專利名稱：用于鑒定、評估、預防和治療乳腺癌的組合物、試劑盒及方法
技術領域：
本發明的領域是乳腺癌，包括乳腺癌的診斷、鑒定、處理和治療。
背景技術：
在美國以及實際上在世界范圍內報告的癌癥病例增加的數量都備受關注。當前對于特定類型癌癥僅有少數幾種治療方法有效，并且無法提供絕對成功的保證。為使療效最好，這些治療方法不僅需要對惡性腫瘤早期檢測，還需要對惡性腫瘤的嚴重程度進行可靠的評估。乳腺癌是女性中第一位的致死原因，其發病率在過去三十年中在美國逐漸增加。在1997年，估計在美國報道了 181,000個新病例，44，000人死于乳腺癌(Parker et al.，1997，CA Cancer J. Clin. 47 :5-27 ；Chu et al.，1996，J. Nat. Cancer Inst. 88 1571-1579)。盡管乳腺癌的發病機理還不清楚，正常的乳腺上皮轉化為惡性表型可能是由于遺傳因素，特別是在30歲以下的女性中更是如此(Miki et al. ,1994, Science, 266 66-71)。BRCAl和BRCA2的發現和鑒定最近擴展了我們對于可以導致家族性乳腺癌的遺傳因素的了解。這兩個基因座內的種系突變與50-85%的終生乳腺和/或卵巢癌風險有關 (Casey,1997,Curr. Opin. Oncol. 9 :88-93 ；Marcus et al.，1996，Cancer 77 :697-709)。但是，很可能其它的非遺傳因素也對該疾病的病因學具有顯著的影響。無論其來源如何，如果沒有在其進展的早期被檢測到，乳腺癌的發病率和死亡率都顯著增加。因此，針對乳腺組織中的細胞轉化和腫瘤形成的早期檢測進行了相當多的努力。目前，鑒定乳腺癌的主要方式是通過檢測致密的腫瘤組織的存在。這可以通過在乳腺外直接檢查或通過乳腺X線照像或其它X線成像方法而以不同的有效程度完成 (Jatoi, 1999，Am. J. Surg. 177 =518-524)。但是，后一種方法常常付出一定代價。每次進行乳腺X線照像，患者招致患乳腺腫瘤的小的風險，該腫瘤由試驗過程中使用的輻射的離子化特性誘導。此外，該方法是昂貴的，技術人員的主觀解釋可以導致不準確，如，一項研究表明，由一組進行檢查的放射學家分別解釋的一組乳腺X線照片中，約三分之一有主要的臨床不一致。此外，很多女性發現進行乳腺X線照像是痛苦的經歷。因此，國家癌癥研究所不推薦對50歲以下的女性進行乳腺X線照像，因為這組人群不象更年老的女性那樣容易發生乳腺癌。但是，必須注意到，盡管僅僅約22%的乳腺癌發生在50歲以下的女性，但數據表明，乳腺癌在絕經前女性中更迅速發展。
因此，提供用于診斷、分期、預后、監測和治療與乳腺癌相關的疾病的特定方法和試劑，或者指出對所述疾病的易患病體質以便采用預防措施是有益的。

發明內容
本發明涉及癌標記物(在下文中“標記物”或“本發明的標記物”)，其列于表I和表2中。本發明提供了核酸和由標記物編碼或相當于標記物的蛋白(在下文中分別為“標記物核酸”的“標記物蛋白”)。本發明進一步提供了與所述蛋白和/或該標記物蛋白片段特異結合的抗體、抗體衍生物和抗體片段。本發明也涉及用于診斷、分期、預后、監測和治療乳腺癌的各種方法、試劑和試劑盒。在一個實施方案中，本發明提供了一種評估是否患者患乳腺癌或對于發展為乳腺癌具有較正常更高的危險的診斷方法，包括比較患者樣品中至少一種本發明標記物的表達水平和對照，如來自不患乳腺癌的患者中所述標記物的正常表達水平。與正常水平比較，患者樣品中所述標記物的表達水平提高表明所述患者患乳腺癌或具有發生乳腺癌的危險。在另一種實施方案中，本發明提供了評估患者是否患有生長迅速的乳腺腫瘤或是否容易發生生長迅速的乳腺腫瘤，包括比較患者樣品中至少一種本發明標記物的表達水平和患有生長緩慢的乳腺腫瘤或無乳腺腫瘤的受試者樣品中的標記物表達水平。標記物的表達水平升高可表明生長迅速的乳腺癌。因此，本發明的方法可以用于鑒定發生乳腺癌的危險升高的患者(如具有乳腺癌家族史的患者、鑒定為具有突變的癌基因的患者)。該方法也是用于評估患者是否患有生長迅速的乳腺癌或是否容易發生生長迅速的乳腺癌的有用的診斷方法。本發明的方法也可以用于預測乳腺癌的特定分期，以及評估癌癥是否轉移(如轉移到淋巴結)。此外，本發明的方法也可以用于預測患有乳腺癌的患者，或進行治療以根除乳腺癌的患者的臨床結局。此外，本發明的方法也用于評估乳腺癌患者的療效(如化療效果)。根據本發明，選擇標記物，以便本發明方法的陽性預測值為至少約10%，優選約 25%，更優選約50%以及最優選約90%。本發明的以下實施方案也是優選的，其中與正常非乳腺癌患者相比，在至少約15%的乳腺癌患者(如O期乳腺癌患者，I期乳腺癌患者，IIA 期乳腺癌患者，HB期乳腺癌患者，IIIA期乳腺癌患者，IIIB期乳腺癌患者，IV期乳腺癌患者，I級乳腺癌患者，II級乳腺癌患者，III級乳腺癌患者，惡性乳腺癌患者，導管癌乳腺癌患者，和小葉癌乳腺癌患者，以及任何其它類型的與乳腺相關的癌、惡性腫瘤和轉化)中所述標記過量表達至少5倍。一方面，提供了一種評估患者是否患乳腺癌的診斷方法(如，新的檢測“篩選”，復發的檢測，反射測定)。所述方法包括比較患者樣品中的至少一種表I所列的標記物的表達水平和不具有乳腺癌的對照受試者中所述標記物的表達水平。與對照受試者中的水平相比，患者樣品中標記物明顯更高的表達水平表明該患者患乳腺癌。本發明也提供了用于評估患者是否患生長迅速的乳腺癌的診斷方法，包括步驟確定患者樣品中至少一種標記物的表達水平，其中所述標記物選自表2中列出的標記物；確定具有生長緩慢的乳腺腫瘤或無乳腺腫瘤的對照受試者的樣品中所述標記物
7的表達水平；和比較患者樣品和對照受試者樣品中的標記物表達水平。與對照受試者樣品中的水平相比，患者樣品中標記物顯著更高的表達水平表明該患者患有生長迅速的乳腺癌或容易發生生長迅速的乳腺腫瘤。患者樣品和對照樣品間表達無差異，或患者樣品中顯著更低的表達水平表明患者具有生長緩慢的乳腺癌。本發明進一步提供了用于評估患者是否患已經轉移的或容易轉移的乳腺癌的診斷方法，該方法包括比較患者樣品中的至少一種表2所列的標記物的表達水平和患有非轉移的乳腺腫瘤或無乳腺腫瘤的對照受試者樣品中所述標記物的表達水平。與對照受試者樣品中的水平相比，患者樣品中顯著更高的表達水平表明乳腺癌已經轉移或容易轉移。在另一種實施方案中，本發明包括用于確定患者是否患已經轉移到淋巴結或容易轉移到淋巴結的乳腺癌的診斷方法，該方法包括比較患者樣品中的表2所列的標記物的表達水平和患有非轉移的乳腺腫瘤或無乳腺腫瘤的對照受試者樣品中的表達水平。與對照受試者樣品中的水平相比，患者樣品中顯著更高的表達水平表明乳腺癌已經轉移到淋巴結或容易轉移到淋巴結。本發明還提供了用于預測乳腺癌患者的臨床結局的方法，包括比較患者樣品中的至少一種表2所列的標記物的表達水平和具有良好臨床結局的對照受試者(如具有大于5 年的無病存活水平的以前的乳腺癌患者)樣品中所述標記物的表達水平。與對照受試者樣品中的表達水平相比，患者樣品中顯著更高的表達水平表明患者具有不良的結局(如小于三年的無病存活)。本發明還提供了用于評估抑制患者中的乳腺癌的療效的方法。所述方法包括比較在給患者提供至少一部分治療之前從患者獲得的第一樣品中至少一種本發明標記物的表達和在提供該部分治療之后從患者獲得的第二樣品中所述標記物的表達。相對于第一樣品，第二樣品中顯著更低的標記物表達水平表明該治療對于抑制患者中的乳腺癌是有效的。可以理解的是在這些方法中，所述“治療”可以是任何用于治療乳腺癌的療法，包括，但不限于，化療、放療、腫瘤組織的手術切除、基因治療和生物學治療如給予抗體及趨化因子。因此，本發明的方法可用于評估治療前、治療中和治療后的患者，例如，用于評估腫瘤負荷的減少。在一個優選實施方案中，所述方法涉及使用化學或生物試劑的治療。這些方法包括比較獲得自患者并且在存在化學或生物試劑條件下保持的第一樣品中至少一種本發明標記物的表達和獲得自患者并且在不存在所述試劑條件下保持的第二樣品中所述標記物的表達。相對于第一樣品，第二樣品中標記物明顯更低的表達水平表明所述試劑能有效用于抑制患者中的乳腺癌。在某些實施方案中，所述第一和第二樣品可以是獲得自患者的單個樣品的部分或是獲得自患者的合并樣品的部分。本發明還提供了用于評估患者中乳腺癌的進展的監測方法，該方法包括在第一時間點檢測來自患者的樣品中至少一種本發明標記物的表達；在后續的時間點重復表達步驟的檢測；和比較在第一和第二個檢測步驟中檢測到的表達水平，從而監測患者中乳腺癌的進展。后續時間點時樣品中標記物表達水平相對于第一時間點樣品中標記物表達水平顯著更高，表明乳腺癌在患者中進展，而顯著更低的表達水平表明乳腺癌消退。在一個實施方案中，在第一時間點和后續時間點之間患者進行了手術以去除腫瘤。本發明還提供了用于選擇抑制患者中的乳腺癌的候選組合物的方法。該方法包括以下步驟從患者獲得包含癌細胞的樣品；在至少一種受試組合物的存在下分別保持至少一種來自患者的包含癌細胞的樣品;比較每個等分樣品中至少一種本發明標記物的表達；和選擇一種受試組合物作為用于抑制乳腺癌的候選組合物，其中相對于其它受試組合物存在下標記物的表達水平，該組合物顯著降低至少一種本發明標記物在含有受試組合物的等分樣品中的表達水平。本發明還提供了用于評估化合物的致乳腺癌潛能的測試方法。該方法包括以下步驟在化合物存在或不存在的條件下保持乳腺細胞的分離的等分樣品；并且比較每個等分樣品中本發明標記物的表達。相對于不存在化合物的條件下保持的等分樣品中標記物的表達水平，化合物存在的條件下標記物的表達水平顯著更高，說明化合物具有致乳腺癌的潛倉泛。另外，本發明進一步提供了抑制患者乳腺癌的方法。該方法包括以下步驟從患者獲得包含癌細胞的樣品；在受試組合物的存在下分別保持至少一種來自患者的包含癌細胞的樣品；比較每個等分樣品中至少一種本發明標記物的表達；和鑒定一種組合物作為用于乳腺癌的抑制劑，其中相對于其它組合物存在下標記物的表達水平，該組合物顯著降低本發明標記物在含有組合物的等分樣品中的表達水平；和給患者施用至少一種鑒定出的作為乳腺癌抑制劑的組合物。根據本發明，例如，可以通過檢測樣品中以下物質的存在而評估樣品中本發明的標記物的表達水平相應的標記物蛋白(如具有以下任一序列的蛋白SEQ ID NO 2, SEQID NO 4,SEQ ID NO 6, SEQ ID NO :8，SEQ ID NO 10, SEQ ID NO 12, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQID NO 30, SEQ ID NO 32, SEQ ID NO 34, SEQ ID NO 36, SEQ IDNO 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 44, SEQ ID NO 46, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 50, SEQ ID NO 52，SEQ ID NO 54, SEQ ID NO 56, SEQ ID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 62, SEQID NO 64,SEQ ID NO 66,SEQ ID NO 68,SEQ ID NO 70,SEQ IDNO 72,SEQ ID NO 74,SEQ ID NO 76, SEQ ID NO 78, SEQ ID NO 80, SEQ ID NO 82, SEQ ID NO 84, SEQ ID NO 86, SEQ ID NO 88, SEQ ID NO 90, SEQ ID NO 92, SEQ ID NO :94 和 SEQ ID NO :96)或蛋白的片段 (如，通過使用特異性結合于蛋白或蛋白片段的試劑，如抗體、抗體衍生物、抗體片段或單鏈抗體)；相應的標記物核酸(如具有以下任一序列的核苷酸轉錄物(如SEQ IDNO :1，SEQ ID NO 3,SEQ ID NO 5,SEQ ID NO 7,SEQ ID NO 9,SEQ ID NO 11,SEQ ID NO 13,SEQ ID NO 15, SEQ ID NO 17, SEQID NO 19, SEQ ID NO :21，SEQ ID NO 23, SEQ ID NO 25, SEQIDNO 27, SEQ ID NO 29, SEQ ID NO :31, SEQ ID NO 33, SEQ ID NO 35, SEQ ID NO 37, SEQ ID NO 39, SEQ ID NO :41, SEQ ID NO :43, SEQ ID NO :45, SEQ ID NO :47, SEQ ID NO :49, SEQ ID NO 51,SEQID NO 53,SEQ ID NO 55,SEQ ID NO 57,SEQ ID NO 59,SEQ IDNO :61， SEQ ID NO63, SEQ ID NO :65,SEQ ID NO :67, SEQ ID NO :69,SEQ ID NO :71, SEQ ID NO 73, SEQ ID NO :75, SEQ ID NO :77, SEQ ID NO :79, SEQ ID NO :81, SEQ ID NO :83, SEQ ID NO 85, SEQID NO 87, SEQ ID NO 89, SEQ ID NO 91,SEQ ID NO :93 和 SEQID N0:95)，或其互補序列)，或核酸的片段(例如通過使獲得自樣品的轉錄的多核苷酸與固定了具有以下任一序列的全部或片段的一種或多種核酸的基質相接觸(如SEQ ID N01, SEQ ID NO 3, SEQ ID NO 5, SEQ ID NO -J, SEQ ID NO 9, SEQ ID NO 11, SEQ ID NO 13, SEQID NO 15, SEQ ID NO 17, SEQ ID NO :19, SEQ ID NO :21, SEQ IDNO :23, SEQ ID NO :25, SEQ ID NO 27, SEQ ID NO :29, SEQ ID NO :31, SEQ ID NO :33, SEQ ID NO :35, SEQ ID NO :37, SEQ ID NO 39, SEQ ID NO 41,SEQ ID NO 43, SEQ ID NO 45, SEQ ID NO 47, SEQID NO 49, SEQ ID NO 51, SEQ ID NO :53, SEQ ID NO :55, SEQ IDNO :57, SEQ ID NO :59, SEQ ID NO :61, SEQ ID NO 63, SEQ ID NO :65, SEQ ID NO :67, SEQ ID NO :69, SEQ ID NO :71, SEQ ID NO :73, SEQ ID NO 75, SEQ ID NO 77, SEQ ID NO 79, SEQ ID NO :81，SEQID NO 83, SEQ ID NO 85，SEQ ID NO 87, SEQ ID NO :89，SEQ IDNO :91，SEQ ID N0:93，和 SEQ ID NO :95))，或其互補序列，或由相應的標記物蛋白直接產生(即，催化的)的代謝物。根據本發明，使用或檢測多種(如，2、3、5或10或更多)乳腺癌標記物，包括提供的本發明標記物和本領域已知的其它乳腺癌標記物的組合，執行任一前述方法。在所述方法中，將樣品中多種標記物的每一種標記物的表達水平與獲得自對照的不患乳腺癌的人樣品中同類型多種標記物的每一種標記物的正常表達水平比較，多種標記物中至少一種標記物是本發明的標記物。相對于標記物的相應正常或對照水平，樣品中一或多種本發明標記物或它們某些組合的表達水平明顯改變(即，在上述使用單標記物的方法中所規定的增加或減少)，表明患者患乳腺癌。對于所有前述方法，優選選擇標記物，以便該方法的陽性預測值為至少約10%。在另一方面，本發明提供了與標記物蛋白(如具有以下任一序列的蛋白SEQ ID NO 2,SEQ ID NO 4,SEQ ID NO 6,SEQ ID NO 8,SEQID NO 10,SEQ ID NO 12,SEQ ID NO: 14，SEQ ID NO 16, SEQ IDNO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQ ID NO 30, SEQ ID NO 32, SEQ ID NO 34, SEQ ID NO 36, SEQ ID NO 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO 42, SEQID NO 44, SEQ ID NO 46, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 50, SEQ IDNO 52, SEQ ID NO 54, SEQ ID NO 56, SEQ ID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 64, SEQ ID NO 66, SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 70, SEQ ID NO 72, SEQ ID NO 74, SEQ ID NO :76, SEQID NO 78, SEQ ID NO 80, SEQ ID NO 82, SEQ ID NO 84，SEQ IDNO 86,SEQ ID NO :88，SEQ ID NO :90，SEQ ID NO :92，SEQ ID N0:94，和 SEQ ID NO 96)或蛋白片段特異性結合的抗體、抗體衍生物、或抗體片段。所述方法包括用包含標記物蛋白(如具有以下任一序列的蛋白SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4,SEQ ID NO 6,SEQ ID NO 8, SEQ IDNO 10, SEQ ID NO 12, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQ ID NO 30, SEQ ID NO 32, SEQ ID NO 34, SEQID NO 36, SEQ ID NO 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO 42, SEQ
10IDNO 44, SEQ ID NO :46，SEQ ID NO :48，SEQ ID NO :50，SEQ ID NO :52，SEQ ID NO :54， SEQ ID NO 56, SEQ ID NO :58，SEQ ID NO :60，SEQ ID NO :62，SEQ ID NO :64，SEQ ID NO 66，SEQ ID NO :68，SEQID NO 70, SEQ ID NO 72, SEQ ID NO 74, SEQ ID NO 76, SEQ IDNO 78，SEQ ID NO :80，SEQ ID NO :82，SEQ ID NO :84，SEQ ID NO :86，SEQ ID NO :88，SEQ ID NO 90, SEQ ID NO :92，SEQ ID NO :94，和 SEQ ID NO 96)的完整序列，或 10 個或更多個氨基酸的片段的蛋白或肽免疫哺乳動物，其中所述蛋白或肽可以獲得自細胞或通過化學合成獲得。本發明的方法也包括生產單克隆和單鏈抗體，其中可進一步包括從免疫的哺乳動物中分離脾細胞，將分離的脾細胞與無限增殖化細胞系融合以形成雜交瘤，以及篩選那些能產生特異性結合標記物蛋白或所述蛋白片段的抗體的各個雜交瘤。在另一方面，本發明涉及各種診斷和測試試劑盒。在一個實施方案中，本發明提供一種用于評估患者是否患乳腺癌的試劑盒。在另一方面，所述試劑盒可以用于評估患者是否具有發生乳腺癌的危險。所述試劑盒包含用于評估至少一種本發明標記物表達的試劑。 在另一個實施方案中，本發明提供了一種用于評估是否患生長迅速的乳腺癌的試劑盒。所述試劑盒包含用于評估至少一種本發明標記物表達的試劑。在另一個實施方案中，本發明提供了一種用于評估化學或生物試劑抑制患者中的乳腺癌的適用性的試劑盒。所述試劑盒包含用于評估至少一種本發明標記物表達的試劑，并且也可以包含一種或多種所述這樣的化學或生物試劑。在更進一步實施方案中，本發明提供了用于評估乳腺癌細胞存在或治療乳腺癌的試劑盒。所述試劑盒包含抗體、抗體衍生物或抗體片段，其特異性結合標記物蛋白或所述蛋白的片段。所述試劑盒也可包含多種抗體、抗體衍生物或抗體片段，其中所述多種所述抗體試劑特異性結合標記物蛋白或所述蛋白的片段。在另外一個實施方案中，本發明也提供了一種用于評估乳腺癌細胞存在的試劑盒，其中所述試劑盒包含至少一種核酸探針，其特異性結合至少一種標記物核酸或所述核酸的片段。所述試劑盒也可包含多種探針，其中每種探針特異性結合標記物核酸或所述核酸的片段。在另一方面，本發明涉及用于治療患乳腺癌或具有發生乳腺癌危險的患者的方法。上述方法可包含減少至少一種本發明標記物表達和/或干擾其生物學功能。在一個實施方案中，所述方法包含提供給患者標記物核酸或其片段的反義寡核苷酸或互補多核苷酸。例如，通過載體遞送提供給患者反義多核苷酸，所述載體表達標記物核酸或其片段的反義多核苷酸。在另一個實施方案中，所述方法包含提供給患者抗體、抗體衍生物或抗體片段，其特異性結合標記物蛋白或所述蛋白的片段。在一個優選實施方案中，所述抗體、抗體衍生物或抗體片段特異性結合具有以下序列的蛋白SEQ IDNO 2, SEQ ID N04,SEQ ID NO 6，SEQ ID NO 8, SEQ ID NO: 10，SEQ ID NO: 12，SEQ ID NO: 14，SEQ ID NO: 16，SEQ ID NO 18，SEQID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 26, SEQ IDNO 28, SEQ ID NO 30，SEQ ID NO :32，SEQ ID NO :34，SEQ ID NO :36，SEQ ID NO :38，SEQ ID NO -AO, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 44, SEQ ID NO 46, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 50, SEQ ID NO :52，SEQID NO 54, SEQ ID NO 56, SEQ ID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ IDNO :62，SEQ ID NO 64, SEQ ID NO 66, SEQ ID NO :68，SEQ ID NO :70，SEQ ID NO :72，SEQ ID NO :74，SEQ ID NO :76，SEQ ID NO 78, SEQ ID NO 80, SEQ ID NO 82, SEQ ID NO 84, SEQ ID NO :86，SEQID NO 88, SEQ ID NO 90, SEQ ID NO :92，SEQ ID NO :94，和 SEQ ID NO :96，或所述蛋白的片段。
可以理解的是本發明的方法和試劑盒也可包括已知的癌標記物，包括已知的乳腺癌標記物。可更進一步理解所述方法和試劑盒可用于鑒定除乳腺癌之外的其它癌癥。本發明的另一方面涉及編碼標記物蛋白或標記物多核苷酸，如標記物蛋白的生物活性部分的核酸分子。在一個優選實施方案中，分離的核酸分子編碼具有以下氨基酸序列的標記物多肽SEQ ID NO 2, SEQ ID NO :4，SEQ ID NO :6，SEQ ID NO :8，SEQ ID NO :10， SEQ ID NO 12, SEQID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ IDNO :22， SEQ ID NO 24, SEQ ID NO :26，SEQ ID NO :28，SEQ ID NO :30，SEQ ID NO :32，SEQ ID NO 34，SEQ ID NO :36，SEQ ID NO :38，SEQ ID NO -AO, SEQ ID NO :42，SEQ ID NO :44，SEQ ID NO 46, SEQID NO :48，SEQ ID NO :50，SEQ ID NO :52，SEQ ID NO :54，SEQ IDNO :56，SEQ ID NO 58, SEQ ID NO :60，SEQ ID NO :62，SEQ ID NO :64，SEQ ID NO :66，SEQ ID NO :68，SEQ ID NO 70, SEQ ID NO -J2, SEQ ID NO :74，SEQ ID NO :76, SEQ ID NO :78，SEQ ID NO :80， SEQID NO 82, SEQ ID NO 84, SEQ ID NO 86, SEQ ID NO 88, SEQ IDNO :90，SEQ ID NO :92， SEQ ID N0:94和SEQ ID NO :96。在另一實施方案中，本發明提供分離的標記物核酸分子， 其具有以下任一序列所示的核苷酸序列SEQ ID NO 1, SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :5，SEQ IDNO :7，SEQ ID NO :9，SEQ ID NO :11，SEQ ID NO :13，SEQ ID NO :15，SEQ ID NO :17，SEQ ID NO 19, SEQ ID NO :21, SEQ ID NO :23, SEQ ID NO :25, SEQ ID NO :27, SEQ ID NO :29, SEQ ID NO 31, SEQID NO 33, SEQ ID NO 35, SEQ ID NO 37, SEQ ID NO 39, SEQ IDNO :41， SEQ ID NO 43, SEQ ID NO :45, SEQ ID NO :47, SEQ ID NO :49, SEQ ID NO :51, SEQ ID NO 53, SEQ ID NO :55, SEQ ID NO :57, SEQ ID NO :59, SEQ ID NO :61, SEQ ID NO :63, SEQ ID NO 65, SEQID NO :67，SEQ ID NO :69，SEQ ID NO -.Tl, SEQ ID NO :73，SEQ IDNO :75，SEQ ID NO 77, SEQ ID NO :79，SEQ ID NO :81，SEQ ID NO :83，SEQ ID NO :85，SEQ ID NO :87，SEQ ID NO 89, SEQ ID NO 91,SEQ ID N0:93，或 SEQ ID NO :95。在另一實施方案中，本發明提供與以下序列所示的核苷酸序列基本等同的核酸分子(如天然存在的等位基因變體)=SEQ ID NO :1，SEQ ID NO :3，SEQ ID NO :5，SEQ ID NO :7，SEQ ID NO :9，SEQ ID NO :11，SEQ ID NO 13, SEQ ID NO :15，SEQID NO :17，SEQ ID NO :19，SEQ ID NO :21，SEQ ID NO :23，SEQ IDNO 25,SEQ ID NO 27,SEQ ID NO 29,SEQ ID NO 31,SEQ ID NO 33,SEQ ID NO 35,SEQ ID NO 37, SEQ ID NO :39, SEQ ID NO :41, SEQ ID NO :43, SEQ ID NO :45, SEQ ID NO :47, SEQ ID NO 49, SEQID NO 51,SEQ ID NO 53, SEQ ID NO 55, SEQ ID NO 57, SEQID NO 59, SEQ ID NO 61, SEQ ID NO :63, SEQ ID NO :65, SEQ IDNO :67, SEQ ID NO :69, SEQ ID NO 71, SEQ ID NO :73, SEQ ID NO :75, SEQ ID NO :77, SEQ ID NO :79, SEQ ID NO :81, SEQ ID NO 83,SEQ ID NO 85,SEQ ID NO 87,SEQ ID NO :89，SEQ ID NO :91，SEQID N0:93，或 SEQ ID N0:95。在其它實施方案中，本發明提供在此處描述的嚴格雜交條件下與包含以下核苷酸序列的核酸分子雜交的核酸分子SEQ ID NO 1,SEQ ID NO 3,SEQ ID NO 5,SEQ ID NO: 7，SEQ ID NO 9, SEQ ID NO 11, SEQ ID NO 13, SEQ ID NO 15, SEQID NO 17, SEQ ID NO 19, SEQ ID NO :21, SEQ ID NO :23, SEQ IDNO :25, SEQ ID NO :27, SEQ ID NO :29, SEQ ID NO 31, SEQ ID NO :33, SEQ ID NO :35, SEQ ID NO :37, SEQ ID NO :39, SEQ ID NO :41, SEQ ID NO 43, SEQ ID NO 45, SEQ ID NO 47, SEQ ID NO 49, SEQID NO 51,SEQ ID NO 53, SEQ ID NO 55,SEQ ID NO 57,SEQ IDNO 59,SEQ ID NO 61,SEQ ID NO 63,SEQ ID NO 65,SEQ ID NO 67, SEQ ID NO :69, SEQ ID NO :71, SEQ ID NO :73, SEQ ID NO :75, SEQ ID NO :77,SEQ ID NO 79, SEQ ID NO :81，SEQ ID NO :83，SEQID NO :85，SEQ ID NO :87，SEQ ID NO 89，SEQ ID NO 91, SEQ IDNO :93 JPSEQ ID NO :95，其中所述核酸編碼全長標記物蛋白或其活性片段。在一個相關的方面，本發明進一步提供了包含此處描述的標記物核酸分子的核酸構建體。在某些實施方案中，本發明的核酸分子與天然或異源調節序列操作性連接。還包括包含本發明的標記物核酸分子的載體和宿主細胞，如適于生產多肽的載體和宿主細胞。在另一個相關的方面，本發明提供了適于作為用于檢測編碼標記物的核酸的引物或雜交探針的核酸片段。在另一個相關的方面，提供了反義于編碼標記物的核酸分子的分離的核酸分子。在另一個實施方案中，本發明提供了標記物多肽，如具有以下序列所示氨基酸序列的標記物多肽SEQ ID NO 2, SEQ ID NO 4,SEQ ID NO 6,SEQ ID NO 8,SEQ ID NO :10, SEQ ID NO 12, SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22，SEQID NO 24,SEQ ID NO 26,SEQ ID NO 28,SEQ ID NO 30,SEQ IDNO 32,SEQ ID NO: 34，SEQ ID NO 36, SEQ ID NO 38, SEQ ID NO 40, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 44, SEQ ID NO 46,SEQ ID NO 48,SEQ ID NO 50,SEQ ID NO 52,SEQ ID NO 54,SEQ ID NO 56,SEQID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 64, SEQ IDNO 66, SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 70, SEQ ID NO 72, SEQ ID NO 74, SEQ ID NO :76, SEQ ID NO 78, SEQ ID NO 80, SEQ ID NO 82, SEQ ID NO 84, SEQ ID NO 86, SEQ ID NO 88, SEQ ID NO 90, SEQID NO 92, SEQ ID NO :94,和SEQ ID NO :96 ;與以下序列所不氣基酸序列基本等同的氣基酸序列 SEQ ID NO 2,SEQ ID NO 4,SEQ IDNO 6,SEQ ID NO 8,SEQ ID NO 10,SEQ ID NO 12,SEQ ID NO 14, SEQ ID NO 16, SEQ ID NO 18, SEQ ID NO 20, SEQ ID NO 22, SEQ ID NO 24, SEQ ID NO 26, SEQ ID NO 28, SEQ ID NO 30, SEQID NO 32, SEQ ID NO 34, SEQ ID NO 36，SEQ ID NO 38, SEQ IDNO 40, SEQ ID NO 42, SEQ ID NO 44, SEQ ID NO 46, SEQ ID NO 48, SEQ ID NO 50, SEQ ID NO 52, SEQ ID NO 54, SEQ ID NO 56, SEQ ID NO 58, SEQ ID NO 60, SEQ ID NO 62, SEQ ID NO 64, SEQID NO 66, SEQ ID NO 68, SEQ ID NO 70, SEQ ID NO 72, SEQ IDNO 74, SEQ ID NO 76, SEQ ID NO 78, SEQ ID NO 80, SEQ ID NO 82, SEQ ID NO 84,SEQ ID NO 86,SEQ ID NO 88,SEQ ID NO 90,SEQ ID NO 92,SEQ ID N0:94，和 SEQ ID NO :96 ;或由具有與包含以下核苷酸序列的核酸分子在此處描述的嚴格雜交條件下雜交的核苷酸序列的核酸分子編碼的氨基酸序列SEQ ID NO :1，SEQ ID NO :3，SEQID NO 5，SEQ ID NO :7，SEQ ID NO :9，SEQ ID NO :11，SEQ ID NO :13，SEQ ID NO :15，SEQ ID NO 17, SEQ ID NO :19, SEQ ID NO :21, SEQ ID NO :23, SEQ ID NO :25, SEQ ID NO :27, SEQ ID NO 29, SEQID NO :31，SEQ ID NO :33，SEQ ID NO :35，SEQ ID NO :37，SEQ IDNO :39，SEQ ID NO 41, SEQ ID NO :43，SEQ ID NO :45，SEQ ID NO :47，SEQ ID NO :49，SEQ ID NO :51，SEQ ID NO 53, SEQ ID NO :55, SEQ ID NO :57, SEQ ID NO :59, SEQ ID NO :61, SEQ ID NO :63, SEQID NO 65,SEQ ID NO 67,SEQ ID NO 69,SEQ ID NO 71,SEQ IDNO 73,SEQ ID NO 75, SEQ ID NO77,SEQ ID NO :79,SEQ ID NO :81,SEQ ID NO :83,SEQ ID NO :85, SEQ ID NO 87，SEQ ID NO 89, SEQ ID NO 91, SEQ ID NO :93，和 SEQ ID NO :95，其中所述核酸編碼全長標記物蛋白或其活性片段。在一個相關的方面，本發明進一步提供了包含此處描述的多肽分子的蛋白或肽構建體。在某些實施方案中，本發明的標記物多肽或片段與天然或異源非標記物多肽序列操作性連接以形成融合蛋白序列。在另一方面，本發明涉及與標記物多肽反應，或更優選與標記物多肽特異性或選擇性結合的抗體及其抗原結合片段。
具體實施例方式本發明涉及新發現的列于表I的與乳腺細胞的癌狀態相關的乳腺癌標記物。已經發現這些標記物的任一個或這些標記物組合表達水平高于它們正常表達水平，與患者中乳腺癌相關。此外，本發明還涉及新發現的列于表2的與乳腺細胞的癌狀態相關的乳腺癌標記物。已經發現這些標記物的任一個或這些標記物組合表達水平高于它們正常表達水平， 與患者中乳腺癌的生長迅速相關。提供了用于檢測樣品中乳腺癌存在、樣品中乳腺癌不存在、乳腺癌分期、評估乳腺癌是否轉移、預測乳腺癌患者的臨床結局，以及檢測與在患者中預防、診斷、鑒定和治療乳腺癌相關的乳腺癌其它特征的方法。也提供了治療乳腺癌的方法。表I列出了與非乳腺癌患者樣品(如非乳腺癌患者樣品、非癌性乳腺細胞、其它非乳腺癌患者樣品)相比，在乳腺癌患者樣品中超量表達的本發明的標記物。表I列出了在篩選乳腺癌的存在中特別有用的標記物(“篩選標記物”)。表2列出了與正常樣品(如結局好的乳腺癌患者樣品、非乳腺癌患者樣品、非癌性乳腺細胞)相比，在結局差的乳腺癌患者樣品中超量表達的本發明的標記物。表2列出了在評估乳腺癌分期中特別有用的標記物 (“分期標記物”)。表I和表2提供了由每個標記物編碼或相應于每個標記物的核苷酸轉錄物的cDNA序列和蛋白的氨基酸序列的序列表標識符。表I鑒別了本發明的標記物(SEQ ID NOS :1-66)，表2鑒別了本發明的標記物(SEQ ID NOS :67-96)，給它們指定了名稱(“標記物”)，如果可行，基因的名稱(“基因名稱”)通常是通過由標記物編碼或相應于標記物的核苷酸轉錄物的cDNA序列的序列表標識符(“SEQ ID NO(nts) ”)、由核苷酸轉錄物編碼的蛋白的氨基酸序列的序列表標識符(“SEQ ID NO(AAs) ”)、和蛋白編碼序列在cDNA序列中的位置(“CDS”)而了解的。表I.乳腺癌篩選標記物
權利要求
1.用于評估WFDC2標記物的表達的試劑在制備用于評估患者是否患有乳腺癌的試劑盒中的用途，其中患者是否患有乳腺癌是通過以下步驟評估的a)確定患者樣品中WFDC2標記物的表達水平；b)確定對照樣品中WFDC2標記物的表達水平；和c)比較患者樣品中和對照樣品中WFDC2標記物的表達水平，其中患者樣品與對照樣品中WFDC2標記物表達水平之間的差異表明患者患有乳腺癌。
2.權利要求I的用途，其中對照樣品來自具有生長緩慢的乳腺腫瘤或不具有乳腺腫瘤的受試者。
3.權利要求I的用途，其中由來自非癌癥患者的乳腺細胞確定對照樣品中的表達水平。
4.權利要求I的用途，其中用具有生長緩慢的乳腺腫瘤或不具有乳腺腫瘤的受試者群體的表達水平平均值預先確定對照樣品中的表達水平。
5.權利要求I的用途，其中所述標記物相應于分泌的蛋白。
6.權利要求I的用途，其中所述標記物包含轉錄的多核苷酸或其部分。
7.權利要求I的用途，其中所述樣品包含獲得自患者的細胞。
8.權利要求I的用途,其中所述樣品包含液體,所述液體選自血液、淋巴液、囊液、乳頭穿刺液和收集自腫塊活檢物的液體。
9.權利要求I的用途，其中通過檢測樣品中標記物蛋白的存在而評估樣品中標記物的表達水平。
10.權利要求9的用途，其中用與蛋白特異性結合的試劑檢測標記物蛋白的存在。
11.權利要求10的用途，其中所述試劑選自抗體、抗體衍生物和抗體片段。
12.權利要求I的用途，其中通過檢測樣品中相應于核酸標記物的轉錄的多核苷酸或其部分的存在而評估樣品中標記物的表達水平。
13.權利要求12的用途，其中轉錄的多核苷酸是mRNA或cDNA。
14.權利要求12的用途，其中檢測轉錄的多核苷酸包括擴增轉錄的多核苷酸。
15.權利要求I的用途，其中通過檢測樣品中在嚴格雜交條件下與核酸標記物退火的轉錄的多核苷酸或其部分的存在而評估樣品中標記物的表達水平。
16.權利要求I的用途，其中樣品中標記物的表達水平與不患乳腺癌的患者中標記物的正常表達水平有因數為至少約2或至少約5的差異。
17.用于評估WFDC2標記物的表達的試劑在制備用于評估患者是否患有乳腺癌的試劑盒中的用途，其中患者是否患有乳腺癌是通過以下步驟評估的a)確定樣品中WFDC2標記物和至少一種另外的標記物的表達水平，其中所述另外的標記物選自表I和表2所列的標記物；b)確定對照樣品中WFDC2標記物和所述另外的標記物的表達水平；和c)比較患者樣品中WFDC2標記物和所述另外的標記物的表達水平與對照樣品中WFDC2 標記物和所述另外的標記物的表達水平；其中患者樣品與對照樣品中WFDC2標記物和所述另外的標記物的表達水平的差異表明患者患有乳腺癌。
18.權利要求16的用途，其中對照樣品來自具有生長緩慢的乳腺腫瘤或不具有乳腺腫瘤的受試者。
19.權利要求16的用途，其中由來自非癌癥患者的乳腺細胞確定對照樣品中的表達水平。
20.權利要求18的用途，其中用具有生長緩慢的乳腺腫瘤或不具有乳腺腫瘤的受試者群體的表達水平平均值預先確定對照樣品中的表達水平。
21.權利要求17的用途，其中確定至少3種標記物的表達。
22.權利要求17的用途，其中確定至少5種標記物的表達。
23.用于評估WFDC2標記物的表達的試劑在制備用于評估患者是否患有已經轉移或容易轉移的乳腺癌的試劑盒中的用途，其中患者是否患有已經轉移或容易轉移的乳腺癌是通過以下步驟評估的a)確定患者樣品中WFDC2標記物的表達水平；b)確定對照樣品中WFDC2標記物的表達水平；和c)比較患者樣品和對照樣品中WFDC2標記物的表達水平，其中與對照樣品中的WFDC2標記物表達水平相比，患者樣品中更高的WFDC2標記物表達水平表明患者患有已經轉移或容易轉移的乳腺癌。
24.權利要求23的用途，其中所述評估表明患者是否患有已經轉移到淋巴結或者容易轉移到淋巴結的轉移性乳腺癌。
25.用于評估WFDC2標記物的表達的試劑在制備用于預測乳腺癌患者的臨床結局的試劑盒中的用途，其中乳腺癌患者的臨床結局的預測是通過以下步驟a)確定患者樣品中WFDC2標記物的表達水平；b)確定對照樣品中WFDC2標記物的表達水平；和c)比較患者樣品和對照樣品中WFDC2標記物的表達水平；其中與對照樣品中的WFDC2標記物表達水平相比，患者樣品中更高的WFDC2標記物表達水平表明患者具有不良的臨床結局。
26.權利要求25的用途，其中所述對照樣品來自具有良好臨床結局的患者。
27.用于評估WFDC2標記物的表達的試劑在制備用于監測患者中乳腺癌的進展的試劑盒中的用途，其中乳腺癌的進展是通過以下步驟監測的a)確定第一時間點的患者樣品中WFDC2標記物的表達水平；b)確定后續時間點的患者樣品中WFDC2標記物的表達水平；和c)比較步驟a)和b)中檢測的WFDC2標記物的表達水平，從而監測患者中乳腺癌的進展其中步驟a)和b)中檢測的WFDC2標記物的表達水平的改變表明乳腺癌的進展或消退。
28.權利要求27的用途，其中所述標記物相應于分泌的蛋白。
29.權利要求27的用途，其中所述標記物包含轉錄的多核苷酸或其部分。
30.權利要求27的用途，其中所述樣品包含獲得自患者的細胞或液體，所述液體選自血液、淋巴液、囊液、乳頭穿刺液和收集自腫塊活檢物的液體。
31.權利要求27的用途，其中所述患者已經在第一時間點和后續時間點之間進行了去除腫瘤的手術。
32.用于評估WFDC2標記物的表達的試劑在制備用于評估受試化合物抑制患者中乳腺癌的有效性的試劑盒中的用途，其中受試化合物抑制患者中乳腺癌的有效性是通過以下步驟評估的a)確定獲得自患者并且暴露于受試化合物的第一樣品中WFDC2標記物的表達；b)確定獲得自患者的第二樣品中WFDC2標記物的表達，其中所述樣品不暴露于受試化合物；c)比較暴露于受試化合物的樣品和不暴露于受試化合物的樣品中WFDC2標記物的表達，其中相對于第二樣品，暴露于受試化合物的樣品中WFDC2標記物的表達水平更低,表明受試化合物可以有效抑制患者中的乳腺癌。
33.權利要求32的用途，其中第一和第二樣品是獲得自患者的單個樣品的部分。
34.權利要求32的用途，其中第一和第二樣品是獲得自患者的合并樣品的部分。
35.用于評估WFDC2標記物的表達的試劑在制備用于評估一種治療對抑制患者中乳腺癌的有效性的試劑盒中的用途，其中一種治療的有效性是通過以下步驟評估的a)在給患者施用至少一部分治療之前確定獲得自患者的第一樣品中WFDC2標記物的表達；b)在施用該部分治療后確定獲得自患者的第二樣品中WFDC2標記物的表達；c)比較第一和第二樣品中WFDC2標記物的表達；和d)當相對于第一樣品，第二樣品中WFDC2標記物的表達水平更低時，確定該治療可以有效抑制患者中的乳腺癌。
36.用于評估WFDC2標記物的表達的試劑在制備用于選擇抑制患者中的乳腺癌的組合物的試劑盒中的用途，其中所述化合物是通過以下步驟選擇的a)從患者獲得包含癌細胞的樣品；b)分別將樣品的等分樣品暴露于多種受試組合物；c)比較每個等分樣品中WFDC2標記物的表達；和d)選擇至少一種相對于其它受試組合物，誘導暴露于受試組合物的等分樣品中更低的 WFDC2標記物表達水平的受試組合物。
37.用于評估WFDC2標記物的表達的試劑在制備用于選擇抑制患者中乳腺癌轉移的組合物的試劑盒中的用途，其中所述化合物是通過以下步驟選擇的a)從患者獲得包含癌細胞的樣品；b)分別將樣品的等分樣品暴露于多種受試組合物；c)比較每個等分樣品中WFDC2標記物的表達；和d)選擇至少一種相對于其它受試組合物，誘導暴露于受試組合物的等分樣品中更低的 WFDC2標記物表達水平的受試組合物。
38.用于評估WFDC2標記物的表達的試劑在制備用于評估受試組合物對乳腺細胞的致癌潛力的試劑盒中的用途，其中對乳腺細胞的致癌潛力是通過以下步驟評估的a)在受試組合物存在和不存在的條件下保持分開的乳腺細胞等分樣品；和b)比較每種等分樣品中選自表I所列的標記物的至少一種標記物的表達，其中所述至少一種標記物是WFDC2標記物，c)其中在受試組合物存在的條件下保持的等分樣品中WFDC2標記物或至少一種表I所列的標記物的表達水平的增加，表明受試組合物具有對人乳腺細胞的致癌潛力。
39.評估患者是否患有乳腺癌的試劑盒，該試劑盒包含用于評估至少一種表I所列的標記物的表達的試劑,其中所述至少一種標記物是WFDC2。
40.評估乳腺癌細胞的存在的試劑盒，該試劑盒包含至少一種核酸探針，其中所述探針特異性結合于相應于至少一種表I所列的標記物的轉錄的多核苷酸，其中所述至少一種標記物是WFDC2。
41.評估乳腺癌細胞的存在的試劑盒，該試劑盒包含至少一種抗體，其中所述抗體特異性結合于相應于至少一種表I所列的標記物的蛋白，其中所述至少一種標記物是WFDC2。
42.評估一種或多種受試化合物抑制患者中乳腺癌的適用性的試劑盒，該試劑盒包含a)一種或多種受試化合物；和b)用于評估至少一種表I所列的標記物的表達的試劑，其中所述至少一種標記物是 WFDC2。
43.分離的核酸分子，包含選自下組的核苷酸序列SEQID NO :63和SEQ ID NO :65。
44.分離的多肽，包含選自下組的氨基酸序列SEQID NO :64和SEQ ID NO :66。
45.抗體，其選擇性結合于包含選自下組的氨基酸序列的多肽SEQIDNO :64和SEQ ID NO 66o
全文摘要
本發明涉及用于鑒定、評估、預防和治療乳腺癌的組合物、試劑盒及方法。本發明還涉及與乳腺癌相關的核酸分子和蛋白。
文檔編號C12NGK102605062SQ201210059178
公開日2012年7月25日 申請日期2004年5月26日 優先權日2003年5月29日
發明者B·O·戈爾巴切瓦, D·L·安德森, D·福特, J·E·莫哈漢, K·格拉特, M·甘納瓦拉普, M·默滕斯, R·施萊格爾, S·卡馬特卡, S·赫爾施, W·O·恩德格, X·趙, Y·徐 申請人:千年藥品公司