法，還包括將所述測定的值報告給主治醫師或其它執業醫 師。31. 如權利要求25所述的方法，其中，所述樣品包括癌癥組織樣品。32. 如權利要求25所述的方法，其中，所述受試者不具有表皮生長因子受體(EGFR)敏化 突變。33. 如權利要求25所述的方法，其中，所述受試者具有野生型EGFR。34. 如權利要求33所述的方法，其中，所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。35. 如權利要求25所述的方法，其中，所述治療包括抗-HER3抗體與（i )HER抑制劑、（ii) 化學治療、（iii)放射和(iv)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。36. 如前述權利要求中任一項所述的方法，其中，基于隨機的臨床數據，HRG基因的表達 被評估為尚的。37. 如權利要求1所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。38. 如權利要求13所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。39. 如權利要求26所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。40. -種接受或經受用于局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的治療或放棄 用于局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的治療的方法，所述方法包括： 提供自體組織樣品或同意采集自體組織樣品以促進被診斷患有局部晚期或轉移性 NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達的評估；以及 如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的，則接受或經受包括抗-HER3抗體的治 療，或者 如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的，則放棄包括抗-HER3抗體的治療。41. 一種選擇用于局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的治療的方法，所述方 法包括： 接受或經受被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因 的表達的評估；以及 如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的，則選擇停止或放棄包括抗-HER3抗體 的治療，或者 如果mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的，則選擇接受或經受包括抗-HER3抗體 的治療。42. -種鑒別可能從包括抗-HER3抗體的治療中獲益的被診斷患有局部晚期或轉移性 非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人患者的方法，所述方法包括： 從被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人患者中獲取生物樣品； 使用所述樣品，測定所述人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達的值；以及 可選地，記錄所測定的值。43. -種治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的方法，所 述方法包括： 整理被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達 的評估；以及 向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的所述人受試者施用包括抗-HER3抗體的 治療。44. 一種停止具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的治療的 方法，所述方法包括： 整理被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達 的評估；以及 對mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的所述人受試者停止包括抗-HER3抗體的 治療。45. -種治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的方法，包 括向mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為高的被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人 受試者施用包括抗-HER3抗體的治療。46. 如權利要求45所述的方法，其中，如果從取自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC 的所述受試者的生物樣品中觀測到低于預定閾值的A Ct(dCt)值，則mRNA水平上的所述HRG 基因的表達被評估為尚的。47. 如權利要求46所述的方法，其中，所述預定閾值在統計學上被選擇成使假陽性和假 陰性的不期望效果最小化。48. 如權利要求46所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、 2·4、2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、 4·3、4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。49. 如權利要求45所述的方法，其中，所述受試者具有野生型EGFR。50. 如權利要求49所述的方法，其中，所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。51. 如權利要求45所述的方法，還包括評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的所述 人受試者的mRNA水平上的基因表達，其中，使用定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)、 RNA測序或ISH評估mRNA水平上的HRG基因的表達。52. 如權利要求46所述的方法，其中，所述生物樣品包括腫瘤樣品。53. 如權利要求45所述的方法，其中，所述抗-HER3抗體選自由帕曲土單抗、杜利妥單抗 (]\^邢-7945八）、司里班妥單抗（]\^-121)、]\^-111、1^，716、1^-7116、三特異性抗16卩1?/ ERBB3zybody、huHER3-8或任何這些的衍生物或片段構成的組。54. 如權利要求45所述的方法，其中，所述治療包括施用抗-HER3抗體與（i)HER抑制劑、 (i i)化學治療、（i i i)放射和(i v)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。55. 如權利要求54所述的方法，其中，所述HER抑制劑選自由曲妥珠單抗、T-DM1、拉帕替 尼、帕妥珠單抗、西妥昔單抗、帕尼單抗、吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、KD-019和埃羅替尼 構成的組。56. 如權利要求55所述的方法，其中，所述化學治療選自由順鉑、卡鉑、吉西他濱、培美 曲塞、伊立替康、5-氟尿嘧啶、紫杉醇、多西他賽和卡培他濱構成的組。57. -種治療具有局部晚期或轉移性非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人受試者的方法，所 述方法包括： 對mRNA水平上的HRG基因的表達被評估為低的被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的 人受試者停止包括抗-HER3抗體的治療。58. 如權利要求57所述的方法，其中，如果從取自被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC 的所述受試者的生物樣品中觀測到處于或高于預定閾值的A Ct(dCt)值，則mRNA水平上的 所述HRG基因的表達被評估為低的。59. 如權利要求58所述的方法，其中，所述預定閾值在統計學上被選擇成使假陽性和假 陰性的不期望效果最小化。60. 如權利要求58所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、 2·4、2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4,3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、 4·3、4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。61. 如權利要求57所述的方法，其中，所述受試者具有野生型EGFR。62. 如權利要求61所述的方法，其中，所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。63. 如權利要求57所述的方法，還包括評估被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的所述 人受試者的mRNA水平上的HRG基因的表達，其中，使用定量逆轉錄酶聚合酶鏈式反應(qRT-PCR)、RNA測序或ISH評估mRNA水平上的HRG基因的表達。64. 如權利要求58所述的方法，其中，所述生物樣品包括腫瘤樣品。65. 如權利要求57所述的方法，其中，所停止的治療包括抗-HER3抗體與（i )HER抑制劑、 (i i)化學治療、（i i i)放射和(i v)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。66. 如權利要求57所述的方法，還包括用選自下述組的HER抑制劑治療mRNA水平上的 HRG基因的表達被評估為低的人受試者：曲安珠單抗、T-DM1、拉帕替尼、帕安珠單抗、西安昔 單抗、帕尼單抗、吉非替尼、阿法替尼、達克替尼、KD-019和埃羅替尼。67. 如權利要求57所述的方法，還包括用選自下述組的化學治療治療mRNA水平上的HRG 基因的表達被評估為低的人受試者:順鉑、卡鉑、吉西他濱、培美曲塞、伊立替康、5-氟尿嘧 啶、紫杉醇、多西他賽和卡培他濱。68. -種鑒別可能從包括抗-HER3抗體的治療中獲益的被診斷患有局部晚期或轉移性 非小細胞肺癌(NSCLC)腫瘤的人患者的方法，所述方法包括： 從被診斷患有局部晚期或轉移性NSCLC的人患者中獲取生物樣品； 使用所述樣品，測定所述人患者的mRNA水平上的HRG基因的表達的值；以及 可選地，記錄所測定的值。69. 如權利要求68所述的方法，還包括評估所述測定的值是否低于、處于或高于預定閾 值。70. 如權利要求69所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值選自由2.0、2.1、2.2、2.3、 2·4、2·5、2·6、2·7、2·8、2·9、3·0、3·1、3·2、3·3、3·4、3·5、3·6、3·7、3·8、3·9、4·0、4·1、4·2、 4·3、4·4、4·5、4·6、4·7、4·8、4·9和5.0構成的組。71. 如權利要求69所述的方法，還包括如果所述測定的值低于所述預定閾值，則將mRNA 水平上的所述HRG基因的表達表征為高的。72. 如權利要求69所述的方法，還包括如果所述測定的值處于或高于所述預定閾值，則 將mRNA水平上的所述HRG基因的表達表征為低的。73. 如權利要求68所述的方法，還包括將所述測定的值報告給主治醫師或其它執業醫 師。74. 如權利要求68所述的方法，其中，所述樣品包括癌癥組織樣品。75. 如權利要求68所述的方法，其中，所述受試者不具有表皮生長因子受體(EGFR)敏化 突變。76. 如權利要求68所述的方法，其中，所述受試者具有野生型EGFR。77. 如權利要求76所述的方法，其中，所述腫瘤已進行至少一種先前的全身性療法。78. 如權利要求68所述的方法，其中，所述治療包括抗-HER3抗體與（i )HER抑制劑、（ii) 化學治療、（iii)放射和(iv)其它靶向試劑中的一者或多者的組合。79. 如前述權利要求中任一項所述的方法，其中，基于隨機的臨床數據，HRG基因的表達 被評估為尚的。80. 如權利要求46所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。81. 如權利要求58所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。82. 如權利要求69所述的方法，其中所述預定閾值dCt值在約2.7至約4.1的范圍內。83. 如前述權利要求中任一項所述的方法，其中，使用管理機構批準的測試評估HRG基 因的表達。84. 如權利要求83所述的方法，其中，所述管理機構批準的測試為FDA批準的測試、EMA 批準的測試或PMDA批準的測試。85. 如權利要求2所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值選自由5.0、4.9、4.8、4.7、4.6、 4·5、4·4、4·3、4·2、4·1、4·0、3·9、3·8、3·7、3·6、3·5、3·4、3·3、3·2、3·1、3·0、2·9、2·8、2·7、 2·6、2·5、2·4、2·3、2·2、2·1、2·0、1·9、1·8、1·7、1·6、1·5、1·4、1·3、1·2、1·1、1·0、0·9、0·8、 0·7、0·6、0·5、0·4、0·3、0·2、0·1、0、 _0·1、_0·2、_0·3、_0·4、_0·5、 _0·6、_0·7、_0·8、_0·9、_ 2.5>_2.6>_2.7>_2.8> _2.9>_3.0>_3.1>_3.2> _3.3>_3.4>_3.5>_3.6> _3.7>_3.8>_3.9>_ 4.0>_4.1>_4.2>_4.3> _4.4>_4.5>_4.6>_4.7> _4.8>_4.9>_5.0>_5.1> _5.2>_5.3>_5.4>_ 5·5、_5·6、_5·7、_5·8、_5·9、 _6·0、_6·1、_6·2、_6·3、_6·4、 _6·5、_6·6、_6·7、_6·8、_6·9、 _ 7.0、-7.1、-7.2和-7.3構成的組。86. 如權利要求14所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值選自由5.0、4.9、4.8、4.7、 4·6、4·5、4·4、4·3、4·2、4·1、4·0、3·9、3·8、3·7、3·6、3·5、3·4、3·3、3·2、3·1、3·0、2·9、2·8、 2·7、2·6、2·5、2·4、2·3、2·2、2·1、2·0、1·9、1·8、1·7、1·6、1·5、1·4、1·3、1·2、1·1、1·0、0·9、 0.8>0.7>0.6>0.5>0.4>0.3>0.2>0.1>0> _0.1>_0.2>_0.3>_0.4> _0.5>_0.6>_0.7>_0.8> _ 2.4>_2.5>_2.6>_2.7> 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如權利要求2所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值在約-7.3至約5.0的范圍內。92. 如權利要求14所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值在約-7.3至約5.0的范圍內。93. 如權利要求26所述的方法，其中，所述預定閾值dCt值在約-7.3至約5.0的范圍內。94. 如權利要求50所述的方法，其中，在任何治療前已從所述受試者中移除用于評估所 述HRG基因的表達的腫瘤組織或其片段。95. 如權利要求62所述的方法，其中，在任何治療前已從所述受試者中移除用于評估所 述HRG基因的表達的腫瘤組織或其片段。96. 如權利要求77所述的方法，其中，在任何治療前已從所述受試者中移除用于評估所 述HRG基因的表達的腫瘤組織或其片段。
【文檔編號】A61K39/395GK105848678SQ201480062202
【公開日】2016年8月10日
【申請日】2014年9月30日
【發明人】馬蒂亞斯·施耐德, 塞拜恩·布盧姆, 羅伯特·艾倫·貝克曼, 丹尼爾·J·弗里曼, 金小平, 蕾妮·珍妮·門德爾-哈拉里
【申請人】第三共株式會社, 第一三共株式會社, U3制藥有限公司, 安進公司