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用于制備糖和糖漿的方法_4

文檔序號:9457277閱讀:來源:國知局
T+Q360S+D416V+R437W,
[0150] Y158W+K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0151] K176L+E185P,
[0152] K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0153] K176L+E185P+I201Y+H205Y+R437W,
[0154] K176L+E185P+F279W,
[0155] K176L+E185P+H316W,
[0156] K176L+E185P+L318W,
[0157] K176L+E185P+H450W,
[0158] K176L+I201Y+H205Y+K213T+S239Q+Q360S+D416V+R437W,
[0159] K176L+I201Y+H205Y+K213T+H316W+Q360S+D416V+R437W,
[0160] K176L+I201Y+H205Y+K213T+L318W+Q360S+D416V+R437W,
[0161] K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0162] K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+R437W,
[0163] K176L+I201Y+H205Y+K213T+D416V+R437W,以及
[0164] K176L+I201Y+H205Y+Q360S+D416V+R437ff〇
[0165] 在另一個優選實施例中,該變體包括選自下組的一組取代,該組由以下各項組 成:
[0166] A1H+N2W+K176L+E185P,
[0167] A1W+N2H+K176L+E185P,
[0168] N2H+H68W+H133Y+K176L+E185P,
[0169] N2H+H68W+Y156W+K176L+E185P,
[0170] N2H+H68W+Y158W+K176L+E185P,
[0171] N2H+H68W+K176L+E185P,
[0172] N2H+H68W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+D207V+V209D,
[0173] N2H+H68W+K176L+E185P+F279W,
[0174] N2H+H133Y+K176L+E185P+H316W+R437W,
[0175] N2H+H133Y+K176L+E185P+Q360S+R437W,
[0176] N2H+H142W+K176L+E185P+H316W+R437W,
[0177] N2H+H142W+K176L+E185P+Q360S+R437W,
[0178] N2H+P144W+K176L+E185P,
[0179] N2H+Y156W+Y158W+K176L+E185P+H316W+R437W,
[0180] N2H+Y156W+K176L+E185P+Q360S+R437W,
[0181] N2H+Y158W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+D207V+V209D+H316W,
[0182] N2H+K176L+E185P,
[0183] N2H+K176L+E185P+H316W,
[0184] N2H+KI76L+EI85P+H3I6W+L3I8W+R437W,
[0185] N2H+K176L+E185P+H316W+Q360S+R437W,
[0186] N2H+K176L+E185P+H316W+R437W,
[0187] N2H+K176L+E185P+R437W,
[0188] N2H+K176L+E185P+Q360S+R437W,
[0189] N2H+K176L+E185P+H316W+Q360S+R437W,
[0190] N2H+K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0191] H68W+K176L+E185P,
[0192] H68W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0193] H68W+K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0194] G71W+K176L+E185P,
[0195] N126W+K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0196] H133Y+Y158W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0197] H133Y+K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0198] H142W+Y158W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0199] H142W+K176L+E185P,
[0200] H142W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0201] H142W+K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0202] P144W+K176L+E185P,
[0203] Y156W+Y158W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0204] YI56W+YI58W+KI76L+EI85P+H3I6W+R437W,
[0205] Y156W+K176L+E185P+Q360S+R437W,
[0206] Y156W+K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0207] Y158W+K176L+E185P,
[0208] Y158W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+D207V+V209D+H316W,
[0209] Y158W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+H316L+L318W+Q360S+D416V+R437W,
[0210] Y158W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+H316W+Q360S+D416V+R437W,
[0211] Y158W+K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0212] Y158W+K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0213] K176L+E185P,
[0214] K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0215] K176L+E185P+I201Y+H205Y+R437W,
[0216] K176L+E185P+F279W,
[0217] K176L+E185P+H316W,
[0218] K176L+E185P+L318W,
[0219] K176L+E185P+H450W,
[0220] K176L+I201Y+H205Y+K213T+S239Q+Q360S+D416V+R437W,
[0221] K176L+I201Y+H205Y+K213T+H316W+Q360S+D416V+R437W,
[0222] K176L+I201Y+H205Y+K213T+L318W+Q360S+D416V+R437W,
[0223] K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0224] K176L+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+R437W,
[0225] K176L+I201Y+H205Y+K213T+D416V+R437W,以及
[0226] K176L+I201Y+H205Y+Q360S+D416V+R437ff〇
[0227] 在一個優選實施例中,該變體包括選自下組的一組取代,該組由以下各項組成:
[0228] T49H+K176L+E185P,
[0229] T49G+K176L+E185P,
[0230] T49L+S50T+K176L+E185P,
[0231] T116G+K176L+E185P,
[0232] K176L+E185P,
[0233] K176L+E185P+I201Y+H205Y+K213T+Q360S+D416V+R437W,
[0234] K176L+E185P+L241D,
[0235] K176L+E185P+R375V、以及
[0236] K176L+E185P+R375G。
[0237] 在另一個優選實施例中,該變體包括選自下組的一組取代,該組由以下各項組 成:
[0238] G48A+T49H+G107A+H156Y+K176L+A181T+E185P+N190F+I201F+A209V+Q264S ;
[0239] G48A+T49G+G107A+H156Y+K176L+A181T+E185P+N190F+I201F+A209V+Q264S ;
[0240] G48A+T49L+S50T+G107A+H156Y+K176L+A181T+E185P+N190F+I201F+A209V+Q26 4S ;
[0241] G48A+T49I+G107A+T116G+H156Y+K176L+A181T+E185P+N190F+I201F+A209V+Q26 4S ;
[0242] G48A+T49I+G107A+H156Y+K176L+A181T+E185P+N190F+I201F+A209V+Q264S ;
[0243] G48A+T49I+G107A+H156Y+K176L+A181T+E185P+N190F+I201Y+H205Y+A209V+K213T +Q264S+Q360S+D416V+R437W ;
[0244] G48A+T49I+G107A+H156Y+K176L+A181T+E185P+N190F+I201F+L241D+A209V+Q26 4S ;
[0245] G48A+T49I+G107A+H156Y+K176L+A181T+E185P+N190F+I201F+A209V+Q264S+R37 5V ;
[0246] G48A+T49I+G107A+H156Y+K176L+A181T+E185P+N190F+I201F+A209V+Q264S+R37 5G;以及
[0247] G48A+G107A+H156Y+K176L+A181T+E185P+N190F+I201F+A209V+Q264S。
[0248] 在一個實施例中,該變體在位置176和/或185處包括取代。優選地,該取代是 176+185,并且更優選是 K176L+E185P。
[0249] 在一個實施例中,該變體在位置176、185、360和/或437中的一個或多個處包括 取代。優選地,該取代是 176+185+360+437,更優選是 K176L+E185P+Q360S+R437W。
[0250] 在一個實施例中,該變體在對應于SEQ ID NO: 1的位置180的位置之前的兩個位 置處恰好進一步包括缺失。即,對應于SEQ ID NO:2的位置181和182的兩個氨基酸的缺 失。
[0251] 在另一個實施例中,該變體在對應于SEQ ID NO: 1的位置177的位置之后且在對 應于SEQ ID NO: 1的位置180的位置之前進一步包括兩個氨基酸的缺失。即,SEQ ID NO: 2 的R179-G180-I181-G182肽中的兩個氨基酸或SEQ ID N0:3至11中任一項的同源氨基酸 的缺失。
[0252] 該變體進一步包括一個或多個(例如,若干個)另外的改變,例如一個或多個(例 如,若干個)另外的取代。
[0253] 這些另外的氨基酸變化可以具有微小性質,即,不會顯著地影響蛋白質的折疊和/ 或活性的保守氨基酸取代或插入;小缺失,典型地為1-30個氨基酸;小的氨基-端的或羧 基端的延伸,例如氨基端蛋氨酸殘基;高達20-25個殘基的小連接肽;或通過改變凈電荷或 另一功能,例如聚組氨酸段、抗原表位或結合域,有利于純化的小的延伸。
[0254] 保守取代的實例是在下組的范圍內:堿性氨基酸(精氨酸、賴氨酸及組氨酸)、酸 性氨基酸(谷氨酸和天冬氨酸)、極性氨基酸(谷氨酰胺和天冬酰胺)、疏水性氨基酸(亮 氨酸、異亮氨酸及纈氨酸)、芳香族氨基酸(苯丙氨酸、色氨酸及酪氨酸)及小氨基酸(甘 氨酸、丙氨酸、絲氨酸、蘇氨酸及甲硫氨酸)。一般不會改變特異性活性的氨基酸取代是本 領域已知的并且例如由H.諾伊拉特(H. Neurath)和R.L.希爾(R.L. Hill),1979,在蛋白 質(The Proteins),學術出版社,紐約中描述。常見的取代為Ala/Ser、Val/Ile、Asp/Glu、 Thr/Ser、Ala/Gly、Ala/Thr、Ser/Asn、Ala/Val、Ser/Gly、Tyr/Phe、Ala/Pro、Lys/Arg、Asp/ Asn、Leu/Ile、Leu/Val、Ala/Glu 以及 Asp/Gly。
[0255] 可替代地,氨基酸改變具有這樣一種性質:改變多肽的物理化學特性。例如,氨基 酸改變可以提高多肽的熱穩定性、改變底物特異性、改變最適PH,等等。
[0256] 可以根據本領域中已知的程序,如定點誘變或丙氨酸掃描誘變(坎寧漢 (Cunningham)和威爾斯(Wells),1989,科學(Science) 244:1081-1085)來鑒定多肽中的 必需氨基酸。在后一項技術中,在分子中的每個殘基處引入單個丙氨酸突變,并且測試所 得突變分子的α-淀粉酶活性以鑒定對分子的活性關鍵的氨基酸殘基。還參見,希爾頓 (Hilton)等人,1996,生物化學雜志(J. Biol. Chem.) 271:4699-4708。也可結合假定接觸位 點氨基酸的突變,如通過以下技術例如核磁共振、結晶學、電子衍射、或光親和標記進行確 定的對結構進行物理學分析,從而確定酶的活性位點或其他生物學相互作用。參見例如,德 弗斯(de Vos)等人,1992,科學(Science) 255:306-312 ;史密斯(Smith)等人,1992,分子 生物學雜志(J. Mol. Biol. )224:899-904;烏樂達維爾(Wlodaver)等人,1992,歐洲生化學 會聯合會快報(FEBS Lett. )309:59-64。還可以從與相關多肽的比對來推斷鑒定必需氨基 酸。
[0257] 這些變體可以由300至700個,例如350至650個、400至600個、450至500個或 470至490個氨基酸組成。
[0258] 在一個具體方面,該α -淀粉酶變體是以約〇. 〇〇〇l-3mg酶蛋白/克干固體,例如 0.0005-2mg EP/g DS,優選 0.001-lmg/g DS,更優選 0.005-0. 5mg EP/g DS,并且甚至更優 選 0· 005-0. 006mg EP/g 的量存在。
[0259] 葡糖淀粉酶
[0260] 在一個優選實施例中,葡糖淀粉酶(E. C. 3. 2. 1. 3)可以來源于微生物或植物。
[0261] 葡糖淀粉酶優選地是來源于以下的葡糖淀粉酶:曲霉屬的菌株,優選黑曲霉、泡盛 曲霉或米曲霉;或籃狀菌屬的菌株,優選埃默森籃狀菌的菌株;或阿太菌屬的菌株,優選羅 氏阿太菌(Athelia rolfsii)(先前命名為羅爾伏革菌(Corticium rolfsii) -參見例如美 國專利號4, 727, 026)。
[0262] 優選的是栓菌屬葡糖淀粉酶,例如來自瓣環栓菌(Trametes cingulata)的葡糖淀 粉酶(W0 2006/069289),或其變體或片段。
[0263] 真菌或細菌來源的示例性葡糖淀粉酶選自下組,該組由以下各項組成:曲霉屬葡 糖淀粉酶,特別是黑曲霉Gl或G2葡糖淀粉酶(博埃爾(Boel)等人,1984,歐洲分子生物學 學會雜志(EMBO J. )3(5):1097-1102),或其變體,如披露于 WO 92/00381 和 WO 00/04136 中;泡盛曲霉葡糖淀粉酶(W0 84/02921),米曲霉(農業與生物化學(Agric. Biol. Chem.), 1991,55 (4) : 941-949),或其變體或片段。
[0264] 其他考慮的曲霉屬葡糖淀粉酶變體包括用于增強熱穩定性的變體:G137A 和
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