一種家兔cetp基因檢測肉質育種的方法
【技術領域】
[0001] 本發明涉及家兔育種技術領域，尤其是一種利用基因檢測進行家兔肉質早期育種 的方法。
【背景技術】
[0002] 據聯合國糧農組織調查，兔肉在歐洲許多國家，如意大利、捷克、西班牙、比利時、 盧森堡、葡萄牙、法國，還有一些北非國家，如埃及、阿爾及利亞，受到消費者的青睞，兔肉生 產在國民經濟中發揮著的重要作用。兔肉能提供豐富的營養物質，首先蛋白含量很高，尤其 是限制性氨基酸水平較高。在家兔背最長肌和后腿的蛋白含量高達22%。同時礦物質、維生 素、抗氧化因子含量高，而兔肉膽固醇和脂肪含量低，被認為是消費者首選的功能食品。
[0003] 我國現有家兔育種方法主要有兩種，一是對育種家兔進行人工選擇，即選擇性狀 好的公、母家兔作種用，淘汰性狀較差的家兔;二是進行雜交育種，選擇不同品種的家兔進 行雜交，在后代中選擇具有雙親優良性狀的子代。但是在家兔肉質育種方面的研究較少。家 兔作為小畜種動物，家兔的育種，尤其是肉質育種在我國研究滯后，肉兔生產育種品種較 少，育種時間長，成效慢。

【發明內容】

[0004] 本發明的目的是提供一種家兔CETP基因多態性檢測肉質育種的方法，所述方法可 以根據育種需求快速簡便的進行家兔育種。
[0005] 本發明提供了一種家兔CETP基因多態性檢測的試劑在制備用于檢測家兔肉質的 制劑或試劑盒中的應用，其中CETP基因外顯子4第11位點為GG基因型家兔的半凈膛屠宰率 最尚；AG基因型的兔背最長肌肌內脂肪含量最尚；AA基因型的家兔后腿肌內脂肪含量最尚 其中所述多態性的試劑包括上游引物和下游引物：
[0006] 所述上游引物為CETP-F，CCACTTGTTCCCTCAGCCTC，所述的下游引物為CETP-R， CGAGTGAGTACACAGCCGCTG 〇
[0007] 優選的，其中所述CETP基因多態性檢測的試劑為聚合酶鏈式反應所用的試劑，所 述的聚合酶鏈式反應所用的試劑還包括家兔基因組0財，(1奶1 3，1^(：12，丨&9〇財聚合酶和 Buffer〇
[0008] 優選的，所述CETP基因多態性檢測的試劑有如下反應體系構成:45~55ng全基因 組DNA，上游引物CETP-F和下游CETP-R各0.8~1.2uM，l~2mM MgCl2，180~220μΜ dNTPs (dATP，dTTP，dCTP和dGTP)，0 · 3~0 · 5個單位的Taq DNA聚合酶（MBI)，2 · 4~2 · 6yL的 100 X buffer。
[0009] 優選的，家兔待測個體為伊拉兔、香檳兔或天府黑兔中的一種或幾種。
[0010]優選的，所述的家兔待測個體樣品來自70日齡家兔。
[0011] 本發明提供了一種家兔CETP基因多態性肉質育種的方法，包括以下步驟：
[0012] 1)提取家兔樣品的基因組DNA，并將所述的基因組DNA保存于-15°c-20°c;
[0013] 2)以步驟1)所述的基因組DNA作為模板，通過PCR反應擴增家兔CETP基因，所述的 PCR包括上游弓| 物：CETP-F，CCACTTGTTCCCTCAGCCTC和下游弓| 物CETP-R， CGAGTGAGTACACAGCCGCTG；
[0014] 3)將步驟2)擴增得到的家兔CETP基因測序，得到家兔CETP基因序列；
[0015] 4)分析步驟3)中所得到的家兔CETP基因序列的單核苷酸多態性；
[0016] 5)根據家兔CETP基因序列的單核苷酸多態性的分析結果確定外顯子4第11位點處 發生單核苷酸變異，產生3種基因型為AA、GG和AG;
[0017] 6)分析步驟5)中所述的三種基因型與家兔屠體性狀的關聯性；
[0018] 7)根據步驟6)得到的基因與家兔屠體性狀的關聯，根據需要選擇不同基因型的家 兔進行培養育種。
[0019] 優選的，所述家兔為伊拉兔、香檳兔和天府黑兔中的一種或幾種;所述的家兔樣品 來自68~72日齡家兔。
[0020] 優選的，步驟1)中所述的家兔樣品來自68~72日齡家兔耳組織樣品。
[0021]優選的，所述的家兔CETP基因序列的單核苷酸多態性分析采用DNAstar軟件進行 序列對比判斷突變位點及其基因型，并計算得到基因型和基因型頻率，利用P0PGENE軟件測 試哈溫平衡的x2值，多態信息含量(PIC)通過下列公式計算得到
[0022]
式I，Pi和Pj分別為第i個和第j個等位基因頻率，η為 等位基因數，所述的i和j為大于等于1，小于等于η的自然數。
[0023] 優選的，所述基因型與家兔屠體性狀的關聯分析，采用SPSS 21中一般線性模型 GLM進行。
【具體實施方式】
[0024]本發明提供了一種家兔CETP基因多態性檢測的試劑在制備用于檢測家兔肉質的 制劑或試劑盒中的應用，其中所述CETP基因多態性檢測的試劑為聚合酶鏈式反應所用的試 劑。所述試劑具體的包括引物，家兔基因組DNA，MgCl 2、dNTPs (dATP，dTTP，dCTP和dGTP)、Taq DNA聚合酶和buf f er。
[0025] 所訴的引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物為CETP-F， CCACTTGTTCCCTCAGCCTC，所述的下游引物為 CETP-R，CGAGTGAGTACACAGCCGCTG。
[0026] 所述的PCR擴增具體的包括全基因組DNA，優選為45~55ng，更優選的為50ng;上游 引物CETP-F和下游引物CETP-R優選的為0.8~1.2uM，更優選的為1. OuM; MgCl 2優選的為為1 ~2mM，更優選的為1.5mM; dNTPs (dATP，dTTP，dCTP和dGTP)優選的為180~2 20μΜ，更優選的 為200μΜ; Taq DNA聚合酶(ΜΒΙ)優選的為0.3~0.5個單位，更優選的為0.4個單位；100 X buffer優選的為2.4~2.6yL，更優選的為2.5yL，所述試劑總體積為優選的為20~30yL，更 優選的為25yL。
[0027] 所述的PCR擴增的具體程序為：95°C預變性5min;40個循環，94°C變性45S，56°C退 火 45S; 72°C 延伸 40S;最后 72°C 延長 lOmin。
[0028] 所述的基因多態性檢測的家兔待測個體優選的為伊拉兔、香檳兔或天府黑兔中的 一種或幾種。所述的家兔待測個體樣品優選的來自68~72日齡家兔，更優選的為70日齡家 兔。
[0029]本發明提供了一種家兔CETP基因多態性肉質育種的方法，包括以下步驟：
[0030] 1)提取家兔樣品的基因組DNA，并將所述的基因組DNA保存于-15°C-20°C;
[0031] 2)以步驟1)所述的基因組DNA作為模板，通過PCR反應擴增家兔CETP基因，所述的 PCR包括上下游引物:所述的上游引物為CETP-F，CCACTTGTTCCCTCAGCCTC，所述的下游引物 為CETP-R，CGAGTGAGTACACAGCCGCTG;
[0032] 3)將步驟2)擴增得到的家兔CETP基因測序，得到家兔CETP基因序列；
[0033] 4)分析步驟3)中所得到的家兔CETP基因序列的單核苷酸多態性；
[0034] 5)根據家兔CETP基因序列的單核苷酸多態性的分析結果確定外顯子4第11位點處 發生單核苷酸變異，產生3種基因型為AA、GG和AG;
[0035] 6)分析步驟5)中所述的三種基因型與家兔屠體性狀的關聯性；
[0036] 7)根據步驟6)得到的基因與家兔屠體性狀的關聯，根據需要選擇不同基因型的家 兔進行培養育種。
[0037]本發明具體的以家兔組織為樣品，優選的以68~72日齡的家兔的耳組織為樣品， 更優選的為70日齡的家兔的耳組織為樣品，進行家兔基因組DNA的提取。所述的家兔耳組織 樣品基因組DNA的提取按試劑盒(Axygen，USA)提供的方法進行，并將提取得