檢測7q21.13區域SNP試劑的應用
【專利摘要】本發明涉及檢測7q21.13區域SNP的試劑的應用，具體地，檢測7q21.13區域SNP的試劑在制備試劑盒中的用途，所述試劑盒用于制備肝癌患者篩查的產品，所述SNP為rs10272859。由此，利用所述檢測SNP的試劑可以有效用于肝癌患者篩查。
【專利說明】
檢測7q21 .13區域SNP試劑的應用
技術領域
[0001 ]本發明設及生物技術領域，具體設及檢測7q21.13區域SNP試劑的應用。
【背景技術】
[0002] 原發性肝細胞肝癌化epatocellular Cance;r，HCC，W下簡稱肝癌）是常見的惡性 腫瘤之一，年發病率在惡性腫瘤中居第五位。我國是肝癌高發國家，每年新發病例約50萬， 占全球肝癌新發病例的半數W上。流行病學和實驗研究均表明，肝癌屬于多因素復雜疾病， 是病毒因素、環境因素和遺傳因素共同作用的結果。在我國，乙型肝炎（Hepatitis B Virus,皿V)感染是肝癌發生的最主要的因素，大約與80%的肝癌相關。但是，皿V慢性感染 者中，僅有少部分個體最終罹患肝癌，同時，肝癌的發生具有家族聚集傾向，提示遺傳因素 在肝癌的發生過程中發揮重要作用。傳統的基于候選基因的病例-對照關聯研究W及近年 來興起的全基因組關聯研究(Genome-wide association study,GWAS)陸續發現了若干與 皿V相關肝癌顯著相關的單核巧酸多態性（Single nucleotide polymo;rphism，SNP)，進一 步證實了皿V相關肝癌的發生存在遺傳病因，即存在皿V相關肝癌的易感基因。易感基因在 皿V相關肝癌的發生、發展中發揮著重要的作用。皿V相關肝癌易感基因的鑒定W及該基因 相關分子機制的解析，將為肝癌高危人群的預防和臨床診治提供理論依據，進而有望實現 對肝癌的早期預防與個體化治療，達到提高肝癌治療效果的目的。
[0003] 全基因組關聯研究被證明可W無偏、有效的發掘疾病或表型相關的SNP。至今，已 有超過2000篇全基因組關聯研究被報道，其中，一半W上是針對腫瘤的研究。盡管基于病 例-對照的研究策略統計效能較高，但是由于存在人群混雜或人群分層等因素，該研究策略 容易產生假陽性結果。全基因組關聯研究為避免全基因組層面過多的假陽性結果，一般需 要選取關聯程度最強的數個或數十個位點在驗證人群中進行進一步驗證，由此可能遺漏可 能相關的位點。此外，基于病例-對照的全基因組關聯研究最終報道的顯著關聯位點經過了 多個獨立人群的重復驗證，仍舊無法完全排除運些位點可能是人群分層導致的假陽性結 果。
[0004] 目前，基于SNP的肝癌患者篩查的檢測技術仍有待改進。

【發明內容】

[0005] 本發明是基于發明人對W下事實和問題的發現和認識作出的：
[0006] 為了進一步發掘新的皿V相關肝癌易感基因，發明人開展了新一輪的皿V相關肝癌 的全基因組關聯研究。基于家系的研究策略不受人群分層現象的影響，充分彌補了病例-對 照研究策略的不足。由此，發明人采用基于家系和基于病例-對照策略，可W有效、準確地發 現疾病相關位點。在發掘階段，發明人綜合采用基于家系和基于病例-對照的策略，W充分 發揮兩種策略各自的優勢。在驗證階段，發明人采用基于病例-對照的策略完成兩階段的人 群驗證。最終，成功定位了 7q21.13為肝癌新的易感區域。進一步，發明人對該區域進行了更 細致的分析。
[0007] 本發明旨在至少在一定程度上解決相關技術中的技術問題之一。
[0008] 根據本發明的第一方面，本發明提出檢測SNP的試劑在制備試劑盒中的用途，其 中，所述試劑盒用于肝癌患者篩查，所述SNP為rsl0272859,該位點位于人類第7號染色體 90,318,474位置(基于人類基因組第19版本）。發明人綜合采用基于家系和基于病例-對照 的策略，W充分發揮兩種策略各自的優勢。在驗證階段，采用基于病例-對照的策略完成兩 階段的人群驗證，最終驗證rsl0272859與肝癌顯著相關，由此，利用所述檢測SNP的試劑可 W有效進行肝癌患者篩查。
[0009] 根據本發明的一些實施例，所述試劑包括引物和/或探針。
[0010] 根據本發明的一些實施例，所述rsl0272859為GC或GG的基因型是肝癌高風險的指 示。通過分析rsl0272859基因型與肝癌病人的生存期，發明人發現，攜帶rsl0272859風險等 位G等位的肝癌患者(GG或GC)生存期顯著短于未攜帶風險等位患者。由此，可W通過檢測 rsl0272859的基因型來有效進行肝癌患者篩查。
[0011] 根據本發明的第二方面，本發明提出一種用于肝癌患者篩查的試劑盒，所述試劑 盒含有檢測SNP的試劑，所述SNP為rsl0272859。發明人綜合采用基于家系和基于病例-對照 的策略，W充分發揮兩種策略各自的優勢。在驗證階段，采用基于病例-對照的策略完成兩 階段的人群驗證，最終驗證rsl0272859與肝癌顯著相關，由此，利用所述試劑盒可W有效檢 測肝癌。
[001^ 根據本發明的一些實施例，所述試劑包括引物和/或探針。所述試劑的使用方法包 括但不限于化qMan分型和Sequenom分型等。
[OOU] 根據本發明的一些實施例，所述引物為GTCTCTTTCCACCTCTTCAACCA(沈Q ID N0:1) 和AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC(SEQ ID ^:2)。其中，61'(：1'(：1'1'1'撕40：1'(：1'1^440：4為前 向引物，AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC為后向引物，利用前向引物和后向引物可W有效 地檢測本發明所述SNP位點。
[0014] 根據本發明的一些實施例，所述探針為（FAM)TCAGCCATATCTGCTTATTCTTGAGCACC (沈Q ID N0:3)和/或化EX)TTCAGCCATATCTGGTTATTCTTGAGCACC(SEQ ID N0:4)。利用所述探 針可W有效地檢測本發明所述SNP位點。
[0015] 根據本發明的一些實施例，所述rsl0272859為GC或GG的基因型是肝癌高風險的指 示。通過分析rsl0272859基因型與肝癌病人的生存期，發明人發現，攜帶rsl0272859風險等 位G等位的肝癌患者(GG或GC)生存期顯著短于未攜帶風險等位患者。由此，可W通過利用所 述試劑盒來檢測rsl0272859的基因型來有效檢測肝癌。
[0016] 根據本發明的第Ξ方面，本發明提出一種用于肝癌患者篩查的設備，包括：
[0017] 測序裝置，所述測序裝置用于對患者的全基因組中至少之一進行測序，W便獲得 測序結果;其中，所述全基因組中至少之一為包括rsl0272859的區域。
[0018] 比對裝置，所述比對裝置與所述測序裝置相連，且用于基于所述測序結果，確定 rsl0272859的基因類型；
[0019] 分析裝置，所述分析裝置與所述比對裝置相連，且用于基于所述SNP類型確定肝癌 風險。發明人綜合采用基于家系和基于病例-對照的策略，W充分發揮兩種策略各自的優 勢。在驗證階段，采用基于病例-對照的策略完成兩階段的人群驗證，最終驗證rsl0272859 與肝癌顯著相關，由此，利用所述設備可W有效檢測肝癌。
[0020] 根據本發明的具體實施例，所述測序裝置用于對患者的全基因組中預定區域進行 測序，W便獲得測序結果；其中，所述預定區域為rsl0272859上游Ikb，下游Ikb。由此，可W 更加有效地進行測序。
【附圖說明】
[0021] 圖1是根據本發明的實施例1的廣西家系人群關聯結果的分位數圖。
[0022] 圖2是根據本發明的實施例1的廣西家系人群關聯結果曼哈頓圖。
[0023] 圖3是根據本發明的實施例1的廣西病例-對照人群關聯結果的分位數圖。
[0024] 圖4是根據本發明的實施例1的廣西病例-對照人群關聯結果曼哈頓圖。
[0025] 圖5是根據本發明的實施例1的rsl0272859各階段苔萃分析森林圖。
[0026] 圖6是根據本發明的實施例2的rsl0272859風險等位G與肝癌患者預后相關性示意 圖。
[0027] 圖7是根據本發明的實施例3的rsl0272859基因型與CDK14基因表達圖。
【具體實施方式】
[0028] 下面詳細描述本發明的實施例，所述實施例的示例在附圖中示出。下面通過參考 附圖描述的實施例是示例性的，旨在用于解釋本發明，而不能理解為對本發明的限制。
[0029] 實施例
[0030] 實施例1皿V相關肝癌的全基因組關聯研究
[0031] 2.材料與方法
[0032] 2.1研究對象
[0033] 2.1.1全基因組關聯研究樣本
[0034] 本項全基因組關聯研究分為Ξ個研究階段:發掘階段，驗證階段I和驗證階段II。 所有研究對象均為中國成年個體，招募自中國東部、南部、西部和北部。所有病例-對照個體 均為HBV持續感染者，入選標準為血清乙肝表面抗原化epatitis B surface antigen, 皿sAg)和乙肝核屯、抗體(anti-HBc immunoglobulin G，IgG anti-HBc)呈陽性至少6個月。 肝癌患者的入選標準為診斷為原發性肝癌，未接受放、化療，且經過病理證實。病例-對照人 群個體均不存在親緣關系。所有患者均已簽署知情同意書，且本研究經放射與福射醫學研 究所倫理委員會批準執行。
[0035] 發掘階段包括廣西肝癌核屯、家系人群（205個肝癌核屯、家系，每個家系包含一個 HBV相關肝癌患者與其健康雙親，共205X3 = 615人)和廣西病例-對照人群（355例病例和 360例對照，病例為皿V相關肝癌患者，對照為慢性皿V攜帶者，下同）。廣西核屯、家系人群由 廣西腫瘤醫院2005年6月至2010年7月招募自廣西，經過全基因組SNP數據質量控制后，保留 189個皿V相關肝癌核屯、家系用于后續分析。其中，核屯、家系先證者的平均年齡35.7±6.9， 男女比例9.5。廣西病例-對照人群由廣西腫瘤醫院2002年至2008年招募，該人群即發明人 開展的國際首項肝癌全基因組關聯研究的發掘階段人群。經過全基因組SNP數據質量控制 后，可用于后續分析的病例％8例，對照359例。病例人群平均年齡45.8± 10.6，男女比例 6.7 ;對照人群平均年齡41 . 6 ± 1 2 . 1，男女比例6.3。發掘階段，全基因組SNP (包括 rsl0272859)通過全基因組忍片檢測。
[0036] 驗證階段I包括陜西病例-對照人群（1,095例病例和394例對照）。病例個體由第四 軍醫大學西京醫院和唐都醫院2011年6月至2013年7月招募自陜西，病例人群平均年齡51.0 ±10.5,男女比例8.1。對照人群由西藏民族學院2011年12月至2012年7月招募自陜西，對照 人群平均年齡40.9± 14.1，男女比例1.6。
[0037] 驗證階段II包括廣東病例-對照人群巧74例病例和580例對照）、北京病例-對照人 群(276例病例和266例對照）、江蘇病例-對照人群(50例病例和141例對照)和廣西病例-對 照人群(285例病例和623例對照）。其中廣東病例-對照人群由中山大學附屬第Ξ醫院2011 年10月至2014年11月招募自廣東，病例人群平均年齡49.4 ± 11.9，男女比例9.6，對照人群 平均年齡48.1 ±12.4,男女比例8.4。北京病例-對照人群由中國醫學科學院腫瘤醫院2003 年3月至2009年2月招募自北京，病例人群平均年齡55.9 ± 9.1，男女比例6.1，對照人群平均 年齡55.50 ± 12.2，男女比例5.5。江蘇病例-對照使用全基因組分型數據，其中部分對照數 據(91例對照)來自南京醫科大學已發表的全基因組關聯研究，其余病例-對照數據來自復 旦大學附屬中山醫院未發表數據，病例人群平均年齡52.4±7.8,全部為男性個體，對照人 群平均年齡56.7 ± 9.6，男女比例7.3。廣西病例-對照人群病例人群由廣西腫瘤醫院2004年 1月至2012年10月招募自廣西。病例人群平均年齡47.8 ± 11.3，男女比例8.2;對照人群來自 發明人招募的廣西玉林地區肝癌高危人群前瞻性隊列樣本(2011年2月至2012年10月），平 均年齡41.0±10.4,男女比例2.9。用于全基因組關聯研究樣本的人群信息可參見表1。
[0038] 驗證階段，rsl0272859通過化qMan檢測，檢測引物：
[0039] 前向引物:GTCTCTTTCCACCTCTTCAACCA(SEQ ID N0:1);
[0040] 后向引物:AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC(SEQ ID N0:2);
[0041] 探針l:(FAM)TCAGCCATATCTGcTTATTCTTGAGCACC(SEQ ID N0:3);
[0042] 探針2:(HEX)TTCAGCCATATCTG巧TATTCTTGAGCACC(SEQ ID N0:4)。
[0043]
[0044] 2.2關聯研究
[0045] 廣西病例-對照人群的關聯研究使用基于加性模型的邏輯斯蒂化ogistic)回歸分 析方法。邏輯斯蒂回歸校正性別、年齡、是否吸煙、是否飲酒W及是否有家族史。使用化INK 軟件1.07版本計算。
[0046] 廣西家系人群的關聯研究使用傳遞不平衡檢驗（Transmission/Disequi librium Test, TDT)分析。TDT分析通過檢驗某個SNP從雜合子的父母傳遞給患病后代的機率是否高 于預期值，判斷該SNP是否可能與該疾病相關。使用化INK軟件1.07版本計算。
[0047] 為檢驗研究是否存在人群分層等因素導致的系統性偏差，我們使用分位數圖 (quantile-quantile plot,Q-Q plot)和膨脹系數（genomic inflation factor)進行判 另IJ。膨脹系數衡量實際獲得的關聯P值與預期P值之間存在的差異。分位數圖和膨脹系數均 使用R軟件進行計算。
[004引 2.3統計學檢驗
[0049] 苔萃分析使用METAL軟件進行，用W將各階段關聯分析得到的比值比和95%置信 區間進行合并。Cochran Q檢驗和統計量I2用W評估各個階段是否存在異質性，W判斷苔萃 分析使用隨機效應模型或固定效應模型。候選SNP位點與個體的性別和年齡交互作用分析 使用邏輯斯蒂回歸分析。人群歸因分數根據W下公式計算:PAF% = 100X(x-l)/x，其中x = (1-P) 2+化（1-P) 〇Ri+P%R2，運里P代表群體等位頻率，ORi和OR2代表雜合子和純合子的風險 比。
[0050] 3.結果
[0051] 3.1全基因組SNP數據質量控制結果
[0052] 廣西病例-對照人群使用Affymetrix公司SNP 5.0忍片(Affymetrix 5.0)進行分 型。經過質量控制，348例病例和359例對照，288,424個常染色體SNP進入后續分析。所有樣 本平均檢出率達到99.03%。廣西家系人群使用111膽111曰公司中華忍片。1111111111曰 Human0mniZhongHua-8Bead化ip)進行分型。經過質控控制，189個核屯、家系，694,794個5肥 進入后續分析(表2)。所有樣本平均檢出率達到99.69%。
[0053] 表2廣西家系人群質量控制過程
[0054] (a)使用化INK軟件去除不合格家系
[0化5]
[0056]注:檢測率低于90%被認為檢測率低;孟德爾錯誤高過5%被認定不是生物學意義 上
[0化7]的家系。
[005引（b)SNP質量控制過程
[0化9]
[0060] 3.3關聯分析結果
[0061] 廣西家系人群采用基于家系的研究策略。發明人使用TDT對廣西家系人群進行關 聯分析。在僅有少量真實關聯位點淹沒在大量假陽性位點的情況下，TDT分析被認為特別有 效，由此，TDT分析可用來證實或拒絕報道的顯著關聯結果。據此，有理由相信，通過TDT分 析，可W篩選出真實的與肝癌相關的位點。TDT結果顯示，廣西家系人群中，關聯結果的膨脹 系數為1.04,該數值小于1.05。同時，分位數圖無明顯偏移，如圖1所示，其中，圖1中P值由廣 西家系人群TDT分析獲得，黑線是對90%觀測值分布的擬合。由此，說明廣西家系人群的關 聯結果不存在系統性偏差。值得注意的是，基于家系的研究策略對基因型錯誤較之病例-對 照策略更加敏感，SNP推算導致的基因型錯誤往往較大程度影響結果的準確性。發明人注意 到，推算SNP關聯結果與實際分型SNP關聯結果膨脹系數相差不大，一定程度上提示推算的 結果不存在明顯偏差。
[0062] 進一步地，通過TDT分析，發現眾多與肝癌顯著相關的位點。關聯結果曼哈頓圖如 圖2所示，其中圖2中橫坐標為染色體位置，縱坐標為-logio(P)。其中包含W往通過全基因組 關聯研究發現的位于1(伴18、化4-〇941/01^1、化4-〇〇和84邸2基因區域的8肥位點。提示基于 家系的TDT分析可W有效發現肝癌相關位點。
[0063] 為增加發掘階段的統計效能，基于廣西病例-對照人群，進行基于加性模型的邏輯 斯蒂回歸分析。關聯結果的膨脹系數為1.01，如圖3所示，其中圖3中P值由廣西病例-對照人 群邏輯斯蒂回歸分析獲得，黑線是對90%觀測值分布的擬合。關聯結果曼哈頓圖如圖4所 示，其中圖4中橫坐標為染色體位置，縱坐標為-loglO(P)。
[0064] 3.4人群驗證結果
[0065] 人群驗證分為兩個階段:驗證階段I對14個候選SNP位點在陜西病例-對照人群中 進行分型。基于加性模型的邏輯斯蒂回歸分析方法得到2個SNP位點（rsl 1163360和 rsl0272859)仍舊顯著關聯且關聯方向與發掘階段一致。驗證階段II對運2個SNP位點進一 步在廣東、北京、江蘇和廣西病例-對照人群中進行分析。基于加性模型的邏輯斯蒂回歸分 析方法發現rsl0272859仍舊顯著關聯且關聯方向一致(表3)。
[0066] 進一步查看rsl0272859位點在各個階段的分型情況，發現該位點在廣西家系人群 中是通過推斷獲得的（在廣西病例-對照中是實際分型獲得）。為排除SNP推斷導致的錯誤， 進一步對rsl0272859在廣西家系人群中進行了化qMan分型。選取其中524個樣本，成功分型 495個，成功率94.5% DTaqMan分型結果與SNP推算的結果一致率較高，達到98.4% (表4)。雖 然二者一致率較高，但對TDT檢驗結果產生一定影響。利用化qMan結果，對TDT檢驗進行更新 后，rsl0272859在廣西家系人群中仍舊顯著關聯，P = 0.023。
[0067] 苔萃分析發現，合并所有人群的結果，rsl0272859的P值達到2.62Xl〇-s(表3)，超 過了全基因組關聯研究要求的5Χ10-8的闊值，提示rsl0272859與肝癌顯著相關。苔萃分析 的森林圖如圖5所示，其中，圖5中四條藍線自上而下代表本研究中GWAS階段家系人群、GWAS 階段病例-對照人群、研究階段I和II的風險比。菱形代表合并后的風險比。苔萃分析使用 METAL軟件。
[006引進一步對rsl0272859與個體的性別和年齡是否存在交互作用進行了分析。沒有發 現顯者差異（Pheterogeneity 二 0.79和0.39 ,表5 )。
[0069]
[0070]
[0071]
[0072] 實施例2 rsl0272859與肝癌病人預后相關
[0073] 已報道的研究顯示，部分SNP與腫瘤的進展密切相關。如位于化C39A6基因5'非翻 譯區（5'UTR)上的rs7242481與食管鱗狀細胞癌病人的總體生存期顯著相關，(XL20基因附 近的rs4458204與雌激素受體化strogen rec邱to;r，ER)陰性的乳腺癌病人總體生存期顯著 相關。有趣的是，發明人之前發現與肝癌發生密切相關的SNP位點rsl7401966,最近被證明 與肝癌病人的預后顯著相關。那么，rsl0272859基因型是否與肝癌病人預后顯著相關。驗證 階段II中，廣西病例-對照人群中部分樣本具有較全面臨床信息(n=104)，發明人定義該樣 本集為樣本集USample set 1)。通過分析rsl0272859基因型與肝癌病人的生存期，發明人 發現，攜帶rsl0272859風險等位G等位的肝癌患者(GG或GC)生存期顯著短于未攜帶風險等 位患者(CC)(P = 9.0X10-3，皿=2.33，圖6(A)，風險比由Cox比例風險模型校正性另リ、年齡和 ?m分期計算而得）。發明人在南京八一醫院腫瘤外科收集的肝癌病人具有較全面臨床信息 (n = 88)，并且定義該樣本集為樣本集2(Sample set 2)。采用TaqMan技術對運些樣本的 rs 10272859進行分型。通過計算發明人發現，攜帶rs 10272859風險等位G等位的肝癌患者 (GG或GC)生存期也顯著短于未攜帶風險等位患者(CC)(P = 8.6X10-3，HR = 2.46，圖6(B)，風 險比由Cox比例風險模型校正性別、年齡和?!分期計算而得）。進一步通過基因表達綜合數 據庫中的數據集(GSE38323,樣本集3)驗證運一發現。該樣本集共包含286例肝癌患者。該樣 本集樣本未對rsl0272859進行分型，但與其強連鎖不平衡的SNP位點rs6976601(r2 = 0.98) 在該樣本集中實際分型。發明人通過分析發現，攜帶rs6976601風險等位A的肝癌病人(AA或 AG)生存期明顯短于未攜帶風險等位患者(GG)(P = 0.14,皿=1.30,圖6C)。雖然該P值未到 達顯著，發明人發現，攜帶rs6976601風險等位A的肝癌病人，五年生存率顯著低于未攜帶風 險等位患者巧9.1%比71.3%;? = 0.031)。綜上，證明了^10272859基因型與肝癌患者的生 存期顯著相關。
[0074]實施例3易感基因定位分析和致病位點探索分析
[00巧]rsl0272859位于7q21.13區域，該位點所在連鎖不平衡模塊大約110-化，模塊內包 含CDK14基因。該模塊內，rsl859023(該位點與rsl0272859在中國人群中強連鎖不平衡， = 0.78)被報道在非裔美國人群中與冠屯、病的發生顯著相關。
[0076] 為進一步證明CDK14該區域的候選易感基因，發明人對肝臟樣本中rsl0272859基 因型與CDK14基因表達相關性進行了分析。首先對用于生存分析的"樣本集合2"共88個肝癌 樣本進行CDK14基因表達定量。其中24個樣本mRNA定量失敗，最終64個樣本進入分析。發明 人發現，攜帶rsl0272859風險等位G的樣本(GG和GC)，CDK14表達顯著高于未攜帶風險等位 的樣本(CC)(P = 0.0052,圖7(A))。進一步利用癌癥基因組圖譜計劃中的82例肝癌病人的 SNP和基因表達數據，得到了類似的結論(P = 0.011，圖7(B)，P值使用雙端非配對t檢驗計 算)。
[0077] 綜上，研究新發現了一個皿V相關肝癌的易感區域7q21.13。該區域的候選易感基 因可能是CDK14。本發明的發現可能有助于更好地篩選皿V相關肝癌的高危個體。
[0078] 此外，術語"第一"、"第二"僅用于描述目的，而不能理解為指示或暗示相對重要性 或者隱含指明所指示的技術特征的數量。由此，限定有"第一"、"第二"的特征可W明示或者 隱含地包括至少一個該特征。在本發明的描述中，"多個"的含義是至少兩個，例如兩個，Ξ 個等，除非另有明確具體的限定。
[0079] 在本說明書的描述中，參考術語"一個實施例"、"一些實施例"、"示例"、"具體示 例"、或"一些示例"等的描述意指結合該實施例或示例描述的具體特征、結構、材料或者特 點包含于本發明的至少一個實施例或示例中。在本說明書中，對上述術語的示意性表述不 必須針對的是相同的實施例或示例。而且，描述的具體特征、結構、材料或者特點可W在任 一個或多個實施例或示例中W合適的方式結合。此外，在不相互矛盾的情況下，本領域的技 術人員可W將本說明書中描述的不同實施例或示例W及不同實施例或示例的特征進行結 合和組合。
[0080]盡管上面已經示出和描述了本發明的實施例，可W理解的是，上述實施例是示例 性的，不能理解為對本發明的限制，本領域的普通技術人員在本發明的范圍內可W對上述 實施例進行變化、修改、替換和變型。
【主權項】
1. 檢測SNP的試劑在制備試劑盒中的用途，所述試劑盒用于肝癌患者篩查，所述SNP為 rsl0272859。2. 根據權利要求1所述的用途，所述試劑包括引物和/或探針。3. 根據權利要求1所述的用途，其特征在于，所述rsl0272859為GC或GG的基因型是肝癌 尚風險的指不。4. 一種用于肝癌患者篩查的試劑盒，其特征在于： 含有檢測SNP的試劑，所述SNP為rsl0272859。5. 根據權利要求4所述的試劑盒，所述試劑包括引物和/或探針。6. 根據權利要求5所述的試劑盒，所述引物為GTCTCTTTCCACCTCTTCAACCA和 AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC 〇7. 根據權利要求5所述的試劑盒，所述探針為(FAM)TCAGCCATATCTGcTTATTCTTGAGCACC 和/或（HEX)TTCAGCCATATCTGgTTATTCTTGAGCACC。8. 根據權利要求4所述的試劑盒，其特征在于，所述rs 10272859為GC或GG的基因型是肝 癌尚風險的指不。9. 一種用于肝癌患者篩查的設備，其特征在于，包括： 測序裝置，所述測序裝置用于對患者的全基因組至少之一進行測序，以便獲得測序結 果； 比對裝置，所述比對裝置與所述測序裝置相連，且用于基于所述測序結果，確定 rsl0272859的基因類型； 分析裝置，所述分析裝置與所述比對裝置相連，且用于基于所述SNP類型確定肝癌風 險。
【文檔編號】C12Q1/68GK106011244SQ201610373409
【公開日】2016年10月12日
【申請日】2016年5月31日
【發明人】周鋼橋, 張紅星, 賀福初, 李元豐, 翟蕓
【申請人】中國人民解放軍軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所